产肠毒素大肠杆菌 (ETEC) 菌株是导致儿童和旅行者腹泻的主要原因。由于决定其病理的毒素和粘附素的性质各异,开发针对这种异源菌群的有效疫苗已被证明非常困难。使用多表位融合抗原 (MEFA) 疫苗学平台开发了一种多价候选疫苗,并证明其可有效在小鼠和猪中引发广泛的保护性抗体反应。然而,在这些系统中并未测量到对小肠 ETEC 定植的直接保护。众所周知,ETEC 菌株的定植是疾病结果的决定性因素,并且依赖于粘附素。在这项研究中,我们开发了一种非手术兔定植模型来研究兔对 ETEC 定植的免疫保护。我们测试了基于 MEFA 的疫苗粘附素抗原与 dmLT 佐剂结合诱导广泛免疫反应和防止 ETEC 在兔小肠定植的能力。我们的结果表明,候选疫苗 MEFA 抗原在兔体内引发抗体,这些抗体与其结构中包含的七种粘附素发生反应,并可防止持续定植于幼兔体内的攻击菌株的定植。
摘要:16蛋白溶解度在各种生物技术,工业和17种生物医学应用中起着至关重要的作用。随着测序和基因合成成本的降低,18采用了高通量实验筛选以及量身定制的19个生物信息学预测,已经见证了开发20种新型功能酶(EOI)的快速增长趋势。高蛋白质溶解度率是必不可少的21,准确的溶解度预测是一项艰巨的任务。随着深度学习技术的继续发展,基于注意力的蛋白质语言模型23(PLM)可以在更大程度上从蛋白质序列中提取固有信息。24利用这些模型以及蛋白质溶解度的可用性增加25从结构数据库(如蛋白质数据库(PDB))推断出的数据,具有增强蛋白质溶解度预测的26个潜力。在这项研究中,我们策划了27个更新的大肠杆菌(E.COLI)蛋白溶解度数据集(Uesolds),而28种则采用了多个PLM和分类层的组合来预测蛋白29溶解度。最佳表现最佳模型,称为蛋白质语言30基于模型的蛋白质溶解度预测模型(PLM_SOL),与以前报道的模型相比有31个显着改善,可实现5.7%32的准确性提高,F1_SCORE提高9%,而33个独立测试集的MCC得分提高了10.4%。此外,利用我们内部34合成的蛋白质资源作为测试数据的其他评估,包括各种类型的酶,35还展示了PLM_SOL的出色性能。59总体而言,PLM_SOL在独立的测试集和37个实验集中表现出36个一致且有希望的性能,从而非常适合促进大规模的EOI研究。38 PLM_SOL可作为独立程序可用,并在39 https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10675340上作为易于使用的型号。40 41引言42蛋白质的正确折叠以保持足够的溶解度和稳态,对于几乎每个基于蛋白质的生物学过程而言,必不可少的43。不满意的溶解度或44聚集可以阻碍基于蛋白质的药物发育,例如抗体产生。45抗体的低溶解度可能会限制其保质期,并可能诱导46个不良免疫反应(1-3)。除了抗体之外,由于速度降低了48种测序和基因合成的成本以及49个高通量功能筛选平台的持续下降,因此越来越多的47种兴趣(EOI)的酶以速度越来越高(4-6)。在这些大规模的EOI 50筛查研究中,提高蛋白质溶解度预测的准确性可以提高51蛋白质纯化的成功率,并促进下游生物物理或52生化特征。普通宿主,例如细菌细胞,昆虫细胞,酵母53细胞,植物和哺乳动物细胞,通常用于重组蛋白表达54(7)。在这些选择中,细菌细胞(通常是大肠杆菌(大肠杆菌))提供了55个易于遗传操作和成本效益的优点,因此将56作为重组蛋白质产生的主要平台之一(8)。提高大肠杆菌中蛋白质溶解度预测的57精度具有降低58个实验成本并提高新型EOI发现成功率的巨大潜力。
将每个细胞悬浮液添加到包含0.5 mM玻璃珠的2 mL管中(CAT#19-622)。然后以3、4和5的速度在Omni珠子破裂4(CAT#25-010)中均匀地均匀,持续45秒。加工后,将裂解物转移到清洁2毫升试管中,并以10,000 x g离心1分钟,以弥补任何细胞碎屑。使用Quick-DNA™真菌/细菌微型REIPREP试剂盒(Zymo,Cat#D6005)1 µL DNA洗脱器在纳米光谱表(Thermo Fisher)上量化1 µL DNA洗脱器,以确定DNA浓度和纯度。
营养物质的可用性是调节细胞整个代谢的关键因素。因此,养分的缺乏激活了特定的适应机制。严格的反应是控制和调节细菌应力条件适应的基本机制之一。严格的响应效应子是特定的核苷酸,四磷酸鸟苷和五磷酸鸟苷,统称为(p)PPGPP。These nucleotides, in E. coli , are synthesized by RelA and SpoT proteins using two different pathways, where RelA produces (p)ppGpp in response to the presence of uncharged tRNA in the ribosomal A-site, during amino acid starvation, or in response to pyruvate depletion during fatty acid starvation ( Kushwaha et al., 2019 ; Sinha et al., 2019 ).另一方面,斑点负责响应葡萄糖或脂肪酸饥饿以及其他几种压力条件(Potrykus and Cashel,2008年),负责(P)PPGPP的积累。此外,斑点也充当A(P)PPGPP水解酶(Potrykus and Cashel,2008年)。
