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新型基因组技术在食品微生物研究中的应用...
欧洲食品和发酵菌种协会 (EFFCA) 和国际益生菌协会 (IPA Europe) 欢迎委员会服务部门为更新欧洲转基因立法而采取的举措。我们同意 2021 年 4 月 29 日发布的欧盟委员会关于新基因组技术 (NGT) 的研究（“根据联盟法律以及欧洲法院在 C-528/16 案中的裁决对新基因组技术的地位进行研究”）的结论，即当前的欧盟转基因框架并不适合目的，没有考虑到新的科学发展和机遇，以解决我们时代的巨大可持续粮食挑战并实现欧盟绿色协议的目标。EFFCA 和 IPA EU 还想回顾一下，新基因组技术开发背后的自然生物学最初是从食品微生物中发现并在工业上加以利用的，正如许多科学出版物所记录的那样（Dal Bello，F. 等人，2024 年）。因此，我们希望呼吁委员会各部门制定一份路线图，对有意发布的立法进行现代化改造，范围包括微生物，包括通过定向诱变和顺式诱变改良的食品培养物。
氟康唑抗性的解脂耶氏酵母临床分离株 CBS 18115 的基因组序列草图
arrowia lipolytica 属于子囊菌门、酿酒菌亚门和双足菌科 (1)。除了工业用途 (2) 之外，Y. lipolytica 还广泛存在于食品、环境和动物中 (1)。由于其能够在 32°C 以上不稳定地生长，因此通常认为该菌种可安全用于工业用途 (1)。Yarrowia lipolytica 是一种机会性病原体，可引起侵袭性念珠菌病 (3)。在体外，该菌种被认为对氟康唑敏感 (4)。第一个 Y. lipolytica 基因组 (CLIB122) 于 2004 年发布 (5)。我们报告了对氟康唑有抗性的 Y. lipolytica 临床分离株的基因组草图，该分离株是从溃疡性结肠炎手术后的血培养中采集的。有趣的是，尽管之前曾接触过唑类药物，但使用梯度浓度试纸法（Etest；bioMérieux），该菌株的氟康唑 MIC 为 0.256 mg/mL。患者成功地用卡泊芬净治疗。该菌株在 35°C 的显色琼脂平板（CAN2；bioMérieux）上生长，并使用 Vitek 基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 仪器（bioMérieux）进行鉴定。在溶菌酶细胞壁消化后，使用 QIAmp DNA minikit（Qiagen）提取基因组 DNA。使用 Illumina DNA 制备标记试剂盒（Illumina）构建文库。简而言之，使用珠状转座子技术和集成 DNA 技术 (IDT) 的 Illumina DNA/RNA 独特双重 (UD) 索引集将 30 ng 总 DNA 片段化并进行索引。使用 Qubit 高灵敏度试剂盒 (Thermo Fisher Scienti ) 对文库进行扩增、纯化和定量。最后，将 9 pM 汇集和变性文库放入 2 250-bp v2 试剂盒 (Illumina) 中，并使用 MiSeq 仪器 (Illumina) 进行测序。使用 CLC Genomics Workbench v22.0 (Qiagen) 中的 Trim Reads v2.5 和 De Novo Assembly v1.5 工具对原始读取进行修剪、组装成重叠群并进行搭建。使用覆盖率与长度图丢弃覆盖率为 , 10 且长度为 , 500 bp 的重叠群 (6)。使用 QUAST v5.0.2 对最终的 scaffold 集进行质量分析 (7)。总基因组大小为 20,255,408 bp，分布在 521 个 scaffold 上（覆盖率为 100 ），N 50 值为 105 kbp（最长 scaffold，397 kbp），GC 含量为 49.03%。AUGUSTUS v3.4.0 (8) 使用白色念珠菌训练数据集预测了 6,151 个蛋白质编码基因，使用 tRNAscan-SE 2.0 检测到了 484 个 tRNA 基因 (9)。使用 BUSCO v5.3.2 和 saccharomycetes_odb10 谱系数据集 (10) 估计基因组完整性为 95.3%。平均核苷酸同一性 (ANI) 计算
