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摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
大肠杆菌基因分型的新方法
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