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提交样本进行实验室检测
无症状菌尿产前筛查 细菌/分离株确认 BioFire Filmarry 胃肠病学小组 BioFire Filmarry 肺炎小组 Biofire Filmarray 呼吸道小组 血涂片、疟疾和其他血液寄生虫 血型和抗体筛查 流产布鲁氏杆菌血清学 弯曲杆菌培养或确认 碳青霉烯类产生菌 (CPO) 先天性肾上腺增生症 2 级检测 培养、常规粪便培养、弧菌培养、耶尔森氏囊性纤维化 2 级检测 查菲埃里克体 土拉弗朗西斯菌血清学 真菌 (真菌学)，临床标本 真菌 (真菌学)，转诊标本 淋病/衣原体筛查 B 组链球菌 (GBS) 产前筛查 糖化血红蛋白 血红蛋白病 甲型肝炎 IgM 抗体（HAV IgM）乙肝IgM核心抗体（HBcIgM）乙肝表面抗体（HBsAb）乙肝表面抗原（HBsAg）
双功能II型II-B CRISPR-CAS9
cas9链球菌（SPCAS9）通过启用由RNA引导的可编程DNA裂解，彻底改变了基因组编辑。但是，SPCAS9耐受DNA-RNA双链体中的不匹配，这可能导致有害的脱靶编辑。在这里，我们揭示了来自弗朗西斯氏菌（Francisella novicida）（FNCAS9）的Cas9具有独特的结构特征 - REC3夹具，其本质上是其内在的高保真DNA靶向。通过动力学和结构分析，我们表明REC3夹具与R环的PAM-DISTAL区域形成关键接触，从而在酶激活过程中施加了新的检查点。值得注意的是，F。Novicida编码了非规范的小CRIS相关RNA（Scarna），该RNA（Scarna）使FNCAS9能够抑制内源性细菌性脂蛋白基因，从而颠覆宿主的免疫检测。fncas9与Scarna的结构说明了部分R环的互补性如何阻碍REC3夹具对接并防止裂解以支持转录抑制。REC3夹具在II型-B CRISPR-CAS9系统中保存，指出了工程精确基因组编辑者或制定新型抗菌策略的潜在途径。这些发现揭示了FNCAS9高特异性和毒力的双重机制，对生物技术和治疗发展具有广泛的影响。
订购样本，通过 MHS Genesis 发送至海军医学研究司令部 (NMRC) 海军传染病诊断实验室 (NIDDL)
- Sars-Cov-2 PCR（辅助测试名称：2019 年新型冠状病毒或 COVID-19） - RSV PCR - 登革热/比丘恩 RT-PCR - 寨卡 RT-PCR - 流感 A/H799 - MERS RT-PCR（辅助测试：中东呼吸综合征 RT-PCR） - 非天花 Pcr（辅助测试名称：非天花正痘病毒）GG - 寨卡病毒 Igm - NGDs 战士面板（埃博拉病毒、马尔堡病毒、炭疽杆菌冠状病毒 Hku1、冠状病毒 NL63、冠状病毒 OC43、严重急性呼吸道综合征冠状病毒 2 (Sars-Cov-2)、人类偏肺病毒、人类鼻病毒/肠道病毒、流感 a 病毒、流感 a
将样本转送至海军医学研究司令部 (NMRC)
- Sars-Cov-2 PCR（辅助测试名称：2019 年新型冠状病毒或 COVID-19） - RSV PCR - 登革热/比丘恩 RT-PCR - 寨卡 RT-PCR - 流感 A/H799 - MERS RT-PCR（辅助测试：中东呼吸综合征 RT-PCR） - 非天花 Pcr（辅助测试名称：非天花正痘病毒）GG - 寨卡病毒 Igm - NGDs 战士面板（埃博拉病毒、马尔堡病毒、炭疽杆菌冠状病毒 Hku1、冠状病毒 NL63、严重急性呼吸道综合征冠状病毒 2 (Sars-Cov-2)、人鼻病毒、流感 A/H1、流感 a 病毒 A/H3、流感 a 病毒 A/H1-2009、流感 b
游离和 gRNA 结合的 FnCas9 和 SpCas9 蛋白的比较结构和动力学研究
