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酵母 synIX 菌株中端粒酶相关适应性缺陷和染色体替代技术的后果
Build-A-Genome 课程的作者：Breeana G. Anderson、Abena Apaw、Pavlo Bohutskyi、Erin Buchanan、Daniel Chang、Melinda Chen、Eric Cooper、Amanda Deliere、Kallie Drakos、Justin Dubin、Christopher Fernandez、Zheyuan Guo、Thomas Harrelson、Dongwon Lee、Jessica McDade、Scott Melamed、Héloise Muller、Adithya Murali、José U. Niño Rivera、Mira Patel、Mary Rodley、Jenna Schwarz、Nirav Shelat、Josh S. Sims、Barrett Steinberg、James Steinhardt、Rishi K. Trivedi、Christopher Von Dollen、Tianyi Wang、Remus Wong、Yijie Xu、Noah Young、Karen Zeller 和 Allen Zhan。 1 纽约大学朗格尼健康学院系统遗传学研究所和生物化学与分子药理学系，纽约，纽约州 10016，美国 2 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院环境健康与工程系，美国马里兰州巴尔的摩 21205，美国 3 欧洲分子生物学实验室 (EMBL)，基因组生物学部，德国海德堡 69117 4 爱丁堡大学生物科学学院，英国爱丁堡 EH9 3BF 5 爱丁堡大学信息学院，英国爱丁堡 EH8 9AB 6 约翰霍普金斯大学惠廷工程学院生物医学工程系，美国马里兰州巴尔的摩 21218，美国 7 约翰霍普金斯大学克里格艺术与科学学院生物学系，美国马里兰州巴尔的摩 21218，美国 8 化学与生物分子工程系，约翰霍普金斯大学怀廷工程学院，美国马里兰州巴尔的摩 21218 9 洛克菲勒大学细胞与结构生物学实验室，美国纽约州纽约 10065 10 格罗宁根大学医学中心欧洲老龄化生物学研究所，荷兰格罗宁根 11 哈佛医学院麻省总医院病理学系，美国马萨诸塞州波士顿 02114 12 约翰霍普金斯大学医学院医学系/传染病科，美国马里兰州巴尔的摩 21205 13 约翰霍普金斯大学医学院高通量生物学中心，美国马里兰州巴尔的摩 21205 14 斯坦福大学斯坦福基因组技术中心，美国加利福尼亚州帕洛阿尔托 94304 15 斯坦福大学医学院遗传学系，美国加利福尼亚州斯坦福 94305 16 纽约大学生物医学工程系Tandon 工程学院，纽约布鲁克林 11201，美国 17 现地址：欧莱雅研究与创新，新泽西州克拉克 07066，美国 18 现地址：Pondicherry Biotech Private Limited，Pondicherry 工程学院校区，East Coast Road，Pillaichavady，Puducherry 605014，印度 19 现地址：哈佛大学陈曾熙公共卫生学院生物统计学系，马萨诸塞州波士顿 02115，美国 20 现地址：Neochromosome，Inc.，纽约长岛市 11101，美国 21 现地址：科学与工业研究中心，基因组学与综合生物学研究所，Sukhdev Vihar，Mathura Road，新德里 110025，印度 22 这些作者贡献相同 23 主要联系人 * 通讯：weimin.zhang@nyulangone.org (WZ)，jef.boeke@nyulangone.org (JDB), chandra@jhmi.edu (SC)
研究文章EISSN：2306-3599; PISSN：2305-6622 Metschnikowia pulcherrima菌株的生物防治活性从苹果局部品种中分离出来
