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World File Search System聚合酶链式反应
分子杰作：利用 CRISPR 创造遗传学......
我们的探险之旅始于 20 世纪 50 年代詹姆斯·沃森、弗朗西斯·克里克和罗莎琳德·富兰克林对 DNA 结构的开创性发现。这一发现揭示了生命的蓝图，为揭开隐藏在我们基因中的秘密奠定了基础。快进到 20 世纪 80 年代，PCR（聚合酶链式反应）的发现带来了翻天覆地的变化。这项由凯里·穆利斯开创的技术使我们能够快速复制和扩增 DNA，为基因分析打开了一扇全新的大门。随后是人类基因组计划，这项伟大的事业于 2003 年达到顶峰，为我们提供了前所未有的人类基因构成图谱。这一成就不仅加深了我们对人类生物学的理解，还为未来的发现和创新奠定了基础。
使用核酸探针鉴定微生物 AHS – M2097
核酸杂交技术利用 DNA 双螺旋结构的互补特性将来自不同来源的 DNA 片段退火在一起。这些技术用于聚合酶链式反应 (PCR) 和荧光共振能量转移 (FRET) 技术来识别微生物 (Khan, 2014)。对可能用探针技术检测到的每种传染性病原体的讨论超出了本政策的范围。许多探针已组合成测试组。出于本政策的目的，仅审查单个探针。有关阴道炎念珠菌核酸鉴定的指导，请参阅 AHS-M2057- 阴道炎诊断，包括多目标 PCR 检测。相关政策 肝炎检测 AHS – G2036 莱姆病 AHS – G2143 病原体检测 AHS – G2149 常见性传播感染诊断检测 AHS – G2157 媒介传播感染检测 AHS – G2158 阴道炎诊断 AHS – M2057
工作组“NGS 和生物信息学”领域的组成部分 - Sigu
缩写：下一代测序 (NGS)、第三代测序 (TGS)、人类白细胞抗原 (HLA)、纯合区域 (ROH)、B 等位基因频率测序 (BAF)、全外显子组测序 (WES)、全基因组测序 (WGS)、质量控制 (QC)、插入和缺失 (InDels)、结构变异 (SV)、拷贝数变异 (CNV)、聚合酶链式反应 (PCR)、变异调用格式 (VCF)、基因组 (G)VCF、整合基因组学查看器 (IGV)、平衡染色体重排 (BCR)、碱基对 (bp)、兆碱基 (Mb)、读取深度 (RD)、分割/剪辑读取 (SR)、读取对 (RP)、基于组装 (AB)、单核苷酸多态性 (SNP)、单分子实时测序 (SMRT)、零模波导 (ZMW)、差异甲基化探针（DMP）、差异甲基化区域（DMR）
弓形虫b1亚型的检测及序列分析...
弓形虫是一种单细胞寄生虫，能够感染几乎所有的恒温动物，对全球公共卫生构成严重风险。关于尼日利亚高原州鸟类中传播的弓形虫毒株的现有文献有限。因此，本研究旨在识别和确认弓形虫感染，并确定 DNA 序列与世界其他地区鸟类 DNA 序列的关系。为此，对 25 种鸟类的大脑和心脏组织进行了取样，并进行了嵌套聚合酶链式反应 (nPCR) 和 B1 基因序列分析。在 7/7（100.0%）的野生鸟类和 15/18（83.3%）的家鸡（Gallus gallus domesticus）的心脏和脑组织中发现了弓形虫的 DNA。本研究对弓形虫病原体序列进行最大似然法系统发育树分析，结果表明该序列与I型RH株（GenBank: AF179871）具有共同祖先，弓形虫病原体序列
有效扩增克隆插入片段和人类基因组 DNA 中的长靶标
摘要 我们利用聚合酶链式反应 (PCR) 从人类基因组 DNA 中扩增出长达 22 kb 的 3-珠蛋白基因簇，并从噬菌体 A DNA 中扩增出长达 42 kb 的 3-珠蛋白基因簇。我们还直接从重组 A 斑块中扩增出 91 个 9-23 kb 的人类基因组插入片段。为此，我们增加了 pH 值，添加了甘油和二甲基亚砜，减少了变性时间，增加了延伸时间，并使用了具有 3'-至-5'-外切酶或“校对”活性的次级热稳定 DNA 聚合酶。我们的“长 PCR”方案通过使用较低水平的聚合酶和温度和盐条件进行特定引物退火，保持了基因组 DNA 中目标所需的特异性。扩增10-40 kb DNA序列的能力将为基因组图谱和测序带来PCR的速度和简便性，并促进分子遗传学研究。
检测异质性骨髓瘤患者中的 CCR5Δ32 突变等位基因...
