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人类胎儿大脑丘脑皮质通路的时空组织成熟
1 英国伦敦国王学院生物医学工程与成像科学学院大脑发育中心；2 英国伦敦国王学院神经发育障碍中心；3 西班牙马德里理工大学 ETSI 电信生物医学图像技术中心；4 西班牙马德里生物工程、生物材料和纳米医学生物医学研究网络中心 (CIBER-BBN)；5 比利时鲁汶天主教大学电气工程系 (ESAT/PSI)；6 英国伦敦圣托马斯医院伦敦国王学院生物医学工程与成像科学学院生物医学工程系；7 英国伦敦国王学院法医与神经发育科学系；8 英国伦敦国王学院精神病学、心理学和神经科学研究所神经影像学系； 9 儿童神经科学、埃夫利娜伦敦儿童医院、盖伊和圣托马斯 NHS 基金会信托、伦敦、英国；10 伦敦帝国理工学院生物工程系、伦敦、英国
综述 Hedgehog 通路在胃肠道癌症化疗耐药中的作用
Hedgehog (HH) 通路在胚胎发育、组织稳态和致癌作用中起着至关重要的作用 [1,2]。HH 配体通过与受体 patched 1 同源物 (PTCH1) 结合来激活信号转导。在没有 HH 配体的情况下，PTCH1 会阻止 Smoothened (SMO) 将信号传递给下游胶质瘤相关致癌基因同源物 (GLI) 转录因子。HH 配体与 PTCH1 结合，解除 PTCH1 对 SMO 的抑制，使 SMO 向下游效应物 GLI 发出信号，GLI 通过特定的基因组 DNA 序列 (TGGGTGGTC) 激活靶基因 [3,4]。通过 HH–PTCH1–SMO 轴激活 GLI 蛋白被视为典型的 HH 信号通路。除经典途径外，一些分子可以绕过配体-受体信号轴来激活 GLI，这些类型的调节被视为非经典 HH 信号。非经典 HH 信号存在于恶性疾病中。据报道，KRAS 信号 [ 5 ， 6 ]、转化生长因子 β (TGF β ) [ 7 ]、AKT [ 8 ]、蛋白激酶 C (PKC) [ 9 ] 和 SOX2-溴结构域蛋白 4 (BRD4) [ 10 ] 通过非经典途径调节 HH 信号。化疗广泛应用于癌症治疗，并显著改善患者的预后。然而，并非所有患者都能从中受益。化疗耐药成为癌症治疗的一大障碍，因为内在耐药发生在治疗开始时甚至治疗之前，或在治疗初次起效后发生获得性耐药，导致复发[11，12]。铂类、5-氟尿嘧啶 (5-FU) 和吉西他滨是胃癌、结直肠癌和胰腺癌化疗中最常用的药物，其耐药机制已被研究。化疗耐药的机制包括癌症干细胞 (CSC)、肿瘤微环境和 ATP 结合盒 (ABC) 转运蛋白家族蛋白[13-15]。我们小组研究了胃肠道癌症的耐药性，发现 HH 通路是导致耐药性的原因之一。本综述重点介绍 HH 通路与胃肠道癌症耐药性之间关系的最新进展，并研究可能克服 HH 介导耐药性的新药物和策略。
Sinensetin 通过抑制 Wnt/β-catenin 通路抑制乳腺癌细胞进展
近年来，随着美国食品药品监督管理局 (FDA) 于 2014 年批准 alvocidib 用于治疗急性髓性白血病，黄酮类化合物作为抗癌药物的研究出现了一个新的研究方向 (3-6)。黄酮类化合物广泛存在于植物界，流行病学研究表明，膳食黄酮类化合物对癌症具有化学预防作用 (7-9)。多甲氧基黄酮 (PMF) 是被两个或多个甲氧基取代的黄酮类化合物。对各种药用植物和柑橘的研究表明，PMF 的结构变化很大，例如较小的甲氧基黄酮和结构异构体。结构异构体包括 5,6,7,4'-四甲氧基黄酮、橘皮素、3,5,6,7,3',4'-六甲氧基黄酮、川陈皮素、3,5,6,7,8,3',4'-庚甲氧基黄酮和金圣草素。虽然一些研究表明，黄酮类化合物的组成和结构对抗肿瘤能力有重大影响，但很少有研究
