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从尼日利亚纳萨拉瓦州的人类肠道微生物组中分离出的假单胞菌的元基因组组装基因组
尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。 两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。 关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。 本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授尼日利亚纳萨拉瓦州卡鲁大学科学学院生物化学系，尼日利亚纳萨拉瓦州，与：oluchukukwu.anunobi@binghamuni.edu.edu.ng; 07034439524; ORCID: 0000-0003-2047-5313 Abstract: The metagenome-assembled genome (MAG) sequences of Pseudomonas putida PP14A and PP20A were obtained by metagenomic sequencing from the gut microbiomes of a female and a male patient both 24 years old from the same household presenting to a health outreach laboratory with complaint of headache, and occasional diarrhoea in尼日利亚纳萨拉瓦州马拉拉巴。两个PP MAG之间观察到的系统发育关系与其他假单胞菌SPP MAG之间观察到了从人类的人类活动和迁移到pseudomonas putida的全球传播。关键字：假单胞菌，元基因组组装的基因组，肠道微生物组，毒力，系统发育，2024年6月12日获得；修订（加快）2024年6月17日； 2024年6月24日接受版权2024 AJCEM开放访问。本文根据创意共享损耗4.0国际许可证 主编：S。S. Taiwo教授主编：S。S. Taiwo教授
四倍体中国樱桃（Prunus pseudocerasus）的单倍型解析基因组组装为果实硬度提供了见解
中国樱桃（Prunus pseudocerasus）是中国主要的核果作物之一，具有十分重要的意义。然而，由于缺乏高质量的基因组资源，人工改良其性状和遗传分析具有挑战性，这主要归因于难以解析其四倍体和高度杂合的基因组。在此，我们使用 PacBio HiFi、Oxford Nanopore 和 Hi-C 组装了品种‘诸暨短柄饼’的染色体水平、单倍型解析基因组，包含 993.69 Mb，组装成 32 条假染色体。单倍型内比较分析揭示了广泛的基因组内序列和表达一致性。系统发育和比较基因组分析表明，P. pseudocerasus 是一个稳定的同源四倍体物种，与野生的 P. pusilliflora 密切相关，两者大约在 1834 万年前分化。与其他李属植物类似，樱桃也经历了一次常见的全基因组复制事件，该事件发生在大约 1.3996 亿年前。由于果实硬度低，樱桃不适合长距离运输，从而限制了其在中国的快速发展。在成熟果实阶段，樱桃品种‘诸暨短柄梨’的硬度明显低于樱桃品种‘黑珍珠’。硬度的差异归因于果胶、纤维素和半纤维素含量变化的程度。此外，比较转录组分析发现了两个参与果胶生物合成的基因 GalAK-like 和 Stv1，这可能是造成‘诸暨短柄梨’和‘黑珍珠’果实硬度差异的原因。PpsGalAK-like 和 PpsStv1 的瞬时转化会增加原果胶含量，从而提高果实硬度。我们的研究为中国樱桃功能基因组学研究和重要园艺性状的提升奠定了坚实的基础。
呼吁物理科学专业两名初级小组组长...
