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World File Search System菌群
依赖饮食的宿主代谢产物形成肠道菌群以防止自身免疫性
此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年5月13日。; https：//doi.org/10.1101/2023.11.02.565382 doi：biorxiv Preprint
脂肪因子和细菌代谢产物：连接肥胖和肠道菌群营养不良的关键分子桥与靶标
摘要：脂肪因子是脂肪组织产生的必需介质，并发挥多种生物学功能。特别是脂联素，瘦素，抵抗素，IL-6，MCP-1和PAI-1在脂肪组织与其他参与代谢，免疫和血管健康的器官之间的串扰中发挥了特定的作用。在肥胖症期间，脂肪因子失衡发生并导致低度促进症状状态，促进与胰岛素抵抗相关的糖尿病及其血管并发症。肥胖与肠道菌群营养不良之间的因果关系已证明。The deregulation of gut bacteria communities characterizing this dysbiosis influences the synthesis of bacterial substances including lipopolysaccharides and specific metabolites, generated via the degradation of dietary components, such as short-chain fatty acids, trimethylamine metabolized into trimethylamine-oxide in the liver and indole derivatives.新兴证据表明，这些细菌代谢物调节脂肪因子生产和作用涉及的信号通路。本综述总结了肠道细菌衍生的代谢产物与肥胖中脂肪因子失衡之间的分子联系的当前知识，并强调了它们在与氧化应激，炎性，炎症，胰岛素抵抗和血管疾病有关的关键病理机制中的作用。鉴于脂肪因子和细菌代谢物之间的这种相互作用，该评论强调了它们的相关性（i）是伴有临床生物标志物，以更好地探索肥胖和肠道菌群中的代谢，炎症和血管并发症和肠道微生物群体疾病的疾病，以及（ii）的目标，以实现新的抗毒性和抗抗Antipy Antipy Antipy Antiply Antipleant和（II）。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
剖析菌群和宿主遗传学在Card9 - / - 小鼠对结肠炎的敏感性中的作用
抽象背景炎症性肠病（IBD）的病因尚不清楚，但涉及遗传学和环境因素，包括肠道菌群。的确，胃肠道免疫系统向肠道微生物群的加剧激活发生在遗传易感的宿主中，并在环境的影响下发生。例如，大多数IBD易感性基因座都位于与免疫反应有关的基因中，例如caspase招募域成员9（Card9）。然而，在Card9缺乏症的背景下，基因型与微生物群对结肠炎的相对影响仍然未知。结果Card9基因直接有助于从硫酸葡萄糖钠（DSS）诱导的结肠炎中恢复，通过诱导细胞因子IL-22的结肠表达和抗菌肽REG3β和REG3γ和Reg3γ，独立于微生物群。另一方面，调节生产AHR配体的微生物群的能力是必需的，这导致结肠中产生IL-22，从而促进结肠炎后的恢复。此外，交叉促进实验表明，断奶后5周，断奶前从护理母亲传播的微生物群对幼犬的色氨酸代谢具有比幼犬自己的基因型更强烈的影响。结论这些结果表明，Card9及其效应IL-22在介导微生物群依赖性和微生物群依赖性的指导中介导DSS诱导的结肠炎的恢复中的作用。card9基因型可调节产生AHR配体的微生物群代谢能力，但是在断奶前植入WT或“健康”微生物群可以覆盖这种作用。它突出了免疫系统和微生物群之间发生断奶反应的重要性，对宿主代谢和免疫功能一生。更好地理解遗传学对微生物群代谢的影响是为患有复杂炎症性疾病的患者发展有效的治疗策略的关键。关键词肠道菌群，遗传学，代谢，card9，IL-22，TRP代谢，AHR配体，乳酸杆菌
饮食大麦麦芽黑色素蛋白的肠道菌群调节
