受体分子的位点,然后生成对接参数文件(DPF)。这些文件用作网格映射和对接的输入文件。使用受体和配体的PDB文件用于生成PDBQT文件,以使用AutoDdock Tools 1.5.7执行对接研究。对每个配体进行了独立的运行,每个表观构象体以随机顺序对接到CDK1激酶的结合袋中。在扩展坞研究中,分配了遗传算法和lamarckian通用算法进行配体构象搜索。分析了从每个对接受体配体配合物的Autodock4对数文件(DLG)获得的数据[26]。随后,使用Ligplot+ V.4.5.3软件来计算结合位点中配体和CDK1激酶之间疏水和氢键的数量。通过Ligplot + 4.5.3软件鉴定了结合位点中存在的氨基酸的类型和数量[27]。
细胞周期蛋白A和Cdc25a都是依赖细胞周期蛋白激酶(CDKS)的激活剂:Cyclin A充当Cdks和Cdc25a的激活子单位,A cdks抑制性磷酸化位点的磷酸酶。在这项研究中,我们发现了两个CDK激活剂之间的反比关系。作为细胞周期蛋白A是必不可少的基因,我们使用CRISPR-CAS9和DEGRON标记的细胞周期蛋白A的组合产生了有条件的沉默细胞系A. Cyclin A的破坏促进了CDC25A的急性积累。细胞周期蛋白A后Cdc25a的增加发生了整个细胞周期,并且独立于细胞周期延迟由细胞周期蛋白A缺乏效率引起的细胞周期延迟。此外,我们确定与Cyclin A的反相关关系是CDC25A的特异性,而不是其他调节CDK中相同位点的CDC25家庭成员或激酶。出乎意料的是,Cdc25a的上调主要是由于转录活性的增加而不是蛋白质稳定性的变化引起的。逆转Cyclin a耗尽细胞中Cdc25a的累积严重延迟G 2 - M。综上所述,这些数据提供了涉及CDC25A的补偿机制的证据,该机制可确保在不同级别的细胞周期蛋白A中及时进入A.
背景:卵巢癌(OC)和宫颈癌(CC)是女性死亡的主要原因。因此,确定早期检测和治疗的标记至关重要。CDK1控制细胞周期的G2/M转变,是周期的重要调节蛋白。RO-3306和UBE2C与CDK1表达有关,并可能共同促进OC的发展。CDK1和CDK2磷酸化MLK3,在OC细胞的侵袭和增殖中起重要作用。此外,miR-490-3p靶向CDK1并限制卵巢肿瘤的生长。CDK1在CC的进展中也起着至关重要的作用。例如,CDK1的过表达可以挽救与关键过程有关的RCC1敲低的影响,例如胞质转运,对G1细胞周期进程。使用生物信息学分析,我们评估了共表达基因CDK1在这两种癌症中的功能富集和作用及其对预后的影响。方法:首先,我们筛选了与OC和CC相关的DEG的公共数据集并确定了相交基因。这些基因的富集分析揭示了关键的生物学途径和过程。然后,我们生成蛋白质 - 蛋白质相互作用网络,以鉴定中央基因和重要基因模块。结果:其他富集分析表明,细胞周期调节和生殖细胞成熟是这些核心基因调节的主要过程。我们还检查了CDK1在OC和CC中的功能,证明了其过表达及其与特定的免疫细胞浸润模式的关联。此外,CDK1突变负担,拷贝数变化和患者生存分析表明,CDK1可能是有用的预后标记。最后,免疫组织化学检查证实了某些候选基因在临床样品中的表达。结论:这些发现阐明了OC和CC的分子原因,并将有助于确定有关这些癌症的未来研究的新目标,包括它们的诊断和治疗。
途径在RO-3306的影响下,我们对经过各种治疗的U2932细胞进行了细致的RNA-Seq研究:DMSO,Ibrutinib,RO-3306,以及Ibrutinib和RO-3306的组合。这种方法促进了几种差异表达的RNA的识别,特别是指向与JAK2/STAT3途径激活的关联(图3)。Western印迹和免疫荧光实验,结果表明RO-3306抑制JAK2/STAT3信号,从而抑制了NF-κB的表达和Bcl-2。增强Bax的表达;并影响DLBCL细胞对依鲁替尼的生存,凋亡和药物敏感性。
背景:子宫内膜癌是全球最常见的妇科恶性肿瘤之一。本研究的目的是寻找子宫内膜样子宫内膜癌的新治疗靶点。材料和方法:进行生物信息学分析,筛选出CDK1作为EC发病机制中的关键基因之一。免疫组织化学方法验证子宫内膜癌组织中CDK1的表达。通过细胞活力和集落形成实验研究CDK1对体外子宫内膜癌细胞增殖和集落形成的影响。通过细胞凋亡和细胞周期实验阐明CDK1影响细胞增殖的机制。进行肿瘤异种移植试验以显示CDK1对体内子宫内膜癌细胞生长的影响。结果:CDK1在子宫内膜样子宫内膜癌中过表达,细胞质CDK1的积累与EC的组织学分级有关。 CDK1在体外促进子宫内膜癌细胞生长和克隆形成。抑制CDK1活性可诱导细胞凋亡,使子宫内膜癌细胞细胞周期停滞于G2/M期。抑制CDK1活性也可抑制异种移植模型中的子宫内膜癌生长。结论:CDK1参与了子宫内膜样子宫内膜癌的发病机制,为子宫内膜样子宫内膜癌的治疗提供了新的靶点。