T 细胞和 NK 细胞中的 HLA- E 免疫检查点通路
摘要 免疫检查点阻断可增强 T 细胞消灭癌细胞的反应性，已成为癌症治疗的一种有效策略。除 T 细胞外，自然杀伤 (NK) 细胞在肿瘤监视和破坏中也发挥着不可或缺的作用。NK 组 2 家族受体 A (NKG2A) 是一种新兴的共抑制免疫检查点，在 NK 细胞和 T 细胞上均有表达，它通过与其配体人类白细胞抗原 E (HLA-E) 相互作用介导抑制信号，从而减弱 NK 细胞和 T 细胞的效应和细胞毒功能。开发阻断 NKG2A 的抗体有望恢复 NK 细胞和 T 细胞的抗肿瘤细胞毒性。在这篇综述中，我们深入研究了 NKG2A 和 HLA-E 的表达和功能意义，阐明了 NKG2A-HLA-E 轴如何通过信号转导机制促进肿瘤免疫逃逸。此外，我们还概述了研究 NKG2A 阻断的临床试验，无论是作为单一疗法还是与其他治疗性抗体联合使用，都强调了免疫系统的反应和对患者的临床益处。我们特别关注作为 NK 细胞和 T 细胞潜在靶点的其他免疫共信号分子，旨在激发针对癌症的更强大的免疫反应。本综述深入探讨了 NKG2A-HLA-E 通路作为抗肿瘤反应中的关键检查点，为改善癌症患者预后的新免疫治疗策略铺平了道路。
CD44 缺失通过调控 PPARγ 和细胞周期相关通路促进脂肪生成
CD44 是一种细胞表面粘附受体和干细胞生物标志物，最近与慢性代谢疾病有关。CD44 的消融可改善肥胖中的脂肪组织炎症和胰岛素抵抗。在这里，我们研究了人类和小鼠脂肪组织中细胞类型特异性 CD44 的表达，并进一步研究了前脂肪细胞中的 CD44 如何调节脂肪细胞功能。使用 Crispr Cas9 介导的基因缺失和慢病毒介导的基因重新表达，我们发现 CD44 的缺失会促进脂肪细胞分化和脂肪生成，而 CD44 的重新表达会消除这种影响并降低 3T3-L1 细胞中的胰岛素反应和脂联素分泌。从机制上讲，CD44 通过抑制 Pparg 表达来实现这一点。通过定量蛋白质组学分析，我们进一步发现细胞周期调节通路大多因 CD44 的缺失而减少。事实上，CD44 的重新表达适度恢复了参与细胞周期所有阶段的蛋白质的表达。这些数据得到了 CD44 缺陷细胞中前脂肪细胞增殖率增加的进一步支持，而 CD44 的重新表达会削弱这种影响。我们的数据表明，CD44 在调节脂肪生成和脂肪细胞功能方面起着至关重要的作用，可能是通过调节 PPARγ 和细胞周期相关通路实现的。这项研究首次提供了证据，表明在前脂肪细胞中表达的 CD44 在调节主要表达 CD44 的免疫细胞之外的脂肪细胞功能方面起着关键作用。因此，针对（前）脂肪细胞中的 CD44 可能为治疗肥胖相关的代谢并发症提供治疗潜力。
遗传疾病关联的网络和通路扩展可确定成功的药物靶点
摘要 16 17 人们普遍认为，疾病关联的遗传证据是选择复杂常见疾病药物靶点的坚实基础，通过基因或蛋白质相互作用网络传播遗传证据可以准确推断出没有直接遗传证据的基因上的新疾病关联。然而，一直缺乏将这些信念结合起来用于药物发现的效用的经验检验。22 23 在本研究中，我们检查了从 648 个英国生物银行 GWAS 分析中产生的遗传关联，并评估根据历史临床试验数据衡量，被确定为直接遗传命中代理的靶点是否富集了成功的药物靶点。26 27 我们发现由特定功能连接（如蛋白质复合物和配体-受体对）形成的蛋白质网络适用于甚至是幼稚的关联网络传播方法。此外，应用于全球 30 蛋白质-蛋白质相互作用网络和通路数据库的更复杂的方法也成功检索了 31 临床成功药物靶标富集的靶标。我们得出结论，遗传证据的网络传播应该用于药物靶标识别。 33 34
晚期黑色素瘤患者对 BRAF 抑制剂产生耐药性的分子通路综述
