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单分子肽合成，无需使用纳米孔和亚纳米的任何侧链保护
G. Sampath无隶属的sampath_2068@yahoo.com摘要。肽合成。肽是合成的C-TO-N或N-TO-C，作为延伸到同肽标头的延伸，一端绑定到固定表面，另一端绑定为固定表面，并由纳米孔封闭。表面安装在可以以0.1-0.15 nm精度移动的平台上；孔的作用像核糖体隧道，可保护氨基酸（AA）侧链免受不需要的耦合，并且还可以防止聚集和环化。合成发生在以下步骤中的循环中：耦合剂将受末端保护的AA连接到孔末端生长的头端残基；光学检测到耦合的完成；耦合剂，保护器和多余的AA被洗掉；该平台缩回3.5Å；新添加的AA被抛弃，保护器被洗净。合成完成后，平台通过添加的肽的长度向孔移动，将肽与标头分开。电势和液压的组合始终保持肽的完全拉伸。纳米孔发挥了次要作用，在上面没有进行测量。可以使用一系列标头和一系列纳米孔来完成平行合成，最高能力的纳米孔可以实现。原则上，可以合成的肽长度没有限制。没有侧链保护，最小的试剂量，减少洗涤，几乎没有合成后清理，该方法具有潜在的绿色水平。
使用 Oxford Nanopore 和 Illumina 平台对亚麻品种 Atlant 进行基因组测序
自古以来，人们就种植亚麻 ( Linum usitatissimum L. ) 以获取种子和纤维 ( Vaisey-Genser 和 Morris，2003 年 )。纤维亚麻比亚麻籽高，仅在茎的上部有分枝。亚麻籽的分枝从茎的中部开始，这些植物会产生许多大种子 ( Diederichsen 和 Richards，2003 年 )。亚麻籽富含 omega-3 脂肪酸和木脂素，其健康益处已在许多研究中得到证实 ( Caligiuri 等人，2014 年；Goyal 等人，2014 年；Kezimana 等人，2018 年；Parikh 等人，2019 年 )。因此，亚麻籽被用于食品和制药工业、动物饲料以及环保涂料和复合材料的生产（Singh 等人，2011；Corino 等人，2014；Goyal 等人，2014；Campos 等人，2019；Fombuena 等人，2019）。亚麻纤维是主要由纤维素组成的空心管；它们具有高强度和耐久性，可用于生产高质量的纺织品（Vaisey-Genser 和 Morris，2003）。亚麻纤维由于表面的芯吸和水分移动而具有很高的吸水能力，可用于制作炎热气候下的布料、帆、帐篷和地毯（Atton，1989）。然而，只有从亚麻茎的没有分支的部分才能获得长纤维；因此，尽管亚麻纤维质量很高，但它在很大程度上已被合成纤维所取代 ( Muir 和 Westcott，2003 年)。然而，对生态问题的认识引起了人们对使用对地球更具可持续性的材料的关注，人们对亚麻纤维的兴趣正在重新燃起。此外，在过去几年中，亚麻纤维已被积极用作复合材料的组成部分，在汽车、航空航天和包装应用中具有良好的潜力，在这些应用中，纤维长度并不十分重要 ( Zhu 等人，2013 年；Mokhothu 和 John，2015 年；Wu 等人，2016 年；Dhakal 和 Sain，2019 年；Fombuena 等人，2019 年；Goudenhooft 等人，2019 年；Zhang 等人，2020 年 a)。 2012 年，亚麻品种 CDC Bethune 的基因组在 Illumina 平台上进行了测序，采用双端和配对文库。结果组装结果为 302 Mb，其中 scaffild N50 约为 700 kb，contig N50 约为 20 kb，亚麻基因组覆盖率估计为 370 Mb，为 81%（Wang et al., 2012）。15 对 CDC 染色体的染色体水平组装
使用有针对性的纳米孔测序快速诊断出海洋分枝杆菌感染：病例报告
