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纳米管的持续增长 - 逐个组装-DNA- ...
人工生物分子纳米管是一种有前途的方法，可以建立模仿细胞细胞骨架能力生长和自我组织动态的材料。核酸纳米技术已经证明了各种自组装纳米管具有与实际细胞骨架成分的可编程，可靠的特征和形态学相似性。他们的产量通常需要热退火，这不仅与生理条件不相容，而且还阻碍了持续生长和动态自组织的可能性。在这里，我们报告了DNA纳米管，这些纳米管从恒定的室温下的五个短DNA链的简单混合物中进行自组装，并且在延长时间内可持续生长的能力显着。The assembly, done in a monovalent salt buffer (here, 100 mM NaCl), ensures that the nanoscale features of the nanotubes are preserved under these isothermal conditions, enabling continuous growth up to 20 days and the formation of individual nanotubes with near flawless arrangement, a diameter of 22 ± 4 nm, and length of several tens of micrometers.我们证明了单价阳离子以实现此类特性的关键作用。我们最终将链封装在微型隔室中，例如油中的微粒和巨型Unilamellar囊泡，它们用作简单的细胞模型。值得注意的是，纳米管不仅在这些条件下等温管生长，而且还会自组织为动态的高阶结构，例如环和动态网络，表明可以从持续生长和限制的结合中出现类似细胞骨架的特性。我们的研究提出了一种工程生物分子支架和材料的方法，以表现出持续的动态和栩栩如生的特性。
生物信息学实验室 - 基因组装
即使使用SNP搜索工具，我们也不能依靠提出的变体。有一些结核分枝杆菌基因组的区域很难有效地映射，例如高度重复的PE / PPE / PGRS基因和IS（插入序列位点）。此外，当我们的样品中出现插入或缺失（Indel）相对于参考时，它可能会导致独特的核苷酸的假变体显得靠近Indel。最后，如果很少有序列映射到参考基因组的区域，这要么是由于缺失序列或由于基因组区域中的GC含量高，因此我们无法确定这些变体的鉴定质量。“ TB变体过滤器”工具可以根据各种标准（包括上面列出的标准）帮助过滤变体。
患者来源的异种移植或类器官在肿瘤免疫治疗的传统和自组装药物研发中的应用
除了免疫检查点抑制剂的快速发展，自组装免疫治疗药物的研发也呈现井喷态势。根据免疫靶点，传统肿瘤免疫治疗药物分为五类，即免疫检查点抑制剂、直接免疫调节剂、过继细胞治疗、溶瘤病毒和癌症疫苗。此外，精准度和环境敏感性更高的自组装药物的出现为肿瘤免疫治疗提供了一种很有前景的创新途径。尽管肿瘤免疫治疗药物研发进展迅速，但所有候选药物都需要进行临床前安全性和有效性评估，而常规评估主要采用二维细胞系和动物模型，这种方法可能不适合免疫治疗药物。而患者来源的异种移植和类器官模型保留了肿瘤病理异质性和免疫性。
酿酒酵母和新兴酵母菌种合成生物学工具和组装方法的标准化
摘要：利用工程原理重新设计生物体是合成生物学 (SynBio) 的目的之一，因此实验方法和 DNA 部件的标准化变得越来越必要。专注于酿酒酵母工程的合成生物学界一直处于这一领域的前沿，构想出了几种被该界广泛采用的特征明确的合成生物学工具包。在本综述中，我们将讨论为酿酒酵母开发的分子方法和工具包对所需标准化工作的贡献。此外，我们还回顾了为新兴非常规酵母物种设计的工具包，包括解脂耶氏酵母 (Yarrowia lipolytica)、Komagataella phaffii 和马克斯克鲁维酵母 (Kluyveromyces marxianus)。毫无疑问，这些工具包中强调的特征化 DNA 部件与标准化组装策略相结合，极大地促进了许多代谢工程和诊断应用等的快速发展。尽管在常见酵母基因组工程中部署合成生物学的能力不断增强，但酵母界在生物自动化等更复杂、更精细的应用中还有很长的路要走。关键词：标准化、特性、生物部件、酵母工具包、合成生物学、自动化
染色体规模的基因组组装提供有关黑麦生物学，进化和农艺潜力的见解
自动：Rabanus-Wallace，M。Timothy； Mascher，马丁；勒克斯，托马斯；柳条，托马斯；甘德拉赫（Heidrun）； Baez，Mariana； Houben，Andreas； Mayer，Claus F.X.;郭，梁丽安格；波兰，杰西； Pozniak，Curtis J。； Walkowiak，肖恩； Melonian，乔安娜； Praze，Coraline R。； Schreiber，Mona； Budak，Hykmet；马蒂亚斯；转向，伯克哈德；沃尔夫，布兰德； Börner，Andreas；拜恩斯，布鲁克； Jana的Čížková； Fowler，D。Brian；弗里茨，艾伦；希梅尔巴赫，阿克塞尔； Kaithacotyl，Gemy； Keilwagen，Jens；凯勒（Keller），击败；音乐会，大卫；拉尔森，杰米； Li，Qiang; Myo，Beata；萨德哈尔人Padmarasu；拉瓦特，尼迪； sess，uğur;生活方式 - 卡亚，塞兹吉；夏普，安迪； Šimcová，哈纳；小，伊恩；大卫·斯瓦布雷克（Swarbreck）；海伦娜;纳塔利亚； Voylocov，Anatoly v。; Vrána，Jan；鲍尔，夏娃； Boliboc-Boliboc-Ska，Hanna； Doležel，Jaroslav；霍尔，安东尼；吉亚（Jizeng）；康沃尔，维克多；拉罗克（Laroch），安德鲁（Andrew）；好吧，Xue-Fengence；奥尔顿，弗兰克； Özkan，Hakan；莫妮卡的Racozy-Trojanowska； Scholz，UWE；舒尔曼，艾伦·H。 Seekmann，Dörthe； Stojałowski，Stefan； Tiwari，Vijay K。； Spannangle，Manuel；斯坦，尼尔斯
