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植物基因组中的多功能参与者
转座因子 (TE) 是真核生物基因组中不可或缺的组成部分，在基因调控、重组和环境适应中发挥着多种作用。它们在基因组内移动的能力导致基因表达和 DNA 结构变化。TE 是遗传和进化研究的宝贵标记，有助于遗传图谱和系统发育分析。它们还通过促进基因重排（导致新的基因组合）来深入了解生物体如何适应不断变化的环境。这些重复序列对基因组结构、功能和进化有重大影响。本综述全面介绍了 TE 及其在生物技术中的应用，特别是在植物生物学中，由于其广泛的功能，它们现在被认为是“基因组黄金”。本文讨论了 TE 在植物发育中的各个方面，包括其结构、表观遗传调控、进化模式以及它们在基因编辑和植物分子标记中的应用。目标是系统地了解 TE 并阐明它们在植物生物学中的多种作用。
生物信息学和微生物组中的硕士论文
项目背景：微生物组在人类健康和疾病中起重要作用。下一代16S rRNA基因测序是一种强大的技术，用于表征粪便，诸如感染，癌症，糖尿病，神经退行性疾病和肥胖等疾病的样品中的细菌组成。微生物组分析有望有望诊断和整合常规临床微生物学。但是，16S测序数据所需的生物信息学分析的复杂性仍然是一个主要障碍。开发简化的管道来简化此分析对于常规诊断使用至关重要。目标：该项目的目的是通过一般微生物组组成输出来构建和验证16S rRNA基因测序分析的标准化生物信息学管道和工作流程。方法：Qiime2将与NextFlow结合使用，以创建标准化的16S rRNA测序工作流，用于微生物组分析。微生物组测序和常规诊断的分析数据将用于测试和验证工作流程。
标题：“染色质在转录，拟南芥中的压力反应和减数分裂重组中的功能”
带有评论[PZ1]：也许从转录调节到重组的过渡更加顺利，您可以写出，这种“本地招聘”不仅导致了基因的转录，而且还会影响减数分裂的交叉形成
特刊 - 生物信息学在微生物组中的应用...
基因对我们对生物学的理解至关重要，诸如基因组学和基因组编辑之类的现代进步一直保持遗传学为一个充满活力，多样和快速发展的领域。在该领域需要高质量的开放访问期刊，基因团队旨在在整个遗传学学科中提供专家手稿处理，认真的同行评审和快速发表。从2010年开始，该期刊现在已得到充分确认和认可。为什么不考虑下一篇遗传学纸的基因？
RADA和DNA聚合酶在重组中的作用 - ...
摘要：背景：使用基因组数据，我们确定了MRSA ST398分离株的起源，该分离物是无知的牲畜接触患者的侵入性感染。方法：我们使用Illumina Technique测序了2013年至2017年之间具有侵入性感染患者的七个MSSA和四种MRSA ST398分离株的基因组。预言相关的毒力基因和耐药基因。为了确定分离株的起源，其基因组序列被包括在系统发育分析中，还包括NCBI上可用的ST398基因组。结果：所有分离株都带有ϕ SA3预言，但是免疫逃避簇的变化：MRSA分离株中的C型，MSSA分离株中的B型B型。所有MSSA都属于SPA Type T1451。MRSA菌株具有相同的SCC MEC类型IVA（2B）盒式盒子，属于SPA型T899，T4132，T1939和T2922。所有MRSA都携带四环素抗性基因TET（M）。系统发育分析表明，MSSA分离株属于人类相关的分离株，而MRSA分离株属于含有牲畜相关的MRSA的簇。结论：我们表明临床分离株MRSA和MSSA ST398具有不同的起源。通过牲畜相关的MRSA分离株对毒力基因的获取使它们能够在人类中诱导侵袭性感染。
利用Ichip技术从泥炭土壤微生物组中发现新型抗生素，以打击抗菌抗性
