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放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
海洋假单胞科的基因组多样性和代谢潜力
假霉菌科的分类法最近发生了变化，导致描绘了三个新属（Atopomonas，halopseudomonas和stutzerimonas）。然而，假单胞菌属仍然是人口最密集的人群，并显示出广泛的遗传多样性。假单胞菌能够产生多种二级代谢产物，这些代谢产生了重要的生态功能，并在维持其生活方式方面产生了很大的影响。虽然经常检查土壤源性假单胞菌，但我们目前缺乏旨在探索海洋假单胞菌属的遗传多样性和代谢潜力的研究。在这项研究中，与来自三种海洋微藻培养物和RPOD的基于RPOD的系统发育的纤维菌株共隔离了23个假单胞菌菌株，可以将其分配给Pseudomonas oleovorans group（Pseudomonas chengduensis，pseudomonas chengduensis，pseudomonas toyotomonas totootomionensis and onse new sews）。我们将三个选定菌株的整个基因组测序与海洋假单胞菌基因组的清单相结合，以评估其系统发育分配并探索其代谢潜力。我们的结果表明，大多数菌株在物种水平上分配了错误，其中一半不属于假单胞菌属，而是属于卤素类或斯塔特氏菌属。我们强调了26种新物种（卤素瘤（n = 5），stutzerimonas（n = 7）和假单胞菌（n = 14））的存在，并描述了一个新物种，假单胞菌Chaetocerotis sp。nov。 （类型应变536 T = LMG 31766 T = DSM 111343 T）。最后，这项研究强调，海洋环境拥有大量的假核科，可以推动新的二级代谢产物的发现。We used genome mining to identify numerous BGCs coding for the production of diverse known metabolites (i.e., osmoprotectants, photoprotectants, quorum sensing molecules, siderophores, cyclic lipopeptides) but also unknown metabolites (e.g., ARE, hybrid ARE-DAR, siderophores, orphan NRPS gene clusters) awaiting chemical characterization.
预印本 DOI：发布于 2022 年 6 月 30 日 https://...
基于全基因组测序的链霉菌属的表征。 6（4）：关注天然产品1 2 MarcelaProençaBorba1（0000-0003-4909-969X），JoãoPaulowitusk 1，DéboraMarchesan Cunha 1，Daiana deiana de Lima- 3 Mora-3 Morales 2,3 591-6514）4 5 1-农业和环境微生物学的研究生课程，基本健康科学研究所，6联邦大学里奥格兰德大学，巴西Porto Alegre，巴西Porto Alegre 7 2-生物信息知识从Porto Alegre开始阿雷格里、南里奥格兰德州、阿雷格里港、巴西 10 11 通讯作者：Marcela Proença Borba（ceh.proenca@gmail.com） 12 13 关键词 14 次生代谢产物、基因组挖掘、放线菌、生物合成基因簇、植物病原真菌。 15 16 数据摘要 17 该全基因组霰弹枪项目已存入 DDBJ/ENA/GenBank，登录号为 18 VIFW00000000。由于核苷酸序列数量巨大，在整个手稿和在线资源的补充数据中发现了数据库登录号。 20 21 摘要 22 我们对链霉菌属的整个基因组进行了测序。 6（4）是从番茄根部分离得到的，对植物病原真菌具有抗真菌活性，主要针对番茄根结线虫（Bipolaris sorokiniana）。该基因组有近 7 Mb 和 24 3,368 种假设蛋白质，这些蛋白质在 Uniprot 中进行了分析和表征，重点是 25 种生物化合物。为了表征和鉴定该分离株，进行了 MLST 分析，最终得到一种新的 ST，26 归类为 ST64。构建了表型和系统发育树来研究链霉菌属。 6(4)进化27和序列相似性，该分离株是与Streptomyces prasinus和Streptomyces viridosporus更接近的菌株。已知链霉菌属具有强大的代谢能力，并且存在隐秘基因。这 29 个基因通常以簇的形式存在，负责生产多种天然产物，其中主要是抗生素。此外，6（4）显示通过反SMASH扩增出11个生物合成基因簇，其中包括3个簇31PKS和NRPS类型。 32 33 34 简介 35
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HPORT SNAME BTITLE AUIC BSC等级Desig tac wrk prd portld nrps portland me＆Recruit/off Rec 66382 01015 CWO3 7331 S 2408 OCEALA VFA 31 A/COMNT/COMNT/COMNT/5 GWP 2017 597 597 CWO 331 C 2412 NORVA VAW＆CRON 67 79 79 79 79.11 7331 C 2501 CHINLA VX 9（仅F18）A/C OMNT MTL/MTL/MMCO-ASST（G446）153 153 IWO WAKUNI FRC NATEC NATEC DET IWAKUAV MNT