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小鼠模型中源自关节体积和纹理协方差模式的阿尔茨海默氏病风险的网络生物标志物
摘要。阿尔茨海默氏病（AD）缺乏有效的治疗方法，通常在发生实质性病理变化后发现干预措施具有挑战性。早期发现和对危险因素及其下游影响的理解至关重要。动物模型提供了研究这些前驱阶段的宝贵工具。我们使用表达三个主要人类APOE等位基因的小鼠来投资各种遗传风险，代替了小鼠APOE。我们利用这些小鼠模型利用高分辨率磁共振扩散成像，因为它提供了可以共同分析的多个参数的能力。我们研究了APOE基因型如何与年龄，性别，饮食和免疫力相关，以产生区域脑体积和分数各向异性的共同变化，这是对脑水扩散的敏感度量。我们的结果表明，基因型强烈影响尾状壳，PON，扣带回皮层和小脑，而性别影响双侧杏仁核和梨状皮层。免疫状态会影响许多区域，包括顶叶皮层，丘脑，听觉皮层，V1和双侧齿状小脑核。危险因素相互作用特别影响杏仁核，丘脑和PON。apoE2小鼠在常规饮食上表现出最少的时间变化，表明弹性，而ApoE3小鼠对高脂饮食（HFD）的影响最小。HFD扩增了多个大脑区域的衰老效应。包括饮食在内的AD危险因素的相互作用显示出灰灰色，PON，PONS，AMYGDALA，下丘，M1和腹侧轨道皮层的显着变化。未来的研究应研究这些协调的体积和纹理变化基础的机械性，可能通过检查基因表达和代谢中的网络相似性，以及它们与与神经退行性疾病进展有关的结构途径的关系。
274 例胸腺上皮肿瘤的全面基因组分析揭示了致癌途径和预测生物标志物
摘要背景：胸腺恶性肿瘤是一类罕见的异质性胸部癌症，根据世界卫生组织的组织病理学分类，胸腺恶性肿瘤可分为胸腺瘤和胸腺癌。文献中关于这些肿瘤生物学的数据有限，绝大多数数据是使用早期疾病的手术标本获得的。同时，晚期难治性胸腺肿瘤的治疗目前依赖于化疗，疗效有限。晚期难治性肿瘤的综合基因组分析 (CGP) 将为创新治疗开辟一些机会。患者和方法：共纳入 90 名和 174 名连续的胸腺瘤或胸腺癌患者，对他们的复发性难治性肿瘤的福尔马林固定石蜡包埋标本进行了测序。使用杂交捕获、基于接头连接的文库对多达 315 个癌症相关基因加上 28 个癌症中经常重排的基因的 37 个内含子进行测序，平均覆盖深度为 >500 倍。结果：胸腺瘤的基因组改变频率低（平均 1.8/肿瘤）且 TMB 水平低。超过 10% 的病例中发现的基因组改变是 CDKN2A/B 和 TP53 基因。在一例无法切除的 III 期 B3 型胸腺瘤中发现 NTRK1 基因扩增。胸腺癌的改变频率明显较高，为 4.0/肿瘤（P < .0001）。在 CDKN2A、KIT 和 PTEN/PI3K/MTOR 通路中观察到临床相关的基因组改变。胸腺癌中 TMB 升高并不常见，仅 6% 的病例具有 ≥ 10 个突变/Mb。结论：我们的队列是迄今为止最大的队列，报告了晚期疾病背景下胸腺上皮肿瘤的 CGP。在 KIT 、 PI3K 、 CDKN2A/B 或 NTRK 基因中识别出临床相关的基因组变异为使用靶向药物的潜在精准医疗方法提供了强有力的理由。一部分胸腺癌显示出高肿瘤突变负担，这可能是免疫检查点抑制剂疗效的预测因素。关键词：胸腺瘤；胸腺癌；靶向治疗；化疗；免疫治疗。
识别与
首先，LRTI 团队！谢谢，谢谢，谢谢！我谨亲自向你们所有人表示感谢。我最亲密的同事 AGG 和 JEF 教会了我很多东西。马修和兰布罗斯！昨天和今天的 U1015 成员：Lisa、Agathe、Marine、Imran、Gladys、Pierre、Eugénie、Nicolas、Carolina、Yacine、Camille、Cissé、Caroline、Nathalie、Marion 以及所有其他爱好者！！！ ENS 的“女孩”：Masha、Diane 和 Félicie。平台上的“伙计们”（也许更像 Yann！）还有 Alexia！ BiGR 同事：Bastien 和 Marine（感谢您的耐心）。那些 UGF 的人！我保证我确实尽了最大努力准时到达。 metabolo 的专业人士：Claudia、Sylvère 和 Kroemer 教授。娜塔莉和出色的 LIO 团队。整个 PREMIS 团队+++Miha，我的兄弟（多么支持啊！）。 Jean-Marie、Ariane、Stéphane、Capucine 以及 DITEP 的全体人员：很快再见！马里恩和维罗妮克：我很高兴得知你们离我并不远。我的推荐人：Benjamin Terrier 教授、Olivier Lambotte 教授和 Xavier Mariette 教授。 Vassili Soumelis 和他的团队给了我坚持下去的愿望。所有使这个项目成长的人：Matthieu、Camille、Kevin、Aymeric、Andrei、Leonardo、Nicolas、Laetitia、Paul（！）以及更多我忘记的人。 GR 血液科：您让我“临床”爆发氧气！
生物信息学驱动的遗传生物标志物识别和治疗
之所以选择 GSE51808 和 GSE176079 数据集，是因为它们对于阐明登革热病毒 (DENV) 感染的分子机制具有重要意义，并且与研究目标一致。GSE51808 全面检查了登革热 (DF) 和登革出血热 (DHF) 患者在急性期和恢复期的全血样本中的基因表达变化，为了解 DENV 的全身免疫反应提供了重要见解。此外，它涵盖了不同临床严重程度的样本，从而可以广泛研究与该疾病相关的基因表达模式。相反，GSE176079 集中在从外周血中分离的单核细胞亚群上，有助于深入检查细胞类型特异性免疫反应。这两个数据集是从 GPL13158（Affymetrix HT HG-U133+ PM 阵列板）和 GPL21290（Illumina HiSeq 3000）平台生成的。
生物标志物能否正确预测呼吸机相关
结果：在 ANTHARTIC 试验中，有 161 名患者可以获得生物样本，与未患 VAP 的患者（n = 121）相比，患 VAP 的患者（n = 33）的体重指数和急性生理与慢性健康评估 II 评分较高、未目击心脏骤停次数较多、儿茶酚胺较多，且治疗性低温持续时间较长。在单变量分析中，与 VAP 显着相关且曲线下面积 (AUC) 大于 0.70 的生物标志物是 CRP（AUC = 0.76）、白细胞介素 (IL) 17A 和 17C (IL17C) (0.74)、巨噬细胞集落刺激因子 1 (0.73)、PCT (0.72) 和血管内皮生长因子 A (VEGF-A) (0.71)。结合新型生物标志物的多变量分析显示，p 值小于 0.001 且比值比大于 1 的几对：VEGF-A + IL12 亚基 β (IL12B)、Fms 相关酪氨酸激酶 3 配体 (Flt3L) + C–C 趋化因子 20 (CCL20)、Flt3L + IL17A、Flt3L + IL6、STAM 结合蛋白 (STAMBP) + CCL20、STAMBP + IL6、CCL20 + 4EBP1、CCL20 + caspase-8 (CASP8)、IL6 + 4EBP1 和 IL6 + CASP8。观察到 CRP + IL6 (0.79)、CRP + CCL20 (0.78)、CRP + IL17A 和 CRP + IL17C 的最佳 AUC。
重症监护中的个性化医学：从生物标志物到量身定制的疗法
重症监护医学领域正在迅速发展，个性化医学作为一种变革性的方法来优化患者的预后。在ICU中，患者条件复杂且动态，一小中的所有治疗策略通常不足。个性化医学利用生物标志物，遗传见解和先进的诊断工具来根据每个患者的独特需求来量身定制疗法，从而彻底改变重症患者的护理服务的潜力。个性化医学涉及根据个体患者特征（例如遗传，蛋白质组学和代谢特征）来定制医疗服务。与依赖广义治疗方案的传统方法不同，该策略旨在预测患者对疗法的反应，最大程度地减少不良影响并增强康复。在重症监护中，在快速而精确的决策至关重要的情况下，这种方法特别有价值。生物标志物在个性化医学中至关重要，是疾病过程或治疗反应的可测量指标。在ICU中，生物标志物可以帮助分层患者，识别危险人群并指导治疗干预措施。
