➢该服务旨在用于研究目的,不能用于诊断或临床目的。 ➢如果您想将此服务的结果用于需要道德审查的研究,请在要求之前获得您机构的道德审查委员会的批准。 ➢请单独承担样品运输和HDD的成本。
高通量的witturb-seq实验遵循CRISPRI屏幕,单细胞库准备,测序和数据分析的工作流程(图1)。虽然多种单细胞测序方法与wisturb-seq兼容,但该实验是由合同研究组织(荷兰乌特雷希特的单细胞发现)进行的,但使用了组合索引套件来最大程度地提高细胞吞吐量。CRISPR液滴测序(农作物Seq)指导RNA(GRNA)载体用于CRISPRI屏幕引入Polya尾巴,以确保与试剂盒中的GRNA捕获引物的兼容性。在CRISPRI屏幕之后,固定细胞并将其存储在-80°C下,直到库制备。生成了两种不同类型的条形码测序库:SCRNA-SEQ库和CRISPR库。对于涵盖100,000至1,000,000个单元的项目,建议使用25B流单元的Novaseq X Plus系统(表1)。
CORES ACTIVITY TECHNOLOGY / ACTIVITY Production Genomics Whole Genome Sequencing Illumina NovaSeq Exome / Targeted Capture Sequencing Illumina NovaSeq Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) Illumina NovaSeq RNA-Seq / miRNA-Seq Illumina NovaSeq ChIP-Seq, ChIPmentation, ATAC-Seq Illumina NovaSeq Expression Arrays / Genotyping Illumina iScan / Affymetrix Genetitan
•基因组分析仪•基因组分析仪II•Miseqs•HISEQ 2500•HISEQ 4000和NEXTSEQ 500•NOVASEQ 6000•NOVASEQ X
质量控制 A00002 DNA 定量(批次 96 个样本)样本组 188.40 欧元 211.01 欧元 226.08 欧元 A00003 库质量控制(生物分析仪 + qPCR)样本 27.44 欧元 30.73 欧元 32.93 欧元 A00004 样本质量控制(DNA)样本 10.11 欧元 11.32 欧元 12.13 欧元 A00005 样本质量控制(DNA,批次 50 个样本)样本组 322.29 欧元 360.96 欧元 386.75 欧元 A00490 样本质量控制(DNA,高灵敏度)样本 67.53 欧元 75.63 欧元 81.04 欧元 A00006 样本质量控制(DNA,低完整性样本)样本 31.26 欧元 35.01 欧元 37.51 欧元A00009 样品质量控制 (RNA) 样品 7.86 € 8.80 € 9.43 € A00010 样品质量控制 (RNA, 批次 50 个样品) 样品组 269.08 € 301.37 € 322.90 € A00008 样品质量控制 (RNA, 超灵敏度) 样品 13.29 € 14.88 € 15.95 € 文库制备 A00019 定制捕获 Roche (用户提供诱饵) 杂交 118.08 € 132.25 € 141.70 € A00021 人类外显子组捕获 (Roche) 杂交 294.00 € 329.28 € 352.80 € A00468 人类外显子组捕获后池化 (v8, Agilent) 样品 240.98 € 269.90 € 289.18 欧元 A00472 文库制备 5hmC-EM-Seq 样本 120.04 欧元 134.44 欧元 144.05 欧元 A00015 文库制备 5mC-EM-Seq 样本 119.42 欧元 133.75 欧元 143.30 欧元 A00023 文库制备 DNA(用于 Roche 外显子组捕获)样本 55.75 欧元 62.44 欧元 66.90 欧元 A00012 文库制备 DNA(无 PCR)样本 81.26 欧元 91.01 欧元 97.51 欧元 A00014 文库制备 DNA(超低输入)样本 89.14 欧元 99.84 欧元 106.97 欧元 A00091 文库制备 HiC(完整 HiC/OmniC 试剂盒)样本 2,213.82 欧元2,479.48 欧元 2,656.58 欧元 A00013 文库制备 HiC 部分(内部)样本 116.84 欧元 130.86 欧元 140.21 欧元 A00018 文库制备 mRNA(低输入)样本 136.11 欧元 152.44 欧元 163.33 欧元 A00016 文库制备 mRNA(链)样本 57.73 欧元 64.66 欧元 69.28 欧元 A00017 文库制备总 RNA(链)样本 111.28 欧元 124.63 欧元 133.54 欧元 A00025 TruSight Oncology 500 ctDNA 面板样本 440.55 欧元 493.42 欧元 528.66 欧元 A00026 TruSight Oncology 500 FFPE DNA 和 RNA 面板样本793.48 欧元 888.70 欧元 952.18 欧元 A00027 TruSight Oncology 500FFPE DNA 面板样本 