目前，IPCdF 拥有法国学院 Jean Dalibard、Antoine Georges、Marc Henneaux 和 Jean-François Joanny 教授教席、Michel Brune 研究团队以及由 IPCdF 年轻研究员 Benoît Fauqué、Alexei Ourjoumtsev 和 Marco Schiro 领导的年轻研究员团队。法国学院还拥有化学和生物实验室，并且毗邻许多高水平研究机构。欢迎与这些机构开展跨学科或合作项目。本次征集将特别关注凝聚态物理、统计物理、无序系统、软物质和生物物理、量子气体、量子信息和量子光学等领域。
无性异源多倍体根结线虫的分阶段染色体规模基因组组装揭示了复杂的亚基因组结构
我们展示了异源多倍体根结线虫Meloidogyne javanica的染色体级基因组组装。我们发现M . javanica基因组主要是异源多倍体，包含两个亚基因组A和B，最有可能起源于两个祖先亲本物种的杂交。使用全长非嵌合转录本、与参考数据库的比较和从头算预测技术对组装进行了注释，并使用祖先k聚体谱分析对亚基因组进行了分阶段。亚基因组B似乎显示染色体重叠群的分裂，虽然亚基因组之间存在大量同源性，但我们还确定了缺乏同源性的区域，这些区域可能在杂交之前或之后在祖先基因组中发生了分化。这种带注释和分阶段的基因组组装为了解这些全球重要植物病原体的起源和遗传学提供了重要资源。
染色体规模的基因组组装，粗糙的littorina saxatilis
潮间带腹足动物Littorina saxatilis是研究物种形成和局部适应的模型系统。反复出现的不同生态型表现出不同水平的遗传差异使得萨克萨蒂利乳杆菌特别适合研究相同谱系中形成连续性的不同阶段。一个主要发现是存在与生态型差异相关的几种大染色体反转，并且该物种提供了一种系统来研究反演在这种差异中的作用的系统。萨克萨蒂利乳杆菌的基因组为1.35 GB，由17个染色体组成。该物种的第一个参考基因组是使用Illumina数据组装的，高度碎片（N50的44 kb），非常不完整，Metazoan数据集的BUSCO完整性为80.1％。一个全同胞家族的连锁图将587 MBP的基因组的放置放在17个连锁基团中，与单倍体数量相对应，但该参考基因组的分散性质限制了对divergent选择和在生态型形成过程中的相互作用的理解。在这里，我们提出了一个新生成的参考基因组，该基因组高度连续，n50为67 Mb，占总组装长度的90.4％，占17个超级折叠术。它也高度完成了BUSCO的完整性，占后生数据集的94.1％。此新参考将允许研究与生态型形成有关的基因组区域，并更好地表征反转及其在物种物种中的作用。
使用长阅读组装，融合和合并方法，来自人类肠道菌群的高度精确的元基因组组装基因组
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（本版本发布于2024年5月11日。; https：//doi.org/10.1101/2024.05.10.10.593587 doi：biorxiv Preprint
基因组组织和植物多样性
被子植物既是地球上占主导地位的植物群，又是农业的基石，其丰富的多样性与独特的进化历史密不可分。本文，我们探索被子植物基因组组织与植物多样性之间的相互作用，借助从遗传连锁图谱到基因调控分析等基因组学方法。植物遗传硬件的共性使得比较基因组学成为可能，它提供了被子植物进化的广阔图景，并揭示了一般过程和特定因素对植物多样性的贡献。我们认为，植物基因组的硬件（无论是内容还是动态）都是由选择决定的，因为植物和动物（如玉米和人类）在基因调控方面存在相当大的差异，而这两个生物的基因组大小和基因数量相当。它们独特的基因组内容和动态可能在一定程度上反映了植物的不确定发展，这对基因调控的要求与动物截然不同。植物基因组的反复多倍化和单个基因的增殖，以及广泛的重排和差异保留，为选择形态和/或生理变异提供了丰富的原材料，这些变异赋予了特定生态位的适应性，无论是天然的还是人工的。这些发现表明，可用于增加植物生物学知识和修改选定植物以更好地满足人类需求的新兴信息正在蓬勃发展。
高质量基因组组装使得能够预测等位基因...
1 北京林业大学生物科学与技术学院, 国家林木育种与生态修复工程研究中心, 林木分子设计育种北京市高精尖创新中心, 林木育种国家工程实验室, 林木园林植物遗传育种教育部重点实验室, 北京 100083 2 山东省农业科学院作物种质资源研究所, 作物遗传改良与生理生态重点实验室, 济南 250100 3 广东省农业科学院水稻研究所, 农业农村部南方优质水稻遗传育种重点实验室 (省部共建) , 广东省水稻育种新技术重点实验室, 广州 510640 4 宁夏大学农学院, 银川 750021 5 云南省水稻遗传改良重点实验室中国科学院昆明植物研究所东亚植物多样性与生物地理学重点实验室极小种群植物综合保护重点实验室，云南昆明 650201 6 山东农业大学林学院，山东泰安 271000 7 于默奥大学生态与环境科学系于默奥植物科学中心，瑞典于默奥 SE-901 87 8 不列颠哥伦比亚大学林业与保护科学系，加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华，V6T 1Z4 9 图能森林遗传研究所，德国格罗斯汉斯多夫 22927 10 根特大学植物生物技术和生物信息学系，比利时根特 9052 11 VIB 植物系统生物学中心，比利时根特 9052 12 微生物生态学和基因组学中心，比勒陀利亚大学生物化学、遗传学和微生物学系，比勒陀利亚 0028，南非 13 南京农业大学园艺学院，高等交叉研究院，南京 210095，中国 14 于默奥植物科学中心，植物生理学系，于默奥大学，SE-901 87 于默奥，瑞典 15 森林与森林科学系，Faculté de林业，地理与地理，拉瓦尔大学，魁北克，QC G1V 0A6，加拿大
高质量基因组组装使得能够预测等位基因...
