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World File Search System质谱
定量质谱成像：治疗和
有几种用于MSI研究的不同技术可以将其分类为硬和软电离技术。硬电离是指将过量的内部能量添加到分子中，并导致分子的广泛碎片化。这种类型的电离对于分子的结构表征非常有用。6软电离技术使用的能量较少，导致分子的分裂较少。因此，靶分子对于分析保持完整。基质辅助激光解吸/电离（MALDI）是进行软电离的最流行的方法之一。MALDI-MS已应用于多种应用，例如细菌7的质谱指纹和聚合物的特征，8种蛋白质，9和肽，其中10个等。MALDI-MS的过程就像Maldi-MSI一样，激光击中了包含矩阵的样品，然后生成离子以进行下检测，以提供有关样品的分子信息。但是，MALDI-MS和MALDI-MSI之间的关键区别在于空间信息。MALDI-MS提供了有关样品的分子信息，但没有以空间定义的方式（如Maldi-MSI赠款）提供此信息，如图1。Maldi-MSI，结合了样品区域上收集的所有光谱以创建一个离子图像，这是单独使用MALDI-MS实现的信息。16,17另一种广泛使用的用于成像的软电离技术是解吸电喷雾电离（DESI）。20，有趣的是，纳米颗粒增强Maldi在成像中广受欢迎，并且该技术已应用于多种样本类型，包括组织，11,12个3D细胞培养物，例如球体和类器官，13-15，甚至是单细胞成像。desi具有使用液体种剂提取的额外好处，该提取允许在环境条件下分析样品。18其他，不太广泛使用的MSI技术包括次级离子质谱法（SIMS）和激光消融电感耦合等离子体（LA-ICP）。SIMS是一种用于成像显示高空间分辨率的硬电离技术。尽管是以分析物分裂为代价的。基于LA-ICP的成像也显示出更高的空间分辨率，但主要提供拓扑元素。
使用稳定同位素标记标准和三重四极杆质谱法实施针对性和标准化临床代谢组学的指南
2. QC 样品 — 通常是该批次研究样品的混合样品，理想情况下结合同位素标记的代谢物混合物（例如 CIL 的 QReSS 混合物 25 ），每 8-10 个研究样品后运行一次。使用混合 QC 样品的主要优势在于，它能够评估所研究的每种代谢物的保留时间和信号稳定性（图 6）。对于大批次，在运行过程中观察到一些信号丢失并不罕见，QC 样品数据可用于有效地应用信号校正算法。还建议在运行开始时运行 QC 样品稀释系列，例如未稀释、2 倍稀释、4 倍稀释和 8 倍稀释。这有助于确认所研究代谢物的线性响应。
分析人和鼠组织中色氨酸代谢产物和相关化合物：使用高分辨率质谱法的定量和半定量方法的开发和验证
主要在肝脏中表达。TDO也可以存在于其他细胞类型中的神经元中。3 - 5此外，较小的kynurenine是由吲哚胺二氧酶（IDO）酶产生的，该酶存在于人体的各个部位。6在弹性信号（例如白细胞室）中增加水平可以激活IDO酶，而诸如皮质醇（Cortisol）等应激激素可以激活TDO酶。7 kynurenaine水平受到我们的饮食摄入，TDO和IDO活性，应力激素以及弹性信号的影响。kynurenine有两个主要途径：即通过kynurenine氨基转移酶（KAT）形成雌二酸，或通过kynureninase和OR/kynurenine 3-单发糖酶（KMO）形成3-羟基氰酸酯。8 Kynurenine途径在神经系统疾病的发展中起着至关重要的作用，包括阿尔茨海默氏病，9个帕金森氏病10
多模式质谱成像标识细胞类型...
