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World File Search System胞菌
合成生物学工具包，用于微生物燃料电池中发电的新型假单胞菌的新物种
摘要：微生物燃料电池（MFC）为各种生物技术应用提供了可持续的解决方案，并且是生物技术研究的关键领域。MFC可以通过分解有机物并发电来有效治疗各种垃圾，例如废水和生物柴油废物。某些假单胞菌物种具有细胞外电子转移（EET）途径，使它们能够将电子从有机化合物转移到MFC阳极。此外，假单胞菌物种可以在低氧条件下生长，这是有利的，因为MFC中的电子转移过程通常会导致阳极处的氧气水平降低。这项研究的重点是评估与1 G.L - 1甘油生长的新假单胞菌接种的MFC，这是生物柴油生产的常见副产品。假单胞菌sp。BJA5的最大功率密度为39 mW.m -2。另外，观察到的伏安图和基因组分析表明，BJA5的新型氧化还原介质的潜在产生。此外，我们研究了该细菌作为合成生物学非模型底盘的潜力。通过测试各种遗传部分，包括构成启动子，使用PSEVA载体作为脚手架的复制起源和嘉戈斯，我们评估了细菌的适用性。总的来说，我们的发现提供了利用假单胞菌属的宝贵见解。bja5是MFC的新型底盘。合成生物学方法可以进一步增强该细菌在MFC中的性能，从而提供改进的途径。
假单胞菌假单胞菌CECT 5344
摘要氰化物降解细菌假单胞菌伪钙化素cect 5344使用氰化物和不同的金属 - 氰化物配合物作为唯一的氮源。在氰基疾病的条件下，该菌株能够随着高达100 m m的汞生长，该菌株被细胞内积累。通过液态色谱分析进行定量蛋白质组学分析（LC-MS/MS）已应用于氰化物和汞菌株菌株的排毒5344的氧化氧化物替代氧化氧化剂的相关性，并突出氧化剂替代氧化剂的相关性，以阐明氰化物和汞对分子的分子体。和氰化物的同化，独立于存在或不存在汞。蛋白质在存在氰化物和汞存在下过度占主张的蛋白质包括汞转运蛋白，汞还原酶MERA，转录调节剂Merd，砷酸盐再培养酶和砷耐药蛋白和砷氧化物蛋白，硫氧还蛋白还原酶还原酶，谷胱甘肽s-转移蛋白与硫酸硫酸硫酸盐的硫酸盐和硫酸硫酸盐和硫酸硫酸盐和硫酸盐的硫酸盐和硫酸盐含量。和磷酸盐饥饿诱导的蛋白质phOH等。一项转换研究表明，从菌株CECT 5344基因组中存在的六个推定的MERR基因中，可能与汞耐药性/排毒抗性有关，只有MERR2基因在Cyanotrophic Condi-Condi-Coni-Coni-Condi-Coni-Coni-Condi-Conti-Diens下才有明显的诱导。A bioinformatic analysis allowed the identi fi cation of putative MerR2 binding sites in the promoter regions of the regulatory genes merR5 , merR6 , arsR , and phoR , and also upstream from the structural genes encoding glutathione S -transferase ( fosA and yghU ), dithiol oxidoreductase ( dsbA ), metal resistance chaperone ( cpxP ），以及参与法规传感（Vird）等的氨基酸/肽挤出机。
一种基于 SEVA、CRISPR-Cas3 辅助的假单胞菌基因组工程方法，可实现载体高效消除
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 6 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.06.29.547033 doi：bioRxiv 预印本
针对生物标志物和治疗性TAR鉴定的小细胞肺癌中氟胞菌相关基因的原始研究综合分析