抗菌素抵抗（AMR）构成了关键的全球健康威胁，使全球感染管理变得复杂。关于世界卫生组织（WHO）在2019年释放的抗生素抗药性患病率的数据导致127万人死亡（Murray等，2022； Who，2023）。此外，世界银行估计，到2050年，AMR的经济影响可能会损失高达1万亿美元的医疗保健费用，而到2030年，国内生产总值（GDP）损失了3.4万亿美元（Jonas等人，2017年）。迫切需要发现新药替代耐药性抗生素已变得越来越重要。最大的新抗生素生产商来源之一来自土壤，其中99％的微生物物种。抗菌化合物是由土壤中的微生物产生的，由于传统培养技术的局限性，这些化合物在实验室中通常仍然无法培养，而传统培养技术无法复制微生物的自然栖息地（Choi等，2015； Bhattacharjee，2022222）。具有获取新抗生素剂的巨大潜力的土壤类型是泥炭土（Kujala等，2018； Liu等，2022； Atapattu等，2023）。泥炭土包含富含养分的有机沉积物，这些养分支持微生物生长和多样性（Nawan and Wasito，2020）。必须利用泥炭土中丰富的微生物含量来开发新的抗生素。当前的微生物培养技术通常仅限于微生物的一部分，从而限制了二级代谢产物的分离。克服这些局限性需要创新的方法来培养产生抗生素的微生物，这些微生物在实验室条件下仍然无法养活。未经培养的土壤技术（UST）或原位孵育是最新的发展之一，涉及使用环境中存在的自然生长因子进行培养（Berdy等，2017； Chaudhary等，2019）。
通过多重基因组编辑稳定空肠弯曲菌基因组中遗传不稳定的简单序列重复：一种描述多个相变基因的可靠方法
SYC1004 NCTC11168 Δ recA :: cat 本研究 SYC1006 NCTC11168 cj1426 :: astA Δ flaA :: kan 本研究 SYC1007 NCTC11168 cj1426 ON :: astA Δ flaA :: cat 本研究 SYC1008 NCTC11168 cj1426 OFF :: astA Δ flaA :: kan 本研究 SYC1P000K NCTC11168 Δ flaA :: kan cj1139 OFF cj1144 OFF cj1420 OFF cj1421 OFF cj1422 OFF cj1426 OFF cj1429 OFF cj1437 OFF
玉米基因组中膜联蛋白基因家族的进化，变异和表达模式
膜联蛋白（ANNS）是一个在植物生长，发育和压力反应中起关键作用的进化保守，依赖钙依赖性的磷脂结合蛋白的家族。利用26个高质量玉米基因组的泛基因组，我们鉴定了12个ANN基因，其中包括9个核心基因（以所有26条线为单位）和3个近核基因（以24-25条为单位）。这突出了基于单个参考基因组研究ZMANN基因的局限性。评估26个品种中ANN基因的KA/KS值表明Zmann10在某些品种中处于正选择状态，而其余基因的Ka/ks值小于1，表明纯化选择。系统发育分析将ZMANN蛋白分为六组，其中VI仅包含ZMANN12。某些品种的结构变化改变了保守的结构域，产生了许多非典型基因。转录组分析表明，不同的ANN成员在各种组织以及不同的非生物和生物应力处理下具有不同的表达模式。在冷应力下，来自各种玉米组织的转录组数据的加权基因共表达网络分析鉴定出参与共表达模块的四个ANN基因（Zmann2，Zmann6，Zmann7，Zmann9）。总体而言，这项研究利用高质量的玉米pangenomes对Zmann基因进行生物信息学分析，为ZMANN基因的进一步研究提供了基础。
Sumitomo林业组中期管理计划...
该公司制定了中期管理计划“任务树2030阶段2”，该计划涵盖了截至2025年12月31日的财政年度到截至2027年12月31日的财政年度的三年。根据该计划，我们的目标是实现32200亿日元的净销售额，经常出现的收入为2800亿日元，净收入可归因于父母的1760亿日元的股东，三年内，ROE在三年内，到2027年12月31日结束时。该中期管理计划的总体主题是“改革和实现急剧增长的三年”。根据“应对脱碳挑战的努力”的五个基本政策，“收入能力的提高”，“加深全球扩张”，“加强管理基础”和“业务运营和ESG的进一步整合”，我们将努力实现目标。