图 1:第 3 节中使用的两个示例系统的描述。谐振子(左)可用作双原子分子(例如 HCl)振动运动的粗略近似值。(右)非对称双阱对应于 DNA 中碱基对势能表面的切片,代表腺嘌呤和胸腺嘧啶之间的碱基对。
图 1:双链 DNA 结构和构象灵活性的参数化和描述。(A)双链 DNA 分子的结构通过刚体变换参数化,其中轴系统跨越每个碱基对步骤 (ri)。这些参数描述了将碱基对步骤的轴系统映射到相邻轴系统的旋转和平移函数。(B)标准化流模型从正态分布的潜在空间映射到描述双链 DNA 结构的参数。映射是通过多层实现的,并且是可逆的。
曲线+ [26]。基本对中的变化通常由参数x-disp,y-disp,倾斜和尖端描述(如图s6),其中X-DISP描述了沿X轴的基本对的位移,Y- DESP描述了沿Y轴的碱基对的位移,倾斜描述了X轴围绕X轴的基本对的旋转角,尖端描述了围绕Y轴的碱基对的旋转。我们选择X- disp,y-disp,倾斜,目标碱基的尖端和DNA小凹槽的宽度,以研究从无偏的分子动力学模拟中研究两种DNA结构的差异。
在DNA复制过程中被识别为t)和尿嘧啶DNA糖基化酶抑制剂UGI(阻止尿嘧啶糖基化酶的U糖基化U的糖基化,从而导致碱基切除修复(Komor等,2016)。该融合蛋白专门针对C·G碱基对突变,以在单链引导RNA(SGRNA)的指导下进行T·碱基对;该蛋白质也称为胞嘧啶碱基编辑器(CBE)。cbe不会产生DNA双链断裂,而仅导致单个C·G碱基对的靶向突变为T·基对基对,因此比原始的CRISPR/CAS9基因组编辑技术更精确(Komor等人,2016年)。CBE预计在猪的遗传改善方面将更安全。迄今为止,CBE在猪的遗传修饰中的应用已取得了几个突破。尽管BES已成功地用于生产基因工程的猪(Li等,2018; Xie等,2019; Wang等,2020),但过去使用的BES(例如BE3)被证明会引起高比例的