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测量蛋白质-DNA 凝聚物中的桥接力
蛋白质-DNA 凝聚物介导转录并调节基因表达以及 DNA 复制和修复。稳定凝聚物的分子间桥接力在这些过程中起着直接作用。在这里，我们使用光镊来测量桥接力。在鱼精蛋白存在的情况下，在两个微珠之间连接的 20.5 knt 单链 DNA (ssDNA) 上观察到单个凝聚物。拉伸产生具有锯齿状图案的力曲线，表明凝聚物是通过单个鱼精蛋白-ssDNA 桥的连续断裂而分解的。桥接力为 11.3 ± 4.6 pN，单个桥的展开长度为 1.3 ± 0.8 µm。相反，双链 DNA (dsDNA) 形成鱼精蛋白桥接缠结，可以承受足够高的力 (~55 pN) 以分离链。 ssDNA 通过在回缩时过度拉伸种子缠结形成，在 dsDNA 的缺口处追踪未剥离的部分，但初始凝聚物具有足够的 ssDNA 与 dsDNA 比率以呈现液体状，如随后拉伸中的锯齿状图案所示。dsDNA 的存在将桥接力提高到 34 ± 8 pN，在添加外部 ssDNA 后恢复到 ~10 pN。根据这些单分子结果，鱼精蛋白-dsDNA 混合物形成固体状聚集体，需要添加 ssDNA 才能变成液滴。相反，添加 dsDNA 会减慢鱼精蛋白-ssDNA 液滴的融合。这项工作展示了桥接力的首次测量，并表明 ssDNA 与 dsDNA 比率可以调整蛋白质-DNA 凝聚物中桥接力的大小。
合成 FLS2 受体低聚物增强植物先天免疫力
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2025 年 1 月 28 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634983 doi：bioRxiv 预印本
合成FLS2受体低聚物增强植物先天免疫
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。根据作者/资助者，它是根据预印本提供的（未经同行评审的认证），他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年1月28日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.01.27.634983 doi：biorxiv Preprint
来自迭代自组装过程的非原生嵌段共聚物薄膜纳米结构
纳米结构嵌段共聚物薄膜是一种生成复杂周期性图案的精巧工具，其周期从几纳米到几百纳米不等。这种组织良好的纳米结构有望推动下一代纳米制造研究，在生物、光学或微电子功能材料的设计中具有潜在的应用价值。然而，考虑到热力学驱动力倾向于形成最小化嵌段间界面的结构，这一宝贵平台受到二嵌段共聚物架构所能获得的几何特征的限制。因此，丰富嵌段共聚物自组装过程所获得的结构多样性的策略正在获得发展动力，本进展报告通过考虑生成“非天然”形态的新兴策略，回顾了迭代 BCP 自组装所固有的机会。
Zhan，Haifei 可能性的预处理神经后验估计 铬蛋白的生物技术应用 luo，zhaohui 9781789060119_0415.pdf alankarage，di 城市风特征的空间建模 威尔斯，宝琳娜 异戊二烯 - 苯乙烯）（SIS）共聚物定义... Yang，Chao，Ch McNeale，Donna
基于仿真的推理（SBI）方法可以在可能性函数棘手但模型模拟可行的情况下，可以估计后验分布。SBI的流行神经方法是神经后估计（NPE）及其顺序版本（SNPE）。这些方法可以超越统计SBI方法，例如近似贝叶斯计算（ABC），特别是对于相对较少的模型模拟。但是，我们在本文中表明，即使在低维问题上，NPE方法也不能高度准确。在这种情况下，无法在先前的预测空间上准确训练后验，甚至顺序扩展仍然是优化的。为了克服这一点，我们提出了预处理的NPE（PNPE）及其顺序版本（PSNPE），该版本使用ABC的短运行来有效消除参数空间区域，从而在模拟和数据之间产生较大的差异，并允许后仿真器进行更准确的培训。我们提供了全面的经验证据，即神经和统计SBI方法的这种融合可以改善在一系列示例中的性能，包括一个激励示例，涉及应用于实际肿瘤生长数据的基于复杂的基准模型。
可编程 RNA 凝聚物和合成细胞器的共转录生成
RNA 和蛋白质的凝聚是细胞功能的核心，对其进行编程的能力在合成生物学和合成细胞科学中将非常有价值。在这里，我们介绍了一个模块化平台，用于从定制的、可折叠和共转录组装的分支 RNA 纳米结构中设计合成 RNA 凝聚物。最多可同时形成三种正交凝聚物，并通过嵌入的荧光发光适体选择性地积累荧光团。RNA 凝聚物可以在合成细胞内表达，以产生具有可控数量和相对大小的无膜细胞器，并显示出使用选择性蛋白质结合适体捕获蛋白质的能力。可以通过引入专用的连接体构造来调节原本正交的纳米结构之间的亲和力，从而能够产生具有规定程度的相间混合和多种形态的双相 RNA 凝聚物。可编程 RNA 凝聚物的原位表达可以为生物细胞和合成细胞中功能的空间组织奠定基础。
通过分离相分离调节合成细胞内的生物凝聚物
。CC-BY 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 10 月 19 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.10.18.619037 doi：bioRxiv 预印本
制作纳米结构的混合块共聚物 -
图S2。 用NaBH 4化学还原后（a）和（b）在不同水/乙醇混合物中金离子浸润时层厚度的变化。 虽然PS层没有显着变化，但P2VP层显示出逐渐增加的厚度，随着渗透溶液中乙醇百分比的增加。 值得注意的是，在形成纳米颗粒后未观察到显着变化，这表明层状结构破坏主要与乙醇引起的肿胀有关。图S2。用NaBH 4化学还原后（a）和（b）在不同水/乙醇混合物中金离子浸润时层厚度的变化。虽然PS层没有显着变化，但P2VP层显示出逐渐增加的厚度，随着渗透溶液中乙醇百分比的增加。值得注意的是，在形成纳米颗粒后未观察到显着变化，这表明层状结构破坏主要与乙醇引起的肿胀有关。
在阿尔茨海默氏病相分离中tau低聚物的化学调节
大量患有某些神经退行性疾病的患者被称为tauopathies，可能在其大脑中表现出病理tau蛋白聚集体。这类疾病包括阿尔茨海默氏病（AD）。在AD中，诸如PHOS磷酸化，糖基化，截断以及随后分解为低聚物，配对的螺旋细丝（PHFS）和神经纤维纤维缠结（NFTS）之类的翻译修饰与认知能力下降和神经脱落相关。结果，tau低聚物已经成为AD和TAUO病原体中的主要有毒物种。tau低聚物是可溶的，自组装的tau蛋白，在原纤维之前形成，已被证明在神经元细胞死亡中起关键作用，并在动物模型中诱导神经变性。在这篇简洁的综述中，我们整理并总结了与Tau低聚物形成有关的文献及其在阿尔茨海默氏病中的作用。其次，我们探讨了锌离子（Zn²⁺）在tau聚集中的关键作用，因为研究表明锌会诱导可逆的tau寡聚化并可能导致tau高磷酸化。锌的浓度至关重要，因为过高的水平可以促进有害的tau聚集，而正常水平对于生理功能至关重要。我们还检查了可以调节tau聚集的天然和化学化合物，最后，我们讨论了tau蛋白如何在神经元中进行液态液相分离（LLP），从而形成液滴，后来可以发展为有毒的低聚物，这是AD的主要标志。我们提到了一些影响tau llps和聚集的分子，例如蛋白质，核酸和金属离子。