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有向图的高阶谱聚类
聚类是算法中的一个重要主题，在机器学习、计算机视觉、统计学和其他几个研究学科中有着广泛的应用。图聚类的传统目标是找到具有低电导性的聚类。这些目标不仅适用于无向图，而且无法考虑聚类之间的关系，而这对于许多应用来说可能是至关重要的。为了克服这些缺点，我们研究了有向图（有向图），其聚类彼此之间展示了更多的“结构”信息。基于有向图的 Hermitian 矩阵表示，我们提出了一种近线性时间的有向图聚类算法，并进一步表明我们提出的算法可以在合理的假设下以亚线性时间实现。我们的理论工作的意义通过对联合国商品贸易统计数据集的大量实验结果得到证明：我们算法的输出聚类不仅展示了聚类（国家集合）在进出口记录方面如何相互关联，还展示了这些聚类如何随着时间的推移而演变，这与已知的国际贸易事实一致。
通过扩展主动推理进行目标导向规划和目标理解：通过模拟和物理机器人实验进行评估
摘要：我们表明，通过扩展主动推理框架，可以在目的论框架中制定目标导向的行动规划和生成。所提出的模型建立在变分递归神经网络模型上，具有三个基本特征。这些特征是：（1）可以为静态感官状态（例如要达到的目标图像）和动态过程（例如围绕物体移动）指定目标；（2）该模型不仅可以生成目标导向的行动计划，还可以通过感官观察来理解目标；（3）该模型根据从过去的感官观察推断出的当前状态的最佳估计，为给定目标生成未来的行动计划。通过在模拟移动代理以及执行对象操作的真实人形机器人上进行实验来评估所提出的模型。
基于高斯的定向粒子群优化
粒子群优化 (PSO) 是一种迭代搜索方法，它使用随机步长将一组候选解决方案围绕搜索空间移动到已知的最佳全局和局部解决方案。在实际应用中，PSO 通常可以加速优化，因为梯度不可用且函数评估成本高昂。然而，传统的 PSO 算法忽略了从单个粒子的观察中可以获得的目标函数的潜在知识。因此，我们借鉴了贝叶斯优化的概念，并引入了目标函数的随机代理模型。也就是说，我们根据目标函数的过去评估拟合高斯过程，预测其形状，然后根据它调整粒子运动。我们的计算实验表明，PSO 的基线实现（即 SPSO2011）表现优异。此外，与最先进的代理辅助进化算法相比，我们在几个流行的基准函数上实现了显着的性能改进。总体而言，我们发现我们的算法实现了探索性和利用行为的理想特性。
RNase 4（NEB＃M1284）MRNA 5´CAP结构的DNA探针指导分析| neb nebnext UltraExpress FS DNA库准备套件E3340手册 化学品安全技术说明书 使用Nebridge®金门组件进行蛋白质工程的DNA洗牌 君主质粒小型套件T1010手册 新英格兰Biolabs分析证书 胜任的细胞 基因组编辑 Authenticase M0689手册 R＆D和对... 的制造支持 新英格兰Biolabs分析证书 Authenticase M0689手册 裂解靠近DNA片段的末端（线性化矢量） Nebnext Ultra DNA库Prep套件，用于Illumina E7370手册 腺病毒2 Nebnext Ultra II DNA库Prep套件，用于Illumina，用于Illumina（独特的双索引UMI适配器DNA）E7645 E7645 E7103手动 NEBNEXT微生物组DNA富集试剂盒E2612手册 DNA组装与合成生物学 DNA组装与合成生物学 通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体 nebnext®快速DNA库预备组件454 Monarch MAG病毒DNA/RNA提取套件T4010手册 新英格兰Biolabs分析证书 T4 DNA连接酶（M0202）CHN 的安全数据表 翠鸟柔性自动隔离病毒DNA/RNA的方案| neb 基因编辑 φx174
已测试至少20 nt。探针可以用3´或5´生物素/Desthiobiotin亲和力组设计，用于链霉亲和素富集（NEB＃S1421）。为了获得最佳结果，受保护的DNA：RNA杂交区应为4或5个核苷酸
