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World File Search System转座
使用 Evo 从分子到基因组规模的序列建模和设计
结果：在这项工作中，我们提出了 Evo，这是一个基因组基础模型，可以实现从分子到基因组规模的预测和生成任务。使用基于深度信号处理进展的架构，我们将 Evo 扩展到 70 亿个参数，上下文长度为 131 千碱基，单核苷酸分辨率。我们报告了 DNA 的缩放定律，补充了自然语言和视觉中的类似观察结果。在 270 万个原核生物和噬菌体基因组上进行训练后，Evo 展示了跨 DNA、RNA 和蛋白质模态的零样本函数预测，其性能可与特定领域语言模型相媲美，甚至优于特定领域语言模型。Evo 还擅长多模态生成任务，我们通过生成合成的 CRISPR-Cas 分子复合物和可转座系统证明了这一点。我们通过实验验证了 Evo 生成的 CRISPR-Cas 分子复合物以及 IS200 和 IS605 转座系统的功能活性，这是使用语言模型进行蛋白质-RNA 和蛋白质-DNA 协同设计的第一个例子。利用从整个基因组中学到的信息，Evo 了解核苷酸序列的微小变化如何影响整个生物体的适应性，并可以生成具有合理基因组结构的 DNA 序列，长度超过 1 兆碱基。
ogt防止DNA脱甲基化并抑制1个异染色质中可转座元件的表达，通过限制TET活性全基因组2
O- GlcNAC转移酶OGT与所有三种哺乳动物TET甲基二偶联酶都与所有三种哺乳动物Tet甲基二加氧酶进行牢固相互作用。我们20在这里表明，小鼠胚胎干细胞中的OGT基因（MESC）的缺失导致21种tet产物5-羟基甲基胞嘧啶（5HMC）在构体和杂色和异杂体中均具有22个同时降低Tet suisptrate 5-mettrate sistratrate 5-ettratrate contratation（5-hmc）。MESC设计了23，以消除TET1-OGT相互作用，同样显示出全基因组的降低5MC。DNA在24个OGT缺陷型细胞中的甲基化伴随着可转移元件（TES）的抑制，主要位于25个异染色质中，TE表达的这种增加有时会伴随着增加的26个基因和外显子的CIS表达增加。因此，TET-OGT相互作用通过限制跨TET活性基因组来阻止异染色质中DNA脱甲基化和27 TE表达。我们建议OGT保护28个基因组免受DNA降压降低和异染色质完整性的损害，从而防止在癌症，自身免疫性疾病，细胞衰老和衰老中观察到的TE 29表达的异常增加。30
全基因组测序的多路复用简短DNA库的成本意识生成
大规模平行的第二代短阅读DNA测序已成为基因组研究生物学的积分工具。以最有竞争力的价格提供高度准确的基础配对分辨率，该技术已广泛。然而，多路复用DNA文库的高通量构成可能是昂贵且繁琐的。在这里，我们提供了一种具有成本意识的协议，用于使用来自Illumina的珠子链接的转座体生成多路复用的短阅读DNA库。，我们准备在高通量的图书馆中，与Illumina DNA准备标记协议相比，使用小反应量的小反应量使用1/50。通过减少转座体的使用并将协议优化为基于磁珠的基于磁珠的清理，我们降低了成本，劳动时间和DNA输入要求。开发我们自己的双重指数引物进一步降低了成本，并使96孔微孔板组合可实现。这有助于有效地使用大型测序平台，例如Illumina Novaseq 6000，该平台可提供每个S4流动池的三个测序的三个terabase。与传统的Illumina方法相比，提供的协议大大降低了每个库的成本约1/20。
10x 单细胞多组 ATAC + 基因表达测序的细胞核分离方法
- 裂解稀释缓冲液 - 1X 裂解缓冲液 - 0.1X 裂解缓冲液 - 洗涤缓冲液 - 稀释的细胞核缓冲液 II。注意 - 在制备稀释的细胞核缓冲液之前，先将细胞核缓冲液 (20X) 从 -20 中取出，并使其平衡至室温。 - 来自 Chromium Next GEM 单细胞多组 ATAC + 基因表达用户指南 (CG000338) 的转座混合物需要与稀释的细胞核缓冲液同时制备。裂解稀释缓冲液体积 (μL)
评估基于CRISPR的基因驱动的可能性污染了另一个物种
fi g u r e 2一系列推定的事件导致在另一个遥远相关的非目标物种中插入功能性基因驱动盒（如果没有杂交的情况下）。Div> dna以灰色为灰色和DNA，以温暖的颜色：粉红色：cas9基因，橙色：grna基因和棕色：相邻序列。是Draque方程的不同参数。在代表的情况下，一条线（长插入元素）和一个可转座元素（TE）用作同源指导修复的侧翼序列。请注意，也可以使用非目标主机中存在的其他序列
使用 CRISPR/Cas9- 改组酵母基因组...