452.68 欧元 507.00 欧元 543.22 欧元 短读测序 A00044 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.28 欧元 4.79 欧元 5.14 欧元 A00045 大规模测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) FAST TRACK Gb 6.21 欧元 6.96 欧元 7.45 欧元 A00473 测序 Gb (1x35, NovaSeq 6000 S4) Gb 44.80 欧元 50.18 欧元 53.76 欧元 A00474 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4)快速通道 Gb 57.22 欧元 64.09 欧元 68.66 欧元 A00475 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4,4D 通道) Gb 48.04 欧元 53.80 欧元 57.65 欧元 A00476 测序 Gb (1x35,NovaSeq 6000 S4,4D 通道)快速通道 Gb 61.02 欧元 68.34 欧元 73.22 欧元 A00046 测序 Gb (2x100,NovaSeq 6000 S1) Gb 23.44 欧元 26.25 欧元 28.13 欧元 A00047 测序 Gb (2x100,NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 29.76 欧元 33.33 欧元 35.71 欧元 A00048 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) Gb 16.56 欧元 18.55 欧元 19.87 欧元 A00049 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 21.04 欧元 23.56 欧元 25.25 欧元 A00050 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) Gb 9.65 欧元 10.81 欧元 11.58 欧元 A00051 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 12.42 欧元 13.91 欧元 14.90 欧元 A00054 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) Gb 28.57 欧元 32.00 欧元 34.28 欧元 A00055 测序 Gb (2x100, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 35.92 欧元 40.23 欧元 43.10 欧元 A00707 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 1.5B) Gb 10.09 欧元 11.30 欧元 12.11 欧元 A00704 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 10B) Gb 6.01 欧元 6.73 欧元 7.21 欧元 A00682 测序 Gb (2x100, NovaSeq X 25B) Gb 3.75 欧元 4.20 欧元 4.50 欧元 A00056 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) Gb 16.74 欧元 18.75 欧元 20.09 欧元 A00057 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S1) FAST TRACK Gb 21.37 欧元 23.93 欧元 25.64 欧元 A00058 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) Gb 11.74 欧元 13.15 欧元 14.09 欧元 A00059 测序Gb (2x150, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 15.20 欧元 17.02 欧元 18.24 欧元 A00060 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) Gb 4.87 欧元 5.45 欧元 5.84 欧元 A00065 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 S4) 快速通道 Gb 6.25 欧元 7.00 欧元 7.50 欧元 A00063 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) Gb 21.22 欧元 23.77 欧元 25.46 欧元 A00064 测序 Gb (2x150, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 26.75 欧元29.96 欧元 32.10 欧元 A00706 