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与您的共同主义者一起移动：预测蛋白质种类与其禽传粉媒介之间的气候不匹配
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北巴勒斯坦地区肉鸡养殖场分离的禽致病性大肠杆菌的分子特征
溶血性尿毒症综合征、脑膜炎、脑膜炎症、脓毒症、手术部位感染、尿路感染和医院获得性肺炎均与 ExPEC 有关 [1]。禽致病性大肠杆菌 (APEC) 是 ExPEC 的一个亚型，已成为禽类宿主的主要病原体，可引起禽类大肠杆菌病，这是一种以多种局部和全身感染为特征的综合征 [2]。最常见的病变是脐炎、蜂窝织炎、心包炎、肝周炎、气囊炎、心包炎、卵腹膜炎、输卵管炎、大肠杆菌肉芽肿和全身感染。导致疾病的大肠杆菌菌株中存在许多毒力因子 (VF)，这些毒力因子编码在质粒、噬菌体或致病岛 (PAI) 内的细菌染色体上，以及其他移动元件 [3]。致病性大肠杆菌菌株通过染色体或染色体外转移从非致病性菌株获得毒力操纵子 [4]。多项研究表明，由不同基因编码的一些 VF 增强了 APEC 的致病性，导致大肠杆菌病和肉鸡组织中的生长 [5, 6]。实验室用于识别大肠杆菌的传统诊断技术
基于第四代全缺失腺病毒载体的强效大流行性禽流感病毒疫苗
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2024 年 12 月 30 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.12.30.630761 doi：bioRxiv preprint
探究加州公用事业规模光伏太阳能设施的“湖泊效应”对鸟类行为的影响
该项目研究了所谓的湖泊效应假说，即公用事业规模的太阳能设施通过模拟鸟类定位水体的视觉线索来吸引鸟类。该研究遵循了三个相互关联的主题，这些主题与鸟类被太阳能设施吸引的过程相匹配：1) 鸟类检测到有吸引力的线索（例如偏振光），导致 2) 相应地调整向太阳能设施的飞行行为，3) 导致鸟类到达太阳能设施并与之互动，可能导致鸟类死亡。实地实验的结果表明，鸟类可以看到可见光范围内的偏振光，并利用它来做出觅食决定和定位水体。太阳能电池板成像研究的结果表明，薄膜和多晶硅两种类型的电池板都会使反射的阳光偏振，与水体的反射一致。飞行中的动物显示出下降的强烈证据，但没有重新定位到太阳能设施，这与太阳能线索的吸引力一致。南加州光伏太阳能设施发现鸟类死亡的频率高于周边地区。光伏太阳能设施吸引水生栖息地鸟类可能是一个微妙的过程；然而，这种设施不太可能在任何时候都为所有水生栖息地鸟类提供湖泊的线索。这项研究的结果与湖泊效应假设基本一致，可能有助于确定减少对鸟类影响的方法（例如，破坏偏振光传输的面板技术）。证明这些解决方案可以有效降低鸟类死亡率可以降低太阳能建设和生产的监管成本，这对加州雄心勃勃的清洁能源任务和该州的纳税人来说都是有利的。
禽白血病病毒 J 亚群对生物技术诱导的宿主抗性的快速适应性进化
使用 CRISPR/Cas9 技术对生殖系进行基因编辑，可以改变牲畜性状，包括产生对病毒性疾病的抗性。然而，病毒的适应性可能是这一努力的主要障碍。最近，通过使用 CRISPR/Cas9 基因组编辑删除 ALV-J 受体 NHE1 中的单个氨基酸 W38，开发出了对禽白血病病毒亚群 J (ALV-J) 具有抗性的鸡。这种抗性在体外和体内均得到了证实。体外显示 W38 -/- 鸡胚胎成纤维细胞对所有测试的 ALV-J 菌株具有抗性。为了研究 ALV-J 进一步适应的能力，我们使用了基于逆转录病毒报告基因的检测来选择适应的 ALV-J 变体。我们假设克服细胞抗性的适应性突变会发生在包膜蛋白中。根据这一假设，我们分离并测序了大量适应的病毒变体，并在它们的包膜基因中发现了八个独立的单核苷酸替换。为了确认这些替换的适应能力，我们将它们引入原始的逆转录病毒报告基因中。所有八个变体在体外都能在 W38 -/- 鸡胚胎成纤维细胞中有效复制，而在体内，W38 -/- 鸡对其中两个变体诱导的肿瘤敏感。重要的是，具有更广泛修改的受体等位基因仍然对病毒具有抵抗力。这些结果证明了牲畜基因组工程中实现抗病毒抗性的重要策略，并说明由较小受体修改引起的细胞抗性可以通过适应的病毒变体来克服。我们得出结论，需要更复杂的编辑才能获得强大的抵抗力。
