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Motus：分类分类学组成，转录活性和微生物群落的应变种群
Motu Profiler或Short Motus是一种软件工具，可以从分类学组成，代谢活性成员的丰富性以及菌株群体的多样性方面对微生物群落的生产。为此，它维护了单拷贝系统发育标记基因序列的数据库，该数据库被用作参考，简短读取的元基因组和元文字读数被映射为识别和定量微生物分类群。在这里，我们描述了两个基本协议中最常见的MOTU剖面用例。其他支持协议提供有关其安装和深入指南的信息，以调整其设置，以增加或降低检测和量化分类单元的严格度，以及用于自定义输出文件格式。提供了解释分析结果的指南，以及有关独特功能，方法学细节和工具的开发历史的其他信息。©2021作者。Wiley Perigonicals LLC发布的当前协议。
在生物膜中开发微生物群落和混合反应器中的活化污泥
微生物在生物废水处理中起关键作用。由于各种微生物结构的不同条件，生物质形式的形式决定了有机化合物转化的效率和机制。但是，比较生物膜和活性污泥中微生物群落的研究结果经常发生冲突。因此，本研究比较了使用16S rRNA测序的杂种反应器中生物膜中细菌群落和活化污泥的组成和发展。统计分析包括鉴定生物膜特征和活性污泥，α和β多样性分析以及网络分析的分类单元。这些分析表明，生物膜细菌群落比激活的污泥社区更丰富，更多样化。在生物膜中的平均数量为1614，而活化污泥的平均数为993，而CHAO1（1735 vs. 1105）和Shannon（5.3 vs. 4.3）生物多样性指数的平均值显着更高。生物膜是硝化剂（例如硝基瘤，硝基螺旋体）和磷积聚生物体（Candidatus累积）的更好环境。生物膜共发生网络中的细菌彼此之间具有更多的连接（基于Spearman的等级相关系数），这表明它们的相互作用比活性污泥中的相互作用更多。
海水环境中嗜盐微生物群落的系统发育和功能多样性
位于埃及北西奈的 El-Rawda 太阳能盐场是由 Bradawil 泻湖的水蒸发形成的。蒸发导致石膏、岩盐矿物和盐滩的沉淀，随后覆盖泻湖的南部和东部地区。本研究采用散弹枪宏基因组学方法、illumine 平台和生物信息学工具来研究太阳能盐场中嗜盐微生物群落的分类组成和功能多样性。从盐水样本中获得的宏基因组读数与从沉积物样本中获得的读数相比数量更多。值得注意的是，盐水样本的主要特征是古菌丰富，而沉积物样本则以细菌为主。这两个样本的真核生物丰度都相对较低，而病毒只在盐水样本中发现。此外，功能途径的比较分析显示盐水和沉积物样本中存在许多与中心代谢和蛋白质加工相关的重要过程。简而言之，这项研究对了解埃及嗜盐生态系统做出了宝贵贡献，提供了对其微生物多样性和功能过程的深入了解。
在暴露于广谱氢氧化铜的烟草生态系统中微生物群落的反应
氢氧化铜是一种广谱铜杀菌剂，通常用于控制作物真菌和细菌性疾病。除了控制靶向病原体外，氢氧化铜还可能影响植物层生态系统中其他非靶向微生物。在施用杀菌剂后的四个时间点（在喷涂之前和5、10和15天之前），通过使用Illumina高通量测序技术和生物学工具研究了患病和健康的烟草微生物微生物对氢氧化铜应激的反应。结果表明，健康群体的微生物组社区比疾病组更受影响，而真菌群落比细菌群落更敏感。疾病组中最常见的属是替代植物，波兰菌，cladosporium，pantoea，ralstonia，pseudomonas和sphinghomonas;在健康组中，这些是替代人，cladosporium，symmetrospora，ralstonia和pantoea。喷涂后，健康和患病组的真菌群落的α多样性在5天后下降，然后显示出越来越多的趋势，健康组在15天时显着增加。健康和患病群体中细菌群落的α多样性在15天时增加，而健康的组有显着差异。在健康和患病的叶片的真菌群落中，替代品和cladosporium的相对丰度降低了，而波动脉症，stagonosporopsis，Symmetroppora，Epicoccum和Phoma的相对丰度则增加。