摘要:基因组编辑,特别是使用 CRISPR-Cas9,是操纵基因组(包括大肠杆菌)的有力工具。本研究旨在利用 CRISPR-Cas9 对大肠杆菌中的 lacZ 基因进行遗传工程改造,以评估其在红薯皮(Ipomoea batatas)深层发酵过程中在淀粉酶产生中的作用。在 37ºC、pH 6.2、7.0 和 8.4 条件下培养编辑型和野生型大肠杆菌,并使用硫酸铵纯化所得淀粉酶。使用淀粉作为葡萄糖源筛选淀粉酶的产生,并在不同温度和 pH 水平下进行酶表征。没有向导 RNA (gRNA) 和阿拉伯糖的 CRISPR-Cas9 编辑的大肠杆菌显示蓝色菌落,而有 gRNA、Cas9 但没有阿拉伯糖的 CRISPR-Cas9 编辑的大肠杆菌没有菌落。用 Cas9 和阿拉伯糖但不加 gRNA 编辑的大肠杆菌也产生了蓝色菌落。当暴露于 Cas9、gRNA 和阿拉伯糖时,菌落表现出白色表型。凝胶电泳显示,暴露于 Cas9 和阿拉伯糖的大肠杆菌在 650 bp 处有两条带,而暴露于不含 gRNA 和阿拉伯糖的 Cas9 的蓝色菌落则在 1,100 bp 处显示条带。阳性对照显示三条不同的条带,而阴性对照没有。淀粉酶筛选显示野生型大肠杆菌和 CRISPR 编辑的大肠杆菌有相似的透明区。在发酵 15 天期间,pH 8.4 为野生型大肠杆菌的生长提供了最有利条件,pH 7.0 为 CRISPR 编辑的大肠杆菌的生长提供了最有利条件。温度和 pH 值测定表明,野生型和 CRISPR 编辑的大肠杆菌在 45ºC 和 pH 7 下均表现出相似的最大淀粉酶活性,酶产量没有显着差异。这些结果表明 lacZ 基因对大肠杆菌中的淀粉酶产生没有显着影响。 DOI:https://dx.doi.org/10.4314/jasem.v28i10.5 许可证:CC-BY-4.0 开放获取政策:JASEM 发表的所有文章均为开放获取文章,任何人都可以免费下载、复制、重新分发、转发、翻译和阅读。版权政策:© 2024。作者保留版权并授予 JASEM 首次出版权。本文的任何部分均可未经许可重复使用,但必须引用原始文章。引用本文为:MINARI, J. B; NWOSU, GE; DADA, I. S; ABDULAZEEZ, DO (2024)。使用马铃薯皮(Ipomea batata)作为酶源,分离和表征由 CRISPR-Cas 9 编辑的 LacZ 基因和未编辑的大肠杆菌产生的淀粉酶。应用科学与环境管理杂志 28 (10) 2981-2989 日期:收到日期:2024 年 7 月 7 日;修订日期:2024 年 8 月 15 日;接受日期:2024 年 8 月 19 日出版日期:2024 年 10 月 5 日关键词:CRISPR Cas9 基因编辑、lacZ 基因、大肠杆菌、马铃薯皮发酵、淀粉酶理想的代谢催化剂是酶,它通过明确定义的途径提供各种内源性生化反应。(Singh 等人,2019 年)。由于酶存在于所有自然界物种中,包括植物、动物、和微观微生物,它们可用于工业用途。此外,在受控情况下,各种微生物酶被识别
1肠道疾病,实验室分支,疾病控制与预防中心,亚特兰大,佐治亚州30333,美国; kapsakcj@gmail.com(C.K。); koj1@cdc.gov(P.S.)2国家生物技术信息中心,国家卫生研究院国家医学图书馆,美国贝塞斯达,美国医学博士20894; aprasad@mail.nih.gov(A.P.); Michael.feldgarden@nih.gov(M.F.); klimke@ncbi.nlm.nih.gov(W.K.); souvorov@ncbi.nlm.nih.gov(A.S.)3美国马里兰州20740大学公园食品安全与应用营养中心; narjol.gonzalez-escalona@fda.hhs.gov 4微生物学和免疫学系,医学院卫生科学大学医学院,贝塞斯达,贝塞斯达,20184年,美国; Angela.melton-celsa@usuhs.edu 5橡树岭科学与教育研究所,橡树岭,美国田纳西州37830; odv3@cdc.gov 6丹麦哥本哈根2300号Statens Serum Institut国际Escherichia和Klebsiella Center; fsc@ssi.dk *通信:rlindsey1@cdc.gov†当前地址:Theigan Genomics,Highlands Ranch,CO 80129,美国。•当前地址:Chenega Professional&Technical Services,Chesapeake,VA 23320,美国。
