minos是果蝇海德(Drosophila Hydei)的TC 1型型2型转座元件,在克里特郡IMBB的Savakis实验室中发现。我小组的工作表明,MINOS可以在各种无脊椎动物,人培养细胞以及小鼠体细胞和生殖线细胞中转置。minos-主要的农业害虫塞拉蒂炎,ceratitis ceratiso ceratitis介导的生殖系转化,是转座子介导的果蝇和米诺斯以外的昆虫中转座介导的转基因的首次演示,用于转化蚊子蚊子和橄榄蝇菌(DACUS)。Minos基于果蝇中基于果蝇中的插入诱变现在被确定为该模型生物体中基因组功能分析的重要工具。
图2:转座酶介导的剪切机制的示意图。(1)转座酶识别并结合了转座子两侧的TIRS,(2)换位复合物,(3)切除换位复合物,(4)转座复合物识别基因组中的靶位点,(5)转座子插入基因组中。图像改编自Skipper,K.A。等,2013 2。
当前的CAR转基因输送和表达策略受到以下限制:➢通过慢病毒或转座子通过慢性病毒或转座的半随机整合危险,即在核酸酶 + to ndrate +限制与DSB诱导相关的HDR限制的核酸酶 +模板的核酸酶积分的靶向整合(例如/chromothips)
自从芭芭拉·麦克林托克(Barbara McClintock)在1940年代首次发现转座以来,科学家一直对这些“跳跃基因”及其在进化中的作用着迷。作为主要的转座子类型之一,DNA转座子已受到相当大的关注。然而,由于先前的案例研究规模有限,与换位活动和进化模式相关的因素尚不清楚。
转座因子的转座会影响插入/切除基因座内或附近的基因的表达水平、剪接和表观遗传状态以及功能。例如,在葡萄中,VvMYBA1 基因座的 VvMYBA1a 等位基因启动子区中 Gret1 逆转录转座子的存在抑制了用于花青素生物合成的 VvMYBA1 转录因子基因的表达,而这种转座子的插入是日本主要葡萄品种‘Shine Muscat’浆果果皮呈绿色的原因。为了证明葡萄基因组中的转座子可以通过基因组编辑去除,我们重点研究了 VvMYBA1a 等位基因中的 Gret1,作为 CRISPR/Cas9 介导的转座子去除的靶标。PCR 扩增和测序检测到 Gret1 消除了 45 株转基因植物中的 19 株的细胞。虽然我们尚未证实对葡萄果皮颜色有任何影响,但我们成功证明切割 Gret1 两端的长末端重复序列 (LTR) 可以有效消除转座子。
1。玛格丽特癌症中心,大学健康网络,多伦多,加拿大安大略省,M5G 1L7 2。 多伦多大学多伦多大学医学生物物理学系,加拿大安大略省,M5G 1L7 3。 医学肿瘤学和血液学系,医学系,大学卫生网络,多伦多,加拿大安大略省多伦多,M5G 2M9 4。 多伦多大学多伦多大学医学系,加拿大安大略省,M5G 1A1 5。 BARTS癌症研究所,伦敦皇后大学的Barts癌症研究所,英国伦敦伦敦伦敦广场,EC1M 6BQ 6。 伦敦玛丽玛丽大学表观遗传学中心,英国伦敦,E1 4NS 7。 多伦多大学多伦多分子遗传学系,加拿大安大略省,M5S 1A8 8。 安大略省癌症研究所,多伦多,安大略省,加拿大,M5G 0A3&。 同等贡献玛格丽特癌症中心,大学健康网络,多伦多,加拿大安大略省,M5G 1L7 2。多伦多大学多伦多大学医学生物物理学系,加拿大安大略省,M5G 1L7 3。医学肿瘤学和血液学系,医学系,大学卫生网络,多伦多,加拿大安大略省多伦多,M5G 2M9 4。多伦多大学多伦多大学医学系,加拿大安大略省,M5G 1A1 5。 BARTS癌症研究所,伦敦皇后大学的Barts癌症研究所,英国伦敦伦敦伦敦广场,EC1M 6BQ 6。 伦敦玛丽玛丽大学表观遗传学中心,英国伦敦,E1 4NS 7。 多伦多大学多伦多分子遗传学系,加拿大安大略省,M5S 1A8 8。 安大略省癌症研究所,多伦多,安大略省,加拿大,M5G 0A3&。 同等贡献多伦多大学多伦多大学医学系,加拿大安大略省,M5G 1A1 5。BARTS癌症研究所,伦敦皇后大学的Barts癌症研究所,英国伦敦伦敦伦敦广场,EC1M 6BQ 6。 伦敦玛丽玛丽大学表观遗传学中心,英国伦敦,E1 4NS 7。 多伦多大学多伦多分子遗传学系,加拿大安大略省,M5S 1A8 8。 安大略省癌症研究所,多伦多,安大略省,加拿大,M5G 0A3&。 同等贡献BARTS癌症研究所,伦敦皇后大学的Barts癌症研究所,英国伦敦伦敦伦敦广场,EC1M 6BQ 6。伦敦玛丽玛丽大学表观遗传学中心,英国伦敦,E1 4NS 7。多伦多大学多伦多分子遗传学系,加拿大安大略省,M5S 1A8 8。安大略省癌症研究所,多伦多,安大略省,加拿大,M5G 0A3&。 同等贡献安大略省癌症研究所,多伦多,安大略省,加拿大,M5G 0A3&。同等贡献
