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酿酒酵母和新兴酵母菌种合成生物学工具和组装方法的标准化
摘要：利用工程原理重新设计生物体是合成生物学 (SynBio) 的目的之一，因此实验方法和 DNA 部件的标准化变得越来越必要。专注于酿酒酵母工程的合成生物学界一直处于这一领域的前沿，构想出了几种被该界广泛采用的特征明确的合成生物学工具包。在本综述中，我们将讨论为酿酒酵母开发的分子方法和工具包对所需标准化工作的贡献。此外，我们还回顾了为新兴非常规酵母物种设计的工具包，包括解脂耶氏酵母 (Yarrowia lipolytica)、Komagataella phaffii 和马克斯克鲁维酵母 (Kluyveromyces marxianus)。毫无疑问，这些工具包中强调的特征化 DNA 部件与标准化组装策略相结合，极大地促进了许多代谢工程和诊断应用等的快速发展。尽管在常见酵母基因组工程中部署合成生物学的能力不断增强，但酵母界在生物自动化等更复杂、更精细的应用中还有很长的路要走。关键词：标准化、特性、生物部件、酵母工具包、合成生物学、自动化
分析微藻 - - 细菌种群的变化，以响应改善废水处理的环境参数
1。pormidium。camptonemaplanktothrixOscillas ......................................................................... Tychonema lyngbya 134 6。 pleurocapsa 134 7。 Pseudanaaaaena 135 8。 leptolyngby 135Oscillas .........................................................................Tychonemalyngbya 134 6。pleurocapsa 134 7。Pseudanaaaaena 135 8。leptolyngby 135
o r i g i n a l r e s a r c h抗菌耐药性监测皮肤和软组织感染：医院范围内的细菌种类和抗体
目的：尽管皮肤和软组织感染（SSTIS）是常见的，但坦桑尼亚的抗菌耐药性（NAP-AMR）的国家作用计划集中于血流感染和尿路感染。这项研究评估了实验室确认的SSTI的比例，鉴定了所涉及的细菌物种，分析AMR表型，并研究了与多药耐药（MDR）SSTI相关的危险因素。患者和方法：分析横断面研究是在2023年1月至6月之间进行的，涉及614例SSTIS患者。患者的信息，并使用标准微生物程序，WHONET和Stata软件程序收集并分析了PUS拭子或脓液或坏死组织。结果：患者的中位年龄（四分位间范围）为34（14-54）年，男性占54.4％。实验室确认的SSTI为72.5％（445/614），得出586个细菌分离株。最常见的SSTIS类型是手术部位感染（30.0％），慢性伤口（27.9％）和创伤性伤口（19.7％）。最常见的病原体是金黄色葡萄球菌（17.1％），大肠杆菌（17.1％）和K.肺炎（16.0％）。鉴定出的AMR表型是金黄色葡萄球菌抗甲氧西林的29.0％；延长的谱β乳糖酶产生革兰氏阴性细菌，47.3％；和碳苯甲基阴性细菌，12.9％。与门诊患者相比，住院患者的总体SSTIS为40.9％（251/614），在住院患者中显着高于[或（95％CI）； p值：1.86（1.33–2.59）; p值<0.001]。结论：大约四分之三的患者已实验室确认的SSTI主要由MDR病原体引起。建议对BMC的SSTIS治疗指南进行重新访问，并建议在坦桑尼亚正在进行的AMR监视中纳入SSTIS。