Hua Tian, 1 , 2 , 10 , * Presha Rajbhandari, 3 , 10 Jay Tarolli, 4 Aubrianna M. Decker, 3 Taruna V. Neelakantan, 5 Tina Angerer, 6 , 7 Fereshteh Zandkarimi, 5 Helen Remotti, 8 Gilles Frache, 6 Nicholas Winograd, 9 and Brent R. Stockwell 3 , 5 , 8 , 11 , * 1环境和职业健康，匹兹堡，宾夕法尼亚州匹兹堡，15261年，美国2儿童神经科学研究所，医学院，宾夕法尼亚州匹兹堡，宾夕法尼亚州匹兹堡15224，美国3哥伦比亚大学生物科学系，纽约，纽约，纽约，纽约10027，10027卢森堡科学技术研究所，4362 Esch-Sur-Alzette，卢森堡7号药物系，乌普萨拉大学，乌普萨拉大学，751 05 UPPSALA，瑞典8病理学与细胞生物学系，哥伦比亚大学艾尔维尔大学医疗中心，纽约州哥伦比亚大学医疗中心，纽约州伊利诺伊大学，外科医生学院，纽约州，伊利诺伊斯大学。大学公园，宾夕法尼亚州16802，美国10这些作者同等贡献11个铅联系 *通信：hut17@pitt.edu（H.T.），bstockwell@columbia.edu（b.r.s.）https://doi.org/10.1016/j.devcel.2024.01.025
使用基于定量质谱的蛋白质组学和ELISA比较了由三种不同的原始生物学装置处理的马基产物中的α2大球蛋白浓度
A2M的抗蛋白酶作用方式已得到很好的特征（1、4-6、8、9）。简要地，A2M分子由一对共价连接的二聚体组成，在结构的空心核中形成诱饵区域“笼”，该二聚体非常容易被蛋白酶裂解（1，6）。发生裂解时，A2M分子会立即进行构象重排，从而夹住蛋白酶，从而抑制蛋白水解活性并最终被肝脏对A2M蛋白酶复合物的清除率（4-6）。除了蛋白酶中和外，A2M还与促炎细胞因子结合，以减少软骨中细胞因子诱导的胶原酶的合成（2、3、5、8、9）。因此，A2M具有两个主要软骨的影响：与促炎细胞因子的结合，它们启动软骨降解过程和中和分解代谢酶的过程，这些酶驱动骨关节炎的发展（OA）。
b'Abstract：模块化聚酮化合物合酶（PKS）是巨型组装线，产生了令人印象深刻的生物活性化合物。然而，我们对这些巨型thase的结构动力学的理解，特别是酰基载体蛋白（ACP）结合的构建块传递到酮类合酶（KS）结构域的催化位点的构建块仍然受到严格限制。使用多收益的结构方法，我们报告了在根瘤菌毒素PK的链分支模块中C C键形成后域间相互作用的详细信息。基于机理的工程模块的交联，使用合成底物室内室，该底物用作迈克尔受体。交联蛋白使我们能够通过低温电子显微镜（Cryo-EM）在C键形成时鉴定出二聚体蛋白复合物的不对称态。 Alphafold2预测也指示了两个ACP结合位点的可能性，其中一个是一个电位\ XE2 \ x80 \ x9cparking位置\ x9cparking位置\ xe2 \ x80 \ x9d用于底物加载，也用AlphaFold2预测表示。 NMR光谱表明，在溶液中形成了瞬态复合物，独立于接头结构域以及独立域的光化学交联/质谱法使我们能够查明域间相互作用位点。在C C键形成后捕获的分支PK模块的结构洞察力可以更好地理解域动力学，并为模块化装配线的合理设计提供了有价值的信息。
b'Abstract：模块化聚酮化合物合酶（PKS）是巨型组装线，产生了令人印象深刻的生物活性化合物。然而，我们对这些巨质的结构动力学的理解，特别是酰基载体蛋白（ACP）结合的构建块的递送到酮类合酶（KS）结构域的催化位点的构建块仍然受到严重限制。使用多管结构方法，我们报告了在根瘤菌毒素PK的链分支模块中C C键形成后域间相互作用的详细信息。基于机制的工程模块的交联，使用作为迈克尔受体的合成底物底座。交联蛋白使我们能够通过低温电子显微镜（Cryo-EM）在C键形成时鉴定出二聚体蛋白复合物的不对称态。AlphaFold2预测也指示了两个ACP结合位点的可能性，其中一个用于底物加载。NMR光谱表明，在溶液中形成了瞬态复合物，独立于接头结构域，并且具有独立域的光化学交联/质谱法使我们能够查明域间相互作用位点。在C C键形成后捕获的分支PK模块中的结构见解可以更好地理解域动力学，并为模块化装配线的合理设计提供了宝贵的信息。