海藻分枝杆菌（M. Marinum）是一种无结核分枝杆菌（NTM），可以在水生动物和人类中引起感染性疾病。基于培养的病原体检测是诊断NTM感染的金标准。但是，这种方法是耗时的，对于挑剔的生物来说，阳性率低。牛津纳米孔奴才测序是一种新兴的第三代测序技术，可以直接以培养的方式序列DNA或RNA，并提供快速的微生物识别。进一步的好处包括低成本，短时间的时间，读取长度和小设备尺寸。纳米孔测序在评估耐药性，微生物的临床鉴定和监测感染性疾病方面起着至关重要的作用。使用纳米孔测序的一些关于结核分枝杆菌（MTB）的报告已发表，但是，关于NTM的报告很少，例如M. Marinum。在这里，我们报告了使用纳米孔测序诊断纳米孔测序。
利用纳米孔靶向测序技术在临床实践中实现同一天同时诊断细菌和真菌感染
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。
基准测试揭示了深度学习变体呼叫者对细菌纳米孔序列数据的优越性
摘要14变体调用在细菌基因组学中至关重要，鉴定了疾病的识别15传播簇，系统发育树的构造以及抗菌耐药性养育16。本研究使用牛津纳米孔技术（ONT）和Illumina 18测序对14种不同细菌种类的SNP和INDEL变体进行了全面的基准测试。我们生成金标准参考基因组和项目变化，从密切的19个相关菌株上产生了它们，从而创建了SNP和Indels的生物学现实分布。20我们的结果表明，与传统方法和Illumina相比，基于深度学习的工具的Ont变体调用提供了更高的21 SNP和Indel精度，而Clair3总体上提供了最多的AC-22策展结果。我们研究了错过和错误呼叫的原因，突出了简短读取中固有的限制23，发现Ont的传统限制与均聚物 - 24诱导的Indel错误无关，而高准确的基本模型和深度学习的基于深度学习的25个变体呼叫。此外，我们对读取深度对变体的影响的发现提供了价值26个能力的洞察力，用于对资源有限的测序项目进行测序，这表明10倍深度足够27，以实现匹配或超过Illumina的变体呼叫。28总而言之，我们的研究强调了SNP和Indel 29检测中的深度学习工具的卓越准确性，从而挑战了短阅读测序的至高无上。32系统错误的减少30及在较低的读取深度达到高精度的能力增强了31次通过在临床和公共卫生细菌基因组学中广泛使用的ONT的能力。
纳米孔测序评估环境样品中细菌病原体和相关抗生素抗性基因
摘要：如前和现在的大流行中，监测环境中的病原体可以提供多种见解，以了解其传播，进化甚至将来的爆发。本文通过在罗马尼亚的市政水和废水中使用纳米孔测序，评估了与特定病原体相关的检测微生物病原体和相关抗生素耐药基因的机会。主要结果表明，从肉类加工设施中收集EF流动的水具有改变社区的多样性和丰度，Chao1的价值（101-108和0.86-0.91）分别降低了，分别是MAIN 2与其他类型的较高的多样性相比，分别是MAINIP的多样性，分别是Simpson的多样性和较高的多样性。和0.97–0.98，伯克霍尔德西亚和伪科学是最丰富的家庭。此外，抗生素耐药性基因的发生率和类型受到抗生素源的近端的影响，其四环素（最高为45％的总读数）或新霉素，链霉素和抗肉霉素（Traptomycin和tobramycin）（总读数为3.8％）（总读数）的耐药性（最高为reads reads）由Same condiestion condivession形成。因此，纳米孔测序被证明是一种易于使用的，可访问的分子技术，用于环境病原体监测和相关的抗生素耐药基因。
评估奴才纳米孔DNA测序在获取高质量数据
