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World File Search System系统发育
耦合DNA条形码和外显子捕获量以解决Turridae（胃足，conoidea）的系统发育
图1无脊椎动物和水产养殖软体动物中受过比较训练的免疫反应模型。该图说明了在无脊椎动物和海洋软体动物中观察到的训练反应的多样性。训练诱导后的免疫反应（主要反应）和挑战（次要反应）。 文献中描述的不同响应模式由不同颜色的曲线表示。 传说指示观察到不同模式的物种：训练时诱导的持续反应，没有消光期，直到次级响应（深蓝色线）；免疫移位显示出定性不同的主要和次要反应，涉及不同的基因集（浅蓝色和深绿色线）；具有主要响应的公差响应，但没有次级响应（浅蓝色线）。 双相反应，命名为召回响应，其主要响应随后是灭绝阶段，以及对后续挑战（浅绿线）的相似或更强大，更快，更快的次要响应。训练诱导后的免疫反应（主要反应）和挑战（次要反应）。文献中描述的不同响应模式由不同颜色的曲线表示。传说指示观察到不同模式的物种：训练时诱导的持续反应，没有消光期，直到次级响应（深蓝色线）；免疫移位显示出定性不同的主要和次要反应，涉及不同的基因集（浅蓝色和深绿色线）；具有主要响应的公差响应，但没有次级响应（浅蓝色线）。双相反应，命名为召回响应，其主要响应随后是灭绝阶段，以及对后续挑战（浅绿线）的相似或更强大，更快，更快的次要响应。
在共同空间内同时映射大脑个体发育和系统发育：标准化纤维束成像和应用
发育和进化对大脑组织的影响是复杂的，但又是相互关联的，正如皮层区域扩张在这些截然不同的时间尺度上的对应性所证明的那样。然而，仍然不可能同时研究皮层区域连接的个体发育和系统发育，这可能比异速测量与大脑功能更相关。在这里，我们提出了一个新框架，允许将人类（成年人和新生儿）和非人类灵长类动物（猕猴）的结构连接图整合到一个共同空间上。我们使用白质束来锚定共同空间，并利用皮层连接模式对这些束的独特性来探测区域专门化。这使我们能够定量研究进化和发育尺度上连接的差异和相似性，揭示大脑成熟轨迹，包括早产的影响，并在不同的大脑之间转换皮层图谱。我们的研究结果为神经解剖学成像的综合方法开辟了新途径。
porphyran降解系统在东亚人群的肠道微生物群中的系统发育和地理上是完整的
图1：A）Porphyran重复部分的化学结构。硫酸化二糖 - 卟啉二糖 - 可以在D-半乳糖的位置呈现甲基，给出甲基化和未甲基化的卟啉成分。通过生物合成期间L-乳糖残基的脱硫/环化获得的琼脂糖单位是相应甲基化的。b）B。plebieus porphyran pul的组织。基于先前的转录组分析，将PUL分为三个段（PUL -PORA，-POR B和-PORC）。当在Porphyran存在下生长B. plebieus时，将BACPLE_01692到BACPLE_01699基因（称为Pul-Pora）被中度上调。这与基因的两个相邻簇：BACPLE_01668到BACPLE_01689（PUL-PORC）和BACPLE_01700到BACPLE_01706（PUL-PORB），它们被高度上调（比PUL-PORA多10倍）[16]。在（1）[16]，（2）[17]，[18]和（4）本研究中确定酶功能。
DNA条形码用于物种鉴定和系统发育研究，采用五个遗传标记的cogulans
Withania Coagulans是印度的重要药用植物，从东地中海分散到南亚，但W. coagulans通常会被其他Withania物种误认为。准确地鉴定出具有药物重要的植物物种有助于其在医学中使用，并有助于保护全球受威胁或濒危植物的下降。目前的研究旨在使用五个在ICAR-ANAND的W. Coagulans的样本中使用五个遗传标记（RBCL，MATK，ITS，ITS，PSBA-TRNH和RPOB-TRNCGAR）为W. coagulans创建条形码。研究结果证实，PSBA和RBCL是研究W. ogulans的更好的条形码，即使改变地理位置，它也显示出100％的保护，而基因基因座RPOB，ITS和MATK帮助区分了Solanaceae家族的不同演变。它的GC含量最高，WCNB1的GC含量最高，WCNB2的GC含量为66.9％。与其他遗传标记相比，最大似然RPOB标记给出了最高的概率值（–889.38），其次是RBCL（–967.83）。研究结论将在药物领域使用，以开发基于DNA的W. cogulans植物的鉴定，以指出植物收集时的掺假。这项工作提供了对基于分子的识别和对W. ogulans的身份验证的见解。
鸟类肺Mycobiome：肺摄入群落的系统发育和生态驱动因素及其潜在病原体
脊椎动物肺部包含多种微生物群落，但鲜为人知的是社区组成或其对健康的后果的原因。肺微生物组组装，例如分散，协同进化和宿主开关。然而，肺微生物组的比较调查很少，特别是对于真菌成分，是mycobiome。区分真菌分类群是通才或专业共生体，潜在的病原体或偶然吸入的孢子，这是迫切的，因为有很高的新兴疾病潜力。在这里，我们提供了禽肺菌落体的第一个特征，并测试了环境，系统发育和功能性状的相对影响。我们使用了195个肺样本中的元法编码和培养，代表20个家庭中的32种鸟类。我们确定了532个真菌分类群（Zotus），其中包括许多机会病原体。这些主要由门comycota（79％）组成，其次是basidiomycota（16％）和粘膜瘤（5％）。酵母和类似酵母菌的类群（Malassezia，Filobasidium，saccharomyces，Meyerozyma和Aureobasidium）和丝状真菌（cladosporium，cladosporium，externaria，neurospora，fusarium和spergillus）很丰富。肺Mycobiomes受环境暴露的强烈影响，并通过宿主身份，性状和系统发育亲和力进一步调节。我们的结果暗示了迁移性鸟类作为机会性致病真菌的长距离传播的潜在向量。
