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World File Search System超螺旋
依赖拓扑的DNA结合
摘要DNA存储我们的遗传信息，并且在生物学和生物技术应用中无处不在，其中它与从小分子到大型大分子复合物的结合伴侣相互作用。结合通过分子中的机械菌株调节，进而可以改变局部DNA结构。经常以封闭的拓扑形式发生DNA，拓扑和超串联为结合诱导的变形和应变调节结合的相互作用增加了全局约束。在这里，我们提出了一个定量模型，即DNA拓扑引入的全局约束如何调节结合并在拓扑和亲和力之间产生复杂的相互作用。我们专注于荧光介入量，该荧光介导剂放弃DNA并通过荧光检测启用直接定量。使用大量测量结果，我们表明，根据配体浓度和初始拓扑结构，相对于开放拓扑的DNA超螺旋可以增加或减少插入。我们的模型定量地说明了使用psoralen用于紫外线诱导的DNA交联获得的观察结果，该交联经常用于量化体内超螺旋。最后，我们观察到单分子测定中拓扑依赖性的结合，该结合可直接访问结合动力学和DNA超级旋转动力学。我们的结果对DNA的检测和定量以及在细胞环境中DNA结合的调节具有广泛的意义。
大肠杆菌旋转酶超涂料抑制测定
使用该酶的浓度。应在将使用的DMSO的最终浓度下进行酶的初始滴定（请参见上面的注1）。可以使用5-10％（v/v）DMSO（最终浓度），但这将导致活动巨大损失。在存在DMSO的情况下，需要添加更多酶，以允许其抑制作用。例如，如果酶在5％DMSO的存在下仅具有50％的活性，则是两倍（即2U）将需要添加以获得完整的超螺旋。在这种情况下，可能需要添加更多的抑制剂才能获得50％的抑制作用。4）稀释缓冲液含有高浓度的甘油，因此添加了总稀释缓冲液
重组DNA和生物技术
核酸 A. 核苷酸 B. 核酸 C. 4S 1. 大小 2. 溶解度 3. 形状 a. A-DNA b. Z-DNA c. 拓扑结构 i. 包装 ii. 超螺旋 iii. 拓扑异构酶 4. 稳定性 a. 核苷酸 i. 互变异构体 ii. 酸/碱 b. 核酸 i. 化学 ii. 变性 iii. 稳定性 iv. 核酸酶 D. 信息结构 1. 流程例外 2. 结构 3. 控制级别 E. 重组 DNA：生物技术的生化基础 1. 限制性酶、DNA 连接酶 2. 制备重组 DNA (rDNA) 的载体和插入片段 a. 插入片段 i. cDNA ii. 基因组 b. 载体
将不同质粒DNA分离在细胞阴离子交换柱上
在恒定pH下的讨论和讨论，盐的线性梯度将以提高拓扑异构形式的复杂性顺序解脱质粒DNA。由于不同形式的质粒DNA之间的相对电荷方差相对较高，因此可以使用离子交换柱有效分离它们。通过强阴离子交换分离时，发现质粒DNA样品包含两个分辨峰。假定较大的，后来的洗脱峰是超螺旋质粒DNA，而两个质量较小（大约是主要峰的0.5％）是质粒的线性形式（图1）。图2覆盖该质粒样品，并用稀释剂注入，证实较小的峰与质粒有关。超卷质质粒在强阴离子交换（SAX）固定相上表现出更高的保留率，并具有基线分离。
Alport综合征的致病变异和单基因糖尿病在家族中通过外显子体测序确定
核酸的选择性分裂一直是最具挑战性的主题之一，并且报道了许多优雅的人工核酸酶。1然而，它们中的大多数利用脱氧核糖在目标部位的氧化裂解，而自然核酸酶展示的水解分裂从未被模仿。最大的障碍是为此目的缺乏适当的催化残留物：尚未实现线性DNA的非酶促水解。2线性DNA是如此稳定，以至于催化剂必须表现出显着的加速度（pH 7，25oC的磷酸二酯连接的半衰期估计为2亿年）。3•4至少出于某些目的而言，比氧化性裂解是可取的，因为不涉及可扩散的物种，并且在必要时可以将所得的DNA片段酶上宗教。最近，作者发现灯笼金属离子有效地切割质粒超螺旋DNA。5这里我们表明，这些金属离子的催化成功地适用于单链和
20A305_基因组模态：了解基因组的物理特性
自从DNA双螺旋结构被发现以来，基因组研究的范围不断扩大，我们对基因组的认识也得到了极大的进步；与此同时，许多模式生物的全基因组测序已经完成，而基因组编辑技术也正在迅速普及。过去的基因组研究主要集中在基因组信息的复制、修复、重组、分裂等信息层面，并进一步强调表观遗传调控来解释遗传现象。另一方面，DNA的物理性质，如硬度、扭转、超螺旋等，虽然是直接影响基因组结构的重要性质，但人们对其了解甚少。在本项目中，我们将重点研究基因组/DNA的物理性质，以了解基因组如何构建其结构以及如何发挥作用。我们将“基因组模态”定义为组织基因组结构和功能的多维模式。我们将从基因组模态的角度揭示基因组的真实面貌。为此，我们运用生物化学、细胞生物学、基因组科学、高分子物理学等方法，开辟了研究“基因组形态”的新领域。【研究项目内容】
玛丽亚·皮亚·科斯玛（Maria Pia Cosma）教授的部门研讨会。 ...