FLD MNT FLD REP/SITE REP/SITE REP/SITE 30864 LEAD 30864 68415 CWO4 7331 O 2503 p.2503 avu frc frc frc CWO3 7331 SOR 2020 VMAW/VMAWC/ATL 09527 16020 CWO3 7331 S 2504 NORVA VFA 106 A/C OMNT线/（G6）09679 37010 CWO3 /C OMNT/MTL（G4）09372 19010 CWO3 7331 D 2506 LEMOORE VFA 125-F35 A/C MNT QC（G5）09485 18040 CWO 235 A/C 235 A/C 25 （G5）09963 19010 CWO3 7331 C 2511 60r/sa/c omnt AV/WP/DIVO 2508070 CWO 331 S 2511 LEMOORE VFA 125-F35 A/C OMNT AV/WP/WP（G8）/USMC 09485 29010 CWO2 7331 S 2511 SDGO CVN 72 LINCOLN 72 LINCOLN A/CW 212-173 173 173.170 CIMNIC LCTL＆AL（G4）09199 19010 CWO3 7331 C 2512 P MUGU VAW 113 A/C MTLCTL＆AL 09459 19010 CWO3 7331 C 2512 LEMOORE V/C 19494/C 19494/C 19494/FAM 9010 CWO3 7331 C 2512 NORVA va. 19010 CWO3 7331 C 2512 NORVA HSC 9 A/C MTLCTL＆AL/MCO（G4）09160 130 CWO 213 213 CW AW 117 A/C MTLCTL＆AL（G5）09985 19010 19010 CWO3 7330 C 2601 C 2601 SDGO LHD 8 MAKIN 33 MAKIN 3 33 MIN/MIN/MTI IMIN MIN/MTI IMIN 31 C 2602 JAX 114 CPRWN 40102010 CWO4 7330 S 2602 NORTI HSC 23 A/C OMNT AV/WP/WP（G4）MQ-8B 09848 29010 CWO2 7330 C 2602
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HPORT SNAME BTITLE AUIC BSC等级Desig tac wrk prd portld nrps portland me＆Recruit/off Rec 66382 01015 CWO3 7331 S 2408 OCEALA VFA 31 A/COMNT/COMNT/COMNT/5 GWP 2017 597 597 CWO 331 C 2412 NORVA VAW＆CRON 67 79 79 79 79.11 7331 C 2501 CHINLA VX 9（仅F18）A/C OMNT MTL/MTL/MMCO-ASST（G446）153 153 IWO WAKUNI FRC NATEC NATEC DET IWAKUAV MNT FLD MNT FLD REP/SITE REP/SITE REP/SITE 30864 LEAD 30864 68415 CWO4 7331 O 2503 p.2503 avu frc frc frc CWO3 7331 SOR 2020 VMAW/VMAWC/ATL 09527 16020 CWO3 7331 S 2504 NORVA VFA 106 A/C OMNT线/（G6）09679 37010 CWO3 /C OMNT/MTL（G4）09372 19010 CWO3 7331 D 2506 LEMOORE VFA 125-F35 A/C MNT QC（G5）09485 18040 CWO 235 A/C 235 A/C 25 （G5）09963 19010 CWO3 7331 C 2511 60r/sa/c omnt AV/WP/DIVO 2508070 CWO 331 S 2511 LEMOORE VFA 125-F35 A/C OMNT AV/WP/WP（G8）/USMC 09485 29010 CWO2 7331 S 2511 SDGO CVN 72 LINCOLN 72 LINCOLN A/CW 212-173 173 173.170 CIMNIC LCTL＆AL（G4）09199 19010 CWO3 7331 C 2512 P MUGU VAW 113 A/C MTLCTL＆AL 09459 19010 CWO3 7331 C 2512 LEMOORE V/C 19494/C 19494/C 19494/FAM 9010 CWO3 7331 C 2512 NORVA va. 19010 CWO3 7331 C 2512 NORVA HSC 9 A/C MTLCTL＆AL/MCO（G4）09160 130 CWO 213 213 CW AW 117 A/C MTLCTL＆AL（G5）09985 19010 19010 CWO3 7330 C 2601 C 2601 SDGO LHD 8 MAKIN 33 MAKIN 3 33 MIN/MIN/MTI IMIN MIN/MTI IMIN 31 C 2602 JAX 114 CPRWN 40102010 CWO4 7330 S 2602 NORTI HSC 23 A/C OMNT AV/WP/WP（G4）MQ-8B 09848 29010 CWO2 7330 C 2602
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