主要结果:在100名化粪池患者的180个芯片中,我们在ICU入院后的第1天和第2-3天都在幸存者与非活物中的39个上调和2个下调差异表达的基因(DEG)。我们将上调DEG的集线器基因以及CX3CR1和IL1B结合了计算表达比。CDK1/CX3CR1比率具有最佳性能,可以预测全因ICU死亡率,在ROC曲线(AUROC)下的面积为0.77(95%置信区间[CI] 0.88-0.66),在第2天,在ICU下,在ICU下,第1天,0.82(95%CI 0.91-0.72)的面积为0.82(95%CI 0.91-0.72)。这种性能比每个单独的mRNA生物标志物要好。在外部验证队列中,使用RT-QPCR测量的CDK1/CX3CR1比的预测性能与第1天测量时乳酸的预测性能相似,在第2-3天测量时较高。结合乳酸水平和CDK1/CX3CR1比率,我们确定了3组具有ICU死亡率风险增加的患者,范围为9%至60%,中级风险群体死亡率为28%。
摘要 - 目的:我们研究了乳腺癌中CDK和预后的表达。材料和方法:吞噬数据库检查了乳腺癌中的CDK基因表达。使用Kaplan-Meier绘图师分析了怀里恶性增长患者CDK的先见优先价值。在GEPIA数据库中分析了肿瘤分期中CDK的表达变化。使用KEGG数据集分析了CDK在DNA复制和细胞周期中的作用。使用CBIOPORTAL数据库,研究了乳腺癌中CDK基因表达与CDK之间的关联。Encori数据库用于研究针对CDK的miRNA。结果:oncomine数据表明,乳腺癌患者中CDK1,CDK5和CDK20的表达被上调,而CDK2和CDK6中的mRNA表达水平降低,CDK3,CDK4和CDK7〜19不是表达数据。GEPIA数据库的结果表明,CDK1,CDK2,CDK4,CDK5,CDK5,CDK7,CDK8和CDK20在乳腺癌组织中的表达水平大于正常组织,并且CDK1和CDK5的表达水平明显差异,而前者中的CDK3和CDK1的表达水平则低于latter latter latter的表达水平。Kaplan-Meier绘图仪数据显示,CDK1,CDK3,CDK4和CDK20与乳腺癌个体的沮丧的预后有关,而CDK8中的mRNA水平与生存后的进展有关。结论:CDK1,CDK2C,CDK4,CDK5,CDK7,CDK8和CDK20可以用作乳腺癌患者的分子标记,或通过靶向CDK来作为乳腺癌治疗的潜在靶标。
• CCNE1 -amp and FBXW7 LOF are associated with high levels of replication stress and depend on the inhibitory phosphorylation of CDK1 at Thr14 (CDK1 pT14) by PKMYT1 to prevent premature mitosis • Lunresertib (RP-6306) is a clinical stage, potent and selective oral inhibitor of PKMYT1, with single agent activity in CCNE1 -amp临床前模型
• CDK1 activation is monitored by Cyclin B phosphorylation (CyclinB-pS126) • Histone H3 phosphorylation (H3-pS10) in EdU-incorporating cells marks premature mitotic entry in S-phase • Lunresertib + WEE1i induces faster and stronger CDK1 activation and premature mitosis in CCNE1 -high cells compared to parental counterparts以最小的单位活动活性在任何背景
蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 是一种很有前途的治疗方式,在癌症治疗中引起了广泛关注。利用 PROTAC 技术,我们使用 Cereblon (CRBN) 和 Von Hippel – Lindau (VHL) E3 配体合成了新型结构修饰的基于 paullone 的 PROTAC。与标准阿霉素相比,PROTAC 23a 显著抑制了 MCF-7 乳腺癌细胞 (IC 50 = 0.10 µ M) 和 A549 肺癌细胞 (IC 50 = 0.12 µ M) 的生长。通过 MCF-7 细胞中的免疫印迹试验评估了这些新型 PROTAC 的降解效率。蛋白质印迹结果显示,PROTAC 23a 在浓度范围为 5.5 至 16 µ M 时降解细胞周期蛋白依赖性激酶 1 (CDK1),从而产生抗癌作用。分子对接用于确认活性 PROTAC 23a 对 CDK1 结合位点的亲和力。我们的研究结果表明了基于 paullone 的 PROTAC 作为 CDK1 降解剂的重要性,可能利用其来识别更有效的乳腺癌和肺癌临床治疗候选药物。