尽管转座因子之间的同源重组可通过促进染色体重排来驱动酵母基因组进化，但其潜在机制的细节尚未完全阐明。在酿酒酵母基因组中，最常见的转座子类别是逆转录转座子 Ty1。在本文中，我们探讨了 Cas9 诱导的针对 Ty1 因子的双链断裂 (DSB) 如何在该酵母物种中产生基因组改变。在 Cas9 诱导后，我们观察到染色体重排（例如缺失、重复和易位）显著增多。此外，我们发现有丝分裂重组率升高，导致杂合性丧失。通过 Southern 分析结合短读和长读 DNA 测序，我们揭示了逆转录转座子中诱导的重组的重要特征。几乎所有的染色体重排都反映了 Ty1 元件处 DSB 的修复，这是通过非等位基因同源重组实现的；成簇的 Ty 元件是染色体重排的热点。相反，大部分（约四分之三）等位基因有丝分裂重组事件在独特序列中存在断点。我们的分析表明，后一些事件反映了 Ty 元件中产生的断端的广泛处理，这些断端延伸到独特序列中，从而导致断裂诱导的复制。最后，我们发现单倍体和二倍体菌株对用于修复双链 DNA 断裂的途径有不同的偏好。我们的研究结果表明，逆转录转座子中的 DNA 损伤在推动基因组进化方面的重要性。
基因编辑技术的研究进度
1。摘要2。简介3。经典基因编辑工具4。精确编辑技术的开发4.1单基础编辑器4.2 Prime Editor 4.3双基本编辑技术5。转座子类编辑工具5.1集成5.2铸造6。开发新基因编辑工具6.1 SGN（结构引导的内切酶）6.2 MAD7 6.3 CRISPR-CASφ6.4 SPG和SPRY 7。的挑战和未来观点7.1不同的基因编辑工具存在很高的脱离目标问题，例如提高编辑效率7.2如何实现转座基因编辑工具的应用，例如在动物和工厂中进行整合和铸造7.3如何扩大编辑工具的编辑工具7.4如何启动编辑效率7.5启动eDing of new of ewnely eDITER 7. 5 eN.7 eNEDEN 7.是否能够启动eDing ofer ewnely eDITER，是否可以启动eDing eDITER的copecyme，以启动编辑工具，是否可以启动编辑工具，以启动编辑工具，是否可以启动编辑工具，是否可以启动编辑工具，是否可以启动编辑工具。各个国家逐渐在完全科学监督的前提下逐渐发布基因编辑的应用，以提高国民生活的质量8。作者贡献9。道德批准并同意参加10。确认11。资金12。利益冲突13。参考
课程描述植物学
基因组学分类，原核基因组的结构和组织。细菌基因的转录调节剂。细菌基因组中的可转座遗传元素。细菌操纵子和操纵片化的演变。岛屿和致病性和抗性的片段。真核基因组的结构和组织。重复和转座元素及其对基因组的影响。染色体中的端粒和亚电体区域。CpG甲基化和基因沉默。 酵母 - 两种杂交系统。 cDNA微阵列。 线粒体基因组的进化和结构。 基因组测序：整个shot弹枪基因组测序。 测序技术：Sanger毛细血管测序，Roche 454（焦磷酸测序），Illumina/Solexa，固体系统。 测序技术的优缺点。 Maxam-Gilbert测序。 ORF和启动子预测。 内含子和外显子预测。 基因注释。 主要基因组数据库。CpG甲基化和基因沉默。酵母 - 两种杂交系统。cDNA微阵列。线粒体基因组的进化和结构。基因组测序：整个shot弹枪基因组测序。测序技术：Sanger毛细血管测序，Roche 454（焦磷酸测序），Illumina/Solexa，固体系统。测序技术的优缺点。Maxam-Gilbert测序。ORF和启动子预测。 内含子和外显子预测。 基因注释。 主要基因组数据库。ORF和启动子预测。内含子和外显子预测。基因注释。主要基因组数据库。
遗物物种Baronia Brevicornis的基因组学阐明了其人口统计学历史和跨燕尾蝴蝶的基因组大小的演变