系统发育分析揭示了古老的基因重复是 MdtABC 外排泵的起源
抗性-结瘤-分裂家族 (RND) 的外排泵是革兰氏阴性菌内在抗生素抗性的主要贡献者。在该家族中，MdtABC 泵的不同寻常之处在于它具有两个内膜组件。这两个组件 MdtB 和 MdtC 是同源物，因此很明显这两个组件是由基因复制产生的。在本文中，我们描述了在其他 RND 背景下对 MdtBC 泵进行系统发育分析所获得的结果。我们表明，各个内膜组件（MdtB 和 MdtC）在整个变形菌种中都是保守的，它们的存在是单个基因复制的结果。我们认为这种基因复制是一个古老事件，发生在变形菌分为 Alpha、Beta 和 Gamma 类之前。此外，我们发现 MdtABC 泵和铜绿假单胞菌的 MexMN 泵具有密切的共同祖先，这表明 MexMN 泵是由原始 Mdt 祖先的另一次基因复制事件产生的。总之，这些结果揭示了 RND 外排泵的进化，证明了 Mdt 泵的古老起源，并表明核心细菌外排泵库在整个进化过程中总体上是稳定的。
o r i g i n a l r e s a r c h葡萄牙第三中心的真菌性角膜炎的10年回顾性临床分析
目的：确定第三纪转诊中心真菌角膜炎的微生物特征，危险因素，治疗和手术干预率。方法：从2009年至2019年进行了Centro HospitalArtivertáriodeSãoJoão大学对住院的患者的微生物和医疗记录的回顾性回顾。结果：总体而言，我们的研究中包括43名患者。患者的平均年龄为63.7岁，男性为46.5％。在培养物中分离出22（51.2％）丝状真菌和21（48.8％）酵母。 念珠菌物种（n = 20，46.5％），镰刀菌种（n = 10，23.4％）和曲霉物种（n = 4，9.3％）是最常见的分离物种。 重要的危险因素是隐形眼镜使用（n = 24，55.8％），局部皮质类固醇的长期使用者（n = 19，44.2％）和先前的角膜炎（n = 19，44.2％）。 酵母菌株与丝状皮质类固醇的长期使用者相比，长期使用者的统计学意义更高（p = 0.043）。 24例（55.8％）需要手术干预，其中23例接受了治疗性穿透性角膜造成术。 眼并发症，例如12例患者（27.9％）和5例（11.6％）的眼部并发症。 在处理后，没有发现最佳校正视力（BCVA）的统计学上的显着变化（p = 0.687）。 结论：大多数真菌性角膜炎患者都有相关的危险因素。 丝状和酵母菌物种具有同样普遍的病因。 通常，我们的结果反映出真菌性角膜炎的方法和治疗方法可能是多么困难和挑战。在培养物中分离出22（51.2％）丝状真菌和21（48.8％）酵母。念珠菌物种（n = 20，46.5％），镰刀菌种（n = 10，23.4％）和曲霉物种（n = 4，9.3％）是最常见的分离物种。重要的危险因素是隐形眼镜使用（n = 24，55.8％），局部皮质类固醇的长期使用者（n = 19，44.2％）和先前的角膜炎（n = 19，44.2％）。酵母菌株与丝状皮质类固醇的长期使用者相比，长期使用者的统计学意义更高（p = 0.043）。24例（55.8％）需要手术干预，其中23例接受了治疗性穿透性角膜造成术。眼并发症，例如12例患者（27.9％）和5例（11.6％）的眼部并发症。在处理后，没有发现最佳校正视力（BCVA）的统计学上的显着变化（p = 0.687）。结论：大多数真菌性角膜炎患者都有相关的危险因素。丝状和酵母菌物种具有同样普遍的病因。通常，我们的结果反映出真菌性角膜炎的方法和治疗方法可能是多么困难和挑战。关键字：真菌角膜炎，危险因素，医疗疗法，穿透性角膜生成形术，视觉结果
乳酸杆菌对某些细菌的抗菌活性......