Pantoea的相对丰度首先减少，然后增加，而Ralstonia，Pseudomonas和Sphingomonas的相对丰度首先增加，然后在健康和患病的叶片的细菌群落中减少。虽然氢氧化铜降低了致病真菌替代性和cradosporium的相对丰度，但它也导致有益细菌（例如放线菌和Pantoea）的降低，并增加了潜在的病原体，例如波里米亚和稳定性。用氢氧化铜处理后，患病组的代谢能力得到了改善，而健康组的代谢能力得到了显着抑制，随着应用时间的延长，代谢活性逐渐恢复。结果揭示了在氢氧化铜应激下，微生物群落组成和健康和患病的烟草的代谢功能的变化，为未来对植物层的微生态保护的研究提供了理论基础。
欧洲城市绿色地区的植物层细菌群落与城市强度有关
摘要植物层拥有一个多样化和特定的细菌群落，从而影响了植物健康和生态系统功能。在这项研究中，我们研究了城市绿色地区的连通性和规模对植物层细菌群落的组成和多样性的影响。herto，我们评估了233个Platanus X Acerifolia和Acer Pseudoplatanus树的植物层细菌群落的多样性和组成，整个欧洲六个城市中的77个城市绿色地区。城市之间的社区组成和多样性显着差异，但仅在树种之间有限的程度。我们可以证明，城市强度与腓骨细菌的社区组成显着相关。尤其是，在50个最丰富的家族中有29个相对丰度与城市强度之间发现了显着相关性：经典的浮圈家族（例如乙酰杆菌科，planctctyctomycetes和beijerinkiaceae）的丰富性随着城市强度而降低（即在更绿色，较低的空气污染和较低温度的地区更丰富，而与人类活动有关的地区（例如肠杆菌科和芽孢杆菌科）随着城市强度的增加而增加。这项研究的结果表明，欧洲城市中的细菌群落与城市强度有关，这种影响是由几种组合应力因素介导的。
有机肥料对土壤微生物群落结构和碳和氮矿化具有更大的影响
农业生态系统是地球上最大的人工生态系统，可提供全球66％的粮食供应。土壤微生物是用于碳和营养循环的发动机。然而，雨养农业生态系统中的受精和种植模式介导的土壤微生物群落结构以及碳和氮转化的驱动机制尚不清楚。该研究是在中国山西省的Changwu农业生态实验站进行的。设计了七种不同的施肥和种植模式。使用磷酸盐脂肪酸（PLFAS）来探索受精和镀层模式对土壤微生物群落结构的影响以及与土壤碳和氮的关系。结果表明，处理之间的土壤物理和化学特性存在显着差异。有机肥料显着增加了土壤碳和氮，并减少了土壤pH值。小麦和玉米旋转处理中总PLFA和微生物基团的含量最高。与种植模式的变化相比，有机肥料对PLFA含量和土壤生态过程的影响更大。土壤微生物群落结构与土壤有机碳（SOC），总碳（TC），总氮（TN）和总磷（TP）具有显着正相关。与施用NP肥料相比，使用有机肥料显着提高了土壤呼吸率和矿化氮含量，同时降低了土壤微生物生物量碳（MBC）。相关分析表明，土壤呼吸与SOC和TP显着相关，并且矿化氮与SOC，硝酸盐氮，TN和MBC显着呈正相关。结构方程模型（SEM）表明，土壤呼吸速率受到TC的显着积极影响，并受到SWC的负面影响，并解释了63％，而矿化氮显着受到TN的影响，并解释了总方差的55％。
生态位印记了忍冬属植物微生物群落的结构和网络
植物相关微生物群由多种但分类结构不同的群落（如细菌、真菌和古菌）组成，被认为是宿主植物的第二基因组，在不同植物物种之间存在差异（Brown 等人，2020 年）。植物与微生物之间的相互作用赋予植物宿主适应性优势，包括养分循环、促进生长、抗逆性和抗病原体性（Trivedi 等人，2020 年）。最近针对根系和根际土壤的研究表明，微生物群落的组装和结构受各种生物和非生物因素的影响，包括植物遗传和年龄、土壤类型和土壤特性（如 pH 值和营养物质）（Yu 等人，2018 年）。据报道，微生物群落的组装和网络
揭示了人类尿液受精对土壤细菌群落的影响：可持续施肥的道路