家禽高致病性禽流感疫苗接种 - 第一部分 现有疫苗和免疫策略
已经开发了几种针对高致病性禽流感 (HPAI) 的疫苗，其中大部分是针对鸡的灭活全病毒疫苗。在欧盟，一种疫苗被批准用于鸡，但无法完全阻止传播，这凸显了针对不同家禽品种和生产类型的疫苗的必要性。疫苗可以超说明书使用，但有效性各不相同。疫苗通常是注射的，这是一个耗时的过程。在孵化场外大规模应用疫苗的情况仍然很少见。第一次接种时间从卵内到 6 周龄不等。目标物种的免疫开始和持续时间数据通常不可用，尽管这是有效规划的关键。尽量减少疫苗和野生毒株之间的抗原距离至关重要，需要快速更新疫苗以匹配循环毒株。生成显示疫苗减少传播能力的统一疫苗效力数据至关重要，这种能力也应在现场试验中进行评估。规划疫苗接种需要选择最合适的疫苗类型和疫苗接种方案。紧急保护性疫苗仅限于不受物种、年龄或预先存在的媒介免疫限制的疫苗，而预防性疫苗则应优先实现最高保护，特别是对高危传播地区的最易感物种。法国、意大利和荷兰的模型模拟显示：（i）鸭和火鸡养殖场比鸡更具传染性；（ii）减少受感染养殖场的数量仅在控制疾病传播方面表现出局限性，而1公里环状扑杀的效果优于或类似于紧急预防性环状疫苗接种方案，尽管减少的养殖场数量最多；（iii）对高危传播地区的最易感物种进行预防性疫苗接种是最大限度减少疫情数量和持续时间的最佳选择；（iv）在这些地区发生疫情时，在3公里半径范围内进行紧急保护性疫苗接种比在1公里和10公里半径范围内更有效。应监测疫苗效果并补充其他监测和预防措施。
使用疫苗控制家禽和其他家禽的高致病性禽流感：背景介绍
1924 年我们针对禽瘟疫 (HPAI) 做了什么：美国 1924-25 年疫情 • EL Stubbs - “能够对家禽种群造成如此大的破坏，以至于在减少食物供应方面具有经济意义” • EL Stubbs - “这种疾病的危险性要求在几个月内采取彻底根除的激进方法” • 临床诊断：急性、类似瘟疫的疾病，伴有头部发绀和水肿以及全身性出血 • 在美国实施检疫、禁运并限制铁路家禽运输 • 认真清洁和消毒场所、鸡舍、板条箱和运输工具 • 对家禽市场进行卫生和消毒 • 停止活禽交易 • 销毁病禽并焚烧或掩埋尸体 • 预防：隔离新购买的家禽，直到证明其健康
响应生物技术诱导的宿主抗性
使用CRISPR/CAS9技术对种系的遗传编辑使改变牲畜特征成为可能，包括产生对病毒疾病的抗性。但是，病毒适应能力可能会在这项工作中带来主要障碍。最近，通过使用CRISPR/CAS9基因组编辑在ALV-J受体NHE1中删除单个氨基酸W38来开发对抗禽类病毒亚组J（ALV-J）抗性的鸡。这种耐药性在体外和体内都得到了巩固。在所有测试的ALV-J菌株中，W38 - / - 鸡肉胚胎成纤维细胞的体外耐药性已显示。 为了研究ALV-J进一步适应的能力，我们使用了基于逆转录病毒的测定法来选择适应的ALV-J变体。 我们假设在包膜蛋白质蛋白内会发生克服细胞抗性的自适应突变。 根据这个假设，我们分离了和测序的数量适应性病毒变体，并在其包膜基因中发现了八个独立的单核苷酸取代。 确认这些替代的适应能力，我们将其引入原始逆转录病毒记者。 在W38 - / - 胚胎胚胎成纤维细胞中有效复制的所有八种变体在体外，w38 - / - 鸡对肿瘤诱导的两个变体都敏感。 重要的是，具有更广泛修饰的受体等位基因对病毒保持抗性。 我们得出的结论是，需要更复杂的编辑来获得稳健的抵抗力。在所有测试的ALV-J菌株中，W38 - / - 鸡肉胚胎成纤维细胞的体外耐药性已显示。为了研究ALV-J进一步适应的能力，我们使用了基于逆转录病毒的测定法来选择适应的ALV-J变体。我们假设在包膜蛋白质蛋白内会发生克服细胞抗性的自适应突变。根据这个假设，我们分离了和测序的数量适应性病毒变体，并在其包膜基因中发现了八个独立的单核苷酸取代。确认这些替代的适应能力，我们将其引入原始逆转录病毒记者。在W38 - / - 胚胎胚胎成纤维细胞中有效复制的所有八种变体在体外，w38 - / - 鸡对肿瘤诱导的两个变体都敏感。重要的是，具有更广泛修饰的受体等位基因对病毒保持抗性。我们得出的结论是，需要更复杂的编辑来获得稳健的抵抗力。这些结果证明了牲畜基因组工程对抗病毒抗性的重要策略，并说明通过适应性病毒变体可以克服次要受体修饰引起的抗性抗性。