乳酸菌 (LAB) 又称乳酸杆菌目，属于革兰氏阳性菌目，具有耐酸性、发酵性强、不呼吸、不产孢的特点，呈杆状/或球形。它们喜欢厌氧条件，缺乏细胞色素。它们通常产生乳酸，本质上不产孢，并且不会移动。乳酸菌具有将碳水化合物发酵成乳酸的能力，这种特性在食品工业中得到了广泛的利用。气球菌、链球菌、乳酸菌、肠球菌、小球菌、乳酸杆菌、棒状杆菌和迷走球菌是适应在各种环境条件下生长的乳酸菌种的几个例子。它们可以在某些植物表面、土壤、乳制品、贝类和某些动物消化道中发现（Gatesoupe，1998 年）。尽管乳酸菌并不构成正常肠道微生物群中大多数物种，但人们已经进行了大量努力来人为地提高它们的优势地位（Verschuere 等人，2000 年）。根据它们分解碳水化合物的方式，乳酸菌分为两组。同型发酵组使用 Embden-Meyerhof-Parnas（糖酵解）途径将碳源主要转化为乳酸。通过使用磷酸酮醇酶
操纵患病的口腔微生物群
摘要：龋齿和牙周病是全球最常见的疾病之一。其病因根源在于口腔内的微生物活动，通过产生有害代谢物并引发潜在的不良宿主免疫反应。由于抗菌素耐药性的威胁日益增加，需要采取替代方法来重新平衡这种平衡。测序技术的进步已经确立了疾病与口腔菌群失调之间的联系，商业企业正在寻求鉴定益生菌和益生元配方，以通过定植或促进有益微生物的生长来应对可预防的口腔疾病。常驻菌种的代谢特性和免疫调节能力是健康状况的基础。对口腔代谢环境的研究已经阐明了共生菌和致病菌之间的关系，例如，可发酵碳水化合物的连续代谢被认为是致龋性产酸的关键。因此，关注口腔环境的生态稳态维护可能是最合适的健康保护方法。在这篇评论中，我们讨论了维持健康口腔环境的生态方法，并讨论了益生菌和益生元补充剂的潜在用途，特别是针对维持口腔环境以保持微妙平衡的微生物群。
2.4.4 基因组编辑和表观基因组编辑
• 日本在培育有用微生物菌种、改良农畜产品、基因治疗的应用等各开发领域都处于世界领先水平，并通过与大学机构、大企业、风险投资公司、捐赠基金会等密切合作，进一步提高研发能力。 CRISPR Therapeutics、Editas Medicine、Intellia Therapeutics、Beam Therapeutics等多家创业公司正在农作物开发、工业能源开发、人类疾病治疗等领域开展前沿研发。 • 我们已获得CRISPR/Cas9、Cas12、Cas13以及大部分CRISPR相关基础技术和应用技术的知识产权。 • TALAEN 在高油酸大豆的开发和工业应用方面取得了进展。 • 积极推进体内和体外基因组编辑治疗。针对莱伯先天性黑蒙的体内基因组编辑治疗的临床试验已经开始。 • 使用 ZFN 和 CRISPR 的基因组编辑疗法以及更安全的表观遗传编辑疗法的研究、开发和临床试验正在进行中。该公司已在FDA注册了30多项临床试验，在基因治疗研究领域处于世界领先地位。 • 新型核酸检测技术（Sherlock和DETECTR）已经研发成功，正在开发作为新冠病毒的POCT诊断技术。
龋齿疫苗：概述
摘要 龋齿是人类最常见的疾病之一。它是一种由微生物引起的传染病，导致牙齿钙化组织的局部溶解和破坏。它是一种由宿主、病原体和环境因素等多种因素引起的疾病。变形链球菌、嗜酸乳杆菌和粘性放线菌等微生物是引起和发展龋齿的主要致病菌种。印度调查显示，学龄儿童的龋齿患病率为 58%。美国人口调查显示，儿童的龋齿患病率为 45.3%，成人的龋齿患病率为 93.8%。如果我们能够彻底根除龋齿，那么无论是使用再矿化剂进行预防还是使用修复材料进行治疗，牙科治疗的费用都可以大大降低。因此，社区健康的最终目标是彻底消除这种疾病。龋齿疫苗的开发对根除这种微生物疾病大有裨益。关键词：龋齿、传染病、微生物、变形链球菌、预防、龋齿疫苗。版权所有@2020：这是一篇开放获取的文章，根据知识共享署名许可条款分发，允许在任何媒体中不受限制地使用、分发和复制，用于非商业用途（非商业或 CC-BY-NC），前提是注明原作者和出处。