组装金属超水的化学模板
ecent di sc o of tal s tal s up h y d r d r d i d i d i d e es p r o v id e a n e n e n e n e w r om om to r oom -te m p eary tu e e e e e e e e erc ondu o to to to rs to rs。How ever , th e i r s t r u c tu re t re nd s a nd th e c h e mi ca l d r i v ing fo rce n ee d e d to di ss o c i a t e H 2 a nd fo rm H c o va l e nt n e two rk ca nno t b e explained b y di rec t me t a l-h y d r og e n bond s .here，如何将其构成，以征求意见。By a n a l y zing high-th r oughput ca l c ul a tion res ult s of me t a l s acr o s s t h e pe r iodi c tabl e a nd in var iou s l a tti ces , w e s how th a t, a ft er rem o v ing H, th e rema ining me tal l a t t i ces ex hibit l ar g e e l ec t r on o cc up a n n a a a a a t e c int ect i a l o a ls a ls a ls a llentl y to tti ces and tti ces and tti ces and t e i r w ave fun c tion s li ke li ke a te m p te m pl a t te m pl a t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t te t t t t te m pl a t te。fu r therm o re，在3 d ar o ma ti c构建单位的s i s tti c e s c上，在a r e g e g e e tabiliz e d b y c y c h em i ca e em i ca l t em t em t e em t e em t e e e t a e e t a l s n ear t e s s s s s -d b b b b d b r d er th e t e e t e e s the。Thi s th e or y can n a tu ra ll y ex pl a in th e s t a bilit y a nd s t r u c tu re t re nd s of s up er h y d r id es a nd gr eat l y enhance th e e ffi c i e n cy of p re di c ting n e w ma t er i a l s , s u c h as two-m eta l supe r h y d r id es .
捕获与阿尔茨海默病相关的瞬时肽组装体 淀粉样β蛋白寡聚化的天然质谱研究 Nicklas Öst
摘要 蛋白质的正确折叠对于维持功能性活细胞至关重要。因此，蛋白质的错误折叠和聚集与多种疾病有关，其中非天然分子间相互作用形成具有低自由能的大型高度有序的淀粉样蛋白聚集体。一个例子是阿尔茨海默病 (AD)，其中淀粉样蛋白-β (Aβ) 肽聚集成淀粉样蛋白原纤维，这些原纤维在 AD 患者的大脑中沉积为神经斑块。淀粉样蛋白原纤维的成核是通过形成较小的成核前簇（即所谓的低聚物）进行的，这些低聚物被认为具有特别的毒性，因此在 AD 病理学中具有潜在重要性。Aβ 聚集的详细分子机制知识对于设计针对这些过程的 AD 治疗非常重要。然而，由于低聚物物种的丰度低且多分散性高，因此很难通过实验研究它们。本文使用自下而上的生物物理学在受控的体外条件下研究了 Aβ 低聚物。主要使用天然离子迁移质谱法研究高纯度重组 Aβ 肽，以监测水溶液中低聚物的自发形成。质谱法能够分辨单个低聚物状态，而离子迁移率则提供低分辨率结构信息。这与其它生物物理技术以及理论建模相辅相成。还研究了调节内在因素（如肽长度和序列）或外在因素（如化学环境）的低聚物。研究了与两个重要的生物相互作用伙伴的相互作用：伴侣蛋白和细胞膜。我们展示了 Aβ 低聚物如何组装并形成可能与继续生长为淀粉样蛋白原纤维有关的延伸结构。我们还展示了不同的淀粉样蛋白伴侣蛋白如何与不断增长的聚集体相互作用，从而改变和延迟聚集过程。这些相互作用取决于伴侣和客户肽中的特定序列基序。另一方面，膜模拟胶束能够稳定 Aβ 寡聚体的球状致密形式，并抑制形成淀粉样纤维的延伸结构的形成。这可能有助于体内毒性物质的富集。与膜模拟系统的相互作用被证实高度依赖于 Aβ 肽异构体和膜环境的特性，例如头部电荷。还展示了如何添加设计的小肽结构来抑制膜环境中 Aβ 寡聚体的形成。