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项目 9 驯服花卉同源异型基因的 miRNA
背景：花的结构显著影响被子植物与环境的相互作用，尤其是因为它决定了植物授粉的物种集合。花器官特征如何发展的遗传基础在很大程度上已被阐明：主要有三类花同源基因，称为 A 类、B 类和 C 类基因，它们以组合方式决定在花中形成哪些器官 [1, 2]。根据所谓的花发育 ABC 模型，仅 A 类基因的表达会导致萼片的发育，A 类和 B 类基因的共同表达会导致花瓣的形成，B 类和 C 类基因的共同表达决定雄蕊，而 C 类基因的单独表达则会产生心皮。所有 ABC 基因都编码转录因子。然而，编码微小 RNA (miRNA) 的基因也已被证明对发育具有重要意义 [有关综述，请参阅参考文献 3]。ABC 基因和 miRNA 甚至可以一起起作用。已发现一种 miRNA，即 miR5179，可以调控 B 类基因的一个分支的成员，即兰花中的 DEF 样基因 [4]。这种 miRNA 非常引人注目。虽然编码 miRNA 的基因（miR 基因）通常具有较高的出生和死亡率，因此在进化时间尺度上仅存在很短的时间，但很少有基因获得重要的发育功能，因此在广泛的分类群中保存了数亿年。然而，miR5179 并不符合这两种模式。我们实验室对基因组、转录组和 miRNome 数据的分析表明，miR5179 可能起源于大约 2 亿年前的开花植物茎群，并在多个植物谱系中得到保存。因此，它出现在许多现存物种中，如猕猴桃（猕猴桃）、柑橘（橙子）、野芭蕉（香蕉）和水稻（水稻），表明 miR5179 具有重要作用。然而，相比之下，miR5179 在许多其他开花植物谱系中已经独立消失，例如在 Vitales、Malvales 和 Pandanales 目中，这表明 miR5179 在这些情况下是可有可无的。因此，miR5179 提出了一个有趣的难题：它很古老，但并未普遍保存。为什么它在某些植物中具有重要的功能，但在其他植物中却可有可无？
差异miRNA和蛋白质表达揭示了mir- ...
1圣约瑟夫医院Bochum，外科诊所，鲁尔 - 大学Bochum，Gudrunstr。56，44791 Bochum，德国； britta.majchrzak-stiller@ruhr-uni-bochum.de（B.M.-S.）; marie.buchholz-a7y@rub.de（M.B. ）; vanessa.mense@studmail.w-hs.de（v.m。 ）; johanna.strotmann@ruhr-uni-bochum.de（J.S. ）; ilka.peters@rub.de（i.p. ）; lea.skrzypczyk@klinikum-bochum.de（L.S. ）; waldemar.uhl@ruhr-uni-bochum.de（W.U. ）; chris.braumann@evk-ge.de（C.B. ）; philipp.hohn@ruhr-uni-bochum.de（P.H.） 2 Kirrberger Str。 100，66424德国霍姆堡； louise.massia@hotmail.fr（L.M.M. ）; Mathias.wagner@uks.eu（M.W。） 3大学医院Essen，桥梁肿瘤疗法研究所，西德肿瘤中心Essen，Hufelandstr。 55，45147德国埃森； sven-thorsten.liffers@uk-essen.de 4 Crbip，Pasteur Institut Pasteur，ÉparisUniversit，Cite，25 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015，法国巴黎75015； fay.betsou@pasteur.fr 5 Ibbl（卢森堡的综合生物库），1，Lue Louis Rech，L-3555，L-3555 Dudelange，卢森堡； wim.ammerlaan@ibbl.lu 6 Sciomics GmbH，Karl-Landsteiner Str。 6，69151德国海德堡； ronny.schmidt@sciomics.de（R.S. ）; Christoph.schroeder@sciomics.de（C.S.） 7，Munckelstr大学Duisburg-Essen的Evk Gelsenkirchen将军，内脏和血管外科。 27，45879 Gelsenkirchen，德国 *通信：Fernado13984@yahoo.gr.gr†联合首先作者。 •共同延迟作者。56，44791 Bochum，德国； britta.majchrzak-stiller@ruhr-uni-bochum.de（B.M.-S.）; marie.buchholz-a7y@rub.de（M.B.）; vanessa.mense@studmail.w-hs.de（v.m。）