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高通量测序检测新的可能基因...
导致脑动静脉畸形 (bAVM) 的分子信号迄今为止仍难以捉摸，这首先是由于家族性病例发生率低。相反，散发性 bAVM 是最弥漫的疾病，是表征该疾病遗传基础的主要来源。进行了几项研究以检测与 bAVM 发展相关的生殖系和体细胞突变，在这种情况下，下一代测序技术为输出信息量提供了关键资源。我们对一名患有散发性 bAVM 的男孩进行了全外显子组测序。在 Illumina 平台上进行了双端测序，并通过 Sanger 测序验证了筛选出的变体。我们检测到了 20 个可能影响许多基因位点的基因破坏变体。在这些变体中，11 个是遗传的新变体，一个是影响 STK4 基因的新生无义变体。此外，我们还考虑了影响血管分化基因位点的罕见已知变体。为了解释它们可能参与 bAVM 发病机制，我们在 Cytoscape 平台上分析了分子网络。在本研究中，我们重点研究了在一名受 bAVM 影响的儿童中检测到的一些基因点变异。因此，我们建议优先考虑这些新的受影响位点，以进一步研究 bAVM 病变的发病机制。
原创文章 利用网络药理学方法探讨党参治疗食管癌的机制
摘要：目的：应用网络药理学方法探讨党参治疗食管癌的作用机制。材料与方法：利用系统药理学实验室网站收集党参化合物及靶点，从GeneCards网站寻找食管癌靶点交叉点，筛选出党参治疗食管癌的可能靶点。利用STRING数据库构建蛋白质靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。使用R 3.6.0软件进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用Cytoscape 3.7.1构建“疾病-药物-成分-靶点-通路”网络图。结果：筛选出21个可能治疗食管癌的党参化合物和31个药物-疾病交叉靶点。 GO富集分析鉴定出778个生物过程（BP）组分、15个细胞组分（CC）组分和50个分子功能（MF）组分，KEGG分析鉴定出90条信号通路。我们的分析表明，p53和PI3K-Akt信号通路（以及其他）是这些过程中的重要通路。结论：党参可能通过多种组分、靶点和通路用于治疗食管癌。
通过生物信息学方法识别与糖尿病性视网膜病变相关的枢纽基因
摘要。- 目的：这项研究的目的是鉴定枢纽基因并揭示糖尿病性视网膜病（DR）的骨质机制。材料和方法：我们在我们的研究中使用了基因表达综合（GEO）DATASET GSE60436。在筛选差异表达的基因（DEG）后，我们形成了基因和基因组（KEGG）功能分析的基因本体学（GO）和京都百科。随后，使用搜索工具来检索相互作用的基因（String）数据库并使用Cytoscape软件进行访问，并使用搜索工具进行了搜索工具来构建蛋白 - 蛋白质相互作用（PPI）网络。最后，我们通过CytoHubba插件确定了10个集线器基因。结果：总共确定了592摄氏度，包括203个上调的基因和389个下调基因。DEG主要富含视觉感知，光感受器外部段膜，视网膜结合和PI3K-AKT信号通路。通过构建蛋白质 - 蛋白质间的作用（PPI）网络，最终确定了10个中心基因，包括CNGA1，PDE6G，RHO，ABCA4，PDE6A，PDE6B，PDE6B，NRL，RPE65，RPE65，GUCA1B和AIPL1。结论：CNGA1，PDE6G，RHO，ABCA4，PDE6A，PDE6B，NRL，RPE65，GUCA1B和AIPL1可能是潜在的生物标志物，而治疗性TAR-可用于DR。
人参皂苷和肿瘤
背景：人参人人参的主要活性成分，已显示在预防和治疗癌症中起着重要作用。但是，文献以及人参皂苷的抗肿瘤机制尚未系统地研究。方法：我们在2001 - 2021年期间从Web of Science筛选了有关人参固醇和肿瘤的所有相关文献，并分析了Vosviewer和Citespace的这些出版物的提取条款。David Online工具用于进行基因富集分析和基因和基因组途径的京都百科全书的分析。Cytoscape和String软件用于构建与人参固醇相关基因和相应蛋白质的相互作用网络。结果：研究中总共包括919个出版物。共有122个确定的关键字主要分为3个簇：“药理功能研究”，“动物模型中的功能验证”和“抗肿瘤功效和机制”。“氧化应激”的关键字在过去5年中的引文爆发最强。在肿瘤中，总共50个基因被鉴定为人参皂苷相关的基因。它们具有调节基因表达和凋亡的功能，并且与癌症的信号通路密切相关。人参固醇相关的基因形成一个复杂的相互作用网络，其中TP53和IL-6位于中心位置。结论：我们探索并揭示了与人参皂苷和肿瘤有关的研究热点。更精确的抗肿瘤机制研究将来将有希望。TP53和IL-6可能是理解人参固醇的抗肿瘤机制的关键点。