使用人尿作为农作物肥料，由于其潜在的好处引起了兴趣，但其应用对尿液如何影响土壤功能和微生物群落有所了解。本研究旨在阐明土壤细菌群落对用人尿液施肥的反应。为此，菠菜作物被2种不同剂量的分离和储存的人类尿液（170 kg n ha-1 + 8.5 kg p ha-1和510 kg n ha-1 + 25.5 kg p ha-1），并与合成受肥（170 kg n ha-h ha-8.5 ka + p ha-5 k p ha-5 k p ha-1）相比根据随机块方案，在温室条件下在四个土壤罐中进行了实验。我们在开始时和土壤和植物特性的开始时评估了尿液和土壤细菌组成的地位，以了解细菌组成变化中的驱动因素。储存12个月后，尿液具有耗尽的微生物组，但仍然含有很少的尿液或粪便菌株。总体而言，土壤细菌群落对尿液施肥有抵抗力，只有3％的分类单元受到影响。然而，与合成肥料相比，尿液受精的硝化和反硝化基团的相对丰度，这意味着在用尿液施肥时可能会发出更多的n 2 o，而无需发出。尿液的高盐浓度对BAC群落几乎没有明显的影响。在更广泛的背景下，该实验提供了证据表明，一年储存的尿液可以应用于植物土壤系统，而不会在短期内对土壤细菌群落产生负面影响。
洞察变化环境中户外青铜器和大理石文物中的细菌群落
Andrea Timoncini、Federica Costantini、Elena Bernardi、Carla Martini、Francesco Mugnai、Francesco Paolo Mancuso、Enrico Sassoni、Francesca Ospitali、Cristina Chiavari，《对变化环境中户外青铜和大理石制品中细菌群落的洞察》，《整体环境科学》850 (2022) 157804，第 1-14 页。
土壤微生物群落的多样性和组成在中国东北部的三种土地使用类型
1 Heilongjiang省级寒冷地区生态恢复和资源利用的关键实验室，微生物学的主要实验室，工程研究中心农业微生物学技术中心，教育部，生命科学学院，海伦吉安根省海伦吉安根省，海伦吉安根大学，Harbin Harbin 15008080，中国Harbin 15008080； wangshenzheng2000@163.com（S.W.）; WMY022234@163.com（M.W。）; agaoxin0218@163.com（X.G.）; puwenmiao@163.com（p.m.）; tianronghaise@hlju.edu.cn（X.W.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。 ）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.） 4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S. ）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）2 Harbin 150088，Harbin 150088，Heilongjiang省自然资源权利和利益调查与监测研究所； kjydas2023@126.com 3自然与生态研究所，海伦吉安科学院，中国哈尔滨150001； liuyingn234@163.com（y.l。）; zhangrongtao14@163.com（R.Z.）4瑞士联邦森林，雪和景观研究WSL，8903 Birmensdorf，瑞士伯曼多夫5号的5关键实验室，在长贝山区，教育部，地理科学院，东北师范大学，北部师范大学，乔纳130024，Chind Chinder Schoolive of Condres of Science of Condrication of Condrication of School of Scient xinsui_cool@126.com（X.S.）; maihe.li@wsl.ch（M.-H.L.）