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分析来自祖先多样化亚洲基因组的临床相关变体
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S4-Multi：增强祖先多样化人群的多基因评分预测
目标祖先：总计：PRS 结构：AFR：AMR：EAS：SAS：CT-SLEB 2 1 0 1 4 LDpred2 1 0 0 0 1 LDpred2（加权）5 2 1 1 9 PRS-CSx 48 21 30 23 122 S4-MulJ 2 36 28 33 99 XPASS 2 0 1 2 5 总计：60 60 60 60 240 219
使用多祖先长序列进行结构变异的推断...
长读测序技术的进步加速了大型结构变异 (SV) 的研究。我们通过对来自 1000 基因组计划的 888 个样本进行长读测序，创建了一个精选的、公开可用的多祖先 SV 归因面板。这个高质量的面板用于归因于大约 500,000 名英国生物库参与者的 SV。我们证明了在生物库规模上使用与呼吸、心脏代谢和肝脏疾病相关的 32 种疾病相关表型以及 1,463 个蛋白质水平进行全基因组 SV 关联研究的可行性。该分析确定了数千个全基因组显著的 SV 关联，包括数百个条件独立信号，从而实现了新的生物学见解。专注于肺功能的遗传关联研究
等距为祖先条件，在灵长类动物中呼唤和歌曲
图2 t k和r k k发行，用于歌曲和呼叫。（a）每种人声类型的t k的概率密度函数。（b）每种人声类型的节奏比（R K）的概率密度函数。r k分布的本地最大值为：广告歌曲的0.331、0.487和0.688； 0.347、0.482和0.680用于粘合歌曲；领土歌曲的0.339、0.478和0.682；歌曲咆哮的0.444和0.349；警报轰鸣声0.471；和0.497鸣叫。（c）BARPLOT，显示了室内（实心条）和off-Integer（条纹条形）比率的平均标准化R K的发生范围。* p <0.05;经验分布与小整数节律类别之间具有统计学意义的匹配。
生物物理学祖先重建和蛋白质能量景观的演变的年度审查
蛋白质的序列决定了其构象能量景观。这又决定了蛋白质的功能。了解新蛋白质功能的演变需要了解突变如何改变蛋白质能量景观。祖先序列重建（ASR）已证明是解决此问题的宝贵工具。在ASR中，一个系统发育集团从而渗透了古代蛋白质的序列，从而允许其性质表征。当与生物物理，生化和功能表征耦合时，ASR可以揭示历史突变如何改变古代蛋白质的能量景观，从而允许酶活性的演化，具有构象，具有结合特异性，寡聚性，低聚性，低聚性和许多其他蛋白质特征。在本文中，我们回顾了如何使用ASR研究来剖析能量景观的演变。我们还讨论了ASR研究，这些研究揭示了能量景观如何影响蛋白质的演化。最后，我们建议从能量景观的角度考虑进化的思考可以改善我们的接近和解释ASR研究的方式。
GATA 因子 ELT-3 在祖先基因网络中指定 Caenorhabditis angaria 的内胚层
秀丽隐杆线虫的内胚层特征化通过一个网络进行，在该网络中，母系提供的 SKN-1/Nrf 和来自 POP-1/TCF 的额外输入激活了 GATA 因子级联 MED- 1,2 → END-1,3 → ELT-2,7。MED、END 和 ELT-7 因子的直系同源物只存在于与秀丽隐杆线虫密切相关的线虫中，这引出了一个问题：在该属中较远的物种中，在没有这些因子的情况下，肠道是如何特征化的。我们发现 GATA 因子基因 elt-3 的 C. angaria、C. portoensis 和 C. monodelphis 直系同源物在早期 E 谱系中表达，刚好早于它们的 elt-2 直系同源物。在 C. angaria 中，Can-pop-1(RNAi)、Can-elt-3(RNAi) 和 Can-elt-3 无效突变导致渗透性“无肠”表型。Can-pop-1 是 Can-elt-3 激活所必需的，表明它作用于上游。在 C. elegans 中强制早期 E 谱系表达 Can-elt-3 可以指导 Can-elt-2 转基因的表达并拯救 elt-7 end-1 end-3; elt-2 四重突变菌株的生存能力。我们的研究结果表明，隐杆线虫肠道特化和分化的祖先机制涉及更简单的 POP-1 → ELT-3 → ELT-2 基因网络。
三叠纪生活：古代两栖动物，鳄鱼亲戚，早期恐龙和哺乳动物祖先的概述
从Staatliches博物馆fürnaturkundeStuttgart（SMNS）收藏I.来自上奥列内基（A – C）和下Anisian（DF）的标本。A. parotosuchus nasutus（SMNS 5776），下solling fm。B. trematosaurus brauni（SMNS 6207a），下solling fm。C。Rhynchosauroides？schochardti，凸低音（SMNS未经致电），中部Buntsandstein。D. Chirotherium barthii，凸低音（SMNS 4228），上部Solling FM。（Thüringischerchirotheriensandstein）。E. Marcianosuchus angustifrons（SMNS 91318，全型），RötFm。F. Rhynchosauroides ISP。（rhy）和Procolophonichnium（Pro），凸低音（SMNS 51514），Vossenveld FM。信用：地球科学评论（2025）。doi：10.1016/j.earscirev.2025.105085
结核分枝杆菌复合物的估算的祖先参考基因组更好地捕获了基于参考的ALI
收到2023年8月31日； 2023年12月7日接受；于2024年1月4日出版了作者分支：1麦吉尔大学医学系，蒙特利尔，魁北克H4A 3J1，加拿大； 2个细菌共生体进化，加拿大魁北克H7V 1B7，Inrs-Centre-Centre Armand-FrappierSantéBiotechnologie； 3宾夕法尼亚州立大学宾夕法尼亚州立大学动物科学系16802-3500； 4 McGill International TB Center，McGill University，蒙特利尔，魁北克H4A 3S5，加拿大。*信件：路加·哈里森（Luke B.基于参考的对齐；参考基因组。缩写：AIC，Akaike的信息标准； ATCC，美国类型文化收藏；床，浏览器可扩展数据； GATK，基因组分析工具包； Hal，分层对齐； IGV，综合基因组观众； MRCA，最终的共同祖先； MTBC，结核分枝杆菌复合物； NCBI，国家生物技术信息中心； NGS，下一代测序； PGAP，原核基因组注释管道； PHAST，具有空间/时间模型的系统发育分析； Rd，差异区域； RVD，[H37] RV-DETEATION; SNP，单核苷酸多态性； SRA，序列阅读档案； TBD1，结核分枝杆菌 - 特异性缺失1。数据语句：文章或通过补充数据文件中提供了所有支持数据，代码和协议。本文的在线版本可以使用五个补充表和三个补充数据。001165©2024作者
复活的cas12a祖先扩展了对核酸编辑和检测底物的目标和识别的访问
据众所周知，RECHB是唯一描述的具有这种扩展活性的核酸酶。 div>很有可能在自然界中具有这些特征，但是在天然酶的空间中，可能会很艰巨，昂贵且需要很长时间。 div>同样，基于自动学习的计算方法仍在开始，尚无法设计具有复杂和受控功能的酶，例如大型构象变化。 div>开发了深度学习方法（OpenCrispri-1），尽管有希望，但尚未证明具有新功能设计蛋白质的能力。 div>这些限制突出了ASR生成具有多种和改进特性的复杂合成酶的能力，并开放了与深度学习和语言方法结合的新方法。 div>