在细胞生理学中解剖3D-染色质组织是研究的关键领域。通过使用定量的超分辨率纳米镜检查，我们确定了一种新型的染色质纤维组件及其与幼稚多能性的关系。核小体以各种大小的组（控制基因功能的核小体离合器）排列。我们最近可视化了人类细胞中粘蛋白介导的环的结构，并发现转录依赖性超螺旋控制循环形成和3D基因组组织。此外，通过结合成像和基因组方法，我们设计了MIOS，这是一种强大的综合策略，可以模拟核小体分辨率下关键多能基因的折叠。总体上，超分辨率显微镜结合了基因组和建模方法，使我们能够剖析转录介导的超串联的功能作用和基因的核小体水平结构，这最终是控制基因活性的关键特征。
DNA回旋酶中的能量耦合和作用机理
抽象的大肠杆菌DNA速酶催化封闭的双链DNA的否定性超涂层，以ATP为代价。酶的酶的另外活性阐明了超涂层反应的能量偶联成分是ATP至ADP和ADP和PI的DNA依赖性水解，以及ATP通过gyrase裂解反应的DNA位点特异性的ATP改变。这两种DNA链的这种裂解是由稳定的Gy- Rase-DNA复合物的十二烷基硫酸钠处理的，该配合物被抑制剂氧甲酸捕获。ATP或不可水解的类似物，腺基-5'-二氨基磷酸酯（APP [NHLP），都会在Colel DNA上移动主要的裂解位点。这种切割重排的Novobiocin和Coumermycin al的预防将抗生素的作用位点放置在ATP水解之前的一个反应步骤中。步骤阻塞是ATP的结合，因为香豆素和Novobiocin在ATPase和SuperCoiling分析中与ATP竞争相互作用。 K;对于ATP而言，值比KM少四个数量级以上。这种简单的机制解释了药物对DNA回旋酶的所有影响。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。 与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。 我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。使用APP [NHP [NHP的另一种有效的反应竞争抑制剂催化YGYRASE的竞争抑制剂，表明将DNA驱动到更高的能量超胶结形式不需要高能键的裂解。与Gyrase，App的底物水平（NHLP诱导与酶量成正比的超串联； a -0.3超螺旋转弯是根据Gyrase Frotomer A引入的。我们假设ATP和APP [NH] P是回旋酶的构象变化的变构效应器，导致一轮超涂层。通过ATP水解的核苷酸解离，将回旋酶返回其原始构型，从而允许酶转移。伴随核苷酸亲和力改变的这种环状构象变化似乎也是其他多种操作中能量转导的共同特征，包括肌肉收缩，蛋白质合成和氧化磷酸化。
具有富含 C 的 PAM 识别功能的新型 CRISPR 型 V 核酸酶家族
大多数 CRISPR 型 V 核酸酶在富含 T 的 PAM 刺激下切割双链 (ds) DNA 靶标，这限制了它们的靶向范围。在这里，我们鉴定并表征了一个新的型 V RNA 引导核酸酶家族 Cas 12l，它专门识别富含 C 的 (5'-CCY-30) PAM。其 CRISPR 基因座内的基因组织类似于 II-B 型 CRISPR-Cas 9 系统，但序列分析和功能研究均将其确立为一个新的型 V 效应物家族。生化实验表明，Cas 12l 核酸酶在 37 至 52°C 之间发挥最佳功能，具体取决于直系同源物，并优先切割超螺旋 DNA。与其他型 V 核酸酶一样，它表现出由 ssDNA 或 dsDNA 靶标识别触发的附带非特异性 ssDNA 和 ssRNA 切割活性。最后，我们表明，一个家族成员 Asp 2 Cas 12 l 可以在异源细胞环境中发挥作用，这表明这一组新的 CRISPR 相关核酸酶可以被用作基因组编辑试剂。
2024 年芝加哥国际乙肝会议计划
08:30 – 10:00 第五场：分子病毒学 III 8:30 – 8:40 对空衣壳和含 pgRNA 衣壳的蛋白质组学分析揭示了调节 pgRNA 包装和 HBV 基因组复制的细胞蛋白 刘晖 8:40 – 8:45 问答 8:45 – 8:55 在肝脏周转过程中保留共价闭合环状 DNA 的乙肝感染细胞的表征 Henrik Zhang 8:55 – 9:00 问答 9:00 – 9:10 SLF2 在与超螺旋 HBV DNA 结合时发生相分离 高子豪 9:10 – 9:15 问答 9:15 – 9:25 体内聚合酶 delta 缺陷对乙肝病毒 cccDNA 生物合成的影响 Andoni Gomez 9:25 – 9:30 问答 9:30 – 9:40 HDV RNA 位于核斑点内，在感染 HDV 的原代人肝细胞 (PHH) 中，HDV 复制需要 RNA 聚合酶 II Beatrice Ary 9:40 – 9:45 问答 9:45 – 9:55 建立 HBV 感染仓鼠模型的可行性：体外证据 张虎 9:55 – 10:00 问答