基于 CRISPR/Cas9 的基因编辑的引入大大加速了治疗性基因组编辑。然而，CRISPR/Cas9 蛋白的脱靶 DNA 切割阻碍了其临床转化，从而阻碍了其作为可编程基因组编辑工具的广泛使用。尽管已经开发出具有更好错配识别能力的 Cas9 变体，但它们的靶向 DNA 切割率明显较低。在这里，我们将来自新凶手弗朗西斯菌 (FnCas9) 的更特异性的天然 Cas9 与最广泛使用的 SpCas9 蛋白的动力学进行了比较。对两种 Cas9 蛋白的游离形式和 gRNA 结合形式进行了长期原子 MD 模拟，并比较了它们的域重排和与 gRNA 的结合亲和力，以揭示 FnCas9 蛋白特异性增强的可能原因。与 SpCas9 相比，FnCas9 与 gRNA 的结合亲和力更大、域静电更大、波动性更大，这可以解释其特异性增强和对错配的容忍度更低。
前哨实验室包装和运输评估工具
IATA and DOT Indicative Category A List CATEGORY A PATHOGENS, INDICATIVE OF INFECTIOUS SUBSTANCES, AFFECTING HUMANS (UN2814) WHEN TRANSPORTED IN ANY FORM UNLESS OTHERWISE INDICATED: Bacillus anthracis (cultures only) Brucella abortus , Brucella melitensis , Brucella suis (cultures only) Burkholderia mallei , Burkholderia pseudomallei (cultures only) Chlamydia psittaci avian strains (cultures only) Clostridium botulinum (cultures only) Coccidioides immitis (cultures only) Coxiella burnetii (cultures only) Crimean-Congo hemorrhagic fever virus Dengue virus (cultures only) Eastern equine encephalitis virus (cultures only) Ebola virus Escherichia coli , verotoxigenic （仅培养）屈肌病毒francisella tularensis（仅培养）瓜纳里托病毒hantaan病毒hantavirus引起肾脏综合征发烧的肾脏综合征hendra病毒肝炎病毒（仅培养物）仅是培养的疱疹病毒（仅培养），仅是培养的培养基（培养），培养了（培养）人类（培养）人类（培养）人类（培养）人（培养）人（培养）病毒（培养物）。脑炎病毒（仅培养）
CRISPR-Cas12a 辅助 Amycolatopsis mediterranei 基因组编辑
Amycolatopsis mediterranei U32 是利福霉素 SV 的工业生产者，其衍生物长期以来一直是抗分枝杆菌的一线药物。为了对这种重要的工业菌株进行基因改造，过去几十年来人们付出了很多努力，我们实验室成功开发了一种基于同源重组的方法，但该方法需要使用抗生素抗性基因进行正向选择，并且不支持方便的无标记基因删除。在本研究中，我们利用成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 系统在 A. mediterranei U32 中建立了基因组编辑系统。具体来说，土拉弗朗西斯菌亚种。 novicida Cas12a (FnCas12a) 基因首先整合到 U32 基因组中，在 CRISPR RNA (crRNA) 的指导下产生靶向特异性双链 DNA (dsDNA) 断裂 (DSB)。然后，DSB 可以通过非同源 DNA 末端连接 (NHEJ) 系统或同源定向修复 (HDR) 途径修复，分别在靶基因中产生不准确或准确的突变。除了 A. mediterranei 之外，本研究还可能为 Amycolatopsis 属其他物种中 CRISPR 辅助基因组编辑系统的开发提供启示。
结合工程化的 FnCas9 和扩展的 gRNA，实现 PAM 灵活、稳健且核碱基特异性的编辑和诊断