; johanna.strotmann@ruhr-uni-bochum.de（J.S.）; ilka.peters@rub.de（i.p.）; lea.skrzypczyk@klinikum-bochum.de（L.S.）; waldemar.uhl@ruhr-uni-bochum.de（W.U.）; chris.braumann@evk-ge.de（C.B.）; philipp.hohn@ruhr-uni-bochum.de（P.H.）2 Kirrberger Str。 100，66424德国霍姆堡； louise.massia@hotmail.fr（L.M.M. ）; Mathias.wagner@uks.eu（M.W。） 3大学医院Essen，桥梁肿瘤疗法研究所，西德肿瘤中心Essen，Hufelandstr。 55，45147德国埃森； sven-thorsten.liffers@uk-essen.de 4 Crbip，Pasteur Institut Pasteur，ÉparisUniversit，Cite，25 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015，法国巴黎75015； fay.betsou@pasteur.fr 5 Ibbl（卢森堡的综合生物库），1，Lue Louis Rech，L-3555，L-3555 Dudelange，卢森堡； wim.ammerlaan@ibbl.lu 6 Sciomics GmbH，Karl-Landsteiner Str。 6，69151德国海德堡； ronny.schmidt@sciomics.de（R.S. ）; Christoph.schroeder@sciomics.de（C.S.） 7，Munckelstr大学Duisburg-Essen的Evk Gelsenkirchen将军，内脏和血管外科。 27，45879 Gelsenkirchen，德国 *通信：Fernado13984@yahoo.gr.gr†联合首先作者。 •共同延迟作者。2 Kirrberger Str。100，66424德国霍姆堡； louise.massia@hotmail.fr（L.M.M.）; Mathias.wagner@uks.eu（M.W。）3大学医院Essen，桥梁肿瘤疗法研究所，西德肿瘤中心Essen，Hufelandstr。55，45147德国埃森； sven-thorsten.liffers@uk-essen.de 4 Crbip，Pasteur Institut Pasteur，ÉparisUniversit，Cite，25 Rue du Roux Roux Roux Roux，75015，法国巴黎75015； fay.betsou@pasteur.fr 5 Ibbl（卢森堡的综合生物库），1，Lue Louis Rech，L-3555，L-3555 Dudelange，卢森堡； wim.ammerlaan@ibbl.lu 6 Sciomics GmbH，Karl-Landsteiner Str。6，69151德国海德堡； ronny.schmidt@sciomics.de（R.S.）; Christoph.schroeder@sciomics.de（C.S.）7，Munckelstr大学Duisburg-Essen的Evk Gelsenkirchen将军，内脏和血管外科。27，45879 Gelsenkirchen，德国 *通信：Fernado13984@yahoo.gr.gr†联合首先作者。 •共同延迟作者。27，45879 Gelsenkirchen，德国 *通信：Fernado13984@yahoo.gr.gr†联合首先作者。•共同延迟作者。
预扭转以改善基因组修饰和 miRNA 靶向
作为新的治疗方式，需要精确靶向 DNA 和 RNA 序列的调控工具。PNA（图 1 A、B）[ 1 ] 最初由 Nielsen 等人于 1991 年开发，在靶向疾病相关 DNA 和 RNA 序列方面显示出巨大潜力。PNA 可以与天然 DNA/RNA 序列配对，形成 PNA-DNA 和 PNA-RNA 双链。与具有三个或四个手性中心的 DNA/RNA 糖环部分相比，典型的 PNA 没有环结构或手性中心。相对灵活且电中性的骨架使 PNA 有利于通过 Watson-Crick 碱基配对识别具有平行和反向平行链取向的 DNA/RNA 序列，并具有增强的结合亲和力。此外，PNA 通过三链结构形成识别 DNA 和 RNA 序列（例如，PNA • DNA-PNA、PNA • RNA-PNA、PNA • RNA-RNA 和 PNA • DNA-DNA 三链；此处 - 和 • 分别表示 Watson-Crick 和 Hoogsteen 对）。通常，PNA 与蛋白质没有显著结合，因此无免疫原性，并且对蛋白酶和核酸酶具有抗性。
VMIX™平台：量身定制的miRNA基因疗法...
