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World File Search System聚合酶链式反应
加尔各答生物科技园 2022 运营指南和手册
1. DNA 测序仪和分析仪（3500 基因分析仪）- Applied Bio systems，型号：622-0010 2. 实时聚合酶链式反应机 - Applied Bio systems，型号：Step 1+ 实时 PCR 系统 3. 固体 4 分析仪 - Applied Bio-systems 4. 梯度热循环仪 (PCR) - Bio-Rad，型号：C 1000 5. ELISA 板读数仪（i MARK 微孔板读数仪）- Bio-Rad 6. 凝胶文档系统 - Bio-Rad 7. 快速蛋白质液相色谱纯化 (FPLC) 系统 Akta 纯化器 - GE BOX 900 8. UV-VIS 分光光度计 – Shimadzu，型号：UV-2450 9. 三目倒置显微镜 – Nikon，型号：ELWD0.3/OD 75 10. 台式冷冻离心机 - Thermo Scientific 11. 落地式冷冻离心机 - Beckman coulter 12. 二氧化碳培养箱 - New Brunswick 13. 垂直 -85˚C 深度冷冻机 - New Brunswick 14. 离心机 - Eppendorf，型号：5810 R 15. 寡核苷酸合成仪 Polyplex - Dig lab，型号：PPX019 16. BOD 培养箱 - IKON Instruments 17. 冷冻机（垂直 -20°C）- Vestfrost 18. 冷冻机（垂直 4°C） 19. 卧式冷冻机（2 个） 20. 冷冻机（垂直） 21. 水浴
DNA 作为数据存储
1. 编码。通过将独特的 DNA 核苷酸组合分配给特定的二进制位来编码信息。为了防止编码重复序列（这很难准确排序），通常使用两个或多个核苷酸来编码一个信息位。2. DNA 合成（写入数据）。DNA 由 A、T、G 和 C 核苷酸按照与编码数据相对应的序列构成。3. DNA 存储。通过封装和在稳定的温度下（从室温到 -80°C）存储，DNA 可防止降解和代码错误（通常由紫外线、湿气和氧气等环境因素引起）。4. 检索和 DNA 测序（检索和读取数据）。DNA 通常通过聚合酶链式反应 (PCR) 扩增，然后进行测序以确定核苷酸的顺序。正在开发新方法（例如“随机访问”检索），以避免在只需要部分信息时对整个 DNA 池进行测序的成本。方法可以使用“引物”选择性地靶向和扩增特定的 DNA 数据序列，或使用“条形码”序列标记 DNA 的特定部分以便更快速地检索。5. 解码。测序的 DNA 被转换或“解码”为代表原始数据的二进制代码。解码之前，可以使用纠错算法来识别和纠正在合成、保存或测序步骤中可能引入 DNA 的错误。
原创研究筛选氧化还原库鉴定出治疗肝内胆管癌的抗肿瘤药物Hinokitol
目的：肝内胆管癌（ICC）是一种恶性程度高、异质性强、预后差的癌症，目前除手术切除外没有最佳治疗方法，切除后复发将因多药耐药而导致患者死亡。研究发现，氧化还原信号的改变与肿瘤细胞的生长和耐药性密切相关。因此，本研究旨在从氧化还原库中筛选小分子化合物，寻找抗ICC的药物并探索其下游机制。材料与方法：利用ICC细胞系的肿瘤克隆和球体形成实验以及小鼠ICC类器官增殖实验从氧化还原库中筛选候选药物。采用Western印迹、定量逆转录聚合酶链式反应（qRT-PCR）以及细胞凋亡和细胞周期流式细胞术分析探讨其作用机制。结果：通过抑制肿瘤克隆和肿瘤球形成，以及抑制癌症干细胞（CSC）相关基因的表达，我们发现Hinokitiol是候选药物。此外，Hinokitiol通过下调ERK和P38通路显著抑制ICC细胞增殖。此外，Hinokitiol和Palbociclib联合使用对人ICC细胞和小鼠ICC类器官均有显著的抑制作用。结论：Hinokitiol可能具有开发为ICC临床治疗药物的潜力。
扩增 DNA 用于遗传学研究 - PCR
聚合酶链式反应 (PCR) 技术的应用彻底改变了遗传学领域，使各种遗传学研究的 DNA 片段能够得到有效扩增。本章深入探讨了 PCR 在遗传学研究中的关键作用，阐明了其基本原理、技术和各种应用。本章首先全面介绍了 PCR 在遗传学研究中的重要性。它强调了 DNA 扩增在解开基因组秘密方面不可或缺的性质，使研究人员能够分析遗传变异、突变和遗传因素。历史概述追溯了 PCR 的演变，从它作为一种突破性技术的诞生到它在现代遗传学中的广泛应用。系统地解释了 PCR 反应的核心成分，包括 DNA 模板、引物、DNA 聚合酶和核苷酸，展示了驱动 DNA 扩增的复杂分子相互作用。扩增过程本身分为三个基本步骤：变性、引物退火和延伸。清晰的解释阐明了每个步骤的重要性以及成功扩增 DNA 所需的精确条件。本章深入探讨了引物设计的关键方面，强调了特异性和效率的必要性，以确保获得准确可靠的结果。此外，它还探讨了选择合适的 DNA 聚合酶，考虑了保真度、持续性和对抑制剂的抗性等因素。本章阐述了 PCR 在遗传学中的多功能性，概述了一系列应用。它阐述了 PCR 在遗传诊断中的应用，
ITDT 计划半年度监测报告...