CRISPR 疗法的临床成功取决于 Cas 蛋白的安全性和有效性。来自新凶手弗朗西斯菌 (FnCas9) 的 Cas9 对错配底物的亲和力可以忽略不计，这使得它即使在结合水平上也能以非常高的精度区分 DNA 中的脱靶。然而，它的细胞靶向效率很低，限制了它在治疗应用中的使用。在这里，我们合理地设计了蛋白质以开发增强的 FnCas9 (enFnCas9) 变体，并将其细胞编辑活性扩展到以前无法访问的基因组位点。值得注意的是，一些变体释放了从 NGG 到 NGR/NRG 的原间隔区相邻基序 (PAM) 约束，使其在人类基因组位点上的可访问性增加了约 3.5 倍。enFnCas9 蛋白在体外和细胞中都具有单一错配特异性，从而扩大了基于 FnCas9 的 CRISPR 诊断的靶标范围，用于检测点突变和致病 DNA 特征。重要的是，它们在编辑效率、敲入率和脱靶特异性方面比其他经过设计的 SpCas9 高保真版本（SpCas9-HF1 和 eSpCas9）更胜一筹。值得注意的是，enFnCas9 变体可以与延长长度的 gRNA 结合使用，在 PAM 约束的规范碱基编辑器无法访问的位点进行强大的碱基编辑。最后，我们展示了使用 enFnCas9 腺嘌呤碱基编辑器完全纠正患者衍生的 iPSC 中的疾病特异性视网膜色素变性突变，突出了其在治疗和诊断中的广泛应用。
通过基于 Cas12a 的 CRISPR 干扰对溶剂产气梭菌进行单基因和多基因抑制
构成梭菌属的革兰氏阳性、产芽孢、专性厌氧厚壁菌种具有广泛的原料消耗能力并产生增值代谢产物，但基因操作困难，限制了它们的广泛吸引力。CRISPR-Cas 系统最近已应用于梭菌种，主要使用 Cas9 作为反选择标记与基于质粒的同源重组结合。CRISPR 干扰是一种通过精确靶向核酸酶缺陷型 Cas 效应蛋白来降低特定基因表达的方法。在这里，我们开发了一种基于 dCas12a 的 CRISPR 干扰系统，用于抑制多种中温梭菌种的转录基因。我们表明，与源自其他细菌的 CRISPR Cas 系统相比，由于梭菌种中的 GC 含量低，基于新凶手弗朗西斯菌 Cas12a 的系统具有更广泛的适用性。我们证实，丙酮丁醇梭菌中靶基因的转录水平降低了 99% 以上，巴氏梭菌中靶基因的转录水平降低了 75% 以上。我们还通过使用单个合成 CRISPR 阵列证实了多重抑制，靶基因表达降低了 99%，并阐明了其表达降低的独特代谢特征。总体而言，这项工作为无需基因编辑的高通量遗传筛选奠定了基础，而基因编辑是梭菌群落当前使用的筛选方法的一个关键限制。
Tularemia治疗：实验和临床数据
tolularemia是由革兰氏阴性的，辅助细胞内细菌francisella tolularensis引起的人畜共患病。该疾病根据感染途径，感染细菌菌株的毒力以及感染者的潜在疾病有多种临床表现。全身感染（例如肺炎和伤寒形式）和并发症很少见，但可能会威胁生命。大多数患者患有局部感染（例如，皮肤溃疡，结膜炎或咽炎）患有局部淋巴结肿大，这会在约30％的患者和慢性感染过程中演变成化脓性。在生物学威胁的背景下，已经建立了当前的治疗建议来管理急性感染，并且不考虑临床情况的巨大变化。本综述总结了有关在体外，动物模型和人类中针对F. tularensis的抗生素效率的文献数据。用β-内酰胺，大多数大花环或抗结核药物的经验治疗通常无效。氨基糖苷庆大霉素和链霉素仍然是严重感染的黄金标准，尽管当前数据表明前者通常更有效，但氟喹诺酮类和强力霉素的感染是轻度严重性的。然而，根据临床表现，患者的年龄和健康状况，并发症的存在以及疾病的进化，文献中报道的抗生素治疗的组成和持续时间高度可变。许多患者将几种抗生素合并或依次接受。无论服用的抗生素治疗，可变但较高的治疗失败率和复发率是否仍在观察到，尤其是在疾病发作后2-3周接受治疗的患者中。在这些患者中，治疗通常需要手术治疗，包括排水或去除化脓性淋巴结或其他感染灶。目前很难建立治疗建议，特别是由于缺乏比较随机研究。但是，我们试图通过改善tularemia治疗的建议来总结当前的知识，这将必须由一群专家讨论。改善t骨患者预后的主要因素是早期服用适当的治疗，这需要更好的医学知识和该疾病的诊断策略。