5 Van Zundert B. Neurosci Lett 2017; 636：32-9; 6 Bravo-Hernandez M. Nat Med 2020; 26：118–30。 缩写：ALS：肌萎缩性侧硬化；方差分析：方差分析； ATXN2：ataxin-2; BP：基对； FTD：额颞痴呆； IGV：综合基因组学观众； mRNA：Messenger RNA； mirna：microRNA； PBS：磷酸盐缓冲盐水； NT：核苷酸； NS：不重要； SD：标准偏差； SOD1：超氧化物歧化酶1； WT：野生类型的致谢和披露：这项研究由Aviadobio Ltd. CA，RE，AU，AG，AG，DO，LO，LO，ZW，YB，AA，AA，PH，SC，PC，PC，CM，RJ，JI，JI，JI和CS是Aviadobio Ltd.的员工和股东Aviadobio Ltd.是Aviadobio Ltd.的雇员。 根据国际医学杂志编辑委员会（ICMJE）的建议，作者符合作者身份标准。 医学写作和社论支持由英国Costello Medical的David Morgan和Oliver Palmer，BSC（荣誉），并由Aviadobio Ltd. RJ资助。 CA已从伦敦大学学院和惠康信托基金会获得赠款/合同。5 Van Zundert B. Neurosci Lett 2017; 636：32-9; 6 Bravo-Hernandez M. Nat Med 2020; 26：118–30。缩写：ALS：肌萎缩性侧硬化；方差分析：方差分析； ATXN2：ataxin-2; BP：基对； FTD：额颞痴呆； IGV：综合基因组学观众； mRNA：Messenger RNA； mirna：microRNA； PBS：磷酸盐缓冲盐水； NT：核苷酸； NS：不重要； SD：标准偏差； SOD1：超氧化物歧化酶1； WT：野生类型的致谢和披露：这项研究由Aviadobio Ltd. CA，RE，AU，AG，AG，DO，LO，LO，ZW，YB，AA，AA，PH，SC，PC，PC，CM，RJ，JI，JI，JI和CS是Aviadobio Ltd.的员工和股东Aviadobio Ltd.是Aviadobio Ltd.的雇员。根据国际医学杂志编辑委员会（ICMJE）的建议，作者符合作者身份标准。医学写作和社论支持由英国Costello Medical的David Morgan和Oliver Palmer，BSC（荣誉），并由Aviadobio Ltd. RJ资助。CA已从伦敦大学学院和惠康信托基金会获得赠款/合同。
miRNA作为多发性骨髓瘤疗法的潜在靶标...
摘要：多发性骨髓瘤（MM）是第二常见的血液系统恶性肿瘤。由于引入了新的疗法，尽管进展取得了巨大的治疗进展，但MM仍然是一种无法治愈的疾病。广泛的研究目前正在寻找新的选择。microRNA（miRNA）是小的非编码RNA分子，在转录后水平调节基因表达。mm中miRNA的异常表达是常见的。根据其在MM发育中的作用，miRNA被报道为肿瘤基因和肿瘤抑制剂。证明，使用miRNA模拟物或Antagomirs进行特定的miRNA改变可以使微环境和MM细胞中的基因调节网络和信号通路正常化。这些特性使miRNA在抗肌瘤治疗中具有吸引力的靶标。但是，只有少数基于miRNA的药物已进入临床试验。在这篇综述中，我们讨论了miRNA在MM发病机理，其当前状态在临床前/临床试验中的作用以及miRNA理论上可以在MM治疗中实现治疗益处的机制。
miRNA分析胰腺癌和化学敏感性的恢复
胰腺癌是美国癌症相关死亡率的第五个主要原因[1]。吉西他滨（Gemzar）是胰腺癌的第一线，但在等离子体中进行了显着代谢，因此需要高剂量导致毒性[2-4]。最初该药物有效地增加了胰腺癌患者的生存率，但对初始化学治疗药物具有抗性的继发性肿瘤的可能性很高。实际上，大多数患者最终将发展为以化学抗性，转移和预后不良为特征的疾病的先进形式[5]。对于这些研究，根据当前的治疗方案，胰腺癌的总体预后仍然相当黯淡。大多数实体瘤，包括胰腺瘤，由大量和癌症干细胞（CSC）组成，后者形成了一个小但独特的亚群。的证据表明，CSC不仅可能参与肿瘤发生，而且还可以在Intial化学疗法中生存，并利用其自我更新潜力来再生化学抗性的次要肿瘤[6,7]。对抗癌药物（包括这些细胞的吉西他滨）的化学耐药性可以由microRNA（miRNA）（miRNA）造成并贡献，它们是非编码RNA分子，最近作为分子开关而出现，用于许多生命过程，包括发育和发生的许多生命过程。通过