背景：铁铁作用是一种依赖铁的编程细胞死亡模式，该模式是由磷脂过氧化的有毒积累引起的。尽管已知它会影响肿瘤的起始和生长，但尚未建立与铁毒相关基因（FRGS）（FRGS）（FRGS）（SCLC）之间的关联。方法：我们使用基因表达综合（GEO）和铁毒数据库（FERRDB）来获取有关SCLC及其相关FRG的信息。随后，使用最小绝对收缩和选择算子（LASSO）和支持向量机递归特征Eilmination（SVM-RFE）算法鉴定出标记基因，并分析单基因函数和途径富集。使用药物 - 基因相互作用数据库（DGIDB），我们确定了针对六个标记基因的40种药物。竞争性的内源性RNA（CERNA）网络揭示了基于标记基因的长期非编码RNA（LNCRNA） - microRNA（miRNA） - 梅纳（miRNA） - 梅纳（miRNA） - 通用RNA（mRNA）。结果：将六个差异表达的FRG（ATG3，MUC1，RRM2，IDH2，PARP1和EZH2）鉴定为具有准确诊断能力的标记基因。根据单基因功能和途径富集分析，这些标记基因可能与免疫调节和细胞周期有关，以及与肿瘤发生相关的许多途径，包括JAK-Stat和PPAR信号途径。此外，Cibersort分析表明，MUC1和PARP1表达可能会影响SCLC中的免疫微环境。现在必须在临床应用之前通过进一步的研究来确认这些结果的准确性。结论：我们使用逻辑回归模型确认了标记基因诊断SCLC的准确性，从而提供了进一步研究与SCLC相关机制的机会。
mRNA 疫苗可诱导针对铜绿假单胞菌 III 型分泌性毒力的保护性免疫
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2023 年 6 月 10 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.06.09.544431 doi：bioRxiv preprint
通过对番茄和玉米分泌物的转录组反应揭示植物定植菌东湖假单胞菌 P482 的宿主适应性特征
假单胞菌具有代谢灵活性，可以在不同的植物宿主上茁壮成长。然而，宿主滥交所需的代谢适应性尚不清楚。在这里，我们通过采用 RNAseq 并比较东湖假单胞菌 P482 对两种植物宿主（番茄和玉米）根系分泌物的转录组反应来弥补这一知识空白。我们的主要目标是找出这两种反应之间的差异和共同点。仅由番茄分泌物上调的途径包括一氧化氮解毒、铁硫簇的修复、通过对氰化物不敏感的细胞色素 bd 进行呼吸以及氨基酸和/或脂肪酸的分解代谢。前两个表明测试植物的分泌物中存在 NO 供体。玉米特异性地诱导了 MexE RND 型外排泵的活性和铜耐受性。与运动相关的基因由玉米诱导，但被番茄抑制。对渗出液的共同反应似乎受到来自植物的化合物和来自其生长环境的化合物的影响：砷抗性和细菌铁蛋白合成上调，而硫同化、柠檬酸铁和/或其他铁载体的感知、血红素获取和极性氨基酸的运输下调。我们的研究结果为探索植物相关微生物的宿主适应机制提供了方向。
生物炭与植物生长促进菌假单胞菌 TSAU1 对植物生长、小麦养分吸收和土壤酶活性的联合影响
1. 简介 生物炭是一种由生物废弃物在低氧或无氧条件下通过热解制成的生物产品（Lehmann 等人，2011 年）。生物炭对土壤和植物健康有多种有利影响，如提高土壤有机质含量（Chan 等人，2007 年）、土壤酶活性（Ma 等人，2019a、2019b）、土壤阳离子交换和持水能力（Novak 等人，2009 年；Yu 等人，2013 年；Kul，2022 年）、微生物多样性（Egamberdieva 等人，2016 年；Egamberdieva 等人，2020a、2020b）和植物养分获取（Cao 等人，2017 年）。有许多关于生物炭施用对植物生长、土壤肥力、植物保护和植物抗逆性的积极影响的报道（Frenkel 等人，2017 年；Postma 和 Nijhuis，2019 年）。这种积极影响可以通过土壤物理质量的提高、土壤保水能力、养分利用率以及参与养分循环的微生物多样性来解释（Kolton 等人，2011 年；Egamberdieva 等人，2017 年；Khan 等人，2021 年）。一些报告显示更高的微生物活性
