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CTBP脱氢酶抑制剂MTOB和4-CL-HIPP的特异性
C末端结合蛋白（CTBP）是对癌症和炎症重要的保守转录阻遏物。 在转录共同调节剂中独特的CTBP具有功能性脱氢酶结构域。 由于多种恶性肿瘤显示CTBP水平升高，因此已经开发了针对该脱氢酶结构域的CTBP抑制剂。 尽管CTBPS脱氢酶功能对转录调节的重要性尚不清楚，但几项研究取决于CTBP抑制剂。 体外实验已经证实了这些化合物与CTBP活性位点的结合，但是缺乏特异性的证据。 为了解决这个问题，我们用MTOB或4-CL-HIPP处理了WildType和CTBP1，2个双基因敲除J774.1细胞并进行了RNA-Seq。 我们观察到，两种抑制剂都会引起不同的转录变化，表明非重叠的作用方式。 此外，在CTBP1/2双基因敲除细胞中观察到了任何一种抑制剂引起的大多数变化，提示靶向效应。 我们假设那些CTBP脱氢酶抑制剂对CTBPs缺乏特异性，并强调使用这些抑制剂从研究中推断出的发现进行仔细的重估。C末端结合蛋白（CTBP）是对癌症和炎症重要的保守转录阻遏物。在转录共同调节剂中独特的CTBP具有功能性脱氢酶结构域。由于多种恶性肿瘤显示CTBP水平升高，因此已经开发了针对该脱氢酶结构域的CTBP抑制剂。尽管CTBPS脱氢酶功能对转录调节的重要性尚不清楚，但几项研究取决于CTBP抑制剂。体外实验已经证实了这些化合物与CTBP活性位点的结合，但是缺乏特异性的证据。为了解决这个问题，我们用MTOB或4-CL-HIPP处理了WildType和CTBP1，2个双基因敲除J774.1细胞并进行了RNA-Seq。我们观察到，两种抑制剂都会引起不同的转录变化，表明非重叠的作用方式。此外，在CTBP1/2双基因敲除细胞中观察到了任何一种抑制剂引起的大多数变化，提示靶向效应。我们假设那些CTBP脱氢酶抑制剂对CTBPs缺乏特异性，并强调使用这些抑制剂从研究中推断出的发现进行仔细的重估。
TSH和CTBP相互作用坐标果蝇眼发育
保守转录因子的不同组合调节眼睛前体细胞的分裂，然后在果蝇（果蝇）幼虫前体组织中诱导感光细胞规范，称为眼盘。在第三龄幼虫寿命中，由凹入细胞层制成的形态发生沟（MF）起源于眼盘后缘，并朝着眼盘前侧传播。MF前面的细胞处于增殖阶段，其后部细胞开始分化为感光体。分化的视网膜细胞形成果蝇中化合物成年眼睛的单位。先前的研究表明，锌指转录因子（TSH）促进了MF前方的细胞分裂。C末端结合蛋白（CTBP）是一种保守的转录共抑制剂，可限制眼盘中的细胞分裂。有趣的是，我们的免疫沉淀分析表明，TSH和CTBP分子在眼盘中相互作用。因此，我们的研究目标是确定分子相互作用是否与果蝇中的眼睛发育途径相关。我们已经开发了蝇菌株，在MF前部的分裂细胞中TSH＆CTBP过表达。结果，我们发现苍蝇中没有TSH过度表达的苍蝇中没有或微小的成年眼睛，并且在CTBP过表达的苍蝇中出现了微妙的较大的成年眼。接下来，我们计划通过过度表达TSH＆CTBP来评估其相互作用对眼表型的影响来制作双突变体。结果将有助于确定由TSH和CTBP调节的眼睛发育过程。
生成Zeb2不足的人IPSC线（...
智力残疾，癫痫，赫希斯普朗氏病和各种先天性畸形（Garavelli and Mainardi，2007年）。此外，Zeb2的过表达与不同形式的癌症的进展有关（Fardi等，2019）。虽然已经对Zeb2蛋白的功能进行了广泛的研究，但目前缺乏可用的Zeb2缺乏的人类细胞模型，无法在胚胎发育过程中进一步删除Zeb2依赖性调节网络，并且可以取消抗癌药物的发展。为此，我们使用CRISPR/CAS9介导的编辑系统生成了人类IPSC线，耗尽了Zeb2蛋白（表1）。我们分别应用了两个靶向Zeb2外显子5和外显子6的GRNA（图1 a），在父母IPSC线上Kicri002a（表1;（Uhlin等，2017）。通过LiPofection将包含两个GRNA的构建体引入IPSC系，并通过荧光激活的细胞分选（FACS）选择转染的细胞以表达绿色荧光蛋白。单细胞克隆在LN521上扩展，并通过基因组DNA上的Sanger测序分析基因编辑。分析显示了具有纯合790 bp缺失的克隆线kicri002a-4，跨越了内含子5和外显子5和6的一部分（chr2：g.144,404,077 - 144,404,404,404,867del;1 a;补充。图1 A-B）。 外显子5和外显子6的其余部分被融合，预测氨基酸194上的截短的Zeb2 mRNA，其截短的Zeb2 mRNA（PTC）（P.THR188888888888888888888888;图1 A-B）。外显子5和外显子6的其余部分被融合，预测氨基酸194上的截短的Zeb2 mRNA，其截短的Zeb2 mRNA（PTC）（P.THR188888888888888888888888;图1 a）。与136PTC位于编码N末端锌指（NZF）域的区域以及更C末端的R-SMAD结合域（SBD），CTBP相互作用结构域（CID）（CID）和C-末端的c-terminal Zinc Zinc Finger（CZF（CZF）和Homeododomain（例如Domains）（epifa）（epifa）。