miRNA 介导的植物与病原体之间的调控及相互作用
摘要：植物已经进化出多种分子机制，使其能够对多种病原体作出反应。microRNA 是一类短链单链 RNA 分子，可在转录或翻译后水平调节基因表达，在协调植物与病原体相互作用中起着至关重要的作用，这一点已变得十分清楚。具体而言，miRNA 已被证明参与调节植物激素信号、活性氧和 NBS-LRR 基因表达，从而调节宿主与病原体之间的军备竞赛。最近有研究表明，特定的 lncRNA (ceRNA) 可以充当诱饵，与 miRNA 相互作用并调节其活性，这又增加了一层复杂性。本文我们回顾了有关 miRNA 在植物防御中的作用的最新发现，重点介绍了 miRNA 的调控模式及其在培育抗病原体植物（包括农作物和树木）中的可能应用。特别强调讨论miRNA在宿主与病原体军备竞赛中的作用，以及与疾病相关的miRNA与lncRNA之间的相互作用。
研究miRNA函数的方法：专注于血小板反应性
抽象microRNA（miRNA）是调节蛋白质产生的小型非编码RNA。它们是调节细胞功能的关键参与者，被认为是几种疾病中的生物标志物。鉴定它们调节的蛋白质及其对细胞生理的影响可能会描述其作为诊断或预后标记的作用，并确定新的治疗策略。在过去的三十年中，大量技术的开发引起了多种用于MiRNA研究的模型。由于血浆样品很容易访问，因此可以在临床试验中研究循环的miRNA。为了量化许多血浆样品中的miRNA，提取和纯化技术的选择以及归一化过程对于人群中miRNA水平和随着时间的流逝至关重要。生物信息学的最新进展提供了识别推定的miRNA目标的工具，然后可以通过专用测定进行验证。在体外和InvivoAppracties的旨在功能性候选候选miRNA的旨在了解它们对细胞过程的影响。本综述描述了转化研究的可用技术的优势和陷阱，以研究miRNA，重点是它们在调节血小板反应性中的作用。
研究miRNA变异在神经退行性脑疾病中的作用
结果：FTD患者中MiR656，MiR423，MiR122和MiR885的WES鉴定的稀有种子变体。这些miRNA中的大多数与FTD相关基因结合，涉及不同的生物学途径。此外，一些miRNA变体创建了与FTD相关的基因的新型结合位点。与对照组相比，AD队列中MiR885基因座的测序最初显示出AD患者中MiR885变体的显着富集（SKAT-O，P值= 0.026）。遗传关联并不保持。使用Mirvas预测工具，变体RS897551430和RS993255773似乎引起了主要miRNA的显着结构变化。这些变体还预计将强烈下调成熟的miR885级别，这与在AD背景下报告的MiR885所报告的水平相一致。
秀丽隐杆线虫幼虫发育过程中miRNA积累的动力学
抽象在时间和空间控制的积累中是microRNA（miRNA）在各种发育过程中的功能的基础。在秀丽隐杆线虫中，这是通过颞型mirnas lin-4和let-7的e x增强的，但是对于大多数miRNA，d e v elopmental e xpres-sion模式仍然很差。的确，e x ppermimentserv ed long fall liv es ma y限制了可能的动力学。在这里，我们在秀丽隐杆线虫中介绍了高胚胎发育的miRNA表达。我们使用数学模型来探索潜在的机制。对于Let-7，我们可以通过节奏转录和通过RNA结合蛋白LIN-28对前体处理的节奏转录和特定阶段的调节结合来解释并实验确认。相比之下，Se v eral其他miRNA的动态不能仅通过调节生产率来解释。具体而言，示出了振荡转录和miR-235的振荡性转录和rh ythmic deca y rh ythmic积累，这是其他动物中miR-92的直系同源的。我们证明，miR-235和其他miRNA的衰变取决于EBAX-1，以前与目标指导的miRNA降解有关（TDMD）。综上所述，我们的结果提供了对动态miRNA衰变的见解，并建立了研究d v elopmental功能和作用于miRNA的调节机制的资源。