基因工程的商业鸡系对高致病性禽白血病病毒亚组具有抵抗力J
1病毒学研究所，弗雷伊大学柏林，德国柏林14163； ahmed.kheimar@fu-berlin.de（a.k.）; luca.bertzbach@fu-berlin.de（L.D.B.）; yuyou@zedat.fu-berlin.de（y.y。）; andele.conradie@fu-berlin.de（A.M.C。）2家禽疾病系，SOHAG大学兽医学院，82424 SOHAG，埃及3埃及3繁殖生物技术，分子生命科学系，TUM TUM慕尼黑技术大学，慕尼黑技术大学，85354，德国85354 Freising，德国； romina.klinger@tum.de（R.K.）; hicham.sid@tum.de（H.S.）4巴伐利亚动物卫生服务，病理学系，德国85586； benjamin.schade@tgd-bayern.de（B.S.）; brigitte.boehm@tgd-bayern.de（b.b。）5 EW Group GmbH，德国Visbek 49429； rudolf.preisinger@ew-group.de 6英国Woking GU24 0NF的Pirbright Institute； venugopal.nair@pirbright.ac.uk *通信：benedikt.kaufer@fu-berlin.de（B.B.K.）; benjamin.schusser@tum.de（B.S.）†a.k.和R.K.为这项工作做出了同样的贡献。
使用EVACS工具
法国最近在家禽中面临两次高度致病的鸟类流感（HPAI）的epizootic波（2015年至2016年的H5N6，2016年至2017年的H5N8），主要是在肥大的鸭生产领域。针对禽流感（AI）的疫苗接种目前未在法国授权，尽管在这些epizootic事件中讨论了其潜在的好处。 这项工作的目的是评估可以针对法国AI应用的不同疫苗接种策略的潜在效率。 EVACS工具是一种用于评估疫苗接种策略的决策支持工具，已在法国多个家禽生产部门应用：肉鸡，层，土耳其，鸭和几内亚禽。 EVAC用于模拟疫苗接种策略的性能，以疫苗接种覆盖率，免疫水平和免疫水平的空间分布。 然后根据EVACS结果应用成本效益分析，以确定最有效的策略。 对于每个部门，根据生产类型（育种者/生产，室内/室外），综合水平（综合/独立）和疫苗类型（使用重组疫苗/农场疫苗接种疫苗，使用重组疫苗/农场疫苗接种使用疫苗），对疫苗接种方案进行了测试。 然后将每个部门的最有效方案合并，以测试国家一级的不同总体疫苗接种策略。 即使不可能将疫苗接种方案与“鹅肝”，肉鸭和几内亚禽产量的两种疫苗类型进行比较，因为这些物种目前没有孵化场疫苗，这些生产部门也被描述并包括在此模拟中。针对禽流感（AI）的疫苗接种目前未在法国授权，尽管在这些epizootic事件中讨论了其潜在的好处。这项工作的目的是评估可以针对法国AI应用的不同疫苗接种策略的潜在效率。EVACS工具是一种用于评估疫苗接种策略的决策支持工具，已在法国多个家禽生产部门应用：肉鸡，层，土耳其，鸭和几内亚禽。EVAC用于模拟疫苗接种策略的性能，以疫苗接种覆盖率，免疫水平和免疫水平的空间分布。然后根据EVACS结果应用成本效益分析，以确定最有效的策略。对于每个部门，根据生产类型（育种者/生产，室内/室外），综合水平（综合/独立）和疫苗类型（使用重组疫苗/农场疫苗接种疫苗，使用重组疫苗/农场疫苗接种使用疫苗），对疫苗接种方案进行了测试。然后将每个部门的最有效方案合并，以测试国家一级的不同总体疫苗接种策略。即使不可能将疫苗接种方案与“鹅肝”，肉鸭和几内亚禽产量的两种疫苗类型进行比较，因为这些物种目前没有孵化场疫苗，这些生产部门也被描述并包括在此模拟中。两种类型的疫苗接种（在孵化场和农场水平上）都可以控制AI，但使用孵化场疫苗接种了较高的家禽种群免疫水平（包括独立农场）。我们还表明，孵化场疫苗接种比农场疫苗更有效（更高的福利成本比）。在整个家禽人口中，达到了足够和均匀分布的保护水平，旨在针对育种者，鸡肉层，肉鸡和火鸡的疫苗接种策略，而无需包括鸭子和豚鼠。然而，在成本效益方面，涉及最多物种和生产类型的疫苗接种策略是最有效的。本研究提供了有关不同疫苗接种策略效率的关键信息，以支持未来的决策，以防法国预防和控制HPAI。