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工程小金属结合蛋白标签可提高大肠杆菌周质中重组人类生长激素的产量
融合蛋白在大肠杆菌重组蛋白的生产中起着重要作用。它们主要用于细胞质表达，因为它们可以设计为增加目标蛋白的溶解度，然后可以通过亲和层析轻松纯化。相反，融合蛋白通常不包含在用于周质生产的构建体设计中。相反，插入信号序列以将蛋白质转运到周质中，并添加 C 端 his-tag 以进行后续纯化。我们的研究小组提出从欧洲亚硝化单胞菌周质中分离的小金属结合蛋白 (SmbP) 作为一种新的融合蛋白，用于在大肠杆菌的细胞质或周质中表达重组蛋白。SmbP 还允许通过使用 Ni(II) 离子的固定化金属亲和层析进行纯化。最近，我们通过将 SmbP 标记蛋白的天然信号肽与取自果胶酸裂解酶 B (PelB) 的信号肽进行交换，优化了 SmbP 标记蛋白的周质生产，从而大幅增加了蛋白产量。在这项工作中，我们表达并纯化了 PelB-SmbP 标记的可溶性生物活性人类生长激素 (hGH)，并获得了迄今为止报道的该蛋白的最高周质产量。在 Nb2-11 细胞上测试的其活性相当于 50 ng mL 1 的商业生长激素。因此，我们强烈建议使用 PelB-SmbP 作为蛋白标签，用于大肠杆菌周质中 hGH 或其他可能的目标蛋白的表达和纯化。
CRISPR/Cas9 重组工程介导大肠杆菌必需基因的深度突变扫描
深度突变扫描可为细菌必需基因的功能提供重要见解。在这里，我们开发了一种高通量方法，用于在大肠杆菌的天然遗传背景下突变其必需基因。我们使用 Cas 9 介导的重组将由易错 PCR 创建的突变文库引入基因组上的一个基因片段内，使用经过预先验证高效的单个 gRNA。通过深度测序跟踪突变频率揭示了引入突变的位置和数量的偏差。我们通过增加同源臂长度和阻止错配修复来克服这些偏差，使非必需基因的突变效率达到 85%，必需基因的突变效率达到 55%。这些实验还加深了我们对使用具有单核苷酸变化的 dsDNA 供体的未充分表征的重组过程的理解。最后，我们将我们的技术应用于 RNA 聚合酶的 β 亚基 rpoB，以研究对利福平的耐药性。在一次实验中，我们验证了过去几十年进行的多项生化和临床观察结果，并通过双突变体的研究提供了对抗性补偿的见解。
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
方便合成与大肠杆菌 O4 细胞壁 O 抗原相对应的五糖重复单元
和α-连接的ʟ-鼠李糖部分。近年来，已开发出几种候选疫苗来通过将细胞壁多糖与合适的蛋白质结合来控制细菌感染，其中包括针对b型流感血友病(Hib) [12,13]、脑膜炎[14]、肺炎球菌感染[15,16]和肠道疾病如霍乱[17]、腹泻[18]和尿路感染[19]的疫苗。尽管可以通过发酵技术分离多糖，但是很难从天然来源中获得大量具有足够纯度的多糖片段。因此，开发化学合成策略对于获得具有足够纯度的所需数量寡糖片段非常重要。在这个方向上，本文介绍了使用顺序糖基化策略对对应于E. albertii O4菌株细胞壁O抗原多糖的五糖重复单元进行全合成（图1）。
克隆，表征和表达的大肠杆菌中的CpG DNA甲基酶的基因中的大肠杆菌中的克隆，表征和表达。菌株MQ1（M SSSI）
摘要我们在这里描述了从螺旋体SP中编码DNA甲基化酶的基因大肠杆菌中的克隆，表征和表达。菌株MQ1（M * SSSI）。该酶完全和仅CPG序列（1）。使用其自身的启动子在E.盘管中转录螺旋质基因。整个消息的翻译需要使用蛋白石抑制器，这表明UGA三胞胎代码用于螺旋形的色氨酸代码。对基因的序列分析在1158 bp的长开放式阅读框架中揭示了几个UGA三胞胎。在M SSSI中揭示的推导的氨基酸序列所有共同结构域的特征是细菌胞嘧啶DNA甲基酶的特征。尽管具有共同的序列特异性，但M SSSI的推定序列识别域与小鼠DNA甲基化酶的相似性没有明显的相似性。克隆的甲基化酶在体内和体外均仅CpG序列。与主要是维持甲基酶的哺乳动物酶相比，MSSI显示了从头开始的甲基化酶活性，这是原核生物胞嘧啶DNA甲基化酶的特征。
在Escherichia col
一种理论模型，该模型试图考虑到革兰氏阴性细菌中的周质 / - 乳糖确定的青霉素抗性水平（22）。The relevant parameters are the kinetic characteristics (Ki,m Vmax, and amount of enzyme produced) of the /)-lactamase, a perme- ability parameter (C) for the diffusion of the antibiotic across the outer membrane, and the concentration of the ,8-lactam antibiotic in the periplasmic space (Sp), specifically the concen- tration, SP, necessary for lethal inhibition内膜中的位点（一个或多个青霉素结合蛋白[17]）。使用这种方法Zimmermann和Rosselet（22）成功地解释了TEM，B-乳糖果酶（在这种情况下，由R Plasmid RTEM编码）赋予Escherichia coli K-12的Ampicilin抗性，以及该enzyme diseme concememe conceporance conceporance的无能为力。对于阴茎lin g，该方法失败了。作者考虑了这样的解释，即在微型抑制浓度（MIC）检测过程中，外膜的屏障功能发生了变化（22）。但是，他们对SP的估计也可能是错误的。此处报告的实验为模型提供了不同的测试。通过使用对几种底物的亲和力改变的突变Fi-内酰胺酶，我们避免了估算SP的必要性，而是比较了由突变体直接确定的青霉素耐药性与由野生型酶确定的抗性。