婴儿肠道菌群中的双歧杆菌种类丰富，孟加拉国达卡与母性特征的关联
。cc-by 4.0国际许可证是根据作者/资助者提供的，他已授予MedRxiv的许可证，以永久显示预印本。（未通过同行评审认证）
埃塞俄比亚腹泻儿童及其暴露环境中弯曲杆菌种群的出现和多样性
弯曲杆菌是一种主要的人畜共患食源性病原体，对公共卫生构成重大威胁，尤其是对儿童和免疫功能低下人群。然而，关于埃塞俄比亚弯曲杆菌感染发生和来源的数据仍然很少。本研究使用全基因组测序评估了腹泻儿童弯曲杆菌的发生、多样性和与潜在暴露源之间的关系。通过基于病例的追踪，在 2021 年 11 月至 2023 年 1 月期间从哈拉尔镇和克尔萨区收集了动物、食物和环境样本。使用选择性培养基鉴定弯曲杆菌，并使用 Illumina NextSeq 550 仪器提取和测序 DNA。使用生物信息学工具分析序列读数。暴露源中弯曲杆菌的总体患病率为 5.5%，其中城市为 6.0%，农村为 5.0%。家庭样本中检测到弯曲杆菌的可能性比市场样本高 1.8 倍（8.7%；OR = 1.8；95% CI：0.7–4.5）。食品中弯曲杆菌的出现率为 4.2%，肉类、奶类和其他食品类别之间没有显著差异。与猪相比，有家禽时环境中被弯曲杆菌污染的可能性高 5.8 倍（17.7%；OR = 5.8；CI：1.1–30.6）。序列分析发现弯曲杆菌属多样性较低，仅包含空肠弯曲菌和大肠弯曲菌，其特征是 8 种不同的序列类型（ST）。从系统发育上看，大多数测序的病例分离株与来自看护人、环境暴露或两者的分离株聚集在一起。总之，在腹泻儿童的各种接触源中都检测到了弯曲杆菌，其在 Kersa 和 Harar 之间或食物中的发生率没有显著差异。大多数分离株具有共同的 MLST 谱并聚集在一起，表明多种媒介参与了病原体的传播。建议进行归因模型支持的基于基因组的综合研究，以确定每种来源的相对贡献。
益生菌创新：皮肤病学和美容性益生菌创新中的芽孢杆菌种类：皮肤病学和美容性的芽孢杆菌
短链脂肪酸（链长最多为6个碳原子的单羧酸）是肠Bacte RIA对未消化的多糖发酵的副产品。在这些化合物中，乙酸盐，丙酸和丁酸酯在胃肠道中占主导地位，占总数的95％以上，其中构成了甲酸盐，脱脂，粘胶和其他组成剩余部分。13醋酸酯和丙酸酯主要由菌叶植物的代表产生，而富菌的细菌（包括芽孢杆菌和乳酸杆菌的呈现）是Butyrate 14的主要来源，是丁酸酯14的主要来源。15过量脂肪和糖消耗不足，而西方饮食中的典型摄入量则破坏了均衡的公司/细菌植物比率。这伴随着肠道障碍的渗透性，这有助于炎症和免疫疾病的发展。16短链脂肪酸的量也随着使用广谱抗生素的使用而导致的肠道营养不良的发展减少。17
全基因组分析有助于快速准确地鉴定真菌种类
真菌鉴定是真菌研究的基础，但传统的分子方法难以在现场快速准确地鉴定，特别是对于近缘物种。为了解决这一挑战，我们引入了一种通用的鉴定方法，称为全基因组分析（AGE）。AGE 包括两个关键步骤：生物信息学分析和实验实践。生物信息学分析在真菌物种基因组内筛选候选靶标序列，称为 Targets，并通过将它们与其他物种的基因组进行比较来确定特定 Targets。然后，使用测序或非测序技术的实验实践将验证生物信息学分析的结果。因此，AGE 为子囊菌门和担子菌门中的 13 个真菌物种中的每一个获得了超过 1,000,000 个合格 Targets。接下来，测序和基因组编辑系统验证了特定 Targets 的超特异性性能；尤其值得注意的是首次展示了来自未注释基因组区域序列的鉴定潜力。此外，通过结合快速等温扩增和硫代磷酸酯修饰引物以及无需仪器的可视化荧光方法，AGE 可以在 30 分钟内通过单管测试实现定性物种鉴定。更重要的是，AGE 在识别近缘物种和区分中药及其掺假物方面具有巨大潜力，尤其是在精确检测污染物方面。总之，AGE 为基于全基因组的真菌物种鉴定的发展打开了大门，同时也为其在植物和动物界的应用提供了指导。