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 1.5B) Gb 7.32 欧元 8.20 欧元 8.78 欧元 A00676 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 10B) Gb 4.34 欧元 4.86 欧元 5.21 欧元 A00670 测序 Gb (2x150, NovaSeq X 25B) Gb 2.82 欧元 3.16 欧元 3.38 欧元 A00066 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) Gb 17.71 欧元 19.84 欧元 21.25 欧元 A00067 测序 Gb (2x250, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 21.99 欧元 24.63 欧元 26.39 欧元 A00068 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) Gb 32.63 欧元 36.55 欧元 39.16 欧元 A00069 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S1) 快速通道 Gb 41.27 欧元 46.22 欧元 49.52 欧元 A00070 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) Gb 23.08 欧元 25.85 欧元 27.70 欧元 A00071 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 S2) 快速通道 Gb 29.90 欧元 33.49 欧元 35.88 欧元 A00074 测序Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) Gb 47.51 欧元 53.21 欧元 57.01 欧元 A00075 测序 Gb (2x50, NovaSeq 6000 SP) 快速通道 Gb 58.82 欧元 65.88 欧元 70.58 欧元 A00708 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 1.5B) Gb 15.92 欧元 17.83 欧元 19.10 欧元 A00705 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 10B) Gb 9.34 欧元 10.46 欧元 11.21 欧元 A00683 测序 Gb (2x50, NovaSeq X 25B) Gb 5.98 欧元 6.70 欧元 7.18 欧元A00039 测序通道 (150 次循环,v3,MiSeq) 运行 1,053.46 欧元 1,179.88 欧元 1,264.15 欧元 A00040 测序通道 (300 次循环,v2,MiSeq) 运行 1,197.74 欧元 1,341.47 欧元 1,437.29 欧元 A00041 测序通道 (50 次循环,v2,MiSeq) 运行 936.84 欧元 1,049.26 欧元 1,124.21 欧元 A00042 测序通道 (500 次循环,v2,MiSeq) 运行 1,353.70 欧元 1,516.14 欧元 1,624.44 欧元 A00043 测序通道 (600 次循环,v3,MiSeq) 运行1,737.36 欧元 1,945.84 欧元 2,084.83 欧元 长读 A00076 1D 天然条形码 (ONT) 样品组 212.07 欧元 237.52 欧元 254.48 欧元 A00079 Cas9 富集 + 条形码 (ONT) 样品 119.46 欧元 133.80 欧元 143.35 欧元 A00077 Cas9 富集 + 文库制备 (ONT) 样品 291.93 欧元 326.96 欧元 350.32 欧元 A00471 Cas9 富集 + 池 (ONT) 样品组 215.48 欧元 241.34 欧元 258.58 欧元 A00187 DNA 纯化文库制备前样品 44.27 欧元 49.58 欧元 53.12 欧元 A00080 DNA 快速条形码(ONT)样本组 247.33 欧元 277.01 欧元 296 欧元。80 欧元 A00081 基因组 DNA 提取样品 151.97 欧元 170.21 欧元 182.36 欧元 A00668 文库制备 (PacBio) 样品 458.64 欧元 513.68 欧元 550.37 欧元 A00085 文库制备直接 RNA (ONT) 样品 252.99 欧元 283.35 欧元 303.59 欧元 A00086 文库制备 DNA 1D (ONT) 样品 522.10 欧元 584.75 欧元 626.52 欧元 A00087 文库制备 DNA 1D (ONT, Flongle FC) 样品 363.07 欧元 406.64 欧元 435.68 欧元 A00089 文库制备 DNA 条形码 (ONT) 样品 97.04 欧元 108.68 欧元 116.45 欧元A00090 文库制备 DNA 快速 (ONT)(最多 24 个样本)样本组 156.46 欧元 175.24 欧元 187.75 欧元 A00092 文库制备 PCR-cDNA (ONT) 样本 436.64 欧元 489.04 欧元 523.97 欧元 A00093 文库制备 PCR-cDNA 条形码 (ONT) 样本 144.30 欧元 161.62 欧元 173.16 欧元 A00094 文库制备 Ultra HMW DNA (ONT) 样本 493.31 欧元 552.51 欧元 591.97 欧元
