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KDM6A 调节多发性骨髓瘤中的免疫反应基因
资金支持：本出版物中报告的研究得到了 R01CA180475、白血病和淋巴瘤协会专业卓越中心、塞缪尔·沃克斯曼癌症研究基金会 (JDL)、白血病和淋巴瘤协会特别研究员奖 (DDR 和 JL)、美国国立卫生研究院国家癌症研究所 (奖励编号为 K22CA266739 (BGB)、CA260239 (WZ) 和 CA269661 (WZ)、Paula 和 Roger Riney 基金会 (LHB、BGB)、儿童癌症研究 Rally 基金会和 Bear Necessities 儿童癌症基金会 (JL)、Fundación AECC INVES19059EZPO (TE) 的 Investigador AECC 奖的支持。
原发性复杂运动刻板行为与新生损伤性 DNA 编码突变有关，这些突变将 KDM5B 确定为风险基因
运动刻板行为在患有自闭症谱系障碍 (ASD)、智力障碍或感觉剥夺的儿童以及正常发育的儿童（“原发性”刻板行为，pCMS）中很常见。运动刻板行为的确切病理生理机制尚不清楚，尽管已经提出了遗传病因。在本研究中，我们对 129 个患有 pCMS 的亲子三人组和 853 个对照三人组（经过质量控制后为 118 个病例和 750 个对照）进行了全外显子组 DNA 测序。我们报告了 pCMS 与对照相比新生预测损伤性 DNA 编码变异的发生率增加，确定 KDM5B 为高置信度风险基因，并估计有 184 个基因赋予风险。pCMS 患者中含有新生损伤性变异的基因与 Tourette 综合征、ASD 中的基因以及刻板行为评分高与低的 ASD 患者中的基因有显著重叠。对这些 pCMS 基因表达模式的探索性分析发现，在胎儿中期发育早期，这些基因在皮质和纹状体中聚集。探索性基因本体论和网络分析突出了钙离子转运、去甲基化、细胞信号传导、细胞周期和发育中的功能趋同。对 pCMS 三重奏的持续测序将识别出其他风险基因，并为跨诊断界限的刻板生物学机制提供更深入的见解。
转录组学和药物发现分析表明，针对 KDM4 亚家族的天然化合物有望成为癌症的辅助治疗方法
KDM4 蛋白是组蛋白去甲基化酶的一个亚家族，靶向组蛋白 H3 的赖氨酸 9 和 36 的三甲基化，这分别与转录抑制和延长有关。它们在癌症中的失调可能导致染色质结构改变和转录缺陷，从而可能促进恶性肿瘤。尽管 KDM4 蛋白是癌症治疗中有希望的药物靶点，但只有少数药物被描述为这些酶的抑制剂，而对天然化合物作为可能的抑制剂的研究仍然需要。天然化合物是生物活性物质的主要来源，许多已知以表观遗传过程为目标，例如 DNA 甲基化和组蛋白去乙酰化，使其成为发现新组蛋白去甲基化酶抑制剂的丰富来源。在这里，通过转录组分析，我们确定 KDM4 家族失调并且与多种肿瘤组织中的不良预后有关。此外，通过分子对接和分子动力学方法，我们筛选了 COCONUT 数据库，以搜索天然来源的抑制剂，并与 FDA 批准的药物和 DrugBank 数据库进行了比较。我们发现天然产物中的分子在 FRED 对接分析中得分最高。含有糖、芳香环和 OH 或 O- 基团的分子有利于与 KDM4 亚家族蛋白的活性位点相互作用。最后，我们整合了蛋白质-蛋白质相互作用网络，将转录组分析和对接筛选的数据关联起来，以提出可用作多靶点疗法或与 KDM4 酶的潜在天然抑制剂联合使用的 FDA 批准药物。这项研究强调了 KDM4 家族与癌症的相关性，并提出了可用作潜在疗法的天然化合物。
组蛋白赖氨酸去甲基化酶 KDM4B 的治疗靶向阻断去势抵抗性前列腺癌的生长
对照载体转染的 LNCaP-ctl 细胞（图 1C）。为了测试 KDM4B 在 PCa 进展中的临床相关性，我们对接受雄激素剥夺疗法的局部或转移性激素敏感性 PCa（AJCC III 期和 IV 期）患者的前列腺活检组织样本进行了 KDM4B 表达染色。在肿瘤样本中观察到显著的 KDM4B 染色，而在正常组织中发现的染色很少（图 1D）。KDM4B 表达较高的患者的存活率明显较短（图 1E）。我们在体内测试了 KDM4B 过表达的影响。在注射 LNCaP-4B 细胞的小鼠中观察到 30% 的肿瘤形成率，而注射对照 LNCaP-ctl 细胞的小鼠没有肿瘤（图 1F）。LNCaP-4B 细胞未能在阉割动物中形成肿瘤（未显示数据）。
用于量子软件现代化的 KDM 到 UML 模型转换
