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应用生物信息学，研究生/专业证书
所有在应用生物技术中入学的学生都有资格将应用生物信息学的研究生/专业证书添加到其课程中。生物信息学研究生证书中的课程可以与其他MS在应用生物技术课程中同时同时进行。证书课程可能不会代替应用生物技术计划中MS内的轨道课程（QA/监管，研发，商务）。
一种基于子宫内膜异位症患者的人类唾液样本
1索邦大学医院托管医院的妇产科和生殖医学系，法国75020，巴黎75020； yohann.dabi@gmail.com（y.d。）; cyril.touboul@gmail.com（c.t.）; Anne.puchar@aphp.fr（A.P。）; emile.darai@aphp.fr（E.D。）2临床研究小组（RCM）巴黎6：子宫内膜异位专家中心（C3E），索邦大学（RCM6 C3E SU），75020巴黎，法国，法国3癌症生物学和治疗学，Saint-Antoine Research Center（CRSA），Sorbonne University，Sorbonne University，Sorbonne Universiti 69003法国里昂； stephane@ziwig.com 5巴黎脑部ICM脑部ICM，索邦大学，Inserm U1127，CNRS UMR 7225，AP-HP-HP-HPITAL PITII piti piti piti-salpê-Salpê分类，75013 Paris，法国，法国； ludmila.jornea@icm-institte.org 6 Gentoyping和测序核心设施，Igenseq，大脑研究所和Marrowépinipini，ICM，iCm，h。piti piti piti-salpê-sallp sort，47-83 Boulevard de l'h h华pital pital，75013 Paris，75013 Paris，75013 Paris，france，France; delphine.boutiller@icm-institut.org *通信：sofifane.bendifallah@aphp.fr;这样的。： +33-1-56-01-73-18
123a：生物信息学II，2025年春季
除了与讲师的事先安排或在有记录的紧急情况下进行。测验：画布上的测验将被分配以加强讲座和阅读材料。他们可能会根据您的意愿进行多次重新夺回。术语项目：学生将单独或在2个团队中进行定期项目。CS 123A的研究生和学生必须按照他们选择的语言进行包括编程的项目。生物学123A的学生可能会做同样的事情，或者可能会进行涉及获取已发布数据的项目，然后使用第三方生物信息学工具分析数据。项目包括书面报告和口头介绍。期中考试：将有2项中期考试。请注意，以下时间表中给出的考试日期是近似的，可能会更改。期末考试：期末考试将在大学为此课程的日期和时间上进行。
生物信息学驱动的遗传生物标志物识别和治疗
之所以选择 GSE51808 和 GSE176079 数据集，是因为它们对于阐明登革热病毒 (DENV) 感染的分子机制具有重要意义，并且与研究目标一致。GSE51808 全面检查了登革热 (DF) 和登革出血热 (DHF) 患者在急性期和恢复期的全血样本中的基因表达变化，为了解 DENV 的全身免疫反应提供了重要见解。此外，它涵盖了不同临床严重程度的样本，从而可以广泛研究与该疾病相关的基因表达模式。相反，GSE176079 集中在从外周血中分离的单核细胞亚群上，有助于深入检查细胞类型特异性免疫反应。这两个数据集是从 GPL13158（Affymetrix HT HG-U133+ PM 阵列板）和 GPL21290（Illumina HiSeq 3000）平台生成的。
生物信息学助理研究员
• 开展个人和合作研究项目。 • 撰写研究报告以供展示和出版。 • 不断更新领域或专业领域的知识和理解。 • 协助准备提案和申请，提交给外部机构，例如用于资助和合同目的；传达专业或高技术性质的材料 • 制定研究目标和提案，用于自己的或联合研究。 • 将学科领域的进展知识转化为研究活动。 • 管理自己的研究和行政活动，如有需要提供指导。联络和网络： • 与同事和学生联络； • 建立内部和外部联系并参与信息交换网络，并形成未来合作关系
