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耐卡巴培南肠杆菌 – 第三次更新
肠杆菌科细菌，如肺炎克雷伯菌和大肠杆菌，对碳青霉烯类抗生素的耐药性对欧盟/欧洲经济区 (EU/EEA) 国家的患者和医疗保健系统构成了重大威胁。自 2019 年欧洲疾病预防控制中心发布最新一期耐碳青霉烯类肠杆菌科细菌 (CRE) 快速风险评估以来，有各种迹象表明欧盟/欧洲经济区的流行病学状况正在持续恶化。这些迹象包括 (a) 由于医院内持续传播高危谱系的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌，23 个欧盟成员国的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌血流感染发病率增加；(b) 肺炎克雷伯菌的毒力和耐药性趋于一致，包括携带碳青霉烯酶基因的高毒力肺炎克雷伯菌 ST23 在医院内的传播；(c) 新出现的携带碳青霉烯酶基因的肠杆菌科细菌种； (d) 质粒介导的碳青霉烯酶基因传播，引起医院内和整个医疗保健网络内的疫情爆发；(e) 增加对携带碳青霉烯酶基因的高危谱系大肠杆菌分离株（包括孤立病例和聚集性病例）的检测，这些分离株有在社区传播的风险。
theta爆发刺激促进了实验性自身免疫性脑脊髓炎
抽象背景/目标。多发性硬化症（MS）是一种神经系统的免疫介导的疾病，在神经退行器过程中，肌鞘被破坏。实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）是MS的动物模型，其中保存髓磷脂和轴突的再髓质可以改善神经元的存活。该研究的目的是通过自身免疫性炎症和间歇性（i）Theta爆发刺激（TBS） - ITB或连续TBS（CTB）来评估神经元组织的激活能力，并基于巢穴中的星形胶质细胞，寡头胶质细胞和neuu-rocys和neuu-rons和Neuy-rocys和neuu-rocys的表达谱。方法。使用两种形式的TBS（ITB和CTB）来延长轴突可以重新送轴突的周期。已经研究了ITB或CTBS原始菌种如何用胶质原纤维酸性蛋白，髓磷脂碱性蛋白（MBP）和neu-ronal核蛋白在大鼠脊髓中影响巢蛋白的表达谱。在骨科水平下的变化。结果。获得的结果表明，两种方案（ITB和CTB）都增加了NESIN和MBP的表达，并降低了EAE大鼠脊髓中的星形胶质细菌。结论。TBS在EAE中的治疗潜力有助于提高从脊髓损伤中恢复的内在能力。关键词：脑脊髓炎，自身免疫性，实验性；多发性硬化症;神经再生； Nestin;老鼠；脊髓;经颅磁刺激。
综合分析临床肠球菌分离株产生的细菌素及其对VRE等肠球菌的抗菌活性
肠球菌可产生具有抗菌活性的细菌素，但尚未对肠球菌菌株中的细菌素分布进行全面的分析。本研究对80株粪肠球菌和38株屎肠球菌进行了细菌素基因鉴定，并研究了它们的抗菌活性。80株粪肠球菌中鉴定出细胞溶素基因（61.3%）、肠溶素A基因（27.5%）和BacL 1基因（45.0%）。38株屎肠球菌中鉴定出肠素A基因（97.4%）、肠素B基因（2.6%）、肠素NKR-5-3B基因（21.0%）、细菌素T8基因（36.8%）和BacAS9基因（23.7%）。对所有菌株进行了针对粪肠球菌和屎肠球菌的抗菌活性测试。溶细胞素、肠溶素 A、BacL 1 、细菌素 T8 或 BacAS9 基因阳性的菌株表现出不同的抗菌活性。几种细菌素阳性菌株对其他肠球菌种表现出抗菌活性，但对葡萄球菌或大肠杆菌没有抗菌活性。此外，肠溶素 A 阳性菌株对耐万古霉素的屎肠球菌表现出抗菌活性，而细菌素 T8 或 BacAS9 阳性菌株对耐万古霉素的粪肠球菌和屎肠球菌表现出活性。我们的研究结果表明携带不同细菌素基因的屎肠球菌和屎肠球菌菌株可能会影响周围细菌群落的组成。
