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具有单核苷酸的高保真DNAZYME辅助CRISPR/CAS13A系统解决特异性
有两种改善特定城市Cas12a和Cas13a核酸酶的常用方法。是工程师CRRNA，包括将合成不匹配引入crrna的间隔域，设计发夹 - 间隔者CRRNA，以及用2 0 -O -methyl修改CRRNA。21 - 25然而，必须仔细设计不匹配的CRRNA中的数量和位置，以减少无靶标的效果，而无需牺牲CAS蛋白的裂解活性。22,23更重要的是，使用发夹蛋白 - 间隔者CRRNA和2 0-O-methyl modi crrna仅将原始CRISPR/CAS系统的特定城市提高了2至3倍。24,25另一种方法是高级工程cas蛋白。26 - 28，由于复杂的蛋白质表达和筛选过程，它仍然与之合作。此外，所有这些策略旨在优化CRISPR/CAS系统的不同组成部分，而无需克服裂解效率和特定城市之间的基本交易。因此，可以显着改善特定城市的策略对于它们的实际应用（例如生物传感）非常需要，因为它们将避免误解积极的结果。dnazymes（也称为脱氧核酶，DNA酶或催化DNA），是单链DNA分子，具有
CRISPR-Cas13a系统的应用进展
成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关 (Cas) 蛋白是一种适应性免疫系统，可保护原核生物和一些感染原核生物的病毒免受外来核酸（如病毒和质粒）的侵害。大多数古细菌和大约一半的细菌的基因组都含有各种 CRISPR-Cas 系统。CRISPR-Cas 系统依赖于 CRISPR RNA (crRNA)。它们充当导航系统，通过识别入侵的外来核酸并结合 Cas 蛋白来特异性地切割和破坏外来核酸。在本综述中，我们简要概述了 CRISPR-Cas 系统的进化和分类，重点介绍了 CRISPR-Cas13a 系统的功能和应用。我们描述了 CRISPR-Cas13a 系统并讨论了其 RNA 指导的核糖核酸酶功能。同时，我们简要介绍了CRISPR-Cas13a系统的作用机制，并总结了CRISPR-Cas13a系统在病原体检测、真核生物、农业、生物传感器和人类基因治疗中的应用。我们对CRISPR-Cas13a的正确理解已经得到拓宽，CRISPR-Cas13a系统将有助于开发新的RNA靶向工具。因此，了解CRISPR-Cas13a效应蛋白的结构、功能和生物学特性的基本细节对于优化RNA靶向工具至关重要。
基于CRISPR-CAS13A系统，为禽流感病毒建立快速的视觉检测方法
迅速，特定且敏感地检测禽流感病毒（AIV），这项研究建立了一种基于定期群散布的短palindromic重复序列（CRISPR）和CRISPR相关蛋白13A（Cas13a）的重组酶辅助扩增（RAA）的视觉检测方法。在这项研究中，根据AIV核蛋白（NP）基因的保守序列设计了特定的引物和CRRNA RNA（CRRNA）。raa技术用于放大目标序列，并通过侧流量尺（LFD）视觉检测到放大产物。评估了Raa-Crispr-Cas13a-lfd的特定峰，敏感性和可重复性。同时，使用该方法和聚合酶链反应（PCR） - 琼脂糖电泳方法检测临床样品，并计算了两种检测方法的重合速率。结果表明，RAA-CRISPR-CAS13A-LFD方法可以实现目标基因片段的特定扩增，并且可以通过LFD视觉观察到检测结果。同时，与感染性支气管炎病毒（IBV），传染性喉咙痛病毒（ILTV）和纽卡斯尔病毒病毒（NDV）没有交叉反应。灵敏度达到10 0拷贝/ µL，比PCR-琼脂糖电泳方法高1,000倍。临床测试的巧合率为98.75％，总反应时间约为1小时。在这项研究中建立的RAA-CRISPR-CAS13A-LFD方法具有快速，简单，强大的特异性和高灵敏度的优点，这为AIV检测提供了新的视觉方法。