伦敦东北大学全额资助网络科学博士奖学金，整合多模态数据以了解轨迹和生物标志物
总部位于英国的机构。东北大学成立于 1898 年，以其高影响力的研究而闻名，旨在解决全球问题。跨学科、体验式学习和与学术界以外的合作伙伴的联系是东北大学精神的核心。东北大学在 2022 年获得了 2.307 亿美元的外部研究资金，是公认的体验驱动终身学习的领导者。它在美国和加拿大设有校区（波士顿、北卡罗来纳州夏洛特、缅因州波特兰、加利福尼亚州奥克兰、旧金山、西雅图、硅谷、弗吉尼亚州阿灵顿、马萨诸塞州伯灵顿和纳汉特社区、多伦多和温哥华）。虽然博士学位将是英国的资格，但学生将有机会在伦敦博士研究期间参与和访问海外的东北大学网络，为他们的研究培训提供真正独特且备受追捧的维度。项目我们正在寻找一位有计算神经科学、数据科学、认知心理学或相关领域背景的积极进取的候选人，加入一个创新的博士项目，该项目涉及网络科学、机器学习和心理健康研究的交叉领域。该项目旨在开发尖端方法来整合和分析多模态数据——从认知评估和患者自我报告到神经影像和电子健康记录 (EHR)——以发现新的生物标志物并改善心理健康轨迹的分析。成功的申请者将采用自然语言处理 (NLP)、图论和先进的机器学习等技术来探索认知-情感模式和大脑连接动态，为理解心理健康建立一个统一的框架。这项跨学科研究有望推动个性化诊断和干预策略的进步。理想的候选人应该具备很强的分析和编程能力，对心理健康研究充满热情，并具有跨学科合作的能力。成功的候选人将：
Biopred：Precision Medicine的生物标志物分析的R包
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生物标志物监测抗凝血灭鼠剂对非目标动物中毒的效力
广泛使用农药防治农业害虫是环境健康公共舞台上的一个热门话题。选择性害虫防治以将环境影响降至最低是环境毒理学领域的主要目标，特别是为了避免不同生物体意外中毒。抗凝血灭鼠药会导致血液凝固过程异常；它们被广泛用于控制啮齿动物，导致家畜和非目标掠食性野生动物通过直接摄入含有灭鼠药的诱饵或食用中毒猎物而无意中接触灭鼠药。为了报告毒性作用，最常见的方法是测量出现临床症状的死亡或中毒动物肝脏或血浆中抗凝血灭鼠药的残留量。然而，一个主要的挑战是目前文献中缺乏用于区分接触和毒性的肝脏或血浆浓度阈值。由于抗凝血灭鼠药在不同物种和物种内的药理学特性存在差异，因此必须确定每种物种的剂量反应关系，以预先判断中毒的相对风险。除此之外，生物标志物是广泛用于污染物生态风险评估的关键解决方案。由于抗凝血灭鼠药 (AR) 在生化水平上具有毒性作用，因此生物标志物可以作为毒性暴露的指标。从这个意义上讲，了解生物体内抗凝血灭鼠药的毒理学知识是确定敏感、特异性和合适生物标志物的重要工具。在这篇综述中，我们概述了不同动物物种中抗凝血灭鼠药的毒效学和毒代动力学参数。我们研究了用于表征和区分抗凝血灭鼠药暴露和毒性作用的不同类型的生物标志物，展示了这些检测方法的优缺点。最后，我们描述了可能的新生物标志物并强调了它们的能力。
指示欧洲海鲈 (Dicentrarchus labrax) 性别和压力的循环微小 RNA：寻找新的生物标志物
Camille Houdelet、Eva Blondeau-Bidet、Mathilde Estevez-Villar、Xavier Mialhe、Sophie Hermet 等人。指示欧洲海鲈 (Dicentrarchus labrax) 性别和压力的循环微小 RNA：寻找新的生物标志物。海洋生物技术，2023 年，25 (5)，第 749-762 页。�10.1007/s10126-023-10237-0�。�hal-04204152