Bordete

Bordetella pelita pelita III的完整基因组序列，印尼全细胞百日咳疫苗的生产菌株

t Bio Farma（Persero）使用Borde-tella thea thea attuse pelita pelita III生产全细胞百日咳（WP）疫苗。百日咳菌株的抗原特性会随着时间的流逝而变化（1-3），因此，需要监测工作种子的这些特征以产生有效的疫苗。顺便说一句，最近的基因组学革命使全基因组shot弹枪进行了快速，准确且具有成本效益的途径，不仅检查疫苗抗原基因，而且还检查了生产过程至关重要的其他基因。但是，这取决于全基因组序列的可用性。出于这些原因，并且与其他百日咳疫苗生产菌株进行了详细比较，确定了百日咳芽孢杆菌菌株pelita III的整个基因组序列。The sequencing was performed at the University of Delaware Sequencing & Geno- typing Center (Newark, DE) on the PacBio RS II platform, employing single-molecule real-time (SMRT) technology (Pacific Biosciences, Menlo Park, CA) (4), yielding 141,140 reads totaling 888,059,822 bases.通过层次基因组组装过程（HGAP）工作流进行了从头基因组组装（4）。使用Gepard测试了组装序列的圆形，并用AMOS和Minimus2生成圆序（5，6）。最终组装产生了一个具有141.91覆盖率的4.1-MB基因组的重叠群。使用美国能源部联合基因组研究所（美国加利福尼亚州核桃溪）的综合微生物基因组综述（IMG/ER）平台进行了基因的初始识别和注释（7）。GenBank注释利用了NCBI原核基因组注释管道（8）。在基因组水平上，Pelita III与Bordetella buttussis tohama I（9，10），参考菌株（11）和百日咳疫苗的主要来源密切相关（3，12）。每种发病机理基因的核苷酸序列，包括疫苗抗原的核苷酸序列，即百日咳毒素（PT），心霉素（PRN），膜状血凝集素（FHA）（FHA）和纤维mbriae（FIM），在两种菌株中是相同的（13）。观察到的两个基因组之间的差异有两种类型：（i）Pelita III中的其他元素，可能是由于换位引起的，在两个位置的转座酶INSO的串联重复（BP 44713至