摘要：黑色素蛋白是通过长时间和强烈的加热在食品中生产的最终的maillard反应产物（蛋白质 - 碳水化合物复合物）。我们评估了大麦麦芽中黑色素蛋白消费对肠道菌群的影响。七十只小鼠分为五组，在那里对照组消耗非黑素蛋白麦芽饮食，而其他组则以25％的增量为25％至100％的黑色素麦芽糖。粪便进行采样，并使用V4细菌16S rRNA扩增子测序和短链脂肪酸（SCFA）确定菌群。发现黑色素蛋白增加会导致肠道微生物蛋白质发散显着，并支持持续的SCFA产生。dorea，振荡杆菌和静脉曲张的相对丰度减少了，而乳酸杆菌，帕拉索氏菌，阿克氏菌，双杆菌和barnesiella则增加了。双杆菌属。和Akkermansia spp。在消耗黑色素素量最高的小鼠中显着增加，这表明益生元的潜力显着。
Rickettsia物种与tick菌群的差异相互作用。 Sanguineus和Rh。 turanicus 更改白虾对谷物vannamei的肠道细菌群体喂了绿色海藻 地球生命的天体生物学
tick传播的立克斯曲霉是由立克属的革兰氏阴性细菌引起的，构成了日益增长的全球威胁，各种节肢动物载体为它们的传播做出了贡献。了解壁虱微生物群中的复杂相互作用，包括立克氏症的作用，对于阐明立克疾病的动力学至关重要。在这里，我们研究了RH的Rickettsia的分类学概况和共发生网络。sanguineus sensus lato（s.l.）和RH。turanicus tick虫，揭示了立克群体的社区组成和局部连通性的显着差异。虽然这两个壁虱物种的微生物群都有共同的分类单元，但相对丰度和网络拓扑的明显差异表明了独特的生态壁ches。此外，鲁棒性分析表明对扰动的韧性有所不同，这表明网络组织的策略不同。我们的发现还强调了tick物种之间的代谢差异，这表明对立克相互作用的潜在影响。总体而言，这项研究提供了有关壁虱中复杂的微生物景观的见解，从而阐明了与立克相关的功能冗余和代谢途径，从而促进了我们对tick传播疾病的理解。
肠道菌群在饮食失调中的作用
几项研究记录了EDS个体肠道微生物群组成的改变。例如，神经性厌食症的患者通常表现出微生物多样性降低和有益细菌和有害细菌之间的失衡。这种营养不良与肠道通透性，炎症和新陈代谢改变有关，这可能会进一步加剧厌食症的症状，包括焦虑，强迫症和饱腹感信号传导。同样，患有暴饮暴食障碍和神经性贪食症的个体已经显示出与炎症增加和肠脑信号受损相关的菌群谱[3]。
人类皮肤细菌群落对益生菌的反应（...
摘要：引入菌株或财团通常被认为是恢复微生物生态系统的潜在解决方案。对皮肤菌群的广泛研究导致可能治疗营养不良的益生菌产物（带有活细菌菌株）。但是，尚未研究此类引入对土著菌群的影响。在这里，通过每天使用Reuteri DSM 17938对志愿者的前臂皮肤的应用，我们在体内研究了益生菌对土著皮肤细菌群体多样性的影响，使用终端延伸片段长度多态性（T-RFLP）进行了3周。结果表明，Reuteri DSM 17938接种物对土著社区具有短暂的影响，因为在皮肤微生物群中观察到了弹性现象。此外，Reuteri DSM 17938监测表明，尽管使用了2周后，但仍有很高的检测水平，但此后，定殖速率急剧下降。益生菌定植率与土著微生物群落结构的影响显着相关。这些初步结果表明，益生菌使用的成功和潜在的健康受益在于与人类微生物群的相互作用。
揭示了来自单个人类皮肤部位的共生菌群的多样性
。CC-BY 4.0国际许可证。根据作者/资助人提供了预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月25日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2024.11.28.625817 doi：Biorxiv Preprint
饲料牛的牛呼吸菌群及其与疾病的关联
摘要牛呼吸道疾病（BRD）是牛奶行业中最常见和最昂贵的疾病之一，对全球粮食安全和该行业的经济稳定产生了重大不利影响。牛呼吸道微生物组与健康和疾病密切相关，可以在治疗BRD时提供替代治疗的见解。like特异性的微生物组群落，将上呼吸道和下呼吸道的表面定居，由动态和复杂的生态系统组成。呼吸生态系统中的不平衡与BRD之间的相关性已成为热门研究主题。因此，我们总结了BRD的发病机理和临床迹象以及呼吸菌群的改变。当前的研究技术和健康呼吸道中的微生物组的生物地球化学也得到了回顾。我们讨论了驻留微生物和病原体定植的过程以及宿主的免疫反应。尽管在某种程度上已经揭示了微生物群和BRD之间的关联，但解释了BRD与呼吸微生物营养不良有关的发展可能会成为即将进行的研究的方向，这将使我们能够更好地理解呼吸道微生物组的重要性及其对动物健康和性能的贡献。关键字：牛，牛呼吸道疾病，菌群，生物地理学，宿主微生物相互作用，肺炎