探索海洋环境中塑料生物膜的形成和大肠杆菌的定植
摘要 微生物（包括潜在病原体）可在水环境中的塑料表面定殖。本研究调查了大肠杆菌（E. coli）作为水环境中粪便病原体的替代物对塑料颗粒的定殖情况。将来自污染海滩的塑料颗粒放置在添加了大肠杆菌的海水水族箱中。多种细菌（主要来自变形菌门）在 24 小时内迅速在颗粒上定殖，其中值得注意的是以塑料或碳氢化合物降解而闻名的菌种。在 26 天内，塑料表面形成了生物膜，细菌种群达到 6.8 10 5 个 16S rRNA 基因拷贝数 (gc) mm 2 。使用培养方法在颗粒中检测到大肠杆菌长达 7 天，无论来源或环境因素如何，其附着密度均有所不同。该研究强调塑料生物膜是大肠杆菌的储存器，有助于粪便细菌在水生系统中生存和持续存在。这些发现加深了我们对海洋环境中塑料污染相关风险的理解，深入了解了粪便指标的行为及其对水质评估的影响，同时提供了有关塑料相关微生物群落中潜在病原体传播的宝贵信息。
马里抗酸阳性疑似结核病患者中非结核分枝杆菌的流行情况
分枝杆菌属包括导致人类和动物结核病 (TB) 的结核分枝杆菌复合群 (MTBC) 的种、导致麻风病的麻风分枝杆菌，以及通常称为非典型或非结核分枝杆菌 (NTM) 的分枝杆菌种，其中包括导致布鲁里溃疡的溃疡分枝杆菌。与 MTBC 组成员不同，NTM 不是人类的专性寄生虫，而是土壤和水的正常居民，可以在天然水源和处理过的水源中找到 [1]。已正式确认的 NTM 有 200 多种 [2]，其中已知约 25 种与人类疾病密切相关。一些种与引起类似 TB 症状的肺部疾病有关 [1]。由于它们的栖息地，人类每天都会接触到这些细菌。因此，必须将 NTM 病与简单的定植或临床样本污染（例如自来水）区分开来 [1,3]。与结核病不同，NTM 引起的疾病的全球流行病学尚不明确。从临床标本中分离 NTM 的病例主要见于工业化国家，患病率和发病率各不相同。基于肺部标本分离株的研究报告称，2004 年至 2006 年美国的患病率为每 100,000 人 1.4 至 6.6 人 [ 4 ]，2010 年加拿大安大略省的患病率为每 100,000 人 9.8 人 [ 5 ]，2020 年德国的患病率为每 100,000 人 5.8 人 [ 6 ]。也有报告称，2012 年英格兰的发病率为每 100,000 人 6.1 人 [ 7 ]，2020 年德国的发病率为每 100,000 人 5.3 人 [ 6 ]。在结核病流行国家，NTM 的报告频率较低，并且主要发生在高危人群中，特别是具有易感条件或免疫力低下的人群 [ 8 ]。然而，工业化国家的经验表明，结核病负担的下降也增加了发现的 NTM 病例数。随着另一种环境下结核病防治规划的加强，我们或许也会看到类似的情况，对中低收入国家而言，诊断和临床治疗的挑战将日益加大[9]。NTM 肺病的诊断基于临床、放射学和微生物学标准[1]。在大多数资源有限的国家，基本上无法进行以实验室为基础的 NTM 检测，无法与 MTBC 相区分并确定其菌种。显微镜检查是最容易获得的技术，它将 MTBC 和 NTM 识别为抗酸杆菌 (AFB)，但无法区分它们。自 2010 年以来，世界卫生组织 (WHO) 已推荐使用 GeneXpert MTB/RIF（Xpert）等快速分子检测作为结核病诊断的初始检测，该检测具有更高的灵敏度和特异性 [10]。该检测仅可识别样本中是否存在 MTBC 菌种。如果 AFB 阳性痰液样本经 Xpert 检测呈 MTBC 阴性，则可能提示感染 NTM [11]。在马里，已报道过 NTM 感染病例，特别是在抗结核治疗失败或结核病治愈后复发的患者中 [ 12 ]。在该国引入 Xpert 后，AFB 涂片阳性而 Xpert 检测阴性的疑似 NTM 感染病例报告更频繁 [ 13 ]。