HT DNA高灵敏度试剂试剂盒 701587 HT DNA 5K标记701637 HT DN 用脑线技术革命性的神经退行性疾病研究 DNA NGS 3K分析用户指南 FFA120分析快速指南LabChip®GX触摸/GXII触摸 PPI抑制剂的药理表征的最佳实践。 单链DNA 7K梯子插入 使用Omni Bead Ruptor 4 Bead Mill均质器从Turbatrix Aceti提取DNA。 NextFlex®快速XP V2 DNA-Seq Kit 全基因组DNA和蛋白质从Omni珠子破裂4珠磨机均质器上从大肠杆菌K12细胞中提取。 激酶抑制剂的动力学结合和K 的测定 hESC衍生的心肌细胞筛查平台确定了SARS-COV-2病毒进入的新型抑制剂 直接用于免疫疗法的细胞计数测定。 金黄色葡萄球菌S.金黄色葡萄球菌UAMS-1（XEN40） CRISPR耗竭可以对复杂样品中病毒和细菌种群的敏感鉴定。 现象线粒体污渍 cosmosid-hub 16S数据上传的快速指南 多重性无复杂性。 慢病毒颗粒 LabChip GX触摸小RNA分析。
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隔离和分子识别 - 细菌种类 - ...
摘要：根际，是与根部分泌物直接接触的狭窄土壤区域，并受到土壤微生物的显着影响，是最近一项研究的重点。这项研究检查了中央邦Vindhyachal森林的菌群，重点是对细菌物种从森林偏远地区的分离和分子鉴定。这些微生物可能在早期疫病的生物学控制中具有潜在的应用，这种疾病通常影响马铃薯和番茄作物。这项研究面临着来自Vindhyachal森林偏远地区细菌物种的分离和分子鉴定的困难，这需要精确地收集和处理土壤和植物根本样品。通过探索这些领域的微生物多样性，目的是确定潜在的生物防治剂，可以为早期疫病提供环保和可持续的解决方案。土壤样品。在十月和11月，也从中央邦的Vindhyachal森林的偏远地区收集了植物根材料，称为根瘤菌。样品连续稀释并在营养琼脂培养基上进行条纹进行细菌分离。通过使用PCR和16S区域的分子分析进一步分析培养的细菌以鉴定。这项开创性的研究阐明了微生物学的复杂世界，揭示了各种细菌菌株在促进植物健康中的关键作用，并保护它们免受有害病原体的影响。所研究的细菌包括荧光菌群，Priestia megaterium，枯草芽孢杆菌和一丝叶片芽孢杆菌。这项研究强调了某些细菌在促进植物健康和保护马铃薯免受病原体（包括早期枯萎病）免受病原体的关键作用。这些细菌可能会导致更可持续的农业实践，并增强我们对植物菌相互作用的理解。
四倍体小麦常见抗锈病菌种的全基因组关联研究
1 谷物和工业作物研究中心，农业经济研究与分析委员会 (CREA)，意大利福贾，2 生命科学系，摩德纳和雷焦艾米利亚大学，雷焦艾米利亚，意大利，3 土壤、植物和食品科学系 (Di.SSPA)，巴里“Aldo Moro”大学，意大利巴里，4 国际玉米和小麦改良中心 (CIMMYT)，墨西哥，5 国际干旱地区农业研究中心 (ICARDA)，摩洛哥拉巴特，6 植物病理学系，华盛顿州立大学，美国华盛顿州普尔曼，7 小麦健康、遗传学和质量研究组，美国农业部 - 农业研究服务局 (USDA-ARS)，美国华盛顿州普尔曼，8 可持续农业研究所，Consejo Superior de Investigaciones Cientí西班牙科尔多瓦CSIC植物病理学系，9 美国明尼苏达州圣保罗市明尼苏达大学植物病理学系