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药物发现和生物蟒分析 MBP-...
摘要：髓系细胞白血病 1 (Mcl1) 是一种抗凋亡蛋白，在包括白血病在内的多种癌症中过度表达，使其成为治疗干预的有吸引力的靶点。本研究使用 Biopython 进行结构分析和 CBDock 进行分子对接模拟，探索了 MBP-Mcl1 和配体 12 之间的相互作用。使用 Py3Dmol 进行结构可视化，深入了解结合位点的可及性和蛋白质-配体相互作用。检查 MBP-MCL1 等蛋白质序列，有助于识别蛋白质的分类。结果揭示了配体 12 的高结合亲和力、结合后 Mcl1 的构象变化最小以及关键的残基相互作用。Biopython 为研究人员在靶向治疗方面的进步做出了贡献，为白血病患者带来了潜在的结果。这些发现突出了配体 12 是针对髓系细胞白血病的靶向治疗的有希望的候选药物，并建立了一种将计算工具整合到药物发现中的工作流程。
教程-1.83.pdf
2快速启动 - 您可以使用Biopython做什么？15 2.1 Biopython提供的一般概述。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。15 2.2使用序列。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。15 2.3用法示例。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。16 2.4解析序列文件格式。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。16 2.4.1简单的Fasta解析示例。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。17 2.4.2简单的GenBank解析示例。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。17 2.4.3我喜欢解析 - 请不要停止谈论它！。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。18 2.5与生物数据库连接。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。18 2.6下一步该怎么做。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。19
分子对接与动态研究人类...
摘要-肺癌是当今世界最常见的疾病之一。早期诊断这些疾病将有助于为患者制定更有效的治疗方案。ALK 阳性非小细胞肺癌中的 7R7R 基因是本研究的主题。为了检查 ALK 阳性非小细胞肺癌中 7R7R 基因与 ALK 基因的活性和相似性，本研究目前提供了一种基于结构的药物设计策略。人类 ALK 阳性癌症通常始于肺癌，但也可能始于大脑或乳房以及身体的许多其他部位。约 5% 的肺癌患者也患有 ALK 阳性肺癌。与整体肺癌患者相比，约一半的 ALK 阳性肺癌患者在 50 岁之前被诊断出来。这些患者中的许多人都在 30 多岁和 40 多岁，但有些甚至在十几岁和二十几岁。在本文中，我们使用了 ERRAT 工具来验证我们的结构。此外，我们还使用 BioPython 来简化我们的数据，最后进行分子对接研究，观察人类间变性淋巴瘤激酶活性位点与对接分数的强结合亲和力。关键词-人类间变性淋巴瘤激酶、结构分析、同源性建模、Biopython、CB-Dock、H-Dock
ProStruc：使用同源性建模的3D结构预测的开源工具
方法：ProSTRUC是一种基于Python的同源性建模工具，旨在通过直观的，自动化的管道来简化蛋白质结构的预测。集成了用于序列对齐的生物繁殖，用于模板识别的BLAST和promod3用于结构生成，ProStruc简化了复杂的工作流入到用户友好的界面中。该工具使研究人员能够输入蛋白质序列，从蛋白质数据库（PDB）等数据库中识别同源模板，并生成具有最小计算专业知识的高质量3D结构。ProStruc实现了两个阶段的Vsquarealidation过程：首先，它使用TM-Align进行结构比较，评估均平均偏差（RMSD）和针对参考模型的TM分数。第二，它通过qmeandisco评估模型质量，以确保高精度。
链球菌突变体调节细菌 - 真菌相互作用中白色念珠菌的泛素修饰
植物病毒对全球农业构成了重大威胁，并需要有效的工具才能及时检测。我们提出了AutoPvprimer，这是一种创新的管道，该管道整合人工智能（AI）和机器学习以加速植物病毒引物的发展。管道使用Biopython从NCBI数据库自动检索不同的基因组序列，以增加后续引物设计的鲁棒性。design_-primers_with_tuning模块使用随机森林分类器，可优化参数并为不同的实验条件提供灵活性。质量控制措施，包括评估Poly-X含量和熔化温度，提高了引物的可靠性。AUTOPVPRIMER独有的是Visualize_primer_dimer模块，它支持引物二聚体的可视化评估，这是其他工具中缺少的功能。引物特异性通过引物爆炸验证，这有助于管道的整体效率。AutoPvprimer已成功地应用于番茄镶嵌病毒，证明其适应性和效率。模块化设计允许用户自定义，并将适用性扩展到不同的植物病毒和实验场景。管道代表了引物设计的重大进展，并为研究人员提供了加速分子生物学实验的有效工具。未来的发展旨在扩展兼容性并纳入用户反馈，以巩固AutoPvprimer，作为对生物信息学工具箱的创新贡献，也是提高植物病毒学研究的有希望的资源。