微生物：一种用于微生物代谢组学数据的分类学知情质谱搜索工具
©2024作者。开放访问。本文是根据Creative Commons归因4.0国际许可证的许可，该许可允许以任何媒介或格式的使用，共享，适应，分发和复制，只要您适当地归功于原始作者和来源，就可以提供与Creative Commons许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：// creativecommons。org/licenses/by/4.0/。
微生物：一种用于微生物代谢组学数据的分类学知情质谱搜索工具和负载碳凝胶
摘要：本研究提出了一种新的方法，用于通过将二碳二碳混合凝胶装入硫的二含二碳离子电池电极来开发高性能锂离子电池电极。所得的混合材料结合了高电荷存储容量，电导率和核心壳形态，从而能够开发下一代电池电极。我们使用模板辅助的溶胶 - 凝胶途径获得了均匀的碳球，并用硫化氢仔细处理了装载二氧化钛的碳球凝凝胶。碳壳保持其微孔空心球体形态，可以在保护二氧化钛晶体的同时有效地硫沉积。通过调节碳球的硫浸没并改变二氧化钛的负载，我们通过成功地循环封装在球体中的硫，同时从泰坦尼亚颗粒的锂化中受益，从而实现了出色的锂储存性能。没有添加导电组件，在150个周期后提供的优化材料在250 mA g -1的特定电流下提供了825 mAh g -1的特异性容量，库仑效率为98％。关键字：硫载，杂交碳球凝架，碳封装，锂离子电池，阳极材料，电极设计
3D 打印锥形喷雾电离质谱法用于快速、低成本、原位检测和绘制土壤中的 PFAS
泡沫。传统的 PFAS 检测分析方法采用耗时的提取方法，然后进行冗长的色谱分离和质谱检测。为了克服这些问题，锥形喷雾电离 (CSI) 由折叠滤纸制成的三维锥体组成，允许将固体样品放置在空心隔间内。将溶剂应用于固体样品，在那里发生液体萃取。在锥体的尖端有一个小孔，允许 PFAS 通过，同时保留土壤。施加高电压使分析物电离，然后通过质谱仪 (MS) 进行分析。虽然传统 CSI 在分析固体方面表现出色，但由于手动锥体结构的多变性，可重复性可能是一个限制。
活动位点胰蛋白酶的质谱分析...
摘要：人类接触DNA烷基化剂的特征很差，部分原因是仅量化了有限的特定烷基DNA加合物范围。人类DNA修复蛋白，O 6-甲基鸟氨酸O 6-甲基转移酶（MGMT），不可逆地将烷基从DNA O 6-烷基鸟氨酸（O 6-烷基）转移到受体半胱氨酸上，从（ASP）。重组MGMT与含有不同O 6-烷基，替莫唑胺 - 甲基化小牛胸腺DNA（ME -CT -DNA）或已知O 6-甲基G（O 6- meg）水平的人类结肠直肠DNA或人结直肠DNA的寡脱氧核苷酸（ODN）孵育。用胰蛋白酶消化，并通过基质辅助激光解吸/飞行飞行时间质谱检测和定量ASP。ASP含有S-甲基，S-乙基，S-丙基，S-羟基乙基，S-羧甲基，S-苯甲酰苯基和S-吡啶糖丁基半胱氨酸基团，通过将MGMT与含有相应的O 6-烷基的OD孵育来检测到MGMT。在MGMT与ME-CT-DNA孵育后检测到的含有S-甲基半胱氨酸的ASP的LOQ <0.05 pmol O 6 -meg每mg CT-DNA。将MGMT与人类结直肠DNA孵育，该ASP产生的ASP含有S-甲基半胱氨酸的水平，与先前由HPLC -RadioMumunoAseay确定的O 6 -MEG相关的水平（r 2 = 0.74; P = 0.014）。o 6 -CMG，一种推定的O 6-羟基乙基加合物和其他潜在的未鉴定MGMT底物。4最近在结直肠癌中描述了类似的突变签名，这意味着AA暴露为这种新颖的方法是对人DNA中O 6 -ALKG的鉴定和定量的方法，揭示了人类DNA烷基加合物的存在，尚待充分表征。该方法建立了一个表征人DNA O 6 -Alkg加合体的平台，并且鉴于O 6 -Alkgs的诱变潜力可以提供有关癌症发病机理的机械信息。■简介烷基化剂（AAS）是已知的人类诱变剂和致癌物，其作用在很大程度上是由DNA中烷基加合物形成的介导的。1 - 3在用化学治疗甲基化剂Temozolomide治疗后，在恶性黑色素瘤和胶质母细胞瘤多种形式的患者中观察到的突变景观，替莫唑胺，主要由DNA中O 6-甲基鸟嘌呤（O 6-meg）产生的G -A转变。