深度测序技术的进步表明,人类基因组的大部分都被积极地转录成 RNA。我们的实验室专注于表征基因组中产生的最大 RNA 组,即长链非编码 RNA (lncRNA) 及其相关的蛋白质结合伙伴。迄今为止,只有 3% 的 lncRNA 经过了功能验证。利用长读和短读测序技术,我们生成了巨噬细胞活化的异构体水平转录组图谱,该图谱表征了所有炎症诱导基因。利用 CRISPR 抑制技术,我们进行了系统无偏筛选,以确定与巨噬细胞内炎症功能相关的功能相关 lncRNA。我们确定 lncRNA LOUP 是一种多功能基因,涉及先天免疫的多个方面。我们表明 LOUP 可以作为增强子来调节其邻近蛋白质先锋因子 SPI1 (PU.1)。有趣的是,SPI1 可作为转录因子 NF-kB 的正调节剂,而我们确定 LOUP 是 NF-kB 的强负调节剂。我们发现 LOUP 定位于细胞质并编码一个短的开放阅读框肽。Ribo-seq 数据表明该区域是主动翻译的。我们将肽插入到与 GFP 同框的质粒中,它在 HEK 293 细胞中被主动翻译。为了确定该肽是否能在先天免疫中发挥作用,我们利用活性 CRISPR 专门针对该肽,并表明该区域确实可以作为 NF-kB 的负调节剂。总之,我们已确定 LOUP 是免疫反应的重要调节剂。它具有多种功能,顺式作用以调节 SPI1 并编码负调节 NF-kB 信号的小肽。
GAIA合作:L。Galluccio 1,M。Delbo1,⋆⋆,F。DeAngeli 2,T。Pauwels3,P。Tanga1,F。Mignard1,A。Cellino4,A。G。A. Brown 5,K。Muinonen6,7,6,7 M. Biermann 8,Ol Creevey 1,C。Ducourant 13,DW Evans 2,L。Eyer 14,R。Guerra 15,A。Hutton 16,C。Jordi 17,Sa Klioner 18,Sa Klioner 18, UL Lammers 15 , L. Lindegren 19 , X. Luri 17 , C. Panem 20 , D. Pourbaix 21,22 , † , S. Randich 23 , P. Sartoretti 11 , C. Soubiran 13 , NA Walton 2 , CAL Bailer-Jones 24 , U. Bastian 8 , R. Drimmel 4 , F. Jansen 25 , ⋆⋆⋆ , D. Katz 11 , MG Lattanzi 26 , F. van Leeuwen 2 , J. Bakker 15 , C. Cacciari 27 , J. Castañeda 28 , C. Fabricius 17 , M. Fouesneau 24 , Y. Frémat 3 , A. Guerrier 20 , U. Heiter 29 , E. Masana 17 , R. Messineo 30 , N. Mowlavi 14 , C. Nicolas 20 , K. Nienartowicz 31,32 , F. Pailler 20 , P. Panuzzo 11 , F. Riclet 20 , W. Roux 20 , G. M. Seabroke 33 , R. Sordo 9 , F. Thévenin 1 , G. Gracia-Abril 34,8 , J. Portell 17 , D. Teyssier 35 , M. Altmann 8,36 , R. Andrae 24 , M. Audard 14,32 , I. Bellas-Velidis 37 , K. Benson 33 , J. Berthier 38 , R. Blomme 3 , PW Burgess 2 、D. Busonero 4 、G. Busso 2 、H. Cánovas 35 、B. Carry 1 、N. Cheek 39 、G. Clementini 27 、Y. Damerdji 40,41 、M. Davidson 42 、P. de Teodoro 15 、M. Nuñez Campos 16 、L. Delchambre 40 、A. Dell'Oro 23 、P. Esquej 43 、J. Fernández-Hernández 44 、E. Fraile 43 、D. Garabato 45 、P. García-Lario 15 、E. Gosset 40,22 、R. Haigron 11 、J.-L. Halbwachs 46 、NC Hambly 42 、DL Harrison 2,47 、J. Hernández 15 , D. Hestro ffi er 38 , ST Hodgkin 2 , B. Holl 14,32 , K. Janßen 48 , G. Jevardat de Fombelle 14 , A. Krone-Martins 49,50 , AC Lanzafame 51,52 , W. Lö ffl er 8 , O. Marchal 46 , PM Marrese 53,54 , A. Moitinho 49 , P. Osborne 2 , E. Pancino 23,54 , A. Recio-Blanco 1 , C. Reylé 55 , M. Riello 2 , L. Rimoldini 32 , T. Roegiers 56 , J. Rybizki 24 , LM Sarro 57 , C. Siopis 21 , M. Smith 33 , A. Sozzetti 4 , E. Utrilla 16 , M. van Leeuwen 2 , U. Abbas 4 , P. Ábrahám 58,59 , A. Abreu Aramburu 44 , C. Aerts 60,61,24 , JJ Aguado 57 , M. Ajaj 11 , F. Aldea-Montero 15 , G. Altavilla 53,54 , MA Álvarez 45 , J. Alves 62 , RI Anderson 63 , E. Anglada Varela 44 , T. Antoja 17 , D. Baines 35 , SG Baker 33 , L. Balaguer-Núñez 17 , E. Balbinot 64 , Z. Balog 8,24 ,C。