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World File Search SystemDDX3X
无处不在的GC含量签名是由DDX3X
从转录到蛋白质合成的道路铺有许多障碍，从而允许几种基因表达的转录后调节模式。mRNA生物学中的基本参与者是DDX3X，它是一种RNA结合蛋白，可通过规范调节mRNA翻译。通过监测DDX3X耗竭后的mRNA丰度和翻译的动力学，我们观察到翻译抑制的mRNA的稳定。我们使用可靠的统计学习模型来发现编码序列中的GC含量作为RNA稳定的主要特征。该结果证实了在其他研究中可检测到的与GC含量相关的mRNA调控，包括数百个编码数据集和最近关注细胞周期中mRNA动力学的工作。我们通过详细分析了数百个样品中的RNA-seq Pro填充物，包括表现出细胞周期和神经发生缺陷的DDX3X敲除小鼠模型，提供了进一步的mRNA稳定证据。我们的研究确定了mRNA调节的根本特征，并强调了量化基因表达级联的多个步骤的重要性，其中通常将RNA丰度和蛋白质的产生均未偶联。
DDX3X 的饱和基因组编辑阐明了生殖系和体细胞变异的致病性
图 1 实验设计 A) 对于每个外显子，在 5' 和 3' 端设计两个独立的 sgRNA 和相关的 HDR 变体文库。B) 将 sgRNA 和 HDR 变体文库一起转染到表达 LIG4 -KO Cas9 的 HAP1 细胞中。sgRNA 指导 Cas9 介导的双链 DNA 切割到目标外显子。HDR 利用质粒文库作为修复模板，将单个感兴趣的 DDX3X 变体整合到每个细胞的内源位点中。每个供体模板还携带 1-3 个 NGG PAM 位点和原型间隔物的同义变化，防止重新切割。由于 DDX3X 是必需的，消除基因功能的变体会导致这些细胞死亡。我们在第 4、7、11、15 和 21 天对细胞进行取样，并对基因组 DNA 进行深度测序以量化变体的丰度。我们预计功能性错义（紫色）和同义变体（Syn，蓝色）仍然丰富，而功能丧失变体（LOF，红色）和有害错义（黄色）变体将从培养物中耗尽。
FHP01 DDX3X解旋酶抑制剂施加有效的抗...
1临床生理学研究所（IFC），国家研究委员会（CNR），意大利锡耶纳53100； lgrardini@ifc.cnr.it（L.G. ）; inzalaco@student.unisi.it（g.i。 ）; emperor@ifc.cnr.it（f.i。 ）; franci36@student.unisi.it（L.F.）2核心研究实验室（CRL），研究，预防和肿瘤网络研究所（ISPRO），意大利锡耶纳53100； calandro2@unisi.it 3锡耶纳大学医学生物技术系，意大利锡耶纳53100； boccuto2@student.unisi.it 4计算机与远程信息处理学院（IIT），国家研究委员会（CNR），意大利PISA 56124； romina.daurizio@iit.cnr.it 5兽医科学系，皮萨大学，意大利Pisa 56126； vincenzo.miragliotta@unipi.it 6 First Health Pharmaceutical B.V.，1098 XH阿姆斯特丹，荷兰； matteo @finfifsthealthpharma.com（M.A。 ）; Alessia@finfirSthealthpharma.com（A.T。） * corpsondence：mario.chiariello@cnr.it;电话 ： +39-057-723-1274†这些作者对本文做出了贡献。）; inzalaco@student.unisi.it（g.i。）; emperor@ifc.cnr.it（f.i。 ）; franci36@student.unisi.it（L.F.）2核心研究实验室（CRL），研究，预防和肿瘤网络研究所（ISPRO），意大利锡耶纳53100； calandro2@unisi.it 3锡耶纳大学医学生物技术系，意大利锡耶纳53100； boccuto2@student.unisi.it 4计算机与远程信息处理学院（IIT），国家研究委员会（CNR），意大利PISA 56124； romina.daurizio@iit.cnr.it 5兽医科学系，皮萨大学，意大利Pisa 56126； vincenzo.miragliotta@unipi.it 6 First Health Pharmaceutical B.V.，1098 XH阿姆斯特丹，荷兰； matteo @finfifsthealthpharma.com（M.A。 ）; Alessia@finfirSthealthpharma.com（A.T。） * corpsondence：mario.chiariello@cnr.it;电话 ： +39-057-723-1274†这些作者对本文做出了贡献。）; franci36@student.unisi.it（L.F.）2核心研究实验室（CRL），研究，预防和肿瘤网络研究所（ISPRO），意大利锡耶纳53100； calandro2@unisi.it 3锡耶纳大学医学生物技术系，意大利锡耶纳53100； boccuto2@student.unisi.it 4计算机与远程信息处理学院（IIT），国家研究委员会（CNR），意大利PISA 56124； romina.daurizio@iit.cnr.it 5兽医科学系，皮萨大学，意大利Pisa 56126； vincenzo.miragliotta@unipi.it 6 First Health Pharmaceutical B.V.，1098 XH阿姆斯特丹，荷兰； matteo @finfifsthealthpharma.com（M.A。）; Alessia@finfirSthealthpharma.com（A.T。） * corpsondence：mario.chiariello@cnr.it;电话： +39-057-723-1274†这些作者对本文做出了贡献。