BIRDC 香蕉产业研究与发展中心 BMAU 预算监测与问责单位 十亿 十亿 cDNA 互补 DNA CHTC 中国高科技公司 CLARF 中央实验室动物研究设施 CNC 计算机数控 COVAB 兽医学、动物资源与生物安全学院 COVID-19 冠状病毒病 DLG 区地方政府 DNA 脱氧核糖核酸 EAC 东非共同体 ELISA 酶联免疫吸附测定 GMP 良好生产规范 GoU 乌干达政府 HIG 人免疫球蛋白 HPLC 高效液相色谱法 IFMS 综合财务管理系统 ISO 国际标准化组织 ITDT 创新技术开发与转让 JCRC 联合临床研究中心 KMC 基拉汽车公司 LGs 地方政府 MAK-BRC 马凯雷雷大学生物医学研究中心 MDAs 部委、部门和机构 MFPED 财政、计划和经济发展部 MUST 姆巴拉拉科技大学 NDA 国家药品管理局 NDP 国家发展计划 NMR 核磁共振共振 NMS 国家医药商店 NRIP 国家研究和创新计划 NSTEIC 国家科学、技术工程、创新中心 NSTEI-SEP 国家科学、技术工程、创新和技能提升项目 OP 总统办公室 PIAP 计划实施行动计划 PRC 聚合酶链式反应 PRESIDE 总统流行病科学倡议 R&D 研究与开发 RNA 核糖核酸 RT-PCR 逆转录 PCR SARS-CoV-2 严重急性呼吸道综合症 冠状病毒 2 TIBIC 技术、创新和企业孵化中心
噬菌体开发的初步步骤......
摘要：p53 基因 (TP53) 替代疗法在癌症基因治疗中显示出良好的效果。然而，它的发展受到了阻碍，主要是因为所选的基因传递载体。CRISPR-Cas9 技术 (成簇的规律间隔的短回文重复序列/CRISPR 相关蛋白 9) 可以敲除突变的 TP53 (mutTP53)，但由于其体积较大，许多病毒载体并不适合或需要实施降低治疗效率的策略。在这里，我们介绍了一种具有靶向癌细胞能力的噬菌体或基于噬菌体的载体，旨在研究使用该载体在人肺腺癌细胞中传递 CRISPR-Cas9 转基因的可行性。首先，我们制作了一种携带 CRISPR-Cas9 转基因盒的肿瘤靶向噬菌体。接下来，我们通过定量聚合酶链式反应 (qPCR) 和菌落形成琼脂平板研究了对载体滴度的任何负面影响。最后，我们结合蛋白质印迹分析和免疫荧光染色来证明体外细胞转导。我们表明，针对肿瘤的噬菌体可以包装包含 CRISPR-Cas9 序列的大型载体基因组 (~10 kb)，而不会对活性或总数的噬菌体颗粒产生任何负面影响。然后，我们以有针对性和有效的方式检测了 Cas9 在人肺腺癌细胞中的表达。最后，我们证明了当 p53 gRNA 被整合到 CRISPR-Cas9 噬菌体 DNA 构建体中时，p53 蛋白表达会丧失。这些概念验证结果支持使用工程噬菌体进行肺癌的 TP53 替代疗法。
精神分裂症同卵双胞胎的线粒体 DNA 拷贝数和异质体不一致
精神分裂症 (SZ) 是一种严重、复杂且常见的精神疾病，具有高遗传性 (80%)、成人发病年龄和同卵双胞胎 (MZ) 中的高度不一致 (∼ 50%)。对家族性和非家族性病例的大量研究表明 SZ 中存在许多分离突变和从头改变，其中可能包括线粒体基因组的改变。然而，尚未发现单一的普遍致病变异，突显了其广泛的遗传异质性。本报告特别关注使用血液对一组独特的同卵双胞胎不一致 (MZD) 中 SZ 的线粒体基因组变化进行评估。将六对 MZD 双胞胎和两组父母 (N = 16) 的基因组 DNA 与 Affymetrix Human SNP Array 6.0 杂交，以评估线粒体 DNA 拷贝数 (mtDNA-CN)。对 MZD 对及其父母的子集进行了全基因组测序 (WGS) 和定量聚合酶链式反应 (qPCR)，并用于得出 mtDNA-CN 估计值。进一步分析了 WGS 数据以生成异质体 (HP) 估计值。我们的结果表明，正如预期的那样，配对内和母子差异的 mtDNA-CN 估计值小于涉及无关个体的比较。MZD 双胞胎的 mtDNA-CN 估计值不一致，并且在所有技术中 mtDNA-CN 差异的方向性一致。此外，qPCR 在基于相关性估计 mtDNA-CN 方面表现优于 Affymetrix。在 MZD 双胞胎之间未检测到可靠的 HP 差异。观察到的 MZD 内 mtDNA-CN 差异代表合子后体细胞变化，可能导致 MZ 双胞胎在疾病（包括 SZ）方面不一致。