多组学分析揭示了胎羊肠道中存在微生物组
摘要 目的 微生物暴露对新生儿和婴儿的发育、生长和免疫至关重要。然而，胎儿出生前肠道中是否存在微生物组仍存在争议。本研究以足月无菌子宫切除术分娩的羔羊为动物模型，使用多组学方法研究产前肠道中微生物组的存在。设计 羔羊在无菌剖腹产后立即安乐死，并在无菌条件下获取其盲肠内容物和脐带血样本。使用宏基因组学和宏转录组测序评估盲肠内容物样本，以表征任何现有的微生物组。两种样本类型都使用代谢组学进行分析，以检测微生物代谢物。结果 我们在产前胎儿肠道中检测到了低多样性和低生物量的微生物组，主要由属于变形菌门、放线菌门和厚壁菌门的细菌组成。大肠杆菌是胎儿肠道中最丰富的菌种。我们还检测到多种微生物代谢物，包括短链脂肪酸、脱氧野尻霉素、丝裂霉素和妥布霉素，进一步表明存在代谢活跃的微生物群。此外，在胎儿肠道中检测到噬菌体 phiX174 和 Orf 病毒以及抗生素抗性基因，这表明携带抗生素抗性基因的噬菌体、病毒和细菌可以在妊娠期间从母亲传播给胎儿。结论这项研究提供了强有力的证据，表明胎儿肠道中存在微生物群，并且胎儿肠道的微生物定植始于子宫内。
2020 年以后微生物诊断发生了什么变化......
近年来，耳念珠菌已成为一种具有临床重要性的机会性酵母菌，因为它会导致高危人群（包括重症患者和免疫抑制患者）感染。此外，它对许多抗真菌治疗具有耐药性，并在医院环境中持续存在，导致医院疫情难以控制和根除。早期准确诊断耳念珠菌感染至关重要，但这种微生物很难通过常用的识别系统进行识别，而且经常被误认为是其他念珠菌种。Alvarado 等人 [1] 描述了常规和实时 PCR 方法的开发，该方法利用某些糖基磷脂酰肌醇 (GPI) 修饰的蛋白质编码基因的独特性，准确快速地识别耳念珠菌并将其与密切相关的物种区分开来。他们针对每个物种（包括 C. auris、C. haemulonii、C. pseudohaemulonii、C. duobushaemulonii、C. lusitaniae 和 C. albicans）设计了针对两种独特的 GPI 蛋白编码基因的物种特异性引物。此外，使用 155 个 C. auris 分离株（包括所有已知的遗传多样性进化枝）验证了 C. auris 引物的效率。所有引物组合均表现出极好的物种特异性，在实时多重 PCR 中，C. auris 很容易与其他相关物种区分开来。C. auris 的检测限为 5 CFU/反应，阈值为 32，该方法还能够检测到加标血液和血清中的 C. auris。作者得出结论，这种基于独特 GPI 蛋白编码基因的 PCR 鉴定方法可以准确、快速地鉴定 C. auris 和相关物种。
链格孢属植物的拉曼和量子化学研究。
纸上的真菌色素：链格孢属菌种的拉曼和量子化学研究。Victor V. Volkov 和 Carole C. Perry* 诺丁汉特伦特大学科学技术学院跨学科生物医学研究中心，克利夫顿巷，诺丁汉 NG11 8NS，英国。摘要为了加深对影响图书馆、博物馆和档案馆的文化遗产的真菌分子生物化学的了解，我们研究了拉曼光谱在识别纸上真菌有色发色团组成的诊断能力。在本研究中，我们探索了共振拉曼在区分高湿度下在纸上生长的真菌丝中的发色团的诊断能力，重点是表征链格孢属菌种的发色团。为了促进分子分析，我们对在紫外-可见光谱范围内具有光吸收的代表性代谢物进行了量子化学计算。通过理论与实验的比较，我们发现，在成熟的菌丝丝中存在 fonsecin、erythroglaucin 和 aurasperone 类型的发色团，而 β-胡萝卜素在纸面上的酵母沉积物中占主导地位。成熟丝的共振拉曼光谱表明，比 β-胡萝卜素更长的胡萝卜素对光谱特征的贡献更大。