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适应性实验室进化对提升非常规酵母菌种生物技术潜力的贡献
摘要：通过选择压力和全基因组重测序控制实验室中的短期进化过程，可以诱导几代生物特性的变化，这有助于确定微生物适应性实验室进化 (ALE) 的遗传基础。由于该技术的多功能性以及对石油基策略替代品的迫切需求，ALE 已在多种酵母中积极开展，主要使用常规酿酒酵母，但也使用非常规酵母。由于转基因生物是一个有争议的话题，而且全球尚未就其使用达成共识，因此 ALE 成为了当前的热门话题，出现了大量采用 ALE 方法的新研究，并在此背景下开发了许多不同的应用。在本综述中，我们首次收集了相关研究，这些研究展示了非传统酵母物种的 ALE 对其生物技术改进的作用，并根据研究目的对其进行了分类，并根据所用的物种、实验结果和所采用的方法对其进行了比较。本综述阐明了 ALE 作为一种强大工具的适用性，可以增强物种特征并提高其在生物技术中的性能，重点是非传统酵母物种，作为替代方法或与基因组编辑方法相结合。
四倍体小麦常见抗锈病菌种的全基因组关联研究
1 谷物和工业作物研究中心，农业经济研究与分析委员会 (CREA)，意大利福贾，2 生命科学系，摩德纳和雷焦艾米利亚大学，雷焦艾米利亚，意大利，3 土壤、植物和食品科学系 (Di.SSPA)，巴里“Aldo Moro”大学，意大利巴里，4 国际玉米和小麦改良中心 (CIMMYT)，墨西哥，5 国际干旱地区农业研究中心 (ICARDA)，摩洛哥拉巴特，6 植物病理学系，华盛顿州立大学，美国华盛顿州普尔曼，7 小麦健康、遗传学和质量研究组，美国农业部 - 农业研究服务局 (USDA-ARS)，美国华盛顿州普尔曼，8 可持续农业研究所，Consejo Superior de Investigaciones Cientí西班牙科尔多瓦CSIC植物病理学系，9 美国明尼苏达州圣保罗市明尼苏达大学植物病理学系
酿酒酵母和新兴酵母菌种合成生物学工具和组装方法的标准化
摘要：利用工程原理重新设计生物体是合成生物学 (SynBio) 的目的之一，因此实验方法和 DNA 部件的标准化变得越来越必要。专注于酿酒酵母工程的合成生物学界一直处于这一领域的前沿，构想出了几种被该界广泛采用的特征明确的合成生物学工具包。在本综述中，我们将讨论为酿酒酵母开发的分子方法和工具包对所需标准化工作的贡献。此外，我们还回顾了为新兴非常规酵母物种设计的工具包，包括解脂耶氏酵母 (Yarrowia lipolytica)、Komagataella phaffii 和马克斯克鲁维酵母 (Kluyveromyces marxianus)。毫无疑问，这些工具包中强调的特征化 DNA 部件与标准化组装策略相结合，极大地促进了许多代谢工程和诊断应用等的快速发展。尽管在常见酵母基因组工程中部署合成生物学的能力不断增强，但酵母界在生物自动化等更复杂、更精细的应用中还有很长的路要走。关键词：标准化、特性、生物部件、酵母工具包、合成生物学、自动化
番茄细菌性斑点病抗性育种进展与挑战
摘要：细菌性斑点病是番茄的一种严重病害，由至少四种黄单胞菌引起。这些菌种包括X. euvesicatoria（T1 菌种）、X. vesicatoria（T2 菌种）、X. perforans（T3 和 T4 菌种）和 X. gardneri，每组菌种的地理分布不同。目前，X. gardneri 和 X. perforans 是北美番茄的两种主要细菌性病原体，其中 X. perforans（T4 菌种）在东海岸占主导地位，而 X. gardneri 在中西部占主导地位。该病害可导致高达 66% 的产量损失。由于缺乏有效的化学防治措施和商业抗性品种，该病害的管理具有挑战性。尽管已经鉴定出主要的抗性基因（R）和数量抗性，但抗细菌性斑点病的番茄育种受到多种因素的阻碍，包括克服抗性的病原体新种群的出现、抗性的多基因控制、连锁累赘、抗性的非加性成分以及幼苗测定和田间抗性之间的低相关性。含有 Bs2 和 EFR 基因的转基因番茄对多个黄单胞菌种群均有效。然而，由于公众的担忧和复杂的监管流程，它尚未实现商业化。基因组学辅助育种、基于效应的基因组学育种和基因组编辑技术可能是实现番茄持久抗细菌性斑点病的新方法。本文的主要目的是了解番茄细菌性斑点病的现状，包括其分布和病原体多样性、疾病管理中的挑战、抗病来源、抗性遗传学和育种，以及新育种方法的未来前景。