coelacanth，Gingko，Tuatara等遗物是以前在生态和分类学上更多样化的谱系的残余物。它提出了为什么它们目前贫穷，生态限制并且通常容易灭绝的问题。估计杂合性水平和人口统计学历史可以指导我们对遗物物种的进化史和保护性的理解。然而，与脊椎动物相比，很少有研究重点是遗物无脊椎动物。我们对Baronia brevicornis（鳞翅目：木瓜科）的基因组进行了测序，该基因组是一种濒危物种，是所有燕尾蝴蝶的姐妹物种，是所有现存蝴蝶中最古老的谱系。从干燥的标本中，我们能够同时生成长阅读和短读数据，并作为男爵的基因组为406 MB的基因组。与其他燕尾黄油蝇相比，我们发现了相当高的杂合性（0.58％），这与其濒危和危险状态形成鲜明对比。考虑到重组与突变的高比例，人口统计学分析表明，在过去一百万年前开始的有效人口规模急剧下降。此外，男爵基因组用于研究乳头状科中的基因组大小变异。基因组大小主要是通过可转座的元素活动来解释的，这表明大基因组似乎是燕尾蝴蝶中的一个衍生特征，因为最近的可转座元素活动是最近的，并且涉及物种之间不同的可替代元素类。第一个男爵基因组提供了一种资源，用于协助旗舰和遗物昆虫物种的保护以及了解吞咽基因组进化。
pg。 1附件-II学科 - 明智的ARS/Net教学大纲...
01。农业生物技术单元1：细胞结构和功能原核和真核细胞结构，细胞壁，质膜，细胞细胞器的结构和功能：液泡，线粒体，质体，高尔基体，Golgi Appratus，er，Er，er，过氧化物症。细胞分裂，细胞周期的调节，蛋白质分泌和靶向，细胞分裂，生长和分化。 单元2：碳水化合物，脂质，蛋白质和核酸的生物分子和代谢结构以及功能，碳水化合物的合成，糖酵解，HMP，柠檬酸周期和代谢调节，氧化磷酸化和氧化磷酸化和底物水平磷酸化磷酸化，植物磷酸化，植物，植物，植物，植物，Hormones，Hormones。 功能分子，抗氧化剂，营养前体，HSP，抗病毒化合物。 单元3：酶学酶，结构构象，分类，测定，分离，纯化和表征，催化特异性，作用机制，活性位点，调节酶活性。 Unit 4: Molecular Genetics Concept of gene, Prokaryotes as genetic system, Prokaryotic and eukaryotic chromosomes, methods of gene isolation and identification, Split genes, overlapping genes and pseudo genes, Organization of prokaryotic and eukaryotic genes and genomes including operan, exon, intron, enhancer promoter sequences and other regulatory elements. 突变自发，诱导和位置，在细菌，真菌和病毒中重组，转化，转导，结合，转座元素和转座。 翻译机制及其控制，翻译后修改。细胞分裂，细胞周期的调节，蛋白质分泌和靶向，细胞分裂，生长和分化。单元2：碳水化合物，脂质，蛋白质和核酸的生物分子和代谢结构以及功能，碳水化合物的合成，糖酵解，HMP，柠檬酸周期和代谢调节，氧化磷酸化和氧化磷酸化和底物水平磷酸化磷酸化，植物磷酸化，植物，植物，植物，植物，Hormones，Hormones。功能分子，抗氧化剂，营养前体，HSP，抗病毒化合物。单元3：酶学酶，结构构象，分类，测定，分离，纯化和表征，催化特异性，作用机制，活性位点，调节酶活性。Unit 4: Molecular Genetics Concept of gene, Prokaryotes as genetic system, Prokaryotic and eukaryotic chromosomes, methods of gene isolation and identification, Split genes, overlapping genes and pseudo genes, Organization of prokaryotic and eukaryotic genes and genomes including operan, exon, intron, enhancer promoter sequences and other regulatory elements.突变自发，诱导和位置，在细菌，真菌和病毒中重组，转化，转导，结合，转座元素和转座。翻译机制及其控制，翻译后修改。单元5：遗传信息的基因表达，操纵子概念，原核生物和真核生物转录的转录机制，转录单位，调节序列，增强序列和增强剂，激活因子，激活因子，共激活因子，共激活因子，共抑制剂，原核生物和真核生物的转化因子和促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进剂，促进因遗传密码。