1 北京林业大学生物科学与技术学院, 国家林木育种与生态修复工程研究中心, 林木分子设计育种北京市高精尖创新中心, 林木育种国家工程实验室, 林木园林植物遗传育种教育部重点实验室, 北京 100083 2 山东省农业科学院作物种质资源研究所, 作物遗传改良与生理生态重点实验室, 济南 250100 3 广东省农业科学院水稻研究所, 农业农村部南方优质水稻遗传育种重点实验室 (省部共建) , 广东省水稻育种新技术重点实验室, 广州 510640 4 宁夏大学农学院, 银川 750021 5 云南省水稻遗传改良重点实验室中国科学院昆明植物研究所东亚植物多样性与生物地理学重点实验室极小种群植物综合保护重点实验室，云南昆明 650201 6 山东农业大学林学院，山东泰安 271000 7 于默奥大学生态与环境科学系于默奥植物科学中心，瑞典于默奥 SE-901 87 8 不列颠哥伦比亚大学林业与保护科学系，加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华，V6T 1Z4 9 图能森林遗传研究所，德国格罗斯汉斯多夫 22927 10 根特大学植物生物技术和生物信息学系，比利时根特 9052 11 VIB 植物系统生物学中心，比利时根特 9052 12 微生物生态学和基因组学中心，比勒陀利亚大学生物化学、遗传学和微生物学系，比勒陀利亚 0028，南非 13 南京农业大学园艺学院，高等交叉研究院，南京 210095，中国 14 于默奥植物科学中心，植物生理学系，于默奥大学，SE-901 87 于默奥，瑞典 15 森林与森林科学系，Faculté de林业，地理与地理，拉瓦尔大学，魁北克，QC G1V 0A6，加拿大
马尔贝克葡萄品种的二倍体基因组组装使得能够对克隆表型变异背后的转录组差异进行单倍型感知分析
为了保留其品种属性，已建立的葡萄品种（Vitis vinifera L. ssp. vinifera）必须进行克隆繁殖，因为它们的基因组是高度杂合的。马尔贝克是一种源自法国的品种，因生产高品质的葡萄酒而受到赞赏，是品种 Prunelard 和 Magdeleine Noire des Charentes 的后代。在这里，我们将 PacBio 长读段三重合并到从父母遗传的两个单倍体补体中，构建了马尔贝克的二倍体基因组组装。经过单倍型感知的重复数据删除和校正后，获得了两个单倍相的完整组装，且单倍型转换错误率非常低（< 0.025）。单倍相比对确定了 > 25% 的多态性区域。基因注释（包括 RNA-seq 转录组组装和从头算预测证据）导致两个单倍相的基因模型数量相似。利用注释的二倍体组装体对四个表现出浆果组成特征差异的马尔贝克克隆种质进行转录组比较。使用任一单倍体作为参考对成熟果皮转录组进行分析，得到了相似的结果，尽管观察到了一些差异。特别是，在仅以 Magdeleine 遗传单倍型为参考鉴定的差异表达基因中，我们观察到假设的半合子基因的过度表达。克隆种质 595 的浆果花青素含量较高，与脱落酸反应增加有关，可能导致观察到的苯丙烷代谢基因的过度表达和与非生物应激反应相关的基因的失调。总体而言，结果强调了生产二倍体组装体的重要性，以充分代表高度杂合的木本作物品种的基因组多样性并揭示克隆表型变异的分子基础。