PHY313a：“信息处理物理学”
模块 1：概率论回顾；随机系统和噪声；电磁场中的噪声 Shanon 信息简介；估计理论：Fisher 信息和 Cramer-Rao 界限；推理理论、Jayne 的解释、概率论的贝叶斯和频率论概念。（~7 周，14 堂讲座）模块 2：应用于经典、量子和统计力学的信息论：麦克斯韦妖、玻尔兹曼熵、热化、开放系统和噪声、冯·诺依曼熵。（~6 周，12 堂讲座）模块 3：应用和专题：电信技术要素和 Shanon 定理、量子信息论简介：不可克隆定理和量子密码学要素（~2 周，4 堂讲座）
bumedinst 6310.13a - 海军医学
回复请参阅 BUMEDINST 6310.13A BUMED-N3 2023 年 4 月 4 日 BUMED 指令 6310.13A 来自：医学和外科局局长 主题：进行基线部署前神经认知功能评估的指导 参考：(a) 2008 年国防授权法案，HR 4986，第 1618 和 1673 节 (b) 2015 年 9 月 11 日国防部指令 6490.13 (c) ASD(HA) 备忘录海军神经认知评估政策豁免 2012 年 9 月 19 日 (d) 2019 年 6 月 19 日国防部指令 6490.03 附件：(1) 基于自动神经心理学评估指标的转诊算法神经认知测试分数绩效报告1. 目的。提供有关部署前基线神经认知功能评估的指导。NAVMED 6310/6 自动神经心理学评估指标 (ANAM) 季度报告已更新，以反映修订的报告要求。本说明是完整修订，应完整审查。2. 取消。BUMEDINST 6310.13。3. 范围和适用性。本说明适用于所有海军医学 ANAM 测试站点。4. 背景 a. 参考文献 (a) 至 (c) 提供有关神经认知评估原理、国防部 (DoD) 要求和海军具体信息的指导。创伤性脑损伤 (TBI)，特别是轻度 TBI，也称为脑震荡，是一种可能并不总是从外部明显的损伤。大多数遭受脑震荡的人都会完全康复，没有持久的后遗症。然而，头部受伤后，可能会出现躯体、心理和认知症状。一小部分受伤者可能会出现持续的脑震荡后症状。 b. ANAM 是一种计算机化的神经认知评估系统，旨在检测个人注意力、记忆力和视觉空间处理的速度和准确性。它在部署前进行，作为认知功能的基线，可用于通过比较受伤后的 ANAM 与基线测试结果来识别和监测受伤或脑震荡后大脑功能的变化。后续神经认知评估的数据可能有助于确定是否返回岗位。从基线到受伤后的 ANAM 结果，个人表现的变化（例如下降）可能反映了部署相关或其他头部受伤事件导致的潜在认知障碍。然而，疲劳、情绪状态和动机等其他因素也可能导致表现变化。ANAM
spycas9的核仁定位会影响其稳定性，并干扰哺乳动物细胞中宿主蛋白的翻译
巨型噬菌体（例如铜绿假单胞菌）具有抗菌剂的潜力，也是揭示基本噬菌体生物学的模型。目前，由于蛋白质的“噬菌体核”结构，这两种追求都受到缺乏基因工程工具的限制，该结构可保护DNA靶向DNA靶向CRISPR-CAS工具。为了提供用于DNA巨型噬菌体的逆转苯二酚工具，我们将同源重组与靶向RNA的CRISPR-CAS13A酶相结合，并使用了抗Crispr基因（ACRVIA1）作为可选标记。我们表明，此过程可以插入外源基因，删除基因并为μkz基因组添加荧光标签。内源性GP93的荧光标记表明，它是用噬菌体DNA弹出的，而小管蛋白样蛋白phuz的缺失令人惊讶地对噬菌体爆发尺寸产生了适中的影响。还实现了抗DNA靶向CRISPR-CAS系统的另外两个噬菌体的编辑。靶向RNA CAS13A具有成为一种通用遗传编辑工具的巨大前景，可以实现对未知功能的噬菌体基因的系统研究。
利用 CRISPR-Cas13a 进行噬菌体基因组工程