摘要。得益于最新的工程技术进步，量子计算在许多领域的重要性日益提高，这些领域将从其卓越的计算能力中受益。在实现所有这些有希望的好处之前，公司必须能够将其传统信息系统与新的量子软件结合起来，以与所谓的混合信息系统一起运行。这意味着，在这种现代化过程的某个阶段，必须（重新）设计混合信息系统。UML 可用于定义抽象设计模型，不仅可用于以前所做的经典部分，还可用于以集成方式为量子软件。本文提出了一种模型转换，用于生成将量子电路表示为活动图的 UML 模型。由于使用了 UML，这些设计与技术无关，这有助于混合信息系统的现代化。即将推出的 UML 模型符合大量设计工具，可能会被一个大社区理解。
CRISPR/CAS13D介导的猪体细胞和单毒性胚胎中的有效KDM5B mRNA敲低
需要一种有效的mRNA敲低策略来探索细胞和胚胎中的基因功能，尤其是在早期胚胎发育过程中了解母体mRNA衰变的过程。cas13是一种新型的RNA靶向CRISPR效应蛋白，可以结合并切割互补的单链RNA，该RNA已用于小鼠和人类细胞中的mRNA敲低以及植物中的RNA病毒干扰。cas13尚未据报道用于猪。在当前的研究中，我们探讨了猪中CRISPR/ CAS13D介导的内源性RNA敲低的可行性。KDM5B是H3K4ME3的组蛋白去甲基酶，在转录水平下下调了50％，在猪成纤维细胞中，CRISPR/CAS13D在转录水平下被下调。敲低KDM5B诱导的H3K4ME3表达，并降低了H3K27ME3，H3K9ME3，H3K4AC，H4K8AC和H4K12AC的丰度。这些变化影响了细胞增殖和细胞周期。此外，将CRISPR/CAS13D系统稳定地整合到猪基因组中，导致CAS13D的连续表达和KDM5B的持续敲低。最后，在猪par植物发育胚胎中进一步验证了CAS13D的RNA靶向潜力。通过将cas13d mRNA和靶向KDM5B的GRNA的显微注射到猪卵母细胞中，KDM5B的表达被下调，H3K4ME3的丰度按预期增加，并且胚胎发育相关基因的表达被相应地更改。这些结果表明CRISPR/CAS13D为猪的时空转录操作提供了易于编程的平台。繁殖（2021）162 149–160
组蛋白去甲基化酶 KDM4B 通过 CDK6 和 CCNA2 在横纹肌肉瘤中的作用：KDM4A 的补偿作用以及针对 KDM4B 和 KDM4A 的凋亡反应
简单总结：横纹肌肉瘤 (RMS) 是儿童年龄段中常见的软组织肉瘤。目前标准的多模式治疗可能导致所有亚型的严重终生副作用，并且高风险 RMS 患者的预后不佳。迫切需要为这些儿童找到新的、更有针对性的治疗方法。研究表明，多种组蛋白去甲基化酶的高表达支持 RMS 细胞的增殖，在这里我们将注意力集中在 KDM4B 上，它已成为最近药物发现工作的焦点。我们表明 KDM4B 在 RMS 细胞中调节细胞周期基因，并证明 KDM4B 的长期沉默在功能上由另一个 KDM4 家族成员 KDM4A 补偿。KDM4A 和 KDM4B 的预先减少会杀死 RMS 细胞，表明针对两个组蛋白去甲基化酶家族成员的治疗方法是可取的，可以避免功能冗余。
KDM1A 维持转录增强子的全基因组稳态
转录增强子能够对后生动物的基因表达进行精确的时空控制。组蛋白 H3 赖氨酸 4 (H3K4me1) 的单甲基化富集是转录增强子的主要染色质特征。赖氨酸 (K) 特异性脱甲基酶 1A (KDM1A，也称为 LSD1) 是一种 H3K4me2/me1 脱甲基酶，可在小鼠胚胎干细胞 (mESC) 分化过程中使干细胞增强子失活。然而，其在未分化 mESC 中的作用仍不清楚。在这里，我们表明 KDM1A 在未分化和谱系定向细胞中都积极维持最佳增强子状态。KDM1A 占据了未分化 mESC 中的大部分增强子。增强子处的 KDM1A 水平与其底物 H3K4me2、H3K27ac 和增强子处的转录呈现明显的正相关性。在缺乏 Kdm1a 的 mESC 中，这些增强子中的大部分获得了额外的 H3K4 甲基化，同时伴有 H3K27 乙酰化增加以及增强子 RNA (eRNA) 和靶基因表达增加。在有丝分裂后的神经元中，KDM1A 的缺失会导致神经元活动依赖性增强子和基因的过早激活。总之，这些结果表明 KDM1A 是一种多功能的增强子调节器，并充当变阻器，通过平衡增强子处的 H3K4 甲基化来维持最佳增强子活性。
oncokdm lite：从肿瘤学实践中的VCF文件提高TSO500数据解释精度
最初，使用整个基因组和整个外显子组测序测量TMB以具有足够的功率（意味着碱测序）。尽管如此，这些技术的成本效益不足以用于临床常规。2019年初推出的来自Illumina的TSO500面板是能够实现这些目标的最先进的商业面板。但是，实验室可以很容易地标准化湿实验室，生物信息分析以从一个分析中获得最大的准确信息，这种复杂的面板可能需要复杂的策略，并且必须在临床前进行验证。