1 Universite Paris-Saclay, CNRS, AgroParisTech, Ecologie Systématique et Evolution, 91190, Gif-sur- Yvette, France *Corresponding authors: samuel.a.odonnell@gmail.com , jeanne.ropars@cnrs.fr S. O'Donnell : Conceptualization, Data Curation, Formal Analysis, Investigation, Methodology, Software, Validation,可视化,写作草稿,写作评论和编辑。G. Rezende:调查。J.-P。 Vernadet:数据策划,调查,软件。 A. SNIRC:调查。 J. Ropars:概念化,数据策划,资金获取,调查,方法论,项目管理,资源,监督,验证,写作原始草案,写作评论和编辑。 orcids samuel O'Donnell:https://orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars:https://orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应;转座元素;模具;丝状真菌;发酵食品;临床;青霉;曲霉;人造环境;准确的系统发育; HGTJ.-P。 Vernadet:数据策划,调查,软件。A. SNIRC:调查。 J. Ropars:概念化,数据策划,资金获取,调查,方法论,项目管理,资源,监督,验证,写作原始草案,写作评论和编辑。 orcids samuel O'Donnell:https://orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars:https://orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应;转座元素;模具;丝状真菌;发酵食品;临床;青霉;曲霉;人造环境;准确的系统发育; HGTA. SNIRC:调查。J. Ropars:概念化,数据策划,资金获取,调查,方法论,项目管理,资源,监督,验证,写作原始草案,写作评论和编辑。orcids samuel O'Donnell:https://orcid.org/0000-0000-0003-2447-1993 Jeanne Ropars:https://orcid.org/0000-0000-0000-0002-3740-9673关键字适应;转座元素;模具;丝状真菌;发酵食品;临床;青霉;曲霉;人造环境;准确的系统发育; HGT
摘要:微孢子虫有近 1700 个种,是一类专性胞内真核生物,对兽医、经济和医学有影响。为了帮助了解这些微生物的生物学功能,通常使用全基因组测序。然而,由于它们具有特定于分类单元的进化特征,因此很难正确预测它们的基因目录。由于需要创新的基因组注释策略来获得这些寄生虫整体生活方式的代表性快照,因此开发了 MicroAnnot 工具,这是一种专用的工作流程,使用来自精确注释的微孢子虫基因的精选数据库的数据进行微孢子虫序列注释。此外,还实施了特定模块来执行小基因(<300 bp)和转座因子识别。最后,使用基于签名的 InterProScan 软件进行功能注释。MicroAnnot 的准确性已通过对四个微孢子虫基因组的重新注释得到验证,这些基因组的结构注释之前已经得到验证。 MicroAnnot 通过比较方法和转录信号识别方法,可以准确预测翻译起始位点,有效识别转座因子,并对包括 300 bp 以下的微孢子虫基因具有高特异性和灵敏度。
真菌 Andrew Urquhart(生物科学) 水平基因转移 (HGT) 是指基因在不经有性生殖的情况下在生物体之间转移的过程,它挑战了传统的遗传观点,即基因从亲本传递给后代。HGT 的一个重要特性是它可以在不同物种的个体之间移动基因。虽然 HGT 在细菌中已有详尽的记录,但它在真菌中的作用一直存在争议。最近的证据表明,HGT 确实发生在真菌中,并且可能在塑造关键表型(包括毒力)方面发挥重要作用。然而,我们不知道基因是如何在不同真菌物种之间移动的。我们的工作为这个谜团提供了一个答案,那就是巨大的转座因子能够携带不同种类真菌之间的基因。这个答案主要通过我们在真菌 Paecilomyces variotii 的基因组中发现一种名为 Hephaestus 的巨大转座因子来阐明。赫菲斯托斯携带大量抗金属离子的基因,并且能够在不同种类的真菌之间转移。这项研究为真菌如何快速进化出新特性提供了见解。
十个时期的易位甲基二氧酶(TET Pro Teins)属于铁(II)和α-酮戊二酸依赖性二氧酶。他们(TET1,TET2和TET3)催化DNA(5-甲基胞菌素)中的连续氧合反应[1,2]。TET蛋白逐渐将5-甲基胞嘧啶转化为5-羟基甲基胞嘧啶,5-甲基环胞嘧啶,最后是5-羧基糖苷。然而,一些高影响力的研究表明,TET蛋白也可能参与RNA中5-甲基乳房的氧化[3-5]。TET蛋白在DNA脱甲基化中的作用如图1。DNA胞嘧啶改性(5-甲基胞嘧啶,5-羟基甲苯丁胺,5-甲基环胞嘧啶和5-羧基糖苷)在控制染色体功能的控制中起关键作用(例如,X-Chromome insct ins x-Chrome insctry and in Inmome insctive and x-chrome insive and in Inmome insctiv and in Inmome inscry and in Inmome inscry and insctiv and in Inmome inscry and insctiv and in Inmome。[6 - 8]。5-甲基胞霉素(5MC;称为第五碱)显着参与基因表达和转座的抑制和5-甲基胞霉素(5MC;称为第五碱)显着参与基因表达和转座的抑制和