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World File Search SystemMLST
CLC MLST模块
为了比较实验，需要使用便携式标准进行DNA测序和分析。这样的标准是多焦点序列分型（MLST），该序列是由Maiden等人首先提出的。[Maiden等，1998]。当前，MLST用于键入流行病学和进化研究的细菌和真菌物种的分离株。有关MLST技术及其应用的最新评论，请参见[Taylor and Fisher，2003； Urwin和Maiden，2003； Sullivan等，2005； Maiden，2006]。
Evotec宣布与Bristol Myers Squibb
检测抗菌和毒力因子的存在（或不存在）抗菌易感性分析多核序列分型（MLST）以及某些物种中的某些物种在硅血清型中的比较生物信息学和基因组学途径质粒分析（质体识别型的遗传范围）的分析（分析）的特定基因（分析）的特定基因（分析）的特定基因（分析）的特定基因（分析）数据）全基因组关联研究（GWAS）
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
2006 年至 2017 年菲律宾马尼拉大都会地区白喉情况
背景。白喉是一种可通过疫苗预防的疾病，仍然是一个全球性健康问题。菲律宾等中低收入国家对疾病模式缺乏了解。方法。我们对 2006 年至 2017 年期间菲律宾马尼拉大都会传染病转诊医院收治的临床诊断为白喉的患者的临床、微生物学和流行病学特征进行了回顾性分析。绘制了病例图，并将病例分布与人口密度进行了比较。通过多位点序列分型 (MLST) 检查了 2015 年至 2017 年之间的白喉棒状杆菌分离株。结果。我们研究了 2006 年至 2017 年期间收治的 267 名患者（范围：12-54 例/年）。病死率 (CFR) 为 43.8%（95% 置信区间，37.8-50.0%）。 10 岁以下儿童的病例数和病死率较高。死亡与入院延迟和缺乏白喉抗毒素有关。2015 年至 2017 年期间，共有 42 例实验室确诊病例。我们确定了 6 种多位点序列类型 (ST)。ST-302 最常见 (17/34, 48.6%)，其次是 ST67 (7/34, 20%) 和 ST458 (5/34, 14%)。病例图显示，马尼拉大都会白喉患者分布广泛。人口稠密地区的病例数较高，但没有明显的 ST 类型聚集。结论。我们的分析表明，白喉在马尼拉大都会仍然流行，而且这种感染经常导致幼儿死亡。应优先考虑提高疫苗覆盖率和可持续供应白喉抗毒素。关键词。白喉；菲律宾；白喉抗毒素；MLST；疫苗接种。
抑制ULK1/2和KRASG12C控制肿瘤生长...
造血干细胞移植（HSCT）是高危急性淋巴细胞白血病（ALL）的患者的治疗方法，但复发仍然是治疗衰竭的主要原因。为了防止疾病复发，我们准备并注入了供体衍生的多种白血病抗原 - 特定T细胞（MLSTS），靶向启发，WT1和Survivin，它们是白血病相关的抗原，经常在B-和T-All中表达。我们的目标是最大程度地提高移植物与白血病效应，同时最大程度地减少移植物抗宿主病（GVHD）的风险。我们对11例患者（8个儿科，3个成人）患者给予MLST（剂量范围，0.5 3 10 7至2 3 10 7细胞），没有观察到剂量限制毒性，急性GVHD或细胞因子释放综合征。8个可评估患者中有6名保留在长期完全缓解中（中值：46.5个月；范围9-51）。在这些个体中，我们在输注后不久检测到肿瘤反应性T细胞的频率增加，对靶向和非靶向，已知的肿瘤相关抗原的活性表明体内抗原扩散。相比之下，这两名经历了复发的患者，这种体内扩增不存在。总而言之，同种异体HSCT后供体衍生的MLST是可行且安全的，可能有助于控制疾病，这证明了体内肿瘤指导的T细胞扩张的证明。因此，这种方法代表了预防所有患者复发的有前途的策略。
功能多样性对哥斯达黎加可可农林系统中生态系统服务的影响
结果：PCR和整个基因组分析证实了MCR-1基因在10个大肠杆菌分离株中的存在。colistin的最小抑制浓度范围为4 ug/ml至32 ug/ml。分解分析表明，存在多种耐药性决定因素，赋予β-内酰胺，氨基糖苷，甲氧苄胺，磺胺酰胺，四环素，四环素，喹诺酮类，氟烯甲苯甲酸和大乙二醇化的多种耐药性决定因素。杂交基因组组装表明MCR-1在INCI2质粒上携带。质粒复制子键入表明INCI2型质粒（n = 10）是这些菌株中最普遍的质粒，其次是Incfib（n = 8），Incfic（n = 7），Incfia（n = 6），INCFII（incfii（incfii（incfii）（4），INCQ1（n = 3），INCQ1（n = 3），INCI1（N = 1），IN = 1），IN = 1（n = 1），IN = 1（n = 1），IN = 1（n = 1），（n = 1），（n = 1），（n = 1），（n = 1），（n = 1）（n = 1），（n = 1）（n = 1），（n = 1）。Achtman MLST打字方案在MCR -1阳性大肠杆菌中揭示了STS的大量多样性。毒力芬德分析表明，存在范围为4到19的许多毒力因子。
mlsea：可发现的机器学习的语义层
摘要。随着机器学习（ML）场的迅速发展，ML管道的数量，复杂性和组件不断增长。在线平台（例如OpenML，Kaggle）旨在收集和传播ML实验。但是，可用知识的分散，每个平台代表ML过程的不同组成部分或相互区域的组件，但以不同的方式。为了解决这个问题，我们利用语义Web技术来建模和集成ML数据集，实验，软件和科学作品纳入MLSEA，这是一种资源：（i）MLSO，一种模拟ML数据集，管道和实现的本体论； （ii）MLST，分类法，其中包含ML知识的收集为受控词汇； （iii）MLSEA-kg，一个RDF图，其中包含来自不同来源的ML数据集，管道，实现和科学作品。MLSEA为改善ML管道的搜索，解释性和可重复性铺平了道路。
高通量快速扩增子测序，用于来自存档的临床DNA样品的支原体卵巢卵的多焦点序列
