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生物技术和生物工程 - serval
图1中国仓鼠卵巢基因组中的γ型病毒类内源性逆转录病毒（ERV）DNA序列的系统发育分析。使用邻居加入方法，由序列比对构建了ERV系统发育树，并用Tamura和Nei（1993）的DNA进化模型进行了校正。为每棵树计算了总共10,000个引导程序，这些插图代表了这些分析的共识。（a）ERV系统发育树是基于ERV和偶发性伽马环病毒的POL序列的比对，而Walleye Dermal肉瘤病毒被用作外组。在Cho -K1基因组中鉴定出的ERV序列家族用颜色描绘，并且在系统发育树中只有一个代表。ERV或其他物种中描述的γ型病毒以黑色字母显示。（b）基于ltr -gag -pol -env -ent ltr序列的比对生成了在Cho -K1基因组中检测到的131个完整长度类型序列的系统发育树，并将FELV用作外群。颜色代表不同类型的 - c erv序列组，如面板A中的A。这项研究中所示的ERV用Cho -K1细胞中的转录用大胆字母表示
博士学位的入围标准入学奇数学期（...定量和计算生物学课程编号：...
课程目的：本课程以定量生物学和计算生物学的基础来教授学生。这些是生物数据统计分析的重要组成部分，并将允许学生学习生物学家所需的基本数学和统计工具。计算生物学方面将介绍学生的其他实用技能，使他们能够全面处理生物学数据。课程大纲：模块1 [21讲座]定量生物学概率理论，概率分布 - 二项式，高斯和泊松分布。描述性统计：平方的平均值，方差和总和；分布，随机数，随机抽样的均值和方差。回归分析：线性，多重和非线性。假设检验：t检验，z检验；卡方独立性测试。多元分析：生物数据分析中的各种类型的分类，ANOVA，PCA统计示例。模块2 [21讲座]计算生物学：基本编程概论的生物信息学，生物叠加和工具简介：基本脚本和编程简介通常用于计算生物学。生物数据库和序列文件格式：不同生物数据库的简介，其分类方案和生物数据库检索系统。序列比对：对齐概念介绍，评分矩阵，成对序列的比对算法，多个序列比对。基因预测方法：什么是基因预测？基因预测 - 近代和真核生物的计算方法。分子系统发育：表型和分子系统发育介绍。系统发育，分子钟，系统发育结构的方法，所获得的系统发育树的统计评估。系统生物学简介：不同的OMIC，代谢途径和网络。
微RNA是经典进化热点基因座的效应基因
在B. Anynana及其相应的基因型中。 （e）miR-193，miR-193-3p和miR-2788的两个成熟链的指导链的表达水平，跨相应的突变线和WT。 n = 3-4; NS：不重要； *：p <0.05; **：p <0.01; ***：p <0.001;相同字母的表达水平彼此没有显着差异。错误栏：SEM。 （f）在鳞翅目树中三种模型蝴蝶种类的系统发育放置先前映射到皮质基因座的树。 系统发育来自（28）。 10在B. Anynana及其相应的基因型中。（e）miR-193，miR-193-3p和miR-2788的两个成熟链的指导链的表达水平，跨相应的突变线和WT。n = 3-4; NS：不重要； *：p <0.05; **：p <0.01; ***：p <0.001;相同字母的表达水平彼此没有显着差异。错误栏：SEM。（f）在鳞翅目树中三种模型蝴蝶种类的系统发育放置先前映射到皮质基因座的树。系统发育来自（28）。10
在COVID-19的阴影下流感监测大流行：Tourkiye在Türkiye的系统发育分析（H1N1）PDM09病毒在2019-20季节
对于一种可预防疫苗的传染病流感，季节性流感疫苗菌株的选择过程很复杂，并且依赖于来自多个国家和网络的数据，这些数据大量参与了监视工作。世界卫生组织（WHO）建议根据广泛的病毒基因组信息为每个流感季节的两个半球疫苗菌株，以对循环进化枝和菌株的影响进行准确的预测。在2019-2020季节，与2018/19季节相比，对流感A疫苗成分进行了更新。这些更新涉及从6b.1促进性转变为6B.1A1菌株（H1N1）PDM09（A/Brisbane/02/2018类似），从促进3C.2A1菌株转变为Carde 3C.3A，用A（H3N2）（H3N2）（A//Kansas/14/14/14/14/14/14/14/14/14）。流感B疫苗成分没有变化[6]。
与火山泥流生长的先锋草 Saccharum spontaneum L. 相关的根部真菌内生菌的多样性和系统发育。
真菌内生菌可增强养分吸收并诱导宿主植物产生抗性，从而促进植物生长发育。在本研究中，我们报告了与草类 Saccharum spontaneum L. 相关的根部真菌内生菌 (RFE) 的出现和多样性，这些菌生长在菲律宾北部邦板牙省萨科比亚河沿岸的火山泥流地区。火山泥流是水和火山碎屑的混合物。本研究通过形态培养表征和 ITS 基因的分子分析鉴定了分离的 68 种 RFE，并将它们归类为九个属，即曲霉菌、枝孢菌、附球菌、镰刀菌、青霉菌、紫霉、踝节菌、木霉和丝核菌。稀疏曲线分析显示采样工作量为 75%，其中宿主植物 1 和 3 的物种最为多样化。我们的研究强调了在受火山活动影响的地区茁壮成长的三种宿主植物的内生真菌的巨大多样性。
阿特拉托滑龟（Trachemys medemi，陆龟科）的完整线粒体基因组和系统发育分析