CC 趋化因子受体 5 型 (CCR5 或 CD195) 是人类免疫缺陷病毒 (HIV) 的辅助受体结合位点之一。移植具有 CCR5 Δ 32 敲除突变的造血干细胞可以作为彻底治愈 HIV 的有效工具；这些方法已经通过了原理验证阶段。同时，使用现代 CRISPR/Cas9 基因组编辑方法，我们可以在任何野生型细胞中有效地复制 CCR5 Δ 32 突变。因此，在异质细胞混合物中寻找和准确量化突变 CCR5 Δ 32 等位基因的含量变得至关重要。在本研究中，我们描述了使用 CRISPR/Cas9 生成人工 CCR5 Δ 32 突变，然后进行多重液滴数字聚合酶链式反应 (ddPCR) 以量化其在细胞混合物中的含量。我们开发的系统可以让我们快速准确地测量 CCR5 Δ 32 突变细胞的含量，精确度可达 0.8%。
一种新型的微流体上和外的 DNA 扩增增强剂
聚合酶链式反应 (PCR) 和环介导等温扩增 (LAMP) 等核酸扩增方法是强大的分子生物学工具，广泛应用于基础生物学研究、临床诊断、检验检疫等各个领域。为了实时或通过扩增后分析（如熔解曲线分析）检测闭管系统中的 DNA 扩增产物，需要将荧光报告子添加到反应混合物中。1 这些报告子主要分为两类：一类是通常用荧光团标记的特异性 DNA 探针，2 另一类是双链 DNA 结合染料，例如 EtBr、3 SYBR Green I (SGI)、4 EvaGreen、5 和 Sytox Green。6 基于探针的报告系统具有特异性，适用于利用不同荧光团进行多重检测。然而，合成这些双链 DNA 报告子的成本很高，并且需要大量合成。
电池供电的便携式旋转实时荧光 qPCR，能耗低、成本低、通量高
摘要：针对传统qPCR仪器体积大、价格昂贵、携带不便等问题，本文报道了一种便携式旋转式实时荧光PCR（聚合酶链式反应），可在现场完成DNA的PCR扩增，并可实时观察反应过程。通过对目的基因pGEM-3Zf(+)的分析，将梯度扩增曲线和熔解曲线与商用设备进行对比，结果证实了本装置的稳定性。这是首次利用机械旋转结构实现与商用仪器相媲美的梯度扩增曲线和熔解曲线。本系统平均功耗约为7.6 W，是分流PCR实时荧光定量中能耗最低的，且自带锂电池供电，可现场使用。此外，由于通过机械位移控制系统取代了传统的TEC（热电致冷器）控温，整套设备成本仅约710美元，远低于商用PCR仪成本，且设备技术门槛低，可适应非专业场合，重复性强。
通过变性梯度凝胶电泳分析聚合酶链反应扩增的基因编码复杂微生物种群
我们描述了一种分析复杂微生物种群遗传多样性的新型分子方法。该技术基于通过变性梯度凝胶电泳 (DGGE) 分离编码 16S rRNA 的聚合酶链式反应扩增基因片段，这些片段的长度相同。对不同微生物群落的 DGGE 分析表明，分离模式中存在多达 10 个可区分的条带，这些条带很可能来自构成这些种群的许多不同物种，从而生成了种群的 DGGE 图谱。我们表明，可以识别仅占总种群 1% 的成分。使用针对硫酸盐还原菌 16S rRNA 的 V3 区特异性的寡核苷酸探针，可以通过杂交分析识别某些微生物种群的特定 DNA 片段。对在有氧条件下生长的细菌生物膜的基因组 DNA 进行分析表明，尽管硫酸盐还原菌具有厌氧性，但它们仍存在于这种环境中。我们获得的结果表明，该技术将有助于我们了解未知微生物种群的遗传多样性。
商业寡核苷酸中 CRISPR 指南和其他不相关核苷酸序列的交叉污染
摘要 定制寡核苷酸（oligos）是生物医学研究中广泛使用的试剂。寡核苷酸的一些常见应用包括聚合酶链式反应（PCR）、测序、杂交、微阵列和文库构建。寡核苷酸在这些应用中的可靠性取决于其纯度和特异性。本文报告，市售的寡核苷酸经常被非特异性序列（即其他不相关的寡核苷酸）污染。我们设计的用于扩增成簇的规律散布回文重复序列（CRISPR）指导序列的大多数寡核苷酸都含有非特异性的 CRISPR 指导序列。这些污染物是在从位于世界三个不同地理区域的八家商业寡核苷酸供应商处采购的研究级寡核苷酸中检测到的。对一些寡核苷酸的深度测序揭示了多种污染物。鉴于寡核苷酸的应用范围广泛，寡核苷酸交叉污染的影响因领域和实验方法的不同而有很大差异。在研究设计中加入适当的对照实验有助于确保寡核苷酸试剂的质量符合预期目的。这还可以根据寡核苷酸的用途将风险降至最低。