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深度测序技术的进步表明，人类基因组的大部分都被积极地转录成 RNA。我们的实验室专注于表征基因组中产生的最大 RNA 组，即长链非编码 RNA (lncRNA) 及其相关的蛋白质结合伙伴。迄今为止，只有 3% 的 lncRNA 经过了功能验证。利用长读和短读测序技术，我们生成了巨噬细胞活化的异构体水平转录组图谱，该图谱表征了所有炎症诱导基因。利用 CRISPR 抑制技术，我们进行了系统无偏筛选，以确定与巨噬细胞内炎症功能相关的功能相关 lncRNA。我们确定 lncRNA LOUP 是一种多功能基因，涉及先天免疫的多个方面。我们表明 LOUP 可以作为增强子来调节其邻近蛋白质先锋因子 SPI1 (PU.1)。有趣的是，SPI1 可作为转录因子 NF-kB 的正调节剂，而我们确定 LOUP 是 NF-kB 的强负调节剂。我们发现 LOUP 定位于细胞质并编码一个短的开放阅读框肽。Ribo-seq 数据表明该区域是主动翻译的。我们将肽插入到与 GFP 同框的质粒中，它在 HEK 293 细胞中被主动翻译。为了确定该肽是否能在先天免疫中发挥作用，我们利用活性 CRISPR 专门针对该肽，并表明该区域确实可以作为 NF-kB 的负调节剂。总之，我们已确定 LOUP 是免疫反应的重要调节剂。它具有多种功能，顺式作用以调节 SPI1 并编码负调节 NF-kB 信号的小肽。
细胞因子 2023 摘要书 1
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