首次对 3 只巴西龟的线粒体基因组进行了测序和注释。线粒体基因组是一个环状 DNA 分子，大小为 16,711–16,810 bp，AT 含量为 60.9%。它包括 13 个蛋白质编码基因、2 个 rRNA 基因、22 个 tRNA 基因和非编码控制区。基因组组成以正 AT 偏斜（0.123）和负 GC 偏斜（-0.342）为特征。基于完整线粒体基因组（缺少一些巴西龟物种）的系统发育分析将 T. medemi 列为 T. venusta 的姐妹。来自同一数据集的系统发育分析，但包括大多数巴西龟物种可用的较短线粒体 DNA 信息，恢复出 T. medemi 是 T. dorbigni 的姐妹，而该进化枝是 T. venusta 、 T. yaquia 和 T. ornata 的姐妹。新获得的数据对于未来对巴西龟的线粒体基因组学研究很有价值。此外，我们的结果强调了分类单元抽样不完整的影响。
茜草科叶绿体基因组
在茜草科系统发育学中，标记的数量常常是一个限制因素，作者无法提供族和属水平上得到良好支持的树。稳健的系统发育是研究不同分类水平上性状进化模式的先决条件。下一代测序技术的进步彻底改变了生物学，它以较低的成本为越来越多的物种提供了大量数据。由于叶绿体 DNA 序列具有高度保守的结构、通常无重组且大多是单亲遗传，因此长期以来一直被用作植物系统发育重建的选择标记。本研究的主要目的是：1) 通过有效的质体基因组从头组装方法深入了解茜草科 (Ixoroideae) 叶绿体基因组的进化； 2）基于咖啡参考基因组测试挖掘Ixoroideae核基因组中的SNP的效率，以生成支持良好的核树。我们使用下一代序列组装了茜草科Ixoroideae亚科27个物种的整个叶绿体基因组序列。对质体基因组结构的分析表明，基因内容和顺序相对保守。一般而言，在边界区域，分类单元之间的变异较小，但某些分类单元的大单拷贝和短单拷贝连接处均存在倒置重复序列。在咖啡属中确定的SNP平均有79％可转移到Ixoroideae，变异范围为35％至96％。总体而言，质体和核基因组系统发育彼此一致。它们得到很好的解决，并具有很好的支持分支。一般而言，这些族群形成易于识别的进化枝，但 Sherbournieae 族群被证明是多系的。本文结合所用方法和茜草科的叶绿体基因组特征讨论了结果，并与以前的茜草科系统发育进行了比较。
Jackie ShayJackie Shay
来自马达加斯加的Marasmius（Basidiomycota，agaricales）的生物多样性和系统发育。Phytotaxa 292（2）：101–149。
新型的双苯基二苯胺衍生物作为碳钢的腐蚀抑制剂，油含油产生的水
Reevesia是一家在Malvaceae S.L.家族中的东亚北美分离属。并包括大约25种。该属内的关系几乎没有理解。在这里，比较了15种代表12种雷维亚物种的塑料，以便更好地了解该属内及其属内属属的物种束缚和系统发育关系。新测序的质体111,532至161之间，长度为945 bp。基因组包含114个独特的基因，其中18个在倒重复序列（IRS）中重复。这些塑料的基因含量几乎相同。所有蛋白质编码基因在Reevesia塑料中的纯化选择均低于相比。鉴定出的前十个高变量区域，SSR和长重复序列是未来种群遗传学和系统发育研究的潜在分子标记。基于整个质体的系统发育分析证实了Reevesia的单性别，并且与杜里（Durio）（传统的bombacaceae）在亚家族螺旋体系中保持了密切的关系，但与形态上相似的杂物属杂种和稳固（传统的固有剂）没有相似的属。Reevesia中的系统发育关系表明，新定义的两种物种，R。pubescens和R. thyrseidea不是单一的。六个分类群，R。Membranacea，R。Xuefengensis，R。Botingensis，R。Lofouensis，R。Longipetiolata和R. pycnantha被认为是认可的。
研究全中心卫星DNA Tyba在Rhynchospora（cyperaceae）
•背景和目标卫星DNA（SATDNA）是由串联布置的重复序列组成的，通常是高度均质的单元，称为单体。尽管SATDNA通常是快速发展的，但是一些Satdna家族可以在数百万年的分离的物种中保守，这可能是因为它们在基因组中具有弹性作用。Tyba是对全心中心有机体描述的第一个Centromere特异性SATDNA，直到现在仅以八种Rhynchospora Vahl属的特征。（cyperaceae）。在这里，我们对tyba进行了对属的广泛采样，分析和比较其进化模式与其他SATDNA。•方法我们表征了SatDNA在70种的杂交目标捕获测序（HYB-SEQ）基于稳健的DADNAS跨系统发育中的结构和序列演变。我们开采了Tyba的重复分数 - 例如卫星将其特征与其他SATDNA进行比较，并为该属构建了基于Tyba的系统发育。•关键结果我们的结果表明，tyba存在于该属的大多数物种中，跨越了五个主要进化枝中的四个，并在31 MYR上保持了70.9％的内部成对身份。相比之下，其他卫星家族具有较高的肠内成对身份，但受到系统发育的限制。此外，Tyba序列可以分为12个变体，分为三个不同的特定于特定的亚家族，显示了SATDNA进化的传统模型的证据，例如协调的进化和库模型。此外，基于TYBA的系统发育与HYB-SEQ拓扑表现出很高的一致性。我们的结果显示了Tyba与核小体可能存在的结构指示，因为与其他非丝粒卫星相比，其高曲率峰在保守区域上是高度的曲率峰值，并且总体高弯曲性值。•总体而言，TYBA在整个Rhynchospora属中表现出显着的序列保守和系统发育意义，这表明功能作用可能导致基因组中SATDNA的长期稳定性和保守性。