All-inclusive RNA-seq (including quality control, library prep, sequencing, and initial bioinformatics) per unit Stranded mRNA-seq (poly-A enrichment or low-input), 24 samples per NovaSeq SP 1/2 flow cell 2x50bp (paired-end) 1 sample € 235 Stranded mRNA-seq (poly-A enrichment or low-input), 12 samples per NovaSeq SP 1/2流细胞2x50bp(配对 - 末端)1样品€327已链的mRNA-SEQ(Poly-A富集或低输入),每个Novaseq SP 1/2 sp 1/2流量细胞2x50bp(配对 - 端)1样品1样品€511总RNA-seq(RNA-seq)(ribo-Zere depletion)24 SPPLES,24 SPX 50 spplays 2 250 (配对末端)1样品样本274欧元的总RNA-seq(Ribo-Zero Deptetion),每个Novaseq SP 1/2流量单元2x50bp(配对 - 端)的12个样本366欧元366欧元€366欧元的mRNA-SEQ(Poly-a富集,低输入,或ribo-Zera sampe sampe sampe sampe sampe sampe sampe sampe sampe sampe smece-rectract) (“ QuantSeq”),每个Novaseq SP流单元1x100bp(单端)96个样本€6 409
2024年11月1日:Novaseq价格降低,包括。大幅减少10'000mio读取(200个周期);与UMIS代替Smarter Pico v3的智能seq总pico;由于过时,价格上涨了3'GE v3.1(和cellplex)。添加totalSeq多路复用选项。新的Flex版本和价格调整;现在,inther inth在3个月内完成了2次运行的包装。
Dovetail®,DovetailGenomics®和Hirise®是美国和/或其他国家的Cantata Bio LLC的全资子公司Dovetail Genomics,LLC的商标。iLlumina®,HISEQ®,Miseq®,Miniseq®,ISEQ®,NextSeq®,NovaseQ®是Illumina,Inc。的注册商标。BeckmanCoulter™和Spriselect®是Beckman Coulter,Inc.Qubit®的商标或注册商标。Tapestation®和Bioanalyzer®系统是安捷伦技术的注册商标。Invitrogen®是Thermo Fisher Scientific Inc.的注册商标
HI-C测序和数据分析测序是在Illumina Novaseq平台上进行的。HI-C读数是使用三型读物处理的,并与HIC-PRO对齐HG38人类基因组参考。使用Juicebox进行可视化和接触归一化,并使用Juicer Tools GPU打ic来调用相互作用。根据打ic的相互作用调用手动策划映射到eCDNA的映射。使用纯染色体模式检测到染色体体相互作用。4
• 分析了 Caris Life Sciences(亚利桑那州凤凰城)使用 WTS(Illumina NovaSeq)、NextGen DNA 测序(NextSeq、592 个基因和 NovaSEQ、WES)和 PD-L1 表达(LDT SP142;TPS ≥ 5%)测试的 24,257 个 CRC 样本。• 使用 QuantiSEQ 进行 RNA 反卷积分析估计肿瘤微环境 (TME) 中的细胞浸润。• 在 Caris 队列中,使用保险索赔数据从治疗开始评估总体生存率 (OS)。• 根据 WTS 数据使用 Hallmark 50 基因组进行基因集富集分析 (GSEA),以根据 AXL 表达评估显著富集的通路。 • 还评估了 III 期 CALGB/SWOG 80405 试验的数据,该试验涉及 433 名接受贝伐单抗 (Bev,n = 226) 或西妥昔单抗 (Cet,n = 207) 联合一线化疗治疗的转移性 CRC (mCRC) 患者。 • 使用 HiSeq 2500 (Illumina) 对从 FFPE 肿瘤样本中分离的 RNA 进行测序。 • 根据基因表达将 OS 和无进展生存期 (PFS) 分为高 (T3)、中 (T2) 和低 (T1) 三分位数进行分类比较。 • 根据 Cox 比例风险模型估计风险比 (HR) 和 95% 置信区间 (CI),并根据年龄、性别、种族、ECOG PS、肿瘤单侧性、转移部位数量、KRAS、BRAF、MSI 状态、靶向治疗 (Bev vs Cet) 和化疗 (FOLFOX vs FOLFIRI) 进行调整。