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全基因组CRISPR敲除屏幕揭示了猪基因组中必需基因的景观
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年8月1日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.01.606235 doi：biorxiv preprint
减轻阴道微生物组中的抗生素耐药性
背景：研究表明益生菌与抗生素耐药性的发生率之间存在很强的相关性。许多研究报告了阴道微生物组的抗生素耐药性，尤其是在患有营养不良状态的女性中，抗生素耐药性可能在阴道微生物组和疾病并发症的改变中起作用。因此，本研究旨在研究健康，更年期和绝经后妇女中具有抗生素耐药性的阴道微生物组，以及益生菌的缓解作用。在这篇叙事评论中，对网络科学，PubMed，Scientific Information Database，Google Scholar和Scopus进行了全面评论，没有时间限制。使用关键字“益生菌”，“抗生素耐药性”，“阴道微生物组”，“阴道微生物群”提供了减轻阴道微生物组中抗生素耐药性的提要。在确定的917个来源中，发现12篇文章最适合该研究。我们的发现建议给予益生菌以减轻抗生素耐药性。研究表明，益生菌可能会在阴道微生物组中减轻抗生素耐药性，并可能改善各级女性生殖健康，包括更年期和绝经后。
通过深度学习预测个人基因组中的基因表达
根据 DNA 序列预测 RNA 水平的模型在解码组织特异性基因调控机制 1-5、揭示性状的遗传结构 6-10 和解释非编码遗传变异 10,11 方面显示出巨大的前景。现有的方法采用两种不同的方法：1）将表达与常见遗传变异的线性组合相关联（在单个基因上跨个体训练）12,13，或 2）使用神经网络学习全基因组序列到表达规则（使用参考基因组跨基因座训练）11,14,15。由于最近这两种策略的局限性都被强调 16-20，我们试图将深度学习提供的序列上下文与跨个体训练提供的信息相结合。我们利用微调开发了 Performer，该模型的准确度接近大多数基因的顺式遗传率。Performer 优先考虑等位基因频率谱中的遗传变异，这些变异会破坏基序、属于注释的调控元件，并具有调节基因表达的功能证据。尽管个性化表情预测仍然存在障碍，但我们的研究结果证明深度学习是一种可行的策略。
人类微生物组中的古细菌和对人类传染病的潜在影响
为了支持改善患者护理，该活动已由Medscape，LLC和新兴的传染病计划和实施。Medscape，LLC得到认可的持续医学教育委员会（ACCME），认证药物教育委员会（ACPE）（ACPE）和美国护士证书中心（ANCC）的认可，为医疗团队提供继续教育。Medscape，LLC指定此基于期刊的CME活动，最多为1.00 AMA PRA类别1 CRECTER™。医师应仅要求其参与活动的程度相称。成功完成此CME活动（包括参与评估部分），使参与者能够在美国内科医学委员会（ABIM）维护认证（MOC）计划中获得高达1.0 MOC的积分。参与者将赚取相当于该活动的CME积分数量的MOC积分。为了授予ABIM MOC信用，向ACCME提交参与者完成信息是CME活动提供商的责任。所有其他完成此活动的临床医生将获得参与证书。参加本期刊CME活动：（1）回顾学习目标和作者披露； （2）研究教育内容； （3）在最低传球分数为75％的情况下进行后测试，并在https://www.medscape.org/ qna/processor/72141上完成评估？show standalone = true＆src = prt_jcme_eid_mscpedu; （4）查看/打印证书。有关CME问题，请参见第1744页。注意：Medscape的政策是避免在认可的活动中使用品牌名称。但是，为了尽可能清楚，在此活动中使用商标名称来区分混合物和不同的测试。这并不是要推广任何特定产品。
在大肠杆菌支架基因组中重建鼠疫耶尔森菌脂质 A
Access Microbiology 是一个开放的研究平台。预印本、同行评审报告和编辑决定可在本文的在线版本中找到。收到日期：2023 年 10 月 11 日；接受日期：2024 年 6 月 26 日；发布日期：2024 年 7 月 17 日作者隶属关系：1 美国陆军作战能力发展司令部化学生物中心，8908 Guard St. E3831，Gunpowder，MD 21010，美国；2 Excet Inc. 6225 Brandon Ave #360，Springfield，VA 22150，美国。*通信：Nathan D. McDonald，Nathan.d.mcdonald5.civ@army.mil 关键词：CRISPR-Cas9；基因组工程；脂质 A；脂多糖。缩写：KDO，3-脱氧-d-甘露-辛-2-乌洛索；LOS，脂寡糖；LPS，脂多糖；PAM，原间隔区相邻基序。本文的在线版本提供了两个补充图。000723.v3
映射人类基因组中所有旁系同源物的遗传相互作用
此预印本版的版权持有人于2024年7月19日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.07.16.603642 doi：Biorxiv Preprint
从尼日利亚纳萨拉瓦州的人类肠道微生物组中分离出的假单胞菌的元基因组组装基因组
尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。 两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。 关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。 本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授主编：S。S. Taiwo教授
1抑制O-GLCNAC转移酶激活I型... 环境影响如何以及何时会改变脑皮质？具有出生体重差异的双胞胎的实验培训研究 通过工程模式识别受体增强植物的广谱抗性 鉴定在上皮卵巢癌中具有治疗价值的新型RAN GTPase的抑制剂 细胞周期蛋白A/B RXL大环抑制剂以高E2F活性治疗癌症 DNA甲基化与转录噪声相关，响应于东部牡蛎（Crassostrea virginica）的PCO2升高 2分析：用于分析二维空间中脂质膜和生物聚合物的工具箱 全基因组CRISPR敲除屏幕揭示了猪基因组中必需基因的景观 细胞N-米尔司他酰转移酶是乳腺癌繁殖1 的必需 使用CRISPR-CAS12A 在DNA信息存储中随机消毒
105，也可以根据CC0许可使用。（未通过同行评审认证）是作者/资助者。本文是美国政府的工作。不受此前版本的版权持有人的版权，该版本于2024年6月11日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.14.571787 doi：Biorxiv Preprint
宏基因组中细菌和古细菌DNA患病率的大规模估计揭示了生物群特异性模式
宏基因组通常包含许多来自真核生物的读物。但是，通常没有17种可靠的方法来估计18个元素组中非微生物读数的普遍性，迫使许多分析技术使所有读取都是微生物的经常构成假设19。例如，元基因组组装的20个基因组（MAG）恢复工作的成功是根据映射到21个恢复的MAG的读数的数量来评估的，如果存在真核生物22读，该程序将低估真正的保真度。在这里，我们介绍了“ Singlem Microbial_fraction”（SMF），这是一种可伸缩的23算法，可稳健地估计24元组的细菌和古细菌读数的数量，以及平均微生物基因组大小。SMF不使用真核25参考基因组数据，可以应用于任何Illumina Metagenome。基于26个SMF，我们提出了“域调整的映射率”（DAMR）作为改进的27公制，以评估从元基因组中回收的微生物基因组回收率。我们在模拟和真实数据上基准为28 SMF，并证明DAMR可以指导基因组29恢复。将SMF应用于136,284个公开可用的元基因组，我们报告了30个微生物分数和微生物特异性的微生物31丰度模式的实质性变化，从而提供了有关微生物和真核生物如何分布在地球上的32个。最后，我们表明，大量的人类宿主33个DNA序列数据已存放在公共元基因组存储库中，34可能反对在35释放之前对这些阅读进行筛选的道德指令。38随着宏基因组测序的采用持续增长，我们预计36 SMF是评估基因组恢复工作的宝贵工具，以及37个全球微生物分布模式的恢复。