遗传多样性的宿主范围（1，3）。 卵巢支原体的遗传多样性含量很高，表明它们是重要的储层和感染来源的作用，而在BHS中，它很低，表明溢出物是主要的传输来源（1）。 的确，来自多层次序列分型（MLST）序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源，强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性（4）。 在BHS中，最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。 在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发（2，5 - 7）。 最近的证据表明，可能没有跨支架免疫，使存活的动物容易感染（4，8）。 为了减少溢出事件的可能性，联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策（9）。 最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作，以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率（10）。遗传多样性的宿主范围（1，3）。卵巢支原体的遗传多样性含量很高，表明它们是重要的储层和感染来源的作用，而在BHS中，它很低，表明溢出物是主要的传输来源（1）。的确，来自多层次序列分型（MLST）序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源，强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性（4）。在BHS中，最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发（2，5 - 7）。最近的证据表明，可能没有跨支架免疫，使存活的动物容易感染（4，8）。为了减少溢出事件的可能性，联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策（9）。最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作，以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率（10）。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌PCR核糖型046的整个基因组测序表明猪与人之间的传播
梭状芽胞杆菌艰难梭菌（以前是艰难梭菌）是抗生素 - 腹泻腹泻的常见原因，它会导致严重的死亡率和发病率以及医疗保健系统的高成本[1，2]。在千年开始时，PCR核糖型（RT）027在医疗保健环境中的传播将焦点放在c上。艰难梭菌感染（CDI）作为医生疾病[3]。近年来，已经观察到与社区相关的CDI发生率的升高[4]。C的流行病学研究最常见的方法。艰难梭菌，例如PCR核分型和多焦点序列分型（MLST），仅提供适度的分辨率，不足以进行爆发研究[5]。使用核心基因组MLST（CGMLST）或单核苷酸多态性（SNP）分析来分析由整个基因组测序（WGS）产生的数据[6]，并且揭示了医疗保健系统中仅考虑CDI病例的一小部分的传播。这表明无症状的运输或环境源在C的传播中起着重要作用。艰难梭菌[7]。梭状芽胞杆菌艰难梭菌也可以由猪和其他牲畜携带[8]，并已成为新生小猪搜查的原因[9]。使用WGS [10，11]中描述了活股和人之间的潜在传播，尤其是RT078被认为具有人畜共患潜力[12]。2011年，这与瑞典南部的一次基于医院的暴发有关[15]。簇，该RT是2009 - 2013年瑞典人类中最常孤立的RT之一[15]。在同一时间，这是瑞典中部多种繁殖农场的小猪中唯一发现的RT [16]。尚未为RT046建立人畜共患关系，并且克隆多样性，农场内随时间变化，或者目前已知与人类分离株的关系。这项研究的目的是检测瑞典养猪场和人类CDI病例之间RT046的传播，并使用WGS研究猪群中的RT046多样性。使用两个CGMLST方案和一项SNP分析进行了多个分析策略。
开发
脱水培养基，选择性补充和现成的管1- i ntended用途富集选择性肉汤，用于在牛奶和牛奶产品中检测sakazakii。2 – C OMPOSITIONS * M ODIFIED L AURYL S ULFATE T RYPTOSE ( M LST) B ROTH B ASE , DEHYDRATED MEDIUM T YPICAL FORMULA AFTER RECONSTITUTION WITH 1 L OF WATER Enzymatic digest of animal and plant tissue 20.00 g Lactose 5.00 g Sodium chloride 34.00 g Sodium lauryl sulphate 0.10 g Potassium dihydrogen phosphate 2.75 g磷酸钾2.75 g v链霉素A ntimicrobic suppremin（瓶含量）Vanomycin 25毫克含量为auryl auryl s ulfate t ryptate t ryptose（m lst）b roth，随时准备使用动物和植物组织的酶促消化物20.00 g lactre sudiium 5.00 g sod g sod g.sod g sod chilide chilide chilide chilide chilide 000 000 00010磷酸二氢钾2.75 g磷酸钾2.75 g万古霉素10.00 mg纯化的水1000 mL *可以调整配方和/或补充以满足所需的性能标准。3-方法和解释cronobacter物种（以前称为肠杆菌sakazakii）是家族肠杆菌科的革兰氏阴性杆状棒状，易流动的致病细菌。这些生物被认为是与新生儿中主要是威胁生命的感染有关的机会性病原体。1个cronobacter感染的临床综合征包括坏死性小肠结肠炎（NEC），菌血症和脑膜炎，病例死亡率范围为40-80％。1,2细菌已经从一系列食物来源中分离出来，包括乳制品，干肉，水，大米等。51,3,4改良的Lauryl硫酸盐色氨酸（MLST）肉汤是cronobacter分离程序的富集步骤的选择性肉汤。使用缓冲蛋白蛋白水作为非选择性富集，MLST肉汤作为选择性富集，肠杆菌sakasakii隔离琼脂（Esia Ref 401478）允许在牛奶粉和粉状婴儿配方中的食物样品中特定地检测到食品样品中的C.sakazakii。上述培养基和下面描述的工作程序符合撤回的标准ISO/TS 22964：2006 4，由ISO标准22964：2017取代。