铜绿假单胞菌噬菌体抗性菌株中防御系统的积累
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2023 年 6 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.08.12.503731 doi：bioRxiv 预印本
青霉素结合蛋白5/6充当铜绿假单胞菌的诱饵靶标，可通过全细胞受体结合和定量系统药理学识别
摘要B -LACTAM抗生素已成功使用了数十年来与易感假单胞菌的铜绿假单胞菌作斗争，该抗生素具有众所周知的渗透外膜（OM）的臭名昭著。然而，对于完整细菌中B- lactams和B-乳糖酰酶抑制剂的青霉素结合蛋白（PBP）的目标位点渗透和共价结合缺乏数据。我们旨在确定完整和裂解细胞中PBP结合的时间过程，并估计目标位点penetra和PBP访问铜绿假单胞菌PAO1中的15种化合物。所有B-乳酰胺（在2 MIC处）在裂解细菌中有相当大的pbps 1至4。然而，完整细菌中的PBP结合大大减弱，但对于快速穿透B-乳酰胺而言，PBP结合的速度很慢。imipenem产生1.5 6 0.11 log 10在1H时杀死，而其他所有药物的杀戮为0.5 log 10。相对于imipenem，净插入率和PBP访问的速率为；多甲苯和美洲膜烯的慢2倍，阿维巴氏菌的7.6倍，头孢嗪速14倍，头孢菌素为45倍，硫酸盐为50倍，Ertapenem为72倍，; 249-用于哌拉西林和aztreonam的折叠，tazobactam的358倍； 547倍碳苯甲林和提卡林蛋白，头孢辛蛋白的1,019倍。在2 MIC时，PBP5/6结合的程度高度相关（r 2 = 0.96）与净插入率和PBP访问的速率，这表明PBP5/6的净率是诱饵靶标的，应通过缓慢穿透，未来的B -LACTACTAMS来避免。对完整和裂解的铜绿假单胞菌中PBP结合的时间过程的第一次全面评估解释了为什么只有imipenem迅速杀死。完整细菌中发达的新型共价结合分析构成了所有表达的恢复机制。
饲料二价疫苗对红杂交罗非鱼（Oreochromis sp.）链球菌病和运动性气单胞菌败血症的免疫原性和有效性
摘要：链球菌病和运动性气单胞菌败血症 (MAS) 是全球罗非鱼养殖的主要细菌性疾病，造成了巨大的经济损失。接种疫苗是预防疾病的有效方法，有助于经济可持续发展。本研究调查了一种新开发的饲料二价疫苗对红杂交罗非鱼链球菌病和 MAS 的免疫保护效果。饲料二价疫苗颗粒是通过将甲醛灭活的无乳链球菌和嗜水气单胞菌抗原加入到以棕榈油为佐剂的商业饲料颗粒中而开发的。对二价疫苗进行了饲料质量分析。为了进行免疫学分析，将 900 条鱼 (12.94 ± 0.46 克) 分成两个治疗组，每组三次。第 1 组的鱼未接种疫苗（对照组），而第 2 组的鱼接种了二价疫苗。在第 0 周，连续三天以鱼体重 5% 的剂量口服二价疫苗，然后在第 2 周和第 6 周进行加强接种。每周对血清、肠道灌洗液和皮肤粘液进行溶菌酶和酶联免疫吸附试验 (ELISA)，共 16 周。接种疫苗后，接种鱼的溶菌酶活性显著 (p ≤ 0.05) 高于未接种疫苗的鱼。同样，接种疫苗后，接种鱼的 IgM 抗体水平显著 (p ≤ 0.05) 更高。二价疫苗对无乳链球菌（80.00 ± 10.00%）和嗜水气单胞菌（90.00 ± 10.00%）具有较高的保护效果，对海豚链球菌（63.33 ± 5.77%）和维氏气单胞菌（60.00 ± 10.00%）具有部分交叉保护效果。在攻毒试验中，与未接种疫苗的鱼相比，接种疫苗的鱼临床和肉眼病变较少。组织病理学评估显示，所选器官的病理变化比未接种疫苗的鱼要轻。这项研究表明，接种饲料型二价疫苗可提高红杂交罗非鱼的免疫反应，从而预防链球菌病和MAS。