摘要：近年来，气候变化的问题在全球范围内都提高了人们的意识和关注。它对世界各地的生态系统产生了各种影响，导致许多物种在环境上受到压力。表观遗传学是一个关于气候变化的概念，正在更普遍地研究。由于环境的变化，可能会出现压力引起的遗传性状，而不会改变基因组代码（称为表观遗传学改变）。这样的表观遗传改变是DNA甲基化，它发生在细胞对环境应激的反应中。菲律宾负担得起的蛋白质的一个主要来源来自野生圆形SCAD鱼，该鱼的人口和体型最近都面临着迅速下降的速度。我们研究的目的是探索野生圆形SCAD中DNA甲基化的模式，以确定这些变化是否与对全球气候压力的表观遗传反应有关。收集圆形SCAD DNA的样品并从菲律宾分离出来。使用纳米孔小牛仔群（一种便携式第三代DNA测序技术），我们能够获得检测甲基化位点所需的高质量DNA序列。但是，DNA序列短，需要改进。为了促进我们的分析，我们正在测序斑马鱼的基因组以进行比较。在这里，我们将报告收集的初始数据。我们预计，该项目的长期发现将提供关键的信息，以管理面对类似环境压力源的野生圆形SCAD和其他海洋鱼类。
开发了纳米孔测序策略，用于检测突变，在金黄色葡萄球菌菌株中赋予万古霉素中间耐药性
摘要金黄色葡萄球菌是菌血症和其他医院感染的主要原因。细胞壁活性抗生素万古霉素通常用于治疗耐甲氧西林（MRSA）和敏感（MSSA）感染。万古霉素中间的金黄色葡萄球菌（Visa）变体可以通过从头突变产生。在这里，我们进行了试点实验，以开发一种基于PCR/长阅读测序的合并的方法，用于检测先前已知的签证突变。引物旨在生成10个含量涵盖与签证表型相关的16个基因。我们对牛津纳米孔衔接子的读数长期读取，我们对据和and go骨流通量进行了测序。然后，我们通过映射读取读取的父母共识或已知参考序列，并比较称为变体与实验室选择中已知签证突变的数据库进行了比较。池中的每个扩增子被测序为高（。1,000）覆盖范围，并且在扩增子长度和覆盖范围之间未发现任何关系。我们还能够检测到因果突变（步行646c。g）在源自USA300菌株的签证突变体中（来自父母菌株N384的N384-3）。将突变体（N384-3）和父母（N384）DNA从0到1个突变体以不同的比例（N384）DNA表明平均次要等位基因频率（6.5％）的突变检测阈值在95％侧置（两个标准的差异高于平均突变频率高于平均值的频率））。该研究奠定了直接的金黄色葡萄球菌抗生素抗生素基因型基因型推断，并使用临床样品的快速纳米孔测序。
序列建模和设计从分子到基因组量表，
纳米孔信号分析能够检测天然DNA和RNA测序的核苷酸修饰，从而在没有其他文库准备的情况下提供了准确的遗传/转录组和表观遗传信息。目前，只能直接对一组有限的修改（例如5-甲基胞霉素），而大多数其他则需要探索方法，这些方法通常以纳米孔信号与核苷酸参考的比对开始。我们提出了Uncalled4，这是一种用于纳米孔信号对准，分析和可视化的工具包。uncalled4具有有效的带信号对准算法，BAM信号对准文件格式，用于比较信号对准方法的统计数据以及基于K-MER的孔模型的可重复的DE NROVE训练方法，揭示了ONT尚未访问的途径的可能错误。我们在七个人类细胞系中的RNA 6-甲基趋化（M6A）检测应用于RNA 6-甲基丹宁（M6A），使用M6ANET鉴定的修饰比Nanopolish多26％，其中包括M6A已知在癌症中具有含义的几种基因。uncalled4可在github.com/skovaka/uncalled4上开放源4。
使用高保真纳米孔测序的正hantavirus hantanense的流行病学监测和系统发育多样性，韩国共和国
1韩国大学医学院微生物学系，韩国共和国，韩国共和国2病毒疾病研究所，韩国大学医学院，韩国北部共和国，韩国共和国，3韩国研究生课程，韩国大学医学院研究生课程3加拿大伯纳比西蒙·弗雷泽大学分子生物学与生物化学系，韩国康奇大学，汉奇大学，汉奇大学，北加拿大大学，北加拿大大学，第7次预防医学单位，韩国，韩国，韩国第五，韩国第一个预防医学，韩国共和国共和国第一个预防医学部，第三次预防医学部，第三次预防医学部，第三次预防医学，韩国共和国第三次预防医学，第三次预防医院大韩民国Chuncheon，大韩民国Chuncheon，大韩民国陆军总部，大韩民国总部，大韩民国大韩民国，大韩民国的第二次预防医学部门，大韩民国，大韩民国12