利用微观分辨率，我们在丝从酵母沉积物开始的空间区域中区分了丰富的拉曼特征集，这些特征集被归因于木质素、flavoglaucin、核黄素、cycloleucomelon(e) 和 asperyellone 分子成分。在这些区域中，丝的微结构刺激了成熟三维支架的发育，拉曼共振的多样性证实了发育结构具有丰富的生物化学性质。这里介绍的特征真菌发色团和代谢物的光学和光谱响应计算库对于理解真菌对各种纸制品（包括书籍、版画、素描、水彩画、雕刻甚至雕塑）的影响以及设计基于真菌菌丝垫的下一代材料至关重要。 关键词 拉曼、显微镜、真菌、纸、光学、密度泛函理论 引言 真菌界早期 [1] 的专业化归因于原真菌细胞在概念上依赖可渗透壁的生物学来提供快速分子运输和外部消化食物。后者在我们的生活中对真菌起着至关重要的作用：在工业和文化中。如果说系统地使用真菌作为生产剂的理念自直观的古代发酵以来一直发展缓慢，直到 19 世纪末设计出第一种草酸生产的药物化学方案 [2]，那么，人们直到最近几十年才开始意识到真菌作为我们日常生活中的积极参与者，无论是作为病原体，还是作为共生体，或者作为一种冷漠竞争的生命力，只有在了解这些生物组成了自己的王国之后，我们才能理解它们之间的区别 [3]。真菌对人类文化有着巨大的影响，这里我们讨论的是保存在纸质文物中的遗产。纸是一种由纤维素纤维制成的片状材料。在过去的两千年里，纸张是日常使用中信息存储和传输的主要“载体”，取代了蜡和粘土板、桦树皮和皮革羊皮纸。作为一种由多糖链构成的吸湿性有机材料，纸可能是许多微生物的营养来源。真菌是导致纸张降解的主要菌群 [4 ]。它们是图书馆、档案馆和博物馆中书面和印刷遗产的主要威胁 [5 ]。各种曲霉菌、镰刀菌、木霉菌、漆霉和青霉菌都能在纸上有效生长，并引起纸张基质的化学改变。
使用根瘤菌在加工西红柿中增强植物防御：一种克服早期疫病和替代毒素的生物培训方法
具有对植物致病真菌的拮抗活性的植物生长根瘤菌（PGPR）是基于生物防治活性开发新型植物保护产品的宝贵候选者。这种产品制定的第一步是筛选所选微生物的潜在效果。在这项研究中，从番茄植物的根际分离了非致病性根瘤菌，并评估了其对三种产生霉菌毒素的替代品的生物防治活性。对其生物防治潜力的评估涉及研究真菌生物量和替代毒素的减少。开发的排名系统允许在最初的85个分离株中识别12种表现最佳菌株。几个根瘤菌显示出真菌生物量（高达76％）和/或霉菌毒素产生（高达99.7％）的显着降低。此外，相同的分离株还表现出植物生长促进（PGP）特征，例如铁载体或IAA产生，无机磷酸盐溶解和氮固定，从而确保PGPR的多面性质。芽孢杆菌种，尤其是双链球菌和两种枯草芽孢杆菌菌株，在减少真菌生物量方面表现出最高的效率，并且在降低霉菌毒素的产生方面也有效。分离物，例如肠杆菌Ludwigii，肠杆菌，肠杆菌，Nematodiphila，Pantoea groglomerans和Kosakonia cowanii表现出适度的效果。结果表明，通过利用不同微生物菌株的多种能力，一种基于财团的方法将提供更广泛的效果，从而为可持续农业提供了更令人鼓舞的解决方案，并解决了与作物相关的生物挑战的多面性质。
从硝酸盐和重金属污染含水层中分离的红杆菌菌株的基因组特征和普遍负选择