测量在轻度酸性pH条件下DH5α大肠杆菌细胞的聚集,以抑制Fimbriae Lina Shalaby的表达自我认可的表面结构。这个过程具有多种含义,自动参数可以充当微生物形成弹性群落和生物膜的防御机制。fimbriae是细菌细胞表面上的头发的附属物,可以阻止自养蛋白的聚集功能,例如抗原43大肠杆菌细胞中的抗原43。然而,诸如pH之类的环境因素可以抑制叶片的功能,从而有效地降低了它们介导细胞 - 细胞相互作用的能力。调整此类环境条件以抑制膜状表达,可以更好地了解其他自动转运蛋白和调节自身聚集的因素。使用自身聚集测定方法来评估微生物自我骨料的能力,并且涉及测量液体培养基在液体培养基中随时间悬浮液的聚集速率。在此测定中,将微生物细胞培养至预定的光密度,然后轻轻混合以达到同质性。加时性,细胞聚集,形成可见的团块,这些团块沉淀在培养管的底部。通过测量光密度随时间的测量,在分光光度计中测量自身聚集的程度。简介此方法纸概述了可用于进行DH5α大肠杆菌的聚集测定的方案,以探索自动转运蛋白(例如抗原43)的作用,同时通过改变生长培养基的环境pH值来抑制膜状表达。
摘要我们在这里描述了从螺旋体SP中编码DNA甲基化酶的基因大肠杆菌中的克隆,表征和表达。菌株MQ1(M * SSSI)。该酶完全和仅CPG序列(1)。使用其自身的启动子在E.盘管中转录螺旋质基因。整个消息的翻译需要使用蛋白石抑制器,这表明UGA三胞胎代码用于螺旋形的色氨酸代码。对基因的序列分析在1158 bp的长开放式阅读框架中揭示了几个UGA三胞胎。在M SSSI中揭示的推导的氨基酸序列所有共同结构域的特征是细菌胞嘧啶DNA甲基酶的特征。尽管具有共同的序列特异性,但M SSSI的推定序列识别域与小鼠DNA甲基化酶的相似性没有明显的相似性。克隆的甲基化酶在体内和体外均仅CpG序列。与主要是维持甲基酶的哺乳动物酶相比,MSSI显示了从头开始的甲基化酶活性,这是原核生物胞嘧啶DNA甲基化酶的特征。
细菌剂BSL ctceticetus 2 actinobacillus sp。2 actinomyces sp。 2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 actinomyces sp。2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Aeromaonas sp。2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bartonella sp。2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella sp。2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Brucella sp。* 2/3弯曲杆菌胎儿。空肠2 camplobacter sp。2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。2嗜血杆菌sp。2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22个klebsiella sp。2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Moraxella sp。2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。2
脑膜炎的特征是脑和脊髓周围的脑膜和组织的炎症。建议对脑膜炎进行迅速评估和管理,因为任何延迟都可能导致死亡率增加[1]。包括细菌,真菌和病毒在内的几种微生物与脑膜炎有关。脑膜炎的病因根据年龄而变化。对于成年人,最常见的病原体是肺炎链球菌和奈瑟氏菌脑膜炎,造成75%-90%的病例,而在新生儿,agalactiae,Escherichia colichia coli,Escherichia coli和listeria monocytogenes占病例的多数票数[2]。B组链球菌(GBS)是新生儿脑膜炎的最常见原因。但是,它很少引起成人脑膜炎。据我们所知,巴基斯坦尚无此类案件。在这里,我们报告了一个年轻的伯基特淋巴瘤患者的病例,该患者被诊断出患有链球菌性脑乳酸菌脑膜炎。