摘要文章历史野生酵母作为水果和蔬菜的自然微生物组的一部分，由于其生物学活性，对养分来源的需求较低和抗真菌活性的广泛范围，因此有希望将其作为生物控制剂的候选者。在本研究中，从冷藏期结束时，从哈萨克斯坦东南部的一个私人园艺农场中存储的苹果和梨的梨层中分离了27种酵母菌菌株。各种体外板测试表现出八种菌株中对青霉膨胀，替代品替代品和Acremonium Alternatum的高抑制活性，其区域序列定义为Metschnikowia pulcherrima。接种两种Apple品种的实验将菌株MP-03识别为最有效的实验。在开花和成果期间用冻干溶液对当地的苹果树品种“ Aport”，“ Voskhod”和“ Talgarskoe”，与对照相比，在开花和结果期间，MP-03菌株的冻干溶液降低了结scab的发生率和严重程度（Venturia Inaequalalis）。苹果的治疗导致健康水果的产量提高。此外，牢固性和体重保留指数在处理的水果中还显示出更好的结果。关键字：收获后变质；杀真菌活动；微生物组；存储
泰国水稻根际土壤中微球菌菌株 ORF15-23 的基因组序列草图数据
从泰国 Roi Et 省雨养有机稻田土壤样本中分离出一株革兰氏阳性菌，命名为菌株 ORF15-23。据报道，该菌株能产生吲哚-3-乙酸和 2-乙酰基-1-吡咯烷 (2AP) 化合物，溶解钾长石并促进水稻幼苗生长。基因组测序采用 Illumina MiSeq 平台进行。菌株 ORF15-23 的基因组草图长度为 2,562,005 bp，包含 1677 个蛋白质编码序列，平均 G + C 含量为 72.97 mol.%。系统基因组树支持将菌株 ORF15-23 归为微球菌属的成员。平均核苷酸同一性 (ANIb) 值比较显示，菌株 ORF15-23 与 M. yunnanensis DSM 21948 T 基因组的同一性为 96.95 %。M. yunnanesis ORF15-23 的基因组草图序列已存入 DDBJ/EMBL/GenBank 数据库，登录号为 JAZDRZ0 0 0 0 0 0 0 0 0。该基因组序列数据为分类学研究提供了有价值的信息
baumannii菌株的表型和分子检测产生脱氧教学医院临床标本的碳青霉酶
如今，细菌中的抗生素耐药性已成为一个全球问题。 因此，在选择更有效的治疗溶液中，鉴定细菌菌株引起了特别的关注。 抗药性最常见的机制之一是鲍曼尼杆菌杆菌酶的产生。 本研究旨在通过表型和分子方法检测碳纤维烯酶产生菌株，用于2021年6月至2022年6月之间在Dezful的Ganjavian医院收集的临床标本中。。如今，细菌中的抗生素耐药性已成为一个全球问题。因此，在选择更有效的治疗溶液中，鉴定细菌菌株引起了特别的关注。抗药性最常见的机制之一是鲍曼尼杆菌杆菌酶的产生。本研究旨在通过表型和分子方法检测碳纤维烯酶产生菌株，用于2021年6月至2022年6月之间在Dezful的Ganjavian医院收集的临床标本中。timicrobial易感性测试，而使用CEFTAZIDIME和CEFTAZIDIME /CLAVAVAZIPIMIMIMIMIMIC ADIPEN和IMIPENIP和IMIPSICEN和IMIPEN IMIIPEN和IMIPEN IMIPEN和IMIPEN IMIIPEN和IMIPEN IMIIPEN和IMIPEN IMIPCEN和IMIPEN，将扩展的β-内酰胺酶（ESBLS）和金属近似群（MBLS）进行了延长的谱。 分别。BLA IMP，BLA SPM，BLA OXA-23和BLA OXA-24，BLA OXA-58的分子检测进行了Bla oxa-58。总共54个菌株，与米诺环素相比（13％）相比，头孢菌素的最高电阻率为头孢菌素（98.1％）和环氧菌（94.2％）（94.2％）。ESBL和MBL生产者分别为26％和80％。所有分离株都对结肠菌素具有中间抗性。抗碳青霉烯曲霉（CRAB）中最普遍的基因是BLA OXA-23，其次是BLA AOXA-24，BLA GES，BLA GES，BLA IMP和BLA OXA-58基因。本报告强调了螃蟹和对结菌素的中间抗性的存在，以及该地区不同碳酸碳纤维酶类别的几个基因的共存。因此，应及时确定抗性菌株，并应设计特定的治疗方案以控制治疗环境中抗药性基因的传播。
通过基因组解码的内生策略和fusarium nematophilum菌株NQ8GII4