genepi：用于整个基因组测序分析的GPU增强的下一代生物信息学管道
驱动了对高级计算基础架构进行分析这些大数据集的需求。这项工作的目的是引入一条创新的生物信息学管道，名为Genepi，以进行WGS简短配对读数的有效和精确分析。构建在具有模块化结构的NextFlow框架上，Genepi结合了GPU加速算法并支持多种工作流程配置。管道可自动从生物学WGS数据中提取生物学相关的见解，包括：与疾病相关的变体，例如单核苷酸变体（SNV），小插入或缺失（Indels），拷贝数变体（CNV）和结构变体（SVS）。针对高性能计算（HPC）环境进行了优化，它利用了工作 - 安排的提交，并行处理以及为每个分析步骤量身定制的资源分配。对合成数据集进行了测试，Genepi准确地识别了基因组变量，并且具有与最新工具相当的性能。这些功能使Genepi成为研究和临床环境中大规模分析的宝贵工具，这是朝着建立国家计算和技术医学中心的关键一步。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 博士学位的科学家（100％）专注于人工... dofdoc土壤微生物组和动物群（m/f/d）（100％） 生物信息学（M/f/d）中的DostDoc
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
种子微生物组和生物信息学（M/f/d） 意大利的MSCA机会| EURAXESS “非洲倡议II” -Ueraxess-欧盟 BEPA和BATT4EU合作伙伴关系简介
微生物学，生物信息学，计算生物学或相关领域的博士学位。具有高通量测序数据分析（例如元基因组学，扩增子测序）及其在种子或植物微生物中的应用。强大的编程技能（例如Python，R）和对生物信息学工具（例如Qiime2，dada2，Silva）的熟悉。出版记录，显示了微生物组科学或相关领域的高质量研究，尤其是植物或种子微生物组。微生物技术的知识，包括种子相关微生物的培养和表征。愿意为研究建议和项目报告做出贡献。英语中出色的沟通技巧；对德语的了解是一个优势。能够独立工作并作为协作团队的一部分。
M.S.在生物信息学中 B.S.工程技术，软件和数据工程技术 网络安全的基础
＆1。CS 506和DS 637是为希望在基本主题和介绍性编程中建立背景的学生推荐的入门级研究生课程。2。将YWCC 691计算为选修学分需要该计划主管事先批准。此外，只有在同一教职员工不是学生的MS项目或MS论文顾问时，才需要与外部合作伙伴（行业，实验室或政府）或教师一起完成。
BIRC5 作为肺腺癌的潜在生物标志物和治疗靶点：综合生物信息学分析
肺腺癌 (LUAD) 是非小细胞肺癌 (NSCLC) 中最常见的类型，是全球胸部癌症中发病率和死亡率最高的。BIRC5 是一种与肿瘤细胞增殖、分化、迁移和侵袭相关的蛋白质，作为潜在的 LUAD 生物标志物的研究尚不足。在本研究中，我们利用生物信息学技术分析来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 和 Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库的 LUAD 相关数据，以识别与 LUAD 发病、进展和预后相关的生物标志物并评估其临床意义。免疫细胞浸润和单细胞 RNA 测序分析评估了核心基因在不同免疫环境中的表达。药物敏感性分析评估了这些生物标志物对治疗反应的影响，为早期诊断和个性化 LUAD 治疗提供依据。对来自 TCGA 和 GEO 的基因表达和临床数据进行加权相关网络分析 (WGCNA)、差异分析以及单变量和多变量 Cox 回归，以确定预后核心基因。高 BIRC5 表达成为 LUAD 中总体生存率 (OS) 较差的独立风险因素，表现出强大的诊断性能。富集分析表明 BIRC5 参与细胞周期和 P53 信号通路。单细胞 RNA 测序和免疫浸润分析表明，BIRC5 在免疫微环境中起着关键作用。药物敏感性分析表明，高 BIRC5 表达与对几种抗癌药物的敏感性增加相关。这些发现证实 BIRC5 是 LUAD 诊断和预后的有希望的生物标志物。它在免疫调节和药物敏感性中的作用凸显了其指导个性化治疗策略的潜力。