方法:ProSTRUC是一种基于Python的同源性建模工具,旨在通过直观的,自动化的管道来简化蛋白质结构的预测。集成了用于序列对齐的生物繁殖,用于模板识别的BLAST和promod3用于结构生成,ProStruc简化了复杂的工作流入到用户友好的界面中。该工具使研究人员能够输入蛋白质序列,从蛋白质数据库(PDB)等数据库中识别同源模板,并生成具有最小计算专业知识的高质量3D结构。ProStruc实现了两个阶段的Vsquarealidation过程:首先,它使用TM-Align进行结构比较,评估均平均偏差(RMSD)和针对参考模型的TM分数。第二,它通过qmeandisco评估模型质量,以确保高精度。
主要关键词