原创研究探索黄连解毒汤治疗冠状病毒病的潜在靶点和机制
背景：2019 年 12 月，由新型冠状病毒（严重急性呼吸综合征冠状病毒 2，SARS-CoV-2；曾称 2019-nCoV）引起的冠状病毒病 2019（COVID-19）在中国武汉出现，造成大量感染和死亡。目前，尚无针对 COVID-19 病因和治疗的特效药物。中西医结合治疗 COVID-19 被提出，其中黄连解毒汤（HLJDD）被中国许多省份推荐用于治疗 COVID-19，并已在临床中广泛使用。本研究基于网络药理学探讨了 HLJDD 在治疗 COVID-19 中的潜在靶点。方法：首先，通过 TCMSP、UniProt、GeneCards 和 OMIM 数据库获取 HLJDD 的化学成分和靶点以及 COVID-19 相关靶点。其次，通过STRING数据库和Cytoscape软件构建HLJDD靶点和HLJDD-COVID-19靶点网络。最后，通过DAVID数据库对HLJDD-COVID-19靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：本研究共鉴定出67个HLJDD活性成分和204个HLJDD靶点。共获得502个COVID-19相关靶点，其中47个为HLJDD与COVID-19的交叉靶点。共鉴定出179个GO术语和77个KEGG术语，包括TNF信号通路、NF-κB信号通路和HIF-1信号通路。结论：本研究探索了HLJDD在COVID-19治疗中的潜在作用靶点及信号通路，可为COVID-19治疗药物的研发提供依据。关键词：黄连解毒汤 2019冠状病毒病 COVID-19 SARS-CoV-2 网络药理学 中药
研究论文基于虚拟筛选和网络药理学的研究探索大青属植物的抗癌药理机制
背景：癌症是全球第二大死亡原因，每年每百万人中约有 3500 人死于癌症。因此，基于生物网络的多靶点药理学药物对于研究抗癌药物的分子机制和重新利用现有药物以减少不良反应至关重要。大红属植物是一种多样化的属，具有广泛的经济和药理学特性。对该属推定的抗癌特性的研究有限，基于生物网络的作用机制仍然未知。本研究旨在利用对接加权网络药理学方法构建大红属植物抗癌作用的可能化合物/靶点/途径生物网络，并研究其潜在的作用机制。方法：从公共数据库中检索出总共 194 种天然大红属化合物，并使用八种分子描述符进行筛选。从数据库中检索与癌症相关的基因靶点，并检查靶基因与相关途径的功能。使用 Cytoscape v3.7.2 构建了三大网络：化合物-靶标网络、靶标-靶标通路网络和化合物-靶标-通路网络。结果。我们的研究结果表明，大花属植物的抗癌活性涉及 6 种化合物、9 种靶标和 63 种信号通路，从而形成多化合物、多靶标和多通路网络。此外，还使用分子动力学 (MD) 模拟来估计最佳命中蛋白质-配体复合物的结合亲和力。结论。这项研究表明大花属植物具有潜在的抗癌活性，这可能有助于开发新的替代抗癌药物的清除剂新化合物。
桉叶油素的分子机理分析……
目的：探讨桉叶油精柠檬蒎烯肠溶胶囊（QIENUO）治疗肺囊性纤维化（CPF）的作用机制，分析QIENUO与CPF的共同靶点，验证核心蛋白与小分子的分子对接。方法：从PubChem、SwissTargetprediction、GeneCards、PharmMapper、TCMSP数据库中获取主要活性化合物及其对应靶点，从GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库中筛选与CPF相关的靶点。通过维生信网站利用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对“QIENUO-CPF”共同靶点进行分析，利用Cytoscape构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和化合物-靶点-通路网络，并系统分析网络参数。采用分子对接方法评估并验证核心蛋白与单体成分之间的相互作用。结果：筛选出228个活性化合物靶点和1354个CPF相关靶点，对92个共同靶点进行GO和KEGG分析。结果显示，切诺对CPF的治疗作用主要通过AMPK信号通路、cGMP-PKG信号通路和TGF-β信号通路实现。分子对接结果显示，15对配体-受体对中，有9对的结合能低于-6kjmol-1。结论：切诺作为治疗肺囊性纤维化的药物具有巨大的潜力，研究和论证了切诺治疗CPF的具体分子机制和有效活性成分，为切诺更好的临床应用提供理论基础。关键词：网络药理学；分子对接；肺囊性纤维化；桉叶油素、柠檬烯、蒎烯肠溶胶囊
筛查和鉴定糖尿病肾脏疾病及其并发症中关键生物标志物：来自生物信息学和下一代测序数据分析的证据
