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在茜草科系统发育学中，标记的数量常常是一个限制因素，作者无法提供族和属水平上得到良好支持的树。稳健的系统发育是研究不同分类水平上性状进化模式的先决条件。下一代测序技术的进步彻底改变了生物学，它以较低的成本为越来越多的物种提供了大量数据。由于叶绿体 DNA 序列具有高度保守的结构、通常无重组且大多是单亲遗传，因此长期以来一直被用作植物系统发育重建的选择标记。本研究的主要目的是：1) 通过有效的质体基因组从头组装方法深入了解茜草科 (Ixoroideae) 叶绿体基因组的进化； 2）基于咖啡参考基因组测试挖掘Ixoroideae核基因组中的SNP的效率，以生成支持良好的核树。我们使用下一代序列组装了茜草科Ixoroideae亚科27个物种的整个叶绿体基因组序列。对质体基因组结构的分析表明，基因内容和顺序相对保守。一般而言，在边界区域，分类单元之间的变异较小，但某些分类单元的大单拷贝和短单拷贝连接处均存在倒置重复序列。在咖啡属中确定的SNP平均有79％可转移到Ixoroideae，变异范围为35％至96％。总体而言，质体和核基因组系统发育彼此一致。它们得到很好的解决，并具有很好的支持分支。一般而言，这些族群形成易于识别的进化枝，但 Sherbournieae 族群被证明是多系的。本文结合所用方法和茜草科的叶绿体基因组特征讨论了结果，并与以前的茜草科系统发育进行了比较。
茜草科叶绿体基因组
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