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DNA组装与合成生物学
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
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价格 B0202S—T4 DNA 连接酶反应缓冲液 29.00 美元 27.84 美元 M0319L—耐热 5' App DNA/RNA 连接酶 336.00 美元 322.56 美元 E2610L—5' DNA 腺苷酸化试剂盒 50 次反应 563.00 美元 540.48 美元 M0486L—模板转换 RT 酶混合物 236.00 美元 226.56 美元 E5520S—NEBuilder HiFi DNA 组装克隆试剂盒 212.00 美元 203.52 美元 M0271L—快速加载 Taq 2X 预混液 277.00 美元 265.92 美元 R0176S--DpnI 77.00 美元 73.92 美元 N4040S—M13mp18 单链 DNA 50.00 美元$48.00 M2401S—ET SSB $190.00 $182.40 C3019H—10-beta 感受态大肠杆菌 (H. Eff) $269.00 $258.24 R0507S--ApaLI $77.00 $73.92 E2610S--5' DNA 腺苷酸化试剂盒 10 次反应 $140.00 $134.40 M0251S—T7 RNA 聚合酶 $75.00 $72.00 R0630S--AsiSI $80.00 $76.80 M0492L—Q5 高保真 2X 预混液 $868.00 $833.28 R3133M—SpeI-HF $331.00 $317.76 C3040H—NEB 稳定感受态大肠杆菌 381.00 美元 365.76 美元 M0530S—Phusion 高保真 DNA 聚合酶 131.00 美元 125.76 美元 E5360S—NEBExpress 无细胞大肠杆菌蛋白质合成系统 244.00 美元 234.24 美元 E2621S—NEBuilder HiFi DNA 组装主混合物 180.00 美元 172.80 美元 您可以随时通过 stockroom@utexas.edu 联系我们，查看任何特定商品的价格。
通过双链DNA片段的单链DNA寡桥构建SGRNA-CAS9表达载体
总结本申请说明证明了将SGRNA序列插入靶向DNA组件的9.5 kb载体中的便利性。与传统的克隆方法不同，必须合成和重新弥补两个寡核体，该新协议提供了一种设计寡核的简单方法，并与所需的向量组装。Nebuilder HIFI DNA组装主混合物对传统方法的实质性改进，特别是节省时间，易用性和成本。
CD34+ 造血干细胞和祖细胞体外编辑后 CRISPR 脱靶发现工具的比较分析
虽然存在多种研究 CRISPR 脱靶 (OT) 编辑的方法，但在临床相关编辑过程后，很少有方法在原代细胞中进行过头对头比较。因此，我们在体外造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 编辑后比较了计算机模拟工具 (COSMID、CCTop 和 Cas-OFFinder) 和经验方法 (CHANGE-Seq、CIRCLE-Seq、DISCOVER-Seq、GUIDE-Seq 和 SITE-Seq)。我们使用 11 种与 Cas9 蛋白复合的不同 gRNA（高保真 [HiFi] 或野生型版本）进行编辑，然后对通过计算机模拟和经验方法确定的指定 OT 位点进行靶向下一代测序。我们平均每个向导 RNA (gRNA) 识别出少于一个 OT 位点，使用 HiFi Cas9 和 20-nt gRNA 生成的所有 OT 位点都可通过除 SITE-seq 之外的所有 OT 检测方法识别。这导致大多数 OT 提名工具具有高灵敏度，并且 COSMID、DISCOVER-Seq 和 GUIDE-Seq 获得了最高的阳性预测值 (PPV)。我们发现经验方法无法识别生物信息学方法未识别的 OT 位点。这项研究支持可以开发出既能保持高灵敏度又能保持 PPV 的精细生物信息学算法，从而能够更有效地识别潜在的 OT 位点，而不会影响对任何给定 gRNA 的彻底检查。
白皮书 - 人类疾病研究的全长和单细胞同工型测序
转录本同工型是人类发育和疾病的关键动力。在散装和单细胞转录组中的全长同工型测序可以表征复杂的替代剪接，开放式读取框（ORF）的预测以及鉴定细胞类型特异性，等位基因特异性的同工型表达式。简短的读数只能提供基因级信息，并且通常呈现同工型的不完整或错误组装的表示。PACBIO®ISO-SEQ®方法和Kinnex™试剂盒利用高度准确的HIFI测序来捕获全长的转录本，而无需组装。这可以使同工型水平的转录组进行更高的分辨率图，这对于理解人类生物学和疾病中的功能性细胞多样性和动态表达至关重要。
生命的桑格树碎片DNA清理：手动SPRI
使用sanger of Life of Life HMW DNA碎片剪切的DNA：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于PACBIO HIFI协议，使用0.6倍Ampure PB珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于LI PACBIO协议，使用1倍Ampure Pb珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：用于ULI PACBIO协议的G-Tube，使用0.6倍AMPURE PB珠与DNA体积的比例。为了允许执行QC并满足Sanger进行测序的内部需求，在步骤13中添加了49 µL的EB（3 µl为QC，45.4 µL用于测序），但是可以使用任何数量的EB缓冲液来洗脱剪切的DNA。
桑格生命之树HMW DNA提取：手动magAttract
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA，不包括植物和真菌，用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用，因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
Alt -R CRISPR系统 - NET
*我们保证，使用Alt-R-R Crispr-Cas9指南RNA（CRRNA：TRACRRNA DUPLEX或SGRNA）和Alt-R S.P.cas9核酸酶或Alt-R S.P.HIFI Cas9核酸酶。 编辑分析必须在DNA水平上，例如使用Alt-R基因组编辑检测试剂盒或DNA测序。 如果未在成功的指导RNA中观察到成功的编辑，而在适当的阳性控制成功的同时，将批准对先前设计的ALT-R CRISPR-CAS9指南RNA进行一次“无成本”替换。 此保证不会扩展到任何替代产品，或任何其他发生或附带费用或费用。HIFI Cas9核酸酶。编辑分析必须在DNA水平上，例如使用Alt-R基因组编辑检测试剂盒或DNA测序。如果未在成功的指导RNA中观察到成功的编辑，而在适当的阳性控制成功的同时，将批准对先前设计的ALT-R CRISPR-CAS9指南RNA进行一次“无成本”替换。此保证不会扩展到任何替代产品，或任何其他发生或附带费用或费用。
Alt-R CRISPR-CAS9系统： - 核糖核蛋白的输送...
*我们保证，使用Alt-R-R Crispr-Cas9指南RNA（CRRNA：TRACRRNA DUPLEX或SGRNA）和Alt-R S.P.cas9核酸酶或Alt-R S.P.HIFI Cas9核酸酶。 编辑分析必须在DNA水平上，例如使用Alt-R基因组编辑检测试剂盒或DNA测序。 如果未在成功的指导RNA中观察到成功的编辑，而在适当的阳性控制成功的同时，将批准对先前设计的ALT-R CRISPR-CAS9指南RNA进行一次“无成本”替换。 此保证不会扩展到任何替代产品，或任何其他发生或附带费用或费用。HIFI Cas9核酸酶。编辑分析必须在DNA水平上，例如使用Alt-R基因组编辑检测试剂盒或DNA测序。如果未在成功的指导RNA中观察到成功的编辑，而在适当的阳性控制成功的同时，将批准对先前设计的ALT-R CRISPR-CAS9指南RNA进行一次“无成本”替换。此保证不会扩展到任何替代产品，或任何其他发生或附带费用或费用。