糖尿病患者容易患糖尿病性肾脏疾病（DKD），可能导致心血管损伤，高血压和肥胖症，并降低生活质量。结果，患者的生活质量大大降低。然而，糖尿病肾病（DKD）的发病机理尚未完全阐明，目前的治疗仍然不足。因此，探索DKD的分子机制及其并发症至关重要。下一代序列（GSE217709）数据集从基因表达综合（GEO）数据库中获得。通过R软件挑选出差异表达的基因（DEG）。然后，通过人类整合蛋白质蛋白质相互作用参考（Hippie）数据库构建了GEGS的profiler数据库（pPI）的基因本体论（GO）和Reactome途径富集分析。模块分析是通过Cytoscape插件Pewcc进行的。随后，miRNET数据库和NetworkAnalyst数据库进行了miRNA-HUB基因调节网络和TF-HUB基因调节网络。最后，通过接收器操作特征（ROC）曲线分析对中心基因进行验证，以预测集线器基因的诊断有效性。总共确定了958摄氏度，包括479个加速和479个受调节基因。GO和DEG的途径富集变化主要富含生物调节，多细胞生物过程，GPCR和细胞外基质组织的信号传导。生物信息学分析是探索DKD及其并发症的分子机制和发病机理的有用工具。与DKD相关的十个集线器基因（HSPA8，HSPA8，HSPA5，HSPA5，SDCBP，HSP90B1，VCAM1，MYH9，MYH9，FLNA，MDFI和PML）及其并发症及其并发症。确定的枢纽基因可能参与DKD的发作和发展及其并发症，并作为治疗靶标。
CEP55表达对非小细胞肺癌患者肿瘤免疫应答及预后的影响
摘要背景：随着诊断方法的不断进步，越来越多的早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者被诊断出来。尽管许多学者投入了大量的努力来研究NSCLC的发病机制和预后，但其分子机制仍然没有得到很好的解释。方法：从基因表达综合（GEO）数据库中检索三个基因数据集GSE10072，GSE19188和GSE40791，筛选并鉴定差异表达基因（DEG）。然后，对筛选出的核心基因进行KEGG和GO功能富集分析、生存分析、风险分析和预后分析。我们构建了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，并使用STRING数据库和Cytoscape软件。结果：生物学过程分析显示这些基因主要在细胞分裂和核分裂中富集。生存分析显示，CEP55（中心体蛋白55）、NMU（神经调节素U）、CAV1（Caveolin 1）、TBX3（T-box转录因子3）、FBLN1（fibulin 1）及SYNM（synemin）基因可能参与NSCLC的发生、发展、侵袭或转移（P < 0.05，logFC > 1）。预后分析及独立预后分析显示，这些枢纽基因相关mRNA的表达与NSCLC的预后风险相关。风险分析显示，所选的枢纽基因与NSCLC患者总生存时间密切相关。结论：本研究筛选和鉴定的DEGs和枢纽基因有助于我们了解NSCLC的分子机制，CEP55的表达影响NSCLC患者的生存和预后，并参与肿瘤的免疫反应。关键词：CEP55，微阵列，非小细胞肺癌，预后模型，肿瘤免疫反应
利用生物信息学方法鉴定宫颈癌新基因及相关药物
背景：宫颈癌是严重危害妇女健康的常见妇科肿瘤之一，准确探究其发生发展和临床预后的潜在机制尤为重要。材料/方法：在GEO数据库中，使用GEO2R对GSE6791、GSE9750、GSE63514、GSE67522四个数据库中的差异表达基因进行分析，然后使用DAVID网站进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。使用STRING网站对DEGS的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络进行可视化和分析，并使用Cytohubba插件进一步筛选枢纽基因。最后，通过基因表达谱交互分析（GEPIA）在线工具、人类蛋白质图谱（HPA）数据库和QuartataWeb数据库进一步分析枢纽基因的功能。结果：4个Profile数据集共收集了101例癌组织和67例正常组织，4个数据集中的78个差异表达基因中，51个基因上调，27个基因下调。使用Cytoscape和STRING工具对这些差异表达基因的PPI进行可视化。随后，利用GEPIA工具和Kaplan-Meier曲线进一步分析枢纽基因，结果显示CDK1和PRC1的调控与较好的生存相关，而AURKA的调控与较差的生存相关。在这些枢纽基因中，仅AURKA与宫颈癌的预后密切相关，并发现了21种潜在药物。结论：这些结果提示AURKA及其候选药物未来可以提高宫颈癌的个体化诊断和治疗。