益心颗粒通过抑制ADAMTS8表达减轻心力衰竭大鼠心肌炎症和纤维化
摘要 益心颗粒是从中药圣仙汤改良而来的药物，用于缓解气喘。扩张型心肌病患者心肌中ADAMTS8表达上调，其高表达与肿瘤坏死因子(TNF)-α和心肌纤维化有关。本研究旨在探讨益心颗粒对大鼠心力衰竭(HF)的影响及是否与ADAMTS8相关，为HF的治疗提供新思路。通过结扎左前降支冠状动脉建立HF大鼠模型，给模型大鼠注射腺相关病毒载体以过表达ADAMTS8和/或益心颗粒治疗4周，分别采用苏木精-伊红和Masson染色检测心肌损伤和纤维化。采用逆转录聚合酶链式反应、蛋白质印迹法和/或酶联免疫吸附试验检测心肌组织ADAMTS8、TNF-α、白细胞介素(IL)-1β、IL-6、I型胶原、III型胶原和α平滑肌肌动蛋白的表达。采用2,3,5-三苯基四氮唑氯化物染色测量大鼠心肌梗死面积。HF大鼠心肌中ADAMTS8表达上调。益心颗粒治疗可改善HF大鼠左心室收缩力，降低ADAMTS8表达，减轻心肌损伤、炎症和纤维化。ADAMTS8过表达加重心肌损伤、炎症和纤维化。此外，ADAMTS8过表达抵消了益心颗粒的心脏保护作用。益心颗粒可能通过抑制ADAMTS8的表达来减轻HF大鼠的心肌炎症和纤维化。（Int Heart J 2023; 64: 741-749）关键词：生仙汤，心肌梗死，心脏功能
解读急性上呼吸道感染的微生物群
先前或同时发生的上呼吸道（合并）感染会对下呼吸道疾病产生有害的传导作用。下呼吸道（合并）感染是全球发病率和死亡率的共同根源 [1]。人类上、下呼吸道感染的临床表现可能复杂且异质性强，因为病原体（即细菌、真菌、病毒和寄生虫）可以单独存在，也可以组合存在。例如，人们越来越多地认识到病毒-细菌（合并）感染的后果会影响社区获得性肺炎的表现和预后，并可深刻影响呼吸道疾病的伴随发展，经常导致需要重症监护 [2-6]。1 岁以下儿童、孕妇、老年人和免疫功能低下的宿主尤其容易受到影响。患有合并症的免疫功能正常的个体也面临更高的严重呼吸道感染风险，而这些感染往往需要重症监护 [7]。最近的 COVID-19 大流行进一步强调，病毒与真菌和细菌（合并）感染相结合时，往往会对人类健康产生毁灭性的影响 [8]。毫无疑问，呼吸道（合并）感染的负担是对全球健康的重大威胁，及时准确的诊断是普遍存在的必要性 [9,10]。考虑到抗生素耐药性微生物日益严重的普遍问题，对急性呼吸道（合并）感染进行快速准确的诊断在临床上非常重要，以降低长期（合并）感染的风险并提前应用针对病原体的特异性药物 [11,12]。例如，多重聚合酶链式反应 63 (PCR) 检测可在单一面板中对多种呼吸道病原体和抗菌素耐药性 (AMR) 标记物进行高级诊断，从而缩短诊断时间并减少
抗菌肽基因表达在药物治疗中的应用-...
双膦酸盐和地诺单抗是骨转移和骨质疏松症患者常用的抗吸收疗法。药物相关性颌骨坏死 (MRONJ) 是这些药物的严重副作用，感染被认为是一个促成因素。目前治疗 MRONJ 的方案效果有限，因此需要新的治疗策略。最近有报道称双膦酸盐可诱导抗菌肽 (AMP) 的表达，这是免疫系统的固有组成部分。因此，本研究的目的是研究和比较抗 RANKL 抗体地诺单抗和双膦酸盐对选定 AMP 基因表达的影响：人类 α -防御素-1、人类 α -防御素-3、人类 β -防御素-1 和人类 β -防御素-3。骨样本采集自接受双膦酸盐（n = 6）或地舒单抗（n = 6）治疗的 MRONJ 患者，以及未接受过影响骨代谢药物治疗的健康受试者（n = 6）。逆转录-定量聚合酶链式反应用于量化选定 AMP 的表达水平。接受地舒单抗治疗的患者的样本显示人类 α -防御素 3 和人类 β -防御素 3 的 mRNA 表达明显高于健康受试者。这一发现与之前描述的双膦酸盐治疗后 MRONJ 患者中人类防御素表达上调相似。这表明，防御素表达升高可能至少是抗吸收疗法诱发的骨坏死发病机制的一部分，可作为治疗 MRONJ 的新靶点。