结果：我们的发现表明NQ8GII4在遗传上与F. solani密切相关，这表明它与拟菌病的分歧。在共生建立的早期阶段，编码糖基转移酶（GTS），真菌细胞壁降解酶（FCWDES）和类固醇14α-甲基酶（CYP51）的基因显着下调，潜在地下降，潜在地下降，潜在地下降，抑制了弹ant的潜在抑制。一旦建立了共生，NQ8GII4分泌的效应子激活了植物免疫，进而可以减慢真菌的生长。涉及继发代谢产物生物合成的基因，例如I型聚酮化合酶合酶（T1PK）和非核糖体肽合酶（NRPS），显着下调。自噬相关基因（包括ATG1，ATG2，ATG11等）的同源物也被下调，这表明降解植物毒素的产生和自噬抑制作用降低是NQ8GII4共生的结果。
重组纤维素酶和蛋白酶在土著蜡状芽孢杆菌菌株中的同时表达
背景：基因操作在微生物中有着广泛的应用。通过基因操作和基因编辑，可以构建多功能菌株，同时生产包括酶在内的多种工业生物材料。目的：根据纤维素酶在包括食品工业在内的各个行业中的重要性，本研究旨在通过基因操作在土著蜡状芽孢杆菌EG296菌株中生产纤维素酶。材料与方法：采用SOEing PCR扩增位于蜡状芽孢杆菌蛋白酶基因（aprE）调控上游和下游区域之间的枯草芽孢杆菌168纤维素酶基因，并通过自然转化转化为蜡状芽孢杆菌EG296。在筛选出具有纤维素酶活性的菌株后，通过同源重组从转化子的基因组中删除scoC基因（aprE基因的负转录调控因子），以同时提高纤维素酶和蛋白酶活性。结果：蜡状芽孢杆菌基因组中引入纤维素酶基因，纤维素酶活力约为0.61 u.mL -1 。通过scoC基因缺失，蛋白酶活力由230 u.mL -1 提高到363.14 u.mL -1 ，同时，在蛋白酶启动子调控下的纤维素酶活力也由0.61 u.mL -1 提高到0.78 u.mL -1 。蜡状芽孢杆菌表达的纤维素酶和蛋白酶的不稳定性指数分别为26.16和20.18，远低于40的阈值，因此两种酶均比较稳定。结论：获得了1株能够生产和分泌两种重要工业胞外酶（纤维素酶和蛋白酶）的基因工程菌株，且后续纯化工艺简单。
通过挥发性有机化合物促进植物生长促进，该化合物发出的vallismortis菌株Extn-1
挥发性有机化合物（VOC）由潜在的植物生长促进根瘤菌（PGPR）在植物相互作用中起重要作用。然而，这种现象的基础机制尚不清楚。我们的发现表明，PGPR菌株Vallismortis（Extn-1）对烟草植物生长的VOC的影响取决于所使用的培养基。从含糖媒体（例如马铃薯葡萄糖琼脂（PDA）和国王B（KB）媒体）发行的VOCs非常有效。然而，暴露于营养琼脂（NA），胰蛋白酶大豆琼脂（TSA）和Luriabertani（LB）中的VOC暴露导致氯化和发育迟缓的植物生长。这种效果是由大量氨的排放引起的，从而改变了植物生长培养基的pH值。在VOC中暴露于10天的幼苗，即使在温室条件下消除了VOC，也会表现出改善的生长。与未处理的对照相比，与未处理的对照相比，用VOC的种子启动24和48小时，与未经处理的对照相比，与24小时的治疗相比，接触48小时的种子更好。使用与气相色谱 - 质谱法（GC-MS）结合的固相微萃取（SPME）在不同培养基中发出的VOC的化学表征，显示所有光谱中存在2,3-丁烷甲苯和一氧化氢。然而，1-丁醇是在Kb和Na中生长的Extn-1的显着峰值，而Acetoin在PDA中最高，其次是KB。Heneicosane和苯甲醛是在NA培养基中仅生产的，这些合成化合物改善了I-Plate分析的生长。这项工作表明从Extn-1释放的VOC对于ExtN-1的增长效应很重要。
引用：Tan，P。Y.，Kato，Y。和Konishi，M。（2024）一种新型的蓝细菌生长细菌的菌株，Rhodococcus sp
为了增强蓝细菌的生长元有关弹性菌的生长，本研究使用共培养进行了直接筛查氰基细菌生长细菌（CGPB）的直接筛查。分离出四个新型CGPB菌株并在系统发育上鉴定出来：Rhodococcus sp。AF2108，Ancylobacter sp。 GA1226，Xanthobacter sp。 af2111和Shewanella sp。 OR151。 与最有效的CGPB菌株Rhodococcus sp。 af2108，在单一培养物中，蓝细菌细胞的叶绿素含量增加了8.5倍。 流式细胞仪分析显示，与犀牛Sp的共培养中，弹性链球菌细胞的数量增加了3.9倍。 