巨型噬菌体（例如铜绿假单胞菌 Ф KZ）具有作为抗菌剂和揭示基本噬菌体生物学模型的潜力。由于蛋白质“噬菌体核”结构可防止 DNA 靶向 CRISPR-Cas 工具的攻击，目前这两种研究都因缺乏基因工程工具而受到限制。为了为 DNA 巨型噬菌体提供反向遗传学工具，我们将同源重组与 RNA 靶向 CRISPR-Cas13a 酶相结合，并使用抗 CRISPR 基因 (acrVIA1) 作为可选择标记。我们表明，该过程可以插入外来基因、删除基因并向 Ф KZ 基因组添加荧光标签。内源性 gp93 的荧光标记显示它会随噬菌体 DNA 一起排出，而微管蛋白样蛋白 PhuZ 的缺失令人惊讶地对噬菌体爆发大小的影响很小。还成功编辑了另外两种能够抵抗 DNA 靶向 CRISPR-Cas 系统的噬菌体。RNA 靶向 Cas13a 有望成为难治性噬菌体的通用基因编辑工具，从而能够系统地研究功能未知的噬菌体基因。
广谱 CRISPR-Cas13a 可实现高效的噬菌体基因组编辑
CRISPR-Cas13 蛋白是 RNA 引导的 RNA 核酸酶，通过与互补的靶噬菌体转录本结合，然后进行一般的非特异性 RNA 降解，来防御入侵的 RNA 和 DNA 噬菌体。在这里，我们分析了 Leptotrichia buccalis 的 LbuCas13a 的防御能力，发现它具有强大的抗病毒活性，不受靶噬菌体基因的必要性、基因表达时间或靶序列位置的影响。此外，我们发现 LbuCas13a 的抗病毒活性对各种噬菌体具有广泛效果，方法是将 LbuCas13a 与来自不同系统发育群的九种大肠杆菌噬菌体进行对抗。利用 LbuCas13a 靶向的多功能性和效力，我们将 LbuCas13a 应用于广谱噬菌体编辑。使用两步噬菌体编辑和富集方法，我们在三种不同的噬菌体中实现了七次无标记基因组编辑，效率高达 100%，包括多基因删除和替换单个密码子等编辑。Cas13a 可用作编辑地球上最丰富、最多样化的生物实体的通用工具。
利用 CRISPR-Cas13a 进行 RNA 靶向促进噬菌体基因组工程
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2022 年 2 月 15 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.02.14.480438 doi：bioRxiv preprint
2020；8：30-36。doi：10.7150/jgen.43928 研究论文利用 Cas13a 进行可编程 CRISPR 干扰，实现蚊子基因沉默
在 CRISPR-Cas 系统中，Cas13a 是一种 RNA 引导的 RNA 核酸酶，专门靶向单链 RNA。我们开发了一种 Cas13a 介导的 CRISPR 干扰工具，以靶向 mRNA 来实现蚊子的基因沉默。通过胸内注射将表达 Cas13a 的质粒递送给蚊子，递送后至少 10 天仍可检测到 Cas13a 转录本。使用 T7 RNA 聚合酶在体外合成靶向特异性 crRNA。Cas13a 质粒和靶向 crRNA 可以通过胸内注射一起递送，或者可以先提供 Cas13a 构建体，然后在适当的时候提供靶向 crRNA。在两种蚊子中测试了该机制。在冈比亚按蚊中，卵黄蛋白基因被 Cas13a/Vg-crRNA 沉默，同时伴有产卵量显著下降。在埃及伊蚊中，COPI 基因的 α 和 δ 亚基被 Cas13a/crRNA 沉默，导致死亡和中肠脆弱，重现了之前报道的表型。当提供目标 crRNA 混合物时，可以同时实现基因共沉默。研究中未观察到非目标转录本的可检测的附带切割。除了 dsRNA 或 siRNA 介导的 RNA 干扰外，可编程的 CRISPR 干扰方法提供了一种在蚊子中敲除基因的替代方法。