摘要 Rhodanobacter 菌种在受到酸、硝酸盐、金属放射性核素和其他重金属污染的橡树岭保留区 (ORR) 地下环境中占主导地位。为了揭示适应这些混合废物环境的基因组特征并指导遗传工具开发，我们对从 ORR 地点分离的八株 Rhodanobacter 菌株进行了全基因组测序。基因组大小范围为 3.9 至 4.2 Mb，包含 3,695 至 4,035 个蛋白质编码基因，GC 含量约为 67%。根据全长 16S rRNA 序列，七株菌株被归类为 R. denitricans，一株菌株 FW510-R12 被归类为 R. thiooxydans。根据基因注释，全基因组扩增率（泛/核心基因比率）最高的两个直系同源物簇（COG）是“复制、重组和修复”和“防御机制”。除NosZ中预测的蛋白质结构差异外，反硝化基因具有高度的DNA同源性。相反，重金属抗性基因多种多样，其中7％至34％位于基因组岛中，这些结果表明起源于水平基因转移。对四个菌株的甲基化模式分析揭示了独特的5mC甲基化基序。与类型菌株2APBS1相比，大多数直系同源物（78％）的非同义替换与同义替换之比（dN/dS）小于1，表明负选择普遍存在。总体而言，结果为水平基因转移和负选择在污染田间基因组适应中的重要作用提供了证据。罗丹诺杆菌菌株中复杂的限制-修饰系统基因和独特的甲基化基序表明其对基因操作具有潜在的抵抗力。
在溃疡性结肠炎患者中，细菌伴侣与粪便微生物移植衰竭的持续粘膜定植和粪便代谢功能障碍
粪便微生物移植（FMT）为治疗溃疡性结肠炎（UC）提供了希望，尽管治疗失败的机制尚不清楚。这项研究利用了纵向收集的结肠活检（n = 38）和粪便样本（n = 179），来自19名患有轻度至中度UC的成年人接受串行FMT，其中抗菌预处理和递送模式（capsules versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus sorge均可评估临床响应（从临床上降低）。结肠活检进行了双RNA-Seq；粪便样品接受了平行的16S rRNA和shot弹枪元基因组测序以及未靶向的代谢组分分析。与反应性（R）患者相比，无反应性（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜增加了细菌的负担，包括细菌的负担增加，这些细菌表达了更多的抗菌耐药性基因。NR患者还表现出先天免疫抗菌反应基因的粘膜表达。FMT，NR和R粪便微生物组和代谢组表现出明显的差异。NR代谢组具有升高的免疫刺激化合物，包括鞘磷脂，溶血磷脂和牛磺酸。nr粪便微生物组富含菌丝脆弱的菌丝和细菌剂盐菌株，这些菌株编码了能够生产牛磺酸的基因。这些发现表明，有效的粘膜微生物清除率和重新引入细菌，使腔内代谢与FMT成功相关，以及持续的粘膜粘膜和粪便抗菌细菌菌种物种可能会导致FMT失败。
从硝酸盐和重金属污染含水层中分离的红杆菌菌株的基因组特征和普遍负选择
摘要 Rhodanobacter 菌种在受到酸、硝酸盐、金属放射性核素和其他重金属污染的橡树岭保留区 (ORR) 地下环境中占主导地位。为了揭示适应这些混合废物环境的基因组特征并指导遗传工具开发，我们对从 ORR 地点分离的八株 Rhodanobacter 菌株进行了全基因组测序。基因组大小范围为 3.9 至 4.2 Mb，包含 3,695 至 4,035 个蛋白质编码基因，GC 含量约为 67%。根据全长 16S rRNA 序列，七株菌株被归类为 R. denitricans，一株菌株 FW510-R12 被归类为 R. thiooxydans。根据基因注释，全基因组扩增率（泛/核心基因比率）最高的两个直系同源物簇（COG）是“复制、重组和修复”和“防御机制”。除NosZ中预测的蛋白质结构差异外，反硝化基因具有高度的DNA同源性。相反，重金属抗性基因多种多样，其中7％至34％位于基因组岛中，这些结果表明起源于水平基因转移。对四个菌株的甲基化模式分析揭示了独特的5mC甲基化基序。与类型菌株2APBS1相比，大多数直系同源物（78％）的非同义替换与同义替换之比（dN/dS）小于1，表明负选择普遍存在。总体而言，结果为水平基因转移和负选择在污染田间基因组适应中的重要作用提供了证据。罗丹诺杆菌菌株中复杂的限制-修饰系统基因和独特的甲基化基序表明其对基因操作具有潜在的抵抗力。