Barache 36,D。Barbato 14,4,M。Barros 49,Ma Barstow 65,S。Bartolomé17,J.-L。 T. Boch 46,A。Bombrun73,D。Bossini74,S。Bouquillon36,75,A。Bragaglia27,L。Bramante30,E。Breedt2,A。Bressan76,N。Brouillet 13,E.布鲁加莱塔 51,B.Bucciarelli 26,A。Burlacu77,AG Butkevich 4,R。Buzzi4,E。Cai效应11,R。Cancelliere78,T。Cantat-Gaudin 17,24,R。Carballo79,T。Carlucci36,Carner,Carner,Carner,Carner,Carner,Lmi Carla,M.Charla,M.Charlani 53,L.Casellani,L.CASAREL。 Chemin 80,V。Chiaramida,A。Chiavassa1,N。Chornay2,G。Comoretto35,81,G。Corsi,W。J。Cooper,18,14。 Luise 8,R。DeRider,R。DeRider,36。 Delisle 14, C. ,90, P. Fernique 46.91, F. Figueras 17, Y. A. Gerlach 18, R. Geyer 18, P. Gonzalez-Vidal 17, M. Granvik Helmer 66, A. Helmi 64, MH Serment 16, SL Hidalgoine 105, G. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、de Laverny 1、F. De Luise 84、R. De March 30、J. De Ridder 60、R. de Souza 85、A. de Torres 73、EF del Peloso 8、E. del Pozo 16、A. Delgado 43、J.-B.交付 14,C. Demouchy 86,AND Dharmawardena 24,圣迪亚基特 87 87,C. Diener 2,M. Figler,90,90,P. Fernique 46,91,F. 7,A. Gavel 29,P. Guarras 43,E,I. The Saint-Santamalle 45,J. Guirraud 20,R. Gutierrez-Sánchez 35,LP Guy 32.99,D.,101,M. Haywood 11,A. Helmer 66,A. Helmi 64,MH。106 瑕疵 106,A. Jean-Antoine Sin 20,Ó。 Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、de Laverny 1、F. De Luise 84、R. De March 30、J. De Ridder 60、R. de Souza 85、A. de Torres 73、EF del Peloso 8、E. del Pozo 16、A. Delgado 43、J.-B.交付 14,C. Demouchy 86,AND Dharmawardena 24,圣迪亚基特 87 87,C. Diener 2,M. Figler,90,90,P. Fernique 46,91,F. 7,A. Gavel 29,P. Guarras 43,E,I. The Saint-Santamalle 45,J. Guirraud 20,R. Gutierrez-Sánchez 35,LP Guy 32.99,D.,101,M. Haywood 11,A. Helmer 66,A. Helmi 64,MH。106 瑕疵 106,A. Jean-Antoine Sin 20,Ó。 Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、Jean-Antoine Piccolo 20 岁,Ó. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、Jean-Antoine Piccolo 20 岁,Ó. Jiménez-Arranz 17 ,J. Juaristi Campillo 8 ,F. Julbe 17 ,L. Karbevska 32,107 ,P. Kervella 108 ,S. Khanna 64,4 ,G. Kordopatis 1 ,AJ Korn 29 ,Á Kóspál ,58,59 ,Zutskawa R. 9 ,K. Kruszy´nska 110 ,M. Kun 58 ,P. Laizeau 111 ,S. Lambert 36 ,AF Lanza 51 ,Y. Lasne 66 ,J.-F. Le Campion 13、Y. Lebreton 108,112、T. Lebzelter 62、S. Leccia 113、N. Leclerc 11、I. Lecoeur-Taibi 32、S. Liao 114,4,115、EL Licata 4、HEP Lindstrøm 11,111、TA Lister. Livanou 100、A. Lobel 3、A. Lorca 16、C. Loup 46、P. Madrero Pardo 17、A. Magdaleno Romeo 77、S. Managau 66、
Gaia合作:P。David 1,F。Friend 2,D。Hestrofer 1,P。Tanga 2,F。Spoto 3,J。Berthier 1,TCarry 2,M。Delbo2,A。Orolo7,C。Fouron8 8,L。S.J.-M。第2章Petit 13,J。Portell 14:15.16,A。G. A.冠军23,Y. P.LindstrømPina14.15.16,St.Marinon 54.55,