黑色素瘤是一种侵袭性的黑色素细胞恶性肿瘤，最常见于皮肤。2002年，人们在黑色素瘤中发现了BRAF基因突变，这一发现促成了几种专门针对BRAF V600E突变的小分子抑制剂的开发。针对晚期黑色素瘤的靶向疗法的发展，包括BRAF（V600E）激酶的酪氨酸激酶抑制剂（TKI）、维莫非尼和达拉非尼，已被批准用于治疗晚期黑色素瘤，从而改善了临床疗效。然而，BRAF抑制剂（BRAFi）耐药性的产生显著降低了长期治疗后的治疗效果。最近的研究已经确定了BRAFi耐药的分子机制。本综述旨在描述BRAFi耐药对黑色素瘤发病机制的影响，以及BRAFi耐药分子途径的现状，包括内在耐药、适应性耐药和获得性耐药。本综述将讨论如何了解与 BRAFi 耐药相关的机制有助于确定有用的策略来克服晚期黑色素瘤患者对 BRAF 靶向治疗的耐药性。
PTEN 与 PAFR 以及 PAFR 与 EGFR 通路之间的串扰对癌症的影响
肿瘤抑制和致癌信号通路之间的整合控制着癌细胞的各种细胞活动，包括细胞生长和凋亡。致癌基因的激活促进了癌症进展和逃逸机制，而肿瘤抑制因子则调节和抵消了致癌信号的负面影响。值得注意的是，磷酸酶和张力蛋白同源物 (PTEN) 是肿瘤抑制基因的重要家族成员之一，在调节肿瘤细胞的活动中起着关键作用。因此，PTEN 的受损、突变或缺失与癌症患者的低存活率或高肿瘤复发率有关。重要的是，G 蛋白偶联血小板活化因子受体 (PAFR) 的肿瘤高表达与肿瘤进展增加以及非小细胞肺癌 (NSCLC) 等恶性肿瘤的总体存活率下降和预后不良有关。类似地，在各种人类恶性肿瘤中检测到表皮生长因子受体 (EGFR) 信号的过度激活或突变，并且与预后不良有关。当前小型评论的目标是强调 PTEN 和 PAFR 以及 PAFR 和 EGFR 通路之间的机制见解在影响实验模型系统中的癌症生长和/或治疗剂的功效方面的重要性。
CD44 缺失通过调控 PPARγ 和细胞周期相关通路促进脂肪生成
CD44 是一种细胞表面粘附受体和干细胞生物标志物，最近与慢性代谢疾病有关。CD44 的消融可改善肥胖中的脂肪组织炎症和胰岛素抵抗。在这里，我们研究了人类和小鼠脂肪组织中细胞类型特异性 CD44 的表达，并进一步研究了前脂肪细胞中的 CD44 如何调节脂肪细胞功能。使用 Crispr Cas9 介导的基因缺失和慢病毒介导的基因重新表达，我们发现 CD44 的缺失会促进脂肪细胞分化和脂肪生成，而 CD44 的重新表达会消除这种影响并降低 3T3-L1 细胞中的胰岛素反应和脂联素分泌。从机制上讲，CD44 通过抑制 Pparg 表达来实现这一点。通过定量蛋白质组学分析，我们进一步发现细胞周期调节通路大多因 CD44 的缺失而减少。事实上，CD44 的重新表达适度恢复了参与细胞周期所有阶段的蛋白质的表达。这些数据得到了 CD44 缺陷细胞中前脂肪细胞增殖率增加的进一步支持，而 CD44 的重新表达会削弱这种影响。我们的数据表明，CD44 在调节脂肪生成和脂肪细胞功能方面起着至关重要的作用，可能是通过调节 PPARγ 和细胞周期相关通路来实现的。这项研究首次提供了证据，表明在前脂肪细胞中表达的 CD44 在调节主要表达 CD44 的免疫细胞之外的脂肪细胞功能方面起着关键作用。因此，针对（前）脂肪细胞中的 CD44 可能为治疗肥胖相关的代谢并发症提供治疗潜力。
生成式 AI 辅助 RNA 测序实验数据的通路分析与解释
• 根据主要文献或已知数据库，针对数据集的生物学条件，简要描述前 5 条途径中的每条途径。正确引用参考文献。 • 与 AI 工具交互，询问这些途径与数据集的生物学条件相关的意义或功能。记录 AI 的回应。 • 将 AI 的解释与您的初步理解和主要文献进行比较。注意任何差异、见解或新颖的解释，并简要总结它们（最多两段） 反思：反思使用生成式 AI 模型协助 RNA-Seq 通路解释的经验。回答以下问题：