课程：理学硕士，生物医学科学
在系统发育分析中，分支图用于表示由共同祖先发展而来的不同物种、生物或生物特征（基因、蛋白质、器官等）之间的进化历史或关系。该图称为系统发育树。系统发育分析对于收集有关生物多样性、遗传分类的信息以及了解进化过程中发生的发育事件非常重要。
肠道3凝胶：一种用于培养人肠道菌群nataliasuárezvargas 1 *的高吞吐量粘液模型，Miguel Antunes 1 *; JoãoSobral1，
图3。ABHD12序列的系统发育分析。 （a）代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。 外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。 （b，c）pie-thart分析，代表来自（b）不同门的系统发育树的数据，以及（c）门神经元内的各种类别。 PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。 PIE-CHART分析表明，门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列，在类Aves，Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。ABHD12序列的系统发育分析。（a）代表来自860个生物的ABHD12序列的系统发育树。外部彩色圆圈分别代表序列所属的类和门。（b，c）pie-thart分析，代表来自（b）不同门的系统发育树的数据，以及（c）门神经元内的各种类别。PIE-CHART上的数字表示该类别中的ABHD12序列的数量。PIE-CHART分析表明，门丘塔氏菌包含大多数ABHD12序列，在类Aves，Actinopterygii和哺乳动物中具有主要分布。
对伊朗西北伊朗的人类，家养犬和沙蝇的动力学DNA的检测和系统发育分析
利什曼病是指具有广泛表现的疾病；并且有三种主要的疾病形式，皮肤，粘膜皮肤和内脏。利什曼病是一种疾病，其中一种是原生动物剂，即载体传播。内脏利什曼病（VL）是最严重的形式，如果不治疗，可能会严重威胁生命。vl可能是由伊朗利什曼尼亚·多诺瓦尼（Leishmania Donovani）综合体的成员引起的，利什曼原虫（Leishmania Infantum）被认为是VL的主要病因，导致人畜共患病的VL形式。我们作品的两个主要目标遵循了我们先前的血清流行病学和昆虫学调查，是对感染Peo-Ple，狗和沙子的利什曼原虫物种进行系统发育分析的表征和进行系统发育分析。在整个2017年，从1月至12月收集了样品，因此从人类和狗那里收集了血液样本，而用粘性陷阱收集了沙蝇样品。DNA，10％的血清阴性人类样品以及所有收集的沙蝇均遭受kDNA-PCR，以追踪寄生虫。总共30个样本，包括20种人类样品，8个狗样品和2个沙蝇样品，对L的kDNA基因呈阳性。婴儿。序列以研究六个分解的L之间的遗传多样性。婴儿。基于kDNA，l的系统发育研究。婴儿表现出高水平的遗传多样性和宿主之间的关系，寄生虫的地理起源及其遗传多样性。
结合基因组学和流行病学数据重建传播树的方法：系统评价
摘要：为了更好地了解传播动态并适当地针对控制和预防措施，研究旨在确定实际疫情中谁感染了谁。重建方法多种多样，每种方法都有自己的假设、数据类型和推理策略。因此，选择一种方法可能很困难。按照 PRISMA 指南，我们系统地回顾了结合流行病学和基因组数据重建传播树的方法的文献。我们从 41 篇选定的文章中确定了 22 种方法。我们根据基因组数据的处理方式定义了三个家族：非系统发育家族、顺序系统发育家族和同步系统发育家族。我们根据所需数据以及潜在的序列突变、宿主内进化、传播和病例观察讨论了这些方法。在由八种方法组成的非系统发育家族中，估计了成对遗传距离。在系统发育家族中，传播树是从系统发育树同时（九种方法）或顺序（五种方法）推断出来的。虽然大多数方法（17/22）都模拟了传播过程，但很少有方法（8/22）考虑到不完善的病例检测。宿主内进化通常（7/8）被建模为一个合并过程。这些实际和理论考虑被强调，以帮助选择适合爆发的方法。
Lepidocephalichthys berdmorei 的完整线粒体基因组及其在鲡科（鲤形目）中的系统发育地位
本研究首次采用引物步移序列法测定了Lepidocephalichthys berdmorei的线粒体全基因组。该基因组全长16,574 bp，包括13个蛋白质编码基因（PCG），22个转移RNA（tRNA）基因，2个核糖体RNA（rRNA）基因和一个控制区（D-loop）。基因排列模式与其他硬骨鱼类相同。整体碱基组成为29.9％A，28.5％T，25.5％C和16.1％G，A+T偏向为58.4％。进一步，基于18种鲂科鱼线粒体基因组中的13个PCG，采用3种不同的方法（邻接法、最大似然法和贝叶斯推断）进行系统发育分析。所有方法一致表明鳞头鱼属的四个物种形成一个单系群。本研究将为鳞头鱼物种提供有效的分子信息，并为物种鉴定研究提供新的遗传标记。