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CRISPR/Cas12a (Cpf1) 引导RNA序列的鉴定
CRISPR（成簇的规律间隔的短回文重复序列）或 CRISPR 相关（Cas）系统已成为一种主要的基因编辑工具。使用 CRISPR 进行基因编辑需要 Cas 蛋白和相应的向导 RNA（gRNA）。然而，低切割效率和脱靶效应会阻碍 CRISPR/Cas 系统的应用。因此，确定特定的 gRNA 至关重要。在生物传感器应用中，由于 Cas12a（Cpf1）的反式切割活性，CRISPR/Cas12a 可以增强识别靶基因的特异性和灵敏度。mtDNA D 环序列是 mtDNA 中最易变的部分，使其适合区分物种。因此，本研究的目的是通过计算机模拟确定野猪 mtDNA D 环的 gRNA 序列。在 GenBank 数据库的帮助下，使用 Benchling 应用程序预测候选 gRNA。随后，使用 BLAST 核苷酸对 gRNA 候选物进行同源性差异分析，并使用 Jalview 进行错配测试。在几个候选物中，候选物 1 被选为最佳选择，脱靶值为 99.8。与竞争对手的同源性差异分析和与 Sus 属的错配测试分别产生了较高的 E 值和较高的百分比值。这表明候选物不会识别其他物种，但可以检测 Sus scrofa 物种的成员。这些 gRNA 候选物可以选择性地且灵敏地应用于生物传感器，以检测肉类掺假。
Cas12a/Cpf1 敲入小鼠可实现高效多路复用......
1. 美国康涅狄格州纽黑文耶鲁大学医学院遗传学系 2. 美国康涅狄格州西黑文耶鲁大学系统生物学研究所 3. 美国康涅狄格州西黑文耶鲁大学癌症系统生物学中心 4. 医学博士 (MD-Ph.D.)耶鲁大学免疫生物学项目，美国康涅狄格州西黑文 5. 耶鲁大学免疫生物学项目，美国康涅狄格州纽黑文 6. 耶鲁大学免疫生物学系，美国康涅狄格州纽黑文 7. 耶鲁大学分子细胞生物学、遗传学与发展项目，美国康涅狄格州纽黑文 8. 耶鲁大学耶鲁学院，美国康涅狄格州纽黑文 9. 耶鲁大学医学院神经外科系，美国康涅狄格州纽黑文 10. 耶鲁大学医学院耶鲁综合癌症中心，美国康涅狄格州纽黑文 11. 耶鲁大学医学院耶鲁干细胞中心，美国康涅狄格州纽黑文 12. 耶鲁大学医学院耶鲁生物医学数据科学中心，美国康涅狄格州纽黑文 ^ 现地址：中国湖南长沙湘雅医学院 * 共同第一作者 @ 通信：
使用基于CPF1的富集和牛津纳米技术的Bombyx Mori纤维蛋白重链基因的精确表征
简单的摘要：重要的经济昆虫Bombyx Mori（B。Mori）以其丝绸而闻名。B.莫里丝主要由涂有丝网膜蛋白的丝绸纤维组成。其中，丝绸纤维重链蛋白具有最高的含量和最大的分子量，该蛋白质由丝绸烤重链（FIBH）基因编码。目前，除了B. mori菌株p50t的FIBH的完整序列外，还没有有关该蛋白质的其他报道。这主要是因为FIBH中富含GC的重复序列形成的特殊结构阻碍了聚合酶的扩增和Sanger测序的应用。在这里，通过首席执行官获得了与p50t相似的Dazao的FIBH序列，该序列具有99.98％的相似性。据我们所知，这是中国B. mori菌株的第一个完整的FIBH序列。此外，还确定了FIBH重复单元中的甲基化CG位点。
温度敏感性CRISPR/LBCPF1
棉花（山地山脉）是一种相物倍增的物种，是一种典型的嗜热作物，可以在高达45°C的温度下生存并良好地生存，CRISPR/LBCPF1（LBCAS12A）是一种用于植物基因组的温度敏感系统（Malzahn ext after，atsco），并且对海上的疾病（SO）易于persiante，又是一种含量（Malzahn et af。和棉花（Lee等，2019; Li等，2018; Tang等，2017; Xu等，2019）。但是，尚未在高温耐药作物的棉花中测试LBCPF1的温度敏感性。为了提高LBCPF1效率并确定棉花基因组编辑的最佳温度，我们研究了不同温度对LBCPF1活性和基因组编辑效率的影响。此外，我们创建了没有棉醇的种子的非转基因和无腺棉花植物，代表了棉花育种的宝贵种质资源。
CRISPR-Cpf1 激活内源性 BMP4 基因促进脐带间充质干细胞成骨分化
CRISPR 系统提供了强大的基因组编辑工具，广泛应用于生物和医学研究领域。然而，由于 CRISPR 的脱靶效应而产生的安全问题一直是其应用于再生医学的主要障碍之一。传统的 CRISPR 系统存在通过错误的双链 DNA 断裂 (DSB) 在非目标基因组位点诱发不可预测突变的内在危险。在本研究中，我们展示了一种最近发现的 CRISPR-Cpf1 的安全增强应用，用于靶向基因激活，而不会导致 DNA 双链断裂，从而促进人脐带间充质干细胞 (UC-MSC) 的成骨分化。为此，我们开发了一种与三部分转录激活域 (dAsCpf1-VPR) 融合的催化无活性 AsCpf1，可诱导哺乳动物细胞中靶基因表达的上调。我们观察到 CRISPR-dAsCpf1-VPR 激活剂可通过增加内源性 BMP4 基因的表达水平来增强人类 UC-MSCs 的成骨分化。结果表明 CRISPR-Cpf1 激活剂为骨再生和再生医学提供了多种方法。
CRISPR/Cpf1 系统的兴起，助力植物高效基因组编辑
Cpf1 是 2 类 CRISPR 家族的内切酶，它填补了 TALEN、ZFN 和 CRISPR/Cas9 等基因组工程工具领域之前面临的空白。其他同时发现的核酸酶无法在同一区域进行重新工程，因为首次工程后会丢失靶位点。Cpf1 充当双核酸酶，既可作为内切核糖核酸酶处理 crRNA，又可作为内切脱氧核糖核酸酶切割靶序列并产生双链断裂。此外，Cpf1 允许多重基因组编辑，因为单个 crRNA 阵列转录本可以靶向基因组中的多个基因座。CRISPR/Cpf1 系统可在单子叶植物和双子叶植物中进行基因删除、插入、碱基编辑和基因座标记，且脱靶效应更少。该工具已在烟草、水稻、大豆、小麦等作物中得到有效验证。本综述介绍了Cpf1介导的基因组编辑技术在植物中的开发和应用。
基因组编辑-Alt -R为CAS12A（CPF1）超核酸酶-Net
图1。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。 DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。 如Alt-R CRISPR-CAS12A用户指南中所指示的RNP 人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。 使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。Alt-R A.S. CAS12A超蛋白在TTTV目标位点选择方面表现出卓越的性能。DOTS代表了216个指南的等级编辑效率，该指南靶向TTTV（深色阴影）或TTTN（浅色阴影）PAM站点，并且在输送到HEK-293细胞（96个位点）和陪同下（96个位点）和陪同细胞（96个位点）和野生型CAS12A V3（绿色）V3（绿色）或Cas12a Ultra（蓝色）。人类细胞使用4D-Nucleofector™System（LONZA）的RNP电穿孔。使用NGS（Rhampseq Amplicon测序）进行电穿孔后48小时编辑效率。编辑效率。