AF2108。 这些结果归因于正向散射和叶绿素荧光强度的增加。 新的犀牛菌株似乎是迄今为止描述的最有效的CGPB之一。AF2108，Ancylobacter sp。GA1226，Xanthobacter sp。 af2111和Shewanella sp。 OR151。 与最有效的CGPB菌株Rhodococcus sp。 af2108，在单一培养物中，蓝细菌细胞的叶绿素含量增加了8.5倍。 流式细胞仪分析显示，与犀牛Sp的共培养中，弹性链球菌细胞的数量增加了3.9倍。 AF2108。 这些结果归因于正向散射和叶绿素荧光强度的增加。 新的犀牛菌株似乎是迄今为止描述的最有效的CGPB之一。GA1226，Xanthobacter sp。af2111和Shewanella sp。OR151。 与最有效的CGPB菌株Rhodococcus sp。 af2108，在单一培养物中，蓝细菌细胞的叶绿素含量增加了8.5倍。 流式细胞仪分析显示，与犀牛Sp的共培养中，弹性链球菌细胞的数量增加了3.9倍。 AF2108。 这些结果归因于正向散射和叶绿素荧光强度的增加。 新的犀牛菌株似乎是迄今为止描述的最有效的CGPB之一。OR151。与最有效的CGPB菌株Rhodococcus sp。af2108，在单一培养物中，蓝细菌细胞的叶绿素含量增加了8.5倍。流式细胞仪分析显示，与犀牛Sp的共培养中，弹性链球菌细胞的数量增加了3.9倍。AF2108。 这些结果归因于正向散射和叶绿素荧光强度的增加。 新的犀牛菌株似乎是迄今为止描述的最有效的CGPB之一。AF2108。这些结果归因于正向散射和叶绿素荧光强度的增加。新的犀牛菌株似乎是迄今为止描述的最有效的CGPB之一。
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染
与长期水族馆设施中的热带八放珊瑚相关的四种新型 Endozioicomonas 菌株的基因组序列
我们报告了从葡萄牙里斯本海洋馆 19 立方米热带展览水族馆中保存的两个 Litophy ton sp. 标本中分离出的四种 Endozoicomonas 菌株的基因组。如前所述 (2) 回收宿主衍生的微生物细胞悬浮液。将一克珊瑚组织在 9 mL 无菌 Ca 2+ - 和 Mg 2+ - 人工海水中均质化 (2)。将匀浆连续稀释，分别接种在 1:2 稀释的海洋琼脂和 1:10 稀释的 R2A 培养基上，并在 21°C 下孵育 4 周。使用 Wizard 基因组 DNA 纯化试剂盒 (Promega, USA) 从 1:2 海洋肉汤中新鲜生长的培养物中提取单个菌落的基因组 DNA。使用通用引物 (F27 和 R1492) 从基因组 DNA 中扩增 16S rRNA 基因，通过 Sanger 测序来确认纯度。使用 SILVA 比对、分类和树服务 (v1.2.12) 和数据库 (v138.1) 进行分类分配。使用 PacBio 测序技术 (5)，相同的基因组 DNA 样本在 DOE 联合基因组研究所 (JGI) 进行基因组测序。对于每个样本，将基因组 DNA 剪切至 6-10 kb，使用 SMRTbell Express Template Prep Kit 3.0 进行处理，并用 SMRTbell 清理珠 (PacBio) 进行纯化。使用条形码扩增寡核苷酸 (IDT) 和 SMRTbell gDNA 样本扩增试剂盒 (PacBio) 富集纯化产物。构建了 10 kb PacBio SMRTbell 文库，并使用 HiFi 化学在 PacBio Revio 系统上进行测序。使用 BBTools v.38.86 ( http://bbtools.jgi.doe.gov ) 根据 JGI 标准操作规范 (SOP) 协议 1061 对原始读段进行质量过滤。使用 Flye v2.8.3 (6) 组装过滤后的 >5 kb 读段。生物体和项目元数据存放在 Genomes OnLine 数据库中 (7)。使用 NCBI 原核基因组注释流程 (PGAP v.6.7) (8) 和 DOE-JGI 微生物基因组注释流程 (MGAP v.4) (9) 对重叠群进行注释，并与集成微生物基因组和微生物组系统 v7 (IMG/M) 相结合进行比较分析 (10)。使用 CheckM 评估基因组完整性和污染