利用基于质谱的蛋白质组学用于连续的定向进化
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
“多代理”筛选提高了定向酶进化的效率
酶的进化使生物技术方面的进步得以巨大进步。但是，定向的进化程序仍然需要许多迭代的筛选以识别最佳的突变序列。这是由于健身景观的稀疏性，这又是由于“隐藏”突变仅与其他突变相结合的“隐藏”突变所致。这些“隐藏”突变仅通过评估突变组合，需要大型组合文库或迭代筛选。在这里，我们报告了一种多代理的定向进化方法，该方法在筛选过程中融合了各种底物类似物。具有多种底物，像多个辅助健身景观一样，我们能够识别“隐藏”突变残基，这些突变型残基无需测试众多组合。我们最初在工程中验证了这种方法，以改善各种非天然底物的活性。我们发现“隐藏”突变通常与活动站点相距甚远，因此很难使用基于结构的方法进行预测。有趣的是，预计在这种情况下确定的许多“隐藏”突变会破坏三级结构元素之间的相互作用，从而可能影响蛋白质的柔韧性。这种方法可能广泛适用于加速酶工程。最后，多机构系统启发的方法可能在解决生物学中其他复杂的组合搜索问题方面更为广泛。
定向工作系列号。 1 div>
a）读取n x m整数元素的矩阵。b）构造矢量V1女巫包含矩阵M的最大值的线的元素。C）读取一个值val并验证其是否存在于向量V1中？d）构建一个向量V2，因此对于V1的每个元素，我们仅保留其首次出现并替换
针对肝脏定向基因治疗的APOA1基因座
体细胞基因组编辑的临床应用需要可以推广到广泛患者的疗法。tar-插入无启动子转基因的插入可以确保编辑是永久且广泛适用的，同时最大程度地降低了脱靶集成的风险。在肝脏中，白蛋白（ALB）基因座是目前唯一用于无启动子插入式插入的特征良好的位点。在这里，我们针对ApoA1基因座，其腺体呈现病毒（AAV）的CRISPR-CAS9递送（AAV），并达到靶向肝细胞的6％至16％的速率，没有毒性的证据。我们进一步表明，内源性apoA1启动子可以驱动治疗蛋白（例如载脂蛋白E（APOE））的稳健和持续表达，在高胆固醇血症模型中大大降低了血浆脂质。最后，我们证明了由ApoA1靶向的富马乙酸乙酸乙酸苯胺其乙酸酯水解酶（FAH）可以纠正和挽救严重的代谢性肝病遗传性酪氨酸。总而言之，我们将APOA1识别为一个新型整合位点，该位点支持基因治疗应用中肝脏中持久的转基因表达。
基于有向光氧化诱导的生物成像转化率的双色光关注荧光探针
摘要：我们在本文中提出了一个新概念，以基于一种称为有向光氧化诱导的转化（DPIC）的机制产生双色光转换探针。作为对这种机制的支持，含有芳香的单重氧反应性部分（如呋喃和吡咯）的苯乙烯香豆素（SC）已合成。sc是明亮的荧光团，由于ASORM的定向光氧化而导致可见光的光辐射，它会在可见的光照射下进行高营养转化，从而导致共轭破坏。sc-p，带有吡咯部分的黄色发射探针，转换为稳定的蓝色发射香豆素，具有68 nm的偏移，从而使光转换和跟踪活细胞中的脂质液滴跟踪。这种新方法可能会为新一代的光转换染料铺平道路，用于高级生物成像应用。
氢键导向邻位选择性 CH 硼化...
无需预活化即可对复杂分子进行功能化，从而可以在合成序列的后期引入功能团。[1] 直接 C @ H 硼化尤其令人感兴趣，因为硼功能团可以通过各种各样的转化进行进一步修饰，包括 Suzuki 偶联反应、胺化、羟基化和卤化，从而提供结构和功能的分子复杂性。[2] 对于该应用至关重要的是可以控制反应的选择性，这对于空间和电子失活的 C @ H 键尤其具有挑战性。最近，已经探索了利用底物和金属配合物配体之间的超分子相互作用来控制选择性，[3] 并且这导致了用于电子（未）活化底物的选择性间位或对位 C @ H 硼化的催化剂。 [4] 然而，邻位选择性 C @ H 硼化仅报道用于电子活化芳烃，例如胺、[5] 醇、[6] 或硫醚取代的 [7] 芳烃。二级芳香酰胺是药物、农用化学品和精细化学品中非常常见的结构单元，[8] 因此，此类化合物的邻位选择性 C @ H 硼化将非常有趣。然而，此类化合物的直接邻位 -C @ H 硼化极具挑战性。对于常见的铱-