通过基于 Cas12a 的 CRISPR 干扰对溶剂产气梭菌进行单基因和多基因抑制
构成梭菌属的革兰氏阳性、产芽孢、专性厌氧厚壁菌种具有广泛的原料消耗能力并产生增值代谢产物，但基因操作困难，限制了它们的广泛吸引力。CRISPR-Cas 系统最近已应用于梭菌种，主要使用 Cas9 作为反选择标记与基于质粒的同源重组结合。CRISPR 干扰是一种通过精确靶向核酸酶缺陷型 Cas 效应蛋白来降低特定基因表达的方法。在这里，我们开发了一种基于 dCas12a 的 CRISPR 干扰系统，用于抑制多种中温梭菌种的转录基因。我们表明，与源自其他细菌的 CRISPR Cas 系统相比，由于梭菌种中的 GC 含量低，基于新凶手弗朗西斯菌 Cas12a 的系统具有更广泛的适用性。我们证实，丙酮丁醇梭菌中靶基因的转录水平降低了 99% 以上，巴氏梭菌中靶基因的转录水平降低了 75% 以上。我们还通过使用单个合成 CRISPR 阵列证实了多重抑制，靶基因表达降低了 99%，并阐明了其表达降低的独特代谢特征。总体而言，这项工作为无需基因编辑的高通量遗传筛选奠定了基础，而基因编辑是梭菌群落当前使用的筛选方法的一个关键限制。
西北医学突破 2018 年 9 月
您的研究兴趣是什么？我的实验室小组研究人类特有的奈瑟菌种，重点研究致病菌种淋病奈瑟菌（淋球菌或 Gc）和脑膜炎奈瑟菌（脑膜炎球菌或 Mc）。虽然有 10 种奈瑟菌种只生活在人类体内，但只有 Gc 和 Mc 会导致病理，从而导致性传播感染：淋病 (Gc)、细菌性脑膜炎 (Mc) 或菌血症（Mc 和 Gc）。我们的大部分工作都围绕 IV 型菌毛展开，这是一种蛋白质细胞器，对定植和致病性至关重要。我们研究 Gc 和 Mc 的菌毛抗原变异系统背后的机制和生物学，这是一个复杂的多样性生成系统，它使用 DNA 重组来改变菌毛主要亚基菌毛蛋白的氨基酸序列。我们正在确定菌毛如何抵御宿主衍生的氧化和非氧化抗菌机制。我们还在确定菌毛纤维在细菌细胞表面的表达方式，以及菌毛伸展和收缩周期的调控因素。最后，我们已开始一个项目，旨在突变 Gc 染色体上的每个非必需基因，为更广泛的研究界提供资源。
淡水虾肠道产酶微生物群落的表征与鉴定
摘要：对淡水虾消化道中降解胞外酶的需氧菌进行了分离。在羧甲基纤维素琼脂平板、淀粉琼脂培养基平板、明胶蛋白胨琼脂培养基平板上分离肠道细菌。在选择性培养基上根据胞外酶对分离的菌株进行定性筛选。根据形态学、生理学和生化特征对菌株进行鉴定，鉴定出芽孢杆菌种。通过使用明胶琼脂培养基、羧甲基纤维素培养基和刚果红CMC培养基以及针对不同酶的淀粉琼脂培养基进行菌落鉴定，分离出芽孢杆菌种。分离物能够水解蛋白质和碳水化合物，表明它们在鱼类营养中的重要性。
香蕉酒的生产及评价（...
香蕉可以作为香蕉汁或与其他果汁混合，凭借其风味和香气在市场上竞争。香蕉酒是一种香气甜美的自制饮料，具有淡淡的水果味、蜂蜜色和独特的口感。所需的主要成分是成熟的香蕉。它可以根据使用的配方制成甜的或干的，你可以将它与其他葡萄酒混合以增加酒体和风味。香蕉酒是一种极好的健康补品，也有助于消化。这种口味独特的果酒富含维生素、钾和锰。它是注重健康的人的最爱。酿酒酵母是参与葡萄酒发酵的最重要的酵母菌种。传统上，由于其最佳的发酵特性，该菌种已被用作进行酒精发酵的发酵剂。出于这个原因，如今酿酒酵母被商业化为活性酵母，并在世界各地的酿酒厂中用于改善发酵过程和葡萄酒质量。
垃圾场微生物（真菌）调查
本研究旨在调查和鉴定与哈科特港 Rumuolumeni 的 Eagle 水泥垃圾场相关的真菌。在两个垃圾场的不同地点采集土壤样本。将土壤样本放入不同的干净尼龙袋中，并在无菌和新鲜制备的平板计数琼脂 (PCA) 上进行培养。所有技术均按照制造商说明的标准实验室条件进行。接种重复三次，并记录为土壤样本中的平均总可行真菌数。从 Eagle 水泥垃圾场分离、表征和鉴定了四 (4) 种真菌。在调查期间分离的所有生物中，鉴定的真菌有黄曲霉、黑曲霉、青霉菌和镰刀菌。黄曲霉菌种的出现率最高，为 36.3%，青霉菌和镰刀菌种的出现率最低（18.2%）。共记录到真